蒋介石在抗战胜利后不久，派军队进攻解放区，结果都以惨败告终，被迫于1946年1月10日签订《停战协定》。这天，政治协商会议在重庆召开，沈钧儒作为民主同盟救国会的代表出席会议。会议期间他与中共密切合作，相互配合，经过各民主党派及进步力量努力，会议通过有利于人民，而不利国民党一党专政的政治改组，和平建国纲领等五项议案。沈钧儒等人的正义行动，国民党反动派对此恨之入骨。大会于2月10日闭幕，就在重庆各界在较场口举行“陪都各界庆祝政协成功’大会时，突然被一群国民党特务暴徒所捣乱、李公朴、郭沫若及新闻记者数十人被打伤。沈钧儒自然成为特务们攻击的对象，特务见到他时叫嚣“打死他”。就在这千钧一发之际，朱学范的汽车经过，沈钧儒跳上汽车，方脱离险境。事后他没有躲避而是亲自到医院慰问受伤的朋友，使大家信心倍增。根据政协安排，他到上海工作。就在到沪当天他便向新闻界披露较场口惨案真像，批判蒋介石的无耻行径。
1946年5月国民政府还都南京，中共代表团和民盟总部也从重庆迁到南京，南京和上海成为全国民主运动的中心。6月上海10万群众举行要求和平的游行示威，并推出马叙伦、雷洁琼等10人前往南京请愿。当代表来到南京下关车站时遭到国民党特务的围攻和毒打，时间长达4小时之久。事发后沈钧儒和救国会的陶行知、史良等人致电被打志士：“先生等为和平奔走，竟遭毒手，全国人民同声愤慨，钧儒等一息尚存，誓必为先生后盾，不达永久和平不止。”7月间，李公朴、闻一多在昆明先后被国民党特务暗杀，这一个接一个惨案的发生，令沈钧儒愤怒至极，他写道：“杀一二人而欲天下再不会有三四人，以至百千万人，那真是梦想。”同时也使他越来越认清国民党的反动本质。
1946年6月国民党反动派撕毁政协决议，进攻中原解放区，发动全面内战，并在11月捍然召开伪国民大会。民盟发表声明，抵制和拒绝参加伪“国大”，只有极少数民社盟员违反盟约参加伪“国大”。民盟立刻宣布将这些人开除出籍。沈钧儒和民盟为维护民主进行积极工作，1947年国民党政府宣布民盟为“非法团体”，使之停止公开活动。同时对沈钧儒进行恐吓和施加压力，逼其屈服。沈钧儒决定离开上海到香港继续工作，然而要离开决非易事。特别是他的胡子很是显眼，为了能到香港开展工作，他宁愿牺牲心爱的胡子。后来经过周密的部署，他乔装重病人，戴个帽子，又戴个大口罩把胡子掩盖起来，由护送的同志搀扶从容上船。到香港后他逢人就会轻轻捻抚斑白的美髯，微笑着说：“这胡子还是保存下来了。”言语间表露出一种决不投降国民党反动派的胜利者的神态。
到香港后沈钧儒和章伯钧马上着手恢复民盟工作并于1948年1月主持召开民盟三中全会。会议决定与中国共产党合作，共同推翻蒋介石独裁统治，并驱逐帝国主义在华利益。此次大会是民盟与美蒋反动派彻底决裂，从“中间路线”走上革命道路的转折点，为民盟历史掀开新的一页。
随着解放战争形势迅猛发展，1948年5月1日中共中央发布“五一”劳动节口号，号召各民主党派，各人民团体及社会贤达，迅速召开政治协商会议，成立民主联合政府。9月29日沈钧儒和章伯钧等在中共驻香港代表潘汉年帮助下，乘船离开香港到达东北解放区哈尔滨，参加新政协筹备工作。
1949年1月北平和平解放，2月各民主党派、民主人士的代表从四面八方汇聚北平，筹备新中国成立各项事宜。2月25日沈钧儒、郭沫若、李济深等到达北平。周恩来、董必武、林伯渠到车站迎接。此刻车站鼓乐喧天，群情激昂，这时只见有几个年轻人异常兴奋族拥而上，将最受人们敬仰的两位老先生抬起来，一位是郭沫若，一位就是沈钧儒。被抬得高高的沈老如神话中的南山老寿星，这时人们看到在他眼中闪着激动的泪花。是的，经历过晚清、北洋军阀时期、国民党统治时期，终于看到人民当家做主的时代，怎么不令他兴奋令他高兴呢？
6月，沈钧儒作为民盟代表出席新政协筹备会。9月下旬，出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，他并被选为人民政协全国委员会副主席和中央人民政府委员。10月1日中华人民共和国成立，他被任命为最高人民法院院长。
中华人民共和国成立，人民当家做主站立起来。自己所热爱的祖国终于屹立在世界东方，这怎么不令他激动，此时沈钧儒已是70岁的老人了。然而，他确感到自己像青年人一样充满活力，他要在有生之年，为祖国为入民多做工作。解放初期他对于建立人民的法制体系，巩固人民民主专政作出了很大贡献。1954年又参加中华人民共和国第一部宪法起草工作。当第一部宪法草案公布后，他非常高兴：“宪法，真正人民的宪法，决不是容易得来。”“我从前清以来，就从事宪政运动，在历次运动中不知花了多少心血，结果都是枉费心机。今天在党的领导下，才见到社会主义的宪法，是真正人民的宪法，是真正民主的宪法。”这更坚定了他对中国共产党的认识，同时也希望能成为共产党一分子，1957年他郑重写信给董必武表示要求入党的愿望。1962年9月他再次提出入党请求。他说：“我身体精力已不如前，常常乏力，举步沉重，为了身后事，与你们说说，说明我的愿望。我很早就期望加入中国共产党……现在我仍恳求党加以考虑，如生前不能入党，希望在我死后追认为共产党员。”中共中央在接到沈钧儒的申请后进行了认真研究，认为他已具备人党条件。同时又考虑到他作为党外的共产主义者，鼓励团结广大党外朋友，就更有特殊的意义，其作用远比一名共产党员的作用还要大。于是以民主人士中的左派旗帜肯定沈钧儒的重大贡献。
沈钧儒一生嗜石成癖，在他的书斋里除图书外，还有几个书架陈列着许多大小不同，形状各异的石头。他对石头的喜爱程度，他儿子曾写道：”父亲对于石头喜爱程度，几乎跟对待自己的儿女差不多，每得到一块新的石头，一定要把它放在水里，亲自用刷子来洗濯，一洗再洗，把粘附在上面的污泥都洗掉，露出石头的本来面目。养在盆里的石子，他每天要替它换水。书桌上放着长满青苔的大石头。他常常亲自拿了一把水匙把清水慢慢地浇在上面，工作之外，一有闲暇的时间，就摩挲玩弄，乐此不倦。”抗日战争时期，沈钧儒曾为他的书斋命名为“与石居”。沈对石头的喜爱，实际是他一生刚正的写照。
1963年6月11日凌晨3时55分，沈钧儒在北京与世长辞，党和国家领导人刘少奇、朱德、周恩来、董必武、彭真等出席追悼会，董必武在致悼词中指出：“沈钧儒先生的一生，在中国人民革命事业中，特别是在中国人民民主统一战线中，作出了卓越的贡献。”他的一生从一个科举出身的进士成为一个伟大的民主主义者，进而成为杰出的党外共产主义战士，他是我们学习的榜样。
