凯塞林元帅很快便获知了装甲军团开始撤退的消息。当天下午，他赶到隆美尔那里，面色严峻地警告他：“你的撤退命令将会破坏元首的伟大战略部署。”但隆美尔未予理睬，他只绘声绘色地描述了英国空军可怕的地毯式轰炸和军团糟糕的补给状况，很快便说服了凯塞林。“我想元首会体会到你的处境的，”凯塞林同情地向他表示，“我将尽全力帮助你撤退。”
由于燃料奇缺，在白天进行大规模的撤退是不可能的。军团的大部分部队只好在原地做好撤退的准备，饱受英军飞机和炮火的连续轰击之苦。到了晚上，军团才开始大规模撤退，隆美尔要求坦克尽可能以步兵跟得上的速度向后撤退，以免英军乘虚而入。但是，英军对于隆美尔的撤退并没有展开大规模的追击，蒙哥马利只是命令第7装甲师和其他一些步兵部队进行袭扰活动，以破坏隆美尔的撤退。隆美尔的撤退令希特勒极为不满。希特勒开始对隆美尔不信任了。
同时，英军方面对蒙哥马利放弃这样一次将隆美尔及其非洲装甲军团一网打尽的大好时机也议论纷纷。有人指责他是放虎归山，将会后患无穷；还有人认为，蒙哥马利是被隆美尔的名望和他那闻名遐迩的反击才华所震慑。但蒙哥马利自己辩解说，“依照我们目前的训练和装备水平，我认为轻率地与敌人去硬拼是不可取的。中国有句古话，叫‘穷寇莫追’。”
其实，蒙哥马利的真实想法是不想让隆美尔过早过远地向后撤退。他要把隆美尔吸引在阿拉曼防线附近，这样“将使他们始终处于补给困难的境地”。而只需等到第8集团军在各方面都准备充分后，他就可以向隆美尔发动“致命的进攻”。
但不管怎样，埃及面临隆美尔占领的危险已经过去。在开罗为蒙哥马利举行的庆祝宴会上，蒙哥马利向各国驻埃使节们宣布：“埃及已经没有危险，我们将最终彻底消灭隆美尔军团。”“沙漠之狐”不可战胜的神话在阿拉姆哈勒法化为灰烬。
隆美尔在阿拉姆哈勒法战役中的失败，正如他的高级作战参谋冯·梅林津少将在战后所评述的那样：
它是沙漠战争的转折点，同时也是德国军队在各个前线的败仗中的第一个败仗。它预示着德国的最终失败！
9月6日，隆美尔最终将他的部队撤到了进攻出发阵地。非洲装甲军团开始转入防御英军进攻的准备阶段。此时，隆美尔内心已经十分清楚，装甲军团被赶出非洲的日子已经不远了。
阿拉姆哈勒法战役使蒙哥马利和隆美尔的声望都发生了急剧的变化。蒙哥马利由于赢得了胜利而身价倍增，他一下子成了第8集团军和整个中东地区英军的救星；丘吉尔在议会中的日子也好过多了。胜利使得许多议员都忘记了英军以前的惨重损失，他们急不可耐地要求蒙哥马利尽快进攻，一举消灭隆美尔的军团。
蒙哥马利并没有被胜利和欢呼赞扬声冲昏头脑。他十分清醒，以他的部队目前的装备和作战能力，要想彻底消灭隆美尔军团还为时过早。丘吉尔也要求蒙哥马利立即展开进攻，以配合苏联战场和盟军在北非西海岸登陆的“火炬”行动。对于他的一再催促，蒙哥马利明确地拒绝了：“要想彻底消灭隆美尔，必须还要有更加充足的准备，”并威胁要辞去集团军司令。这一反应大大出乎丘吉尔的意料，他立即写信安慰蒙哥马利，“第8集团军将继续在你的全权指挥之下。你可以在你认为合适的时候进攻，当然我们期望这一天能早日来临。”
