但是步兵难于涉海，乘船又怕潮退搁浅，真是个难题。经过反复研究，戚继光作出了决定。他命令兵士们先准备了大量的草。9月6日凌晨，等海潮一退，士兵们把草铺在潮退后露出来的泥土上，踏着用草铺成的路，一步一步费力地向前行进。戚继光亲自在岸边擂鼓，以激励士气。队伍在行进中保持着鸳鸯阵的阵式，每百步一息，鼓声一起就开步走，鼓声一停就止步。最后，队伍冲上岛屿，以锐不可挡之势，打垮了守在岸边的倭寇，全歼了岛上的敌人。
戚继光在消灭了横屿的敌人后快马加鞭地行军，于9月27日到达福清县。倭寇有几万人集结在县城东南30里的大据点牛田。福清的老百姓看到戚继光时纷纷诉苦，历数倭寇的罪恶，请求他下令攻打牛田。戚继光说：“我兵远道而来，必须休息几天，养好精神，才能待机进攻。”
当夜二更，他就命令军队拔营，途中歼灭了从杞店派出的十多名倭寇探子，奔袭杞店，一网打尽了村内还在放心熟睡的倭寇。
敌人前来袭营，戚继光事先从一名俘虏口中知道了敌人的诡计，已事先布置好了伏兵。敌人一进入埋伏圈，他亲自率领伏兵出击，倭寇抵挡不住，有个头目从一个大口袋里拿出金银财宝撒在地上，想趁戚家军哄抢财宝的混乱之机逃脱，那知戚家军不顾财宝，只顾杀敌，首先就把这个倭酋一刀杀死了。接着，戚家军乘胜追击，一直攻到牛田，把盘踞在那里的倭寇打得落花流水。
牛田的残敌赶紧逃到林墩。林墩在兴化府（今莆田县）府城东面20里，四周有河，直通海上。戚继光在了解了林墩的敌情后，率师到达兴化府城。在黎明时，向林墩发动了总攻。敌人占据有利地形，破坏了桥梁，凭河据守，当明军涉水冲入村内时，还负隅顽抗。戚继光到双方打得最激烈的地方督战，他经过半天的浴血奋战，终于光复林墩，彻底消灭了这股倭寇。
戚家军在牛田和林墩二次战役中，共歼敌三千名左右，救出了百姓三千多人。戚继光收兵入兴化城时，当地官员百姓出城远迎，送上的彩旗和慰劳品布满了街道。戚继光拒绝接受对他个人的祝贺，他说：“士卒伤亡，我何忍受贺？”他亲自看望伤兵，抚恤阵亡者的亲属，素服哭祭阵亡士兵。
人民为了纪念戚继光领兵灭倭、卫土保民的大功，兴化人士就在戚继光到过的平远台，立碑纪念。后来，戚继光班师回浙，路过福州，当地的官吏和百姓热烈欢迎。福州城里有个醉石亭，据说就是当年宴请戚家军的地方。戚继光回浙江后，朝廷因他援闽有功，将他由参将升为副总兵，负责浙江、福建两省部分地区的海防。
盘踞在福建的倭寇很多，被戚家军歼灭的只是一部分倭寇。戚家军回浙后，剩下来的倭寇马上蠢动起来，于1562年12月间攻陷了政和（今松政县境内）和寿宁两个县城，并包围了兴化府城。广东总兵官刘显奉命援救兴化，挑选了八名士兵去联系。倭寇在半路上截杀了这八名士兵，剥下他们身上的军衣，让寇兵伪装成明兵，混入了兴化城。半夜里，那些伪装成明兵倭贼杀死了守城的士兵，预先埋伏在西城外的大队倭寇，趁机袭占了兴化城。倭寇在城内烧杀淫掠，干尽了坏事，后来风闻戚家军要来，他们慑于戚将军的威名，退出兴化城，攻占了在城东90里，地处海边的军事据点平海卫。打算守不住城时，可以从海上顺利逃走。
兴化城陷落后，嘉靖皇帝任命俞大猷为福建总兵官，令戚继光再度率师援闽，同时任命谭纶为福建巡抚，全面主持福建军事。戚继光先在浙江募兵，将戚家军补充至万余人，然后日夜兼程赶到福建。
谭纶召集俞大猷、刘显和戚继光商量作战部署。戚继光自告奋勇，要求担任中路的主攻任务。谭纶表示同意，并让刘、俞所部分任左右两翼。到了明军进攻平海卫时。戚家军先用火铳猛烈射击，打得倭寇的第一线骑兵四散乱窜，接着以雷霆万钧之势，攻垮了敌人作为第二线的步兵。左右两翼及时配合，截杀四处逃窜的倭寇。明军此仗歼敌两千四百多名，救出百姓三千多人，一举收复了平海卫。随后又收复了政和、寿宁两城，救出百姓三千多人，胜利的结束了战斗。
