因为痢疾患儿腹泻明显，大量的肠道原有菌群可以随大便排出体外，此外，由于抗生素的应用，是一些敏感菌得到抑制，而一些非敏感菌则大量繁殖，最终导致肠道原有菌群紊乱，由肠道细菌构成的第一道“屏障”被破坏，局部抵抗能力下降。因此，补充益生菌制剂，不仅可以促进紊乱肠道菌群恢复，而且对于痢疾的恢复有帮助作用，所以需要补充。
目前临床上使用的益生菌制剂有双歧杆菌胶囊、双歧杆菌三联活菌片、整肠生胶囊、枯草杆菌、肠球菌二联活菌多维颗粒剂、酪酸菌片或颗粒剂、妈咪爱等，主要用于各种原因引起的肠道菌群失调所致的肠炎、腹泻、肠易激综合征、便秘、功能性消化不良，预防和治疗伪膜性肠炎和抗生素相关性腹泻。由于益生菌都是生理性活菌制剂，因此保管和使用上要注意：①不宜与抗菌药（尤其是广谱抗菌药）合用，因为抗菌药的杀菌、抑菌作用可能降低或灭活这些对人体健康有益细菌的活性，从而使所用药物疗效下降，不利于疾病治疗，所以使用益生菌活菌制剂时应避免与抗菌药同用；②益生菌要避免高温，不宜用热水送服用，应用低40℃的温开水送服，以免制剂中有效成分受到破坏；③一般应存放在凉暗干燥处，尤其在气温较高的夏季，更要注意此类制剂的存放环境，防止药物在过高温度下失效。