由于阿拉姆哈勒法战役的失败，最高统帅部对隆美尔的指挥才能产生了怀疑。隆美尔自己也深深陷入了难以自拔的痛苦之中。这是一场他实在难以承受的失败，这场失败似乎也使他一直备受折磨的病痛变得无法忍受。他不得不向德国统帅部提出了回国疗养的请求。考虑到他目前的精神状况，希特勒同意了他的请求。
9月19日，格奥尔格·施登姆将军到达了非洲。在和施登姆将军交接的过程中，隆美尔一再强调，蒙哥马利无法对军团的侧翼进行包围，可能将从正面进行突破，因此必须大力加强正面防御。隆美尔最后叮嘱道，“一旦英军发动大规模进攻，我将会停止休假，提前赶回来。”施登姆皱了皱眉头，隆美尔似乎对他的指挥才能很不信任，这不禁令他大为不悦。
9月23日，隆美尔怀着沉重的心情飞离非洲。途中，他在意大利作了短暂停留。在和意大利最高统帅部将帅们的交谈中，他恳切地告诉他们，如果他们还希望装甲军团在非洲坚持下去的话，那么后勤补给工作必须要有根本的改观。出于对这位满脸病容的元帅的同情，他的请示大都获得了比较圆满的答复。他们实在难以当面拒绝这位曾在非洲为他们浴血奋战的元帅。他们答应出动3000人修建一条通往前线的公路，同时将尽快把七千多吨钢轨和枕木运到非洲，以修复被英军炸断的铁路。
当然，这些仅仅是口头上的许诺而已。这条公路永远也没能修建起来。当在突尼斯的巴尔巴西提将军接到要他抽调3000人去修路的命令时，他声称最多只能派出400人，而最后到位的只有100人，那7000吨钢轨和枕木也一根没有运往非洲。
24日，墨索里尼接见了隆美尔。隆美尔一再强调除非能获得他所提出的最低限度数量的补给，否则装甲军团将不得不撤出非洲。这位独裁者则认为，这只是隆美尔为自己的失败寻找借口而已。他甚至认为隆美尔现在的病情完全是因为心理上承受不了失败的打击而致，“因为他一直是习惯于打胜仗和到处受人尊宠。”不过墨索里尼最终还是答应近期将调拨大量的法国船只加强对非洲的后勤补给。这使隆美尔在离开意大利时，对装甲军团担忧的心情稍稍减轻了一些。
隆美尔回到了柏林。他发现，元首大本营似乎并不知道非洲正在发生的一切。到处都笼罩着乐观情绪，高级将领对装甲军团所面临的危难处境似乎毫无察觉。当隆美尔述说到英军战斗轰炸机用40毫米美制穿甲弹轻松地击穿德国坦克时，他们发出了极不信任的冷笑。戈林更是立即尖叫起来：“这不可能，美国人仅仅只会制造他们的刮胡刀片。”隆美尔立即予以了坚决的反驳：“元帅阁下，但愿我们也能造出这些刮胡刀片来。”他取出随身携带的这种穿甲弹片，“这是英军飞机发射的，它穿过我们坦克厚厚的装甲，坦克里面的士兵全部被炸死了。”
随后几天，隆美尔一直呆在戈培尔家中。在漂亮的戈培尔夫人悉心照料下，隆美尔渐渐改变了刚从非洲回来时与人格格不入的性格，开始不再那么大发脾气了。白天，他忙着整理准备向希特勒汇报的各种资料。晚上，他应戈培尔全家的请求，讲述他在非洲的战斗经历。他特别提到了意大利贵族军官们平时是如何风度翩翩，但一到战时却又是如何怯懦，“他们甚至慌乱到连逃跑的方向也辨不清。”这些生动的描述总是使戈培尔一家捧腹大笑不已。当他讲到自己是如何逃脱死亡和被俘的危险时，戈培尔一家又会爆发出钦佩和恐怖的尖叫声。这位极具表达力的元帅总是让戈培尔全家人度过了一个个美好的夜晚。