戚家军在收复平海卫等地中战功最大。谭纶在上报战绩时，称赞戚继光“用兵如神”，敌“畏之如虎”，是古今罕有的名将。
倭寇占据平海卫时，曾将抢掠到的大量金银财物运回本国，引来大批倭寇窜来福建。平海卫战后不久，福建沿海的倭寇变得更多了。朝廷在谭纶的竭力推荐下提升戚继光为总兵，镇守福建全省兼浙江的部分地区。
1563年11月21日，倭寇两万多人，开始围攻福建仙游县城。戚继光当时手下兵力不多，他一面从各地调遣兵力，一面不时派小队伍袭击围城的敌人，以削弱敌人攻城的势头，又派人在夜里穿过敌垒之间的空隙，把守城所急需的火药缒送入城。
倭寇求胜心切，趁着大雾弥漫的天气，用吕公车猛攻仙游城。吕公车是一种攻城工具，比城墙还高，前左右三面围上好几层竹木，再用湿棉毡裹住，不怕飞箭火铳，靠近城墙时，可用跳板登城头。就在吕公车逼近城墙，情况十分危急之际，戚家军突然出现在阵地上。原来，戚继光经过充分的准备，在这天发动了对敌歼灭战。戚家军利用大雾掩护，直奔城下，杀得倭寇分不清东南西北，全部摧毁了县城四面的敌人营寨，歼敌两千名左右。此后，又经过同安县王仓坪、漳浦县蔡丕岭等地的歼灭战，福建的倭患就基本上肃清了。跟倭寇勾结多年的广东“山贼”吴平，被迫向当时的广东总兵官俞大猷投降。后吴平贼心不死，又纠集万余人，劫掠广东沿海地区。1565年（嘉靖四十四年）2月问，俞大猷会同戚继光，水陆并进，消灭了吴平的匪部。
这时，经过多年的英勇战斗，为患中国东南沿海多年的倭患终于基本上平息下去了。在这场艰巨的斗争中，戚继光和他率领的戚家军，在中华民族反抗外来侵略的历史上写下了光辉的一页。
镇守蓟镇明朝此时南方的倭患基本上肃清了，而在北方，蒙古各部封建主割据势力经常南侵。明朝的北疆很不安宁，1567年1月间，嘉靖皇帝死去，穆宗（1567—1572年在位）即位，改年号为隆庆。这时，精明有为的张居正进入内阁，和高拱等共同执政，他们决心加强北方的防务。就把在平倭军事中表现突出的两广总督谭纶和福建总兵戚继光调到北方任职。
戚继光被任命为京师神机营副将。三个月后，由于新任蓟（州）辽（东）总督谭纶的推荐，戚继光改任蓟州总兵。
蓟州镇是明代北方九镇（或称九边）之一。明朝中央政府为了防范蒙古骑兵南下，沿着长城，设置了九个军事重镇。该镇防守从山海关到居庸关附近的长城线地区，拱卫着京师，是九镇中最重要的一镇。戚继光到任后，立即整顿和训练军队，并派人到浙江招募鸟铳手。第一批所募浙兵三千人，大都是戚继光的旧部，经历过平倭作战的锻炼。他们到达蓟镇时，碰上大雨，为了等候戚继光检阅，冒雨列队在郊外，从早晨站到中午，始终没有动一步。当地军队看了，十分钦佩。浙兵陆续添募，成为蓟镇军队的一支骨干。到1573年时，蓟镇主兵（本镇军队）扩充至九万，连同来蓟戍守的外来客兵，共有士兵16万多人。在戚继光严格的训练下，蓟镇军成为全国有名的“王牌军”。
戚继光还依据当地地形和防御骑兵进攻的需要，总结过去的经验教训，制订了车、步、骑兵配合作战的战术。他认为：抵御骑兵，应以车战为主，兵车上配备火箭、鸟铳等武器以及远的火力武器。步兵随兵车行动，兼用鸟铳、刀枪、长棍等武器；骑兵担任侦敌、袭击、追击等机动任务。作战时，战车环列四周，掩护着步骑兵。如敌骑冲来，先以兵车上的火器射击。还创制一种有锋刃的拒马器，布在阵前，使敌骑不利于行。敌人逼近时，步兵出战；敌人退却时，骑兵追击。这种战术，使敌骑难以施展纵横驰骋的长处，而明军的各种武器特别是火器可以发挥巨大的威力。为此，他大造战车，建立军营。
