连续发生的变故，像噩梦一样缠着珍妃。惊魂未定的她，原以为一切都已经结束了。没想到，还有比这更坏的事情。
同年，隆裕皇后也想在光绪面前说情，为舅舅谋福州将军的缺。为了保证事情万无一失，她想到光绪最宠爱的是珍妃，便希望珍妃为她出面。珍妃出于各种考虑，认为自己不方便出面，于是对隆裕皇后说：“谁去说都是一样”。对珍妃的回绝，隆裕大感意外，认为珍妃根本没有把她这位“六宫之尊”放在眼里，不由得恼羞成怒，跑到慈禧那以恃宠卖乖、欺压皇后的罪名告了珍妃一状。慈禧听后勃然大怒。隆裕皇后是自己的亲侄女，她能当皇后，很大程度上是自己的意思，不敬皇后就是不敬太后。
就在这一年，中日甲午海战爆发。甲午的战败以及近代史上著名的不平等条约《马关条约》的签订，都极大地刺激着光绪。痛定思痛，光绪对维新思潮的热情越来越高，在言语中多次透露希望中国能够效法日本明治维新，通过改革从此走向富强，这让珍妃也激动不已。珍妃素来深受老师文廷式维新思想的影响，在私下里与光绪讨论时，是倾向于希望光绪采纳主战派意见的，她支持光绪在国家治理上更多地发表自己独立的意见。
时间一长，光绪、珍妃和慈禧的矛盾越来越深。也使他们和以李鸿章为首的主和派对立起来。
不久，文廷式和珍妃的堂兄志锐上奏光绪，公开批评李鸿章在与日本作战中没有尽自己的全力，对日态度过于软弱，致使北洋海军全军覆没。说到李鸿章，目前有一种“很新”的观点，认为在战场上失败的情况下不可能指望李鸿章能在谈判桌上争取到好结果。其实这观点并不新，列宁早就说过：战争是政治的继续。政治是不流血的战争。
问题是，由李鸿章创建并辖制的北洋水师是全力以赴地投入了中日之间在19世纪90年代中期的这场殊死战斗了吗？那么多的北洋军舰不是在水战中被击沉，而是躲在威海卫被日军掠走，李鸿章对此难道就不该负一些责任吗？志锐对李鸿章的弹劾，既让珍妃钦佩，又为此举担忧。
因为珍妃非常清楚，李鸿章的消极避战，固然有他自己想自我保全的思想作怪，也跟慈禧的指示密不可分。一直以来，慈禧都抱有一丝幻想，希望“以夷制夷”——利用日俄矛盾来对付日本越来越大的野心，不希望与日本产生正面冲突。另外，甲午海战失败也和军需银两被挪用修建颐和园有关。慈禧当年为了自己六十大寿，执意要动用海军军费重修在1860年被英法联军毁掉的圆明园，当时遭到了光绪和翁同极力反对，但是也无济于事。因此，现在志锐这份措辞严厉的奏章不仅得罪了李鸿章，实际上也得罪了慈禧。擅长权术的李鸿章授意其心腹，御史杨崇伊上奏光绪，说文廷式企图支持珍妃取代隆裕皇后、支持皇帝亲政。这个奏折触到了慈禧的心病。
光绪自4岁入宫始，就一直在慈禧的控制下。即使在所谓的“亲政”之后，掌管实权的依然是慈禧。不论是国内外重大政治事件的定夺，还是主要官员的任免、考核、奖惩，都需要先请示慈禧。直到戊戌维新时期，光绪不过是空有皇帝的虚名而已。
光绪后来推行变法，主观上固然是要变法图强，抵御外辱，客观上也会削弱慈禧的权力。这一敏感的话题使慈禧想到，至锐、文廷式胆量如此之大，无非是杖着珍妃的关系，珍妃如此胆大，无非是以为皇帝喜欢她。想到这里，慈禧对文廷式、志锐和珍妃充满了怨气。她于是借这个由头，对这三个人一一加以贬斥。
而李莲英在珍妃宫中搜到文廷式的书信，“内多指斥之辞”，遂下旨以“交通宫闱，扰乱朝纲”的罪名，将文廷式革职，赶出毓庆宫，永不录用；将志锐贬职，由礼部侍郎调任为偏远的乌里雅苏台参赞大臣。慈禧认定珍妃想要取代自己钦定的皇后，决定严惩珍妃。
据当年《故宫周刊》“珍妃专号”的白姓宫女回忆：“后本慈禧之女，平日有对后不敬者，慈禧严刑责罚，谓正宫中体制也。今闻忤后者，乃素不善之珍妃，其愤怒之状，较之平日之十倍而不止。”当时慈禧居住在南海仪銮殿，她把侍奉珍妃的宫女、太监等叫到仪銮殿，当面询问珍妃平日的起居状况，“叱咤备至，凛不可犯”。