戈培尔特意给隆美尔放映了有关他在非洲活动的一些影片。当隆美尔看到自己在官兵的欢呼声中进入托卜鲁克时，他感到了热血沸腾，信心和活力仿佛又重新注入了他的躯体。
9月30日，希特勒在总理府接见了隆美尔。他首先对隆美尔表示了慰问和赞赏，对隆美尔关注非洲补给问题表示了理解，并表示这一问题可望很快获得解决，因为大量的“西贝尔”平底渡船将投入到后勤补给船的行列。德国工程师西贝尔发明的这种平底船吃水极浅，鱼雷可以从它的底下溜过去；船上装备有好几门速射高炮，不惧怕空中攻击。即使没有军舰护航，这种船也一样可以安全驶抵非洲。当然，这种船也有一个重大缺陷，由于吃水过浅，所以它在波涛汹涌的海面上难以航行。但是在地中海中，海面绝大部分时间都是风平浪静的。
为了重新唤起隆美尔和他自己的信心，希特勒还自欺欺人地向隆美尔展示了德国军工生产的各种数据。“我们强大的军事生产能力完全可以抵得过美苏英三国军工生产的总和，任何怀疑我们这种能力的想法都是愚蠢的。”他向隆美尔保证，不久将向非洲增派三个多管火箭炮旅，“这种多管火箭炮是英国人从来没有见过的，它们投入使用将会使英国人感到恐惧”。另外，他还答应抽调50辆最新型“虎”式坦克和大量的新型反坦克炮运往非洲，“我们的虎式坦克将会使敌人的反坦克炮失去作用，而我们的反坦克炮将会击毁敌人任何型号的坦克。”
虽然希特勒说话漏洞百出，甚至自相矛盾，但对于已经对非洲战局快要感到绝望的隆美尔来说，元首的许诺就像打了一针强心剂。他仿佛看到，获得这些最新式武器的装甲军团正势如破竹地追赶英军，一直从阿拉曼抵达了苏伊士运河。
隆美尔还把泄露情报也归咎于意大利人。“我们从被俘的英军官兵那儿得知，是意大利人向他们告的密，是他们向英国人泄露了我们的一举一动，致使我们掉进了英国人早已设下的陷阱里，”隆美尔气愤地告诉希特勒，“当然他们的大部分士兵是好的，但是他们的军官却都是一些无用的家伙，是一伙叛徒。”希特勒对隆美尔的抱怨一直静静地听着。虽然他也一样厌恶意大利人，但目前的局势使他不能失去意大利人的帮助。“好了，我会把你所说的这些情况告诉墨索里尼的，让他设法改变这种状况。但是你也知道，我们不能没有意大利人，如果他们站到了敌人一边，那将会使我们遭受更大的威胁”。
为了安慰一下沮丧的隆美尔，希特勒邀请他参加下午在柏林运动场举行的群众集会。在纳粹分子的欢呼声中，希特勒亲自向隆美尔授予了所有军人都梦寐以求的镶有钻石、闪闪发光的元帅权杖。所有的广播电台都播送了希特勒大肆赞美隆美尔战绩的演说。一时间，隆美尔再次成为所有德国人心目中的英雄。
10月3日上午，隆美尔出席了戈培尔为他举行的记者招待会。面对各国记者言辞激烈的提问，隆美尔平静地表示：“现在，我们英勇的军队离开罗的距离已经不足80公里。打开通往埃及大门的钥匙已经握在我们的手中，我们决不会放弃埃及，我们将会采取新的行动”。但实际上，隆美尔心里非常清楚，这只不过是为了掩盖德军已经惨败的事实，只不过是为了避免让德国士兵过早感觉到失败的厄运正在不可避免地就要降临这一事实而已。
当天中午，在跟希特勒和其他将帅们告别后，隆美尔登机离开了柏林，
前去西梅林治疗他的高血压和肝病。