戚继光到蓟镇后，多次指挥了胜利的防御战。
1569年1月16日（隆庆二年除夕），朵颜部首领董狐狸率领部众，攻打蓟县东北青山口一带的长城。
戚继光领兵击退了董狐狸。这是第一次战斗。
此后董狐狸和他的侄子长昂多次率众南下，都被戚继光派兵击败。1575年3月上旬，董狐狸的兄弟长秃率众南犯，被戚继光部所活捉，董狐狸和长昂看打不过戚继光，表示愿意归附。戚继光亲往长城的喜峰口，当场释放了长秃，允许朵颜部到长城的一些关口进行贸易。董狐狸和长昂向戚继光请罪，把俘掠去的汉民放了回来，并起誓不再南下抢掠。
蓟镇在戚继光镇守期间，一直维护了和平的局面，使当地人民得以安居乐业。
蓟镇曾经长期遭受鞑靼、朵颜等部的攻击，明朝政府为此撤换过许多守边的大将。戚继光任总兵后，大大地加强了蓟镇防务，也保障了京师的安全，因此一再受到朝廷的奖励。1574年春，他由右都督晋级为左都督，这是武臣的最高官级。
去职还乡时间飞逝而过，一晃戚继光在蓟镇已经呆了16年，他也由壮年进入了老年。这时朝廷的人事发生了变故，推行改革的名相张居正被罢相。由于他一贯为官正直，为张居正所重用，因此，张居正没有担任丞相后，有的人觊觎蓟镇总兵的职位，在背后散布流言蜚语，污蔑戚继光，企图取而代之。
有个叫张鼎思的给事中，竟上疏胡说戚继光只是过去在南方打过胜仗，而到蓟镇后就显不出什么能力，也没有建立什么功绩，应该调到南方去。万历皇帝是个昏君，他竟然叫内阁拟了一道诏旨，把戚继光调离蓟镇，改任广东总兵。消息一传开，许多蓟镇父老乡亲到京城，请求朝廷让他留任，但是没有被批准。戚继光离任那天，蓟镇居民为之罢市，哭泣相送。他依依不舍地告别了相处16年的蓟镇军民，南下广东。
戚继光到了广东，眼看全省军备废弛，立即着手制订加以整顿的计划。与此同时，他感到自己年纪大了，也应该抓紧时间，整理过去的著作。他一生过着紧张的军事生活，但是从未间断过读书和写作。他写了不少诗文，1573年在蓟镇时编为《止止堂集》，这时又加以删补。人们读到他的慷慨亢健的诗篇，还可以想见这位一代名将的雄风英姿。当然，他的主要著作是两部不朽的军事名著：1560年（嘉靖三十九年）开始编写的《纪效新书》和1571年（隆庆五年）写成的《练兵纪实》。到了广东，他对早年写的《纪效新书》进行了一番校订，并且予以刻印。《纪效新书》是他在浙江任参将时抗击倭寇的经验总结，也是他训练士兵的军事教材。他把实地训练士兵的条目汇编成册，在难懂的地方加上图解，使得军官和士兵们都容易理解。《练兵纪实》概括了他在蓟镇期间的军事经验，除了讲训练和教育士兵，还就培养和使用将士提出一整套的理论和方法，又针对北方作战的特点，制订了车、骑、步兵配合作战的原则和措施。戚继光通晓古代兵法，同时又不墨守成规。他通过总结自己的实践经验，因此能在古代军事学的基础上有所创新。他的两部军事论著，都是我国古代军事方面的重要著作。是他留给我们的宝贵遗产。
1585年（万历十三年）冬天，戚继光感到在朝廷和地方上得不到以前那样有力的支持，还要提防一些小人对他的暗算，于是上奏请求退职，朝廷同意了他的要求，于是他回到了山东故乡。许多有识之士为这位当代罕见的将才的退休感到惋惜。两年之后，御史傅光宅上奏皇帝，建议重新起用戚继光，为朝廷所拒绝，戚继光于1587年12月29日（万历十五年二十月一日）突然发病与世长辞，享年60岁。
戚继光是我国历史上著名的民族英雄和杰出的军事家，平定倭患，保卫海疆，为民族为人民建立了巨大的功勋。