慈禧的严厉使太监非常恐慌，但仍坚持说珍妃平日恭谨，并无任何越理违规之处。慈禧太后听后勃然大怒，怀疑太监私下拿了珍妃的好处，为珍妃隐瞒了实情。于是命令掌刑太监杖责，打得珍妃宫里的太监皮开肉绽，但是那太监始终不肯招认。当时珍妃也被叫到一旁陪审，慈禧看撬不开下人的嘴，便把怒气全都撒到了珍妃身上，命掌刑太监掌嘴珍妃，逼珍妃招供。
珍妃出身名门，平日又深受皇上宠爱，何曾受过这种委屈，羞愤难当，但也没有说出让慈禧认定的罪状。
在《国闻备乘》当中，慈禧曾就买官一事责问珍妃：“他事犹可宥，汝宁不知祖宗家法而黩货若此。谁实教之？”珍妃反唇相讥道：“祖宗家法亦自有坏之在先者，妾何敢尔？此太后之教也。”一语戳中了慈禧的软肋，让慈禧气结于胸。
同治死后，本应从下一代的溥字辈中挑选新君，但那样的话，慈禧就成了太皇太后，再没有资格垂帘听政了……慈禧本来就理不直，珍妃的顶撞让她当场难堪。试想这紫禁城内，有谁能违背她的意志？于是下令对珍妃“袒而杖之，降贵人”。什么叫“袒而杖之”，说白了，就是脱了裤子赤身露体地挨板子，不仅肉体遭受酷刑，而且人格也要遭到极大凌辱。别说是在皇宫内院里，就是寻常百姓家有几个婆婆能跋扈到当众剥了裤子打媳妇的地步？至此慈禧仍不肯善罢甘休，还立刻夺了珍妃和姐姐瑾妃的封号，均降为贵人，同时马上要求光绪发布了正式的上谕，宣称此举是为了“以示薄惩，而肃内政”。
不久，慈禧设禁牌两块。一块专为珍妃、瑾妃而设，谕曰：“光绪二十年十一月初一，奉皇太后懿旨：瑾贵人、珍贵人着加恩准其上殿当差随侍，谨言慎行，改过自新。平素装饰衣着，俱按宫中规矩穿戴，并一切使用物件不准违例。皇帝前遇年节照例准其呈进食物，其余新巧稀奇物件及穿戴等项，不准私自呈进。如有违例，重责不贷。特谕。”为了帮助隆裕树立威信，慈禧还特意为隆裕做了一块禁牌：“光绪二十年十一月初一，奉皇太后懿旨：皇后有统辖六宫之责，俟后嫔妃等如有不遵家法，在皇帝前干预国政，颠倒是非，着皇后严加访查，据实陈奏，从重惩办，决不宽贷。钦此。”显然希望借此事帮助隆裕树立六宫中的绝对权威，借隆裕更好地管束珍妃。
此事涉及的人数众多，光前后打死的太监就有六十余人，一时间宫内气氛萧瑟。珍妃当天回宫后，“哀毁异常”，她心灵所受的伤害、摧残远远超过了肉体，对她来说就差一个死字了。
当时慈禧不想因此与光绪的关系弄得太僵，转而又送给珍妃八盒食品以示自己的宽大。
对珍妃来说，别说是八盒食品就是八十盒、八百盒也不可能抚慰一颗受尽凌辱、摧残的心……喜怒无常的慈禧到了第二天，突然下令到同豫轩去看看。
路上看到一个太监没有穿符合礼制的袍子便勃然大怒，命令随从杖责。但当时宫杖没有带在身边。慈禧余怒未消，居然命令下属用所乘轿的轿杆将这个可怜的太监打得死去活来。等到她到了同豫轩，才知道已经在那里候驾的皇后隆裕、珍妃、瑾妃都因听说慈禧今天又大发淫威而惊吓得昏厥过去，且“僵而不苏”。慈禧派人去瀛台告诉光绪，想看看光绪的反映。
光绪早就听说头一天的事了。对慈禧派来的人说：“死就死了。”并赌气地说即使都死了，以后也永远不再立后。
光绪的表态很耐人回味，本来是后、妃被吓昏，他却特意提到皇后，所谓不再立后的隐台词就是：即使皇后被吓死，对他也无所谓……虽然一年以后，恢复了珍妃的封号，但是她非常清楚，举步维艰的宫廷生活的开始。
宫廷中的政治斗争不允许弱者犯错，每一次大意都是致命的。珍妃从小的生活环境没有教会她怎样如履薄冰、如临深渊的生活，没有教会她向强权低头、仰人鼻息的为人，也没有教会她察言观色、进退自如的做人。她的导师文廷式从小为她灌输的维新思想，而且她已经把这些都刻印在每根神经上，不像她的姐姐仅仅是听听而已。
珍妃的性格及思想倾向，既使她能同光绪情投意合，又造成了她的人生悲剧。古老、枯朽、闭塞的紫禁城，容不下一个鲜活的、有生气的、有维新意识生命的存在。珍妃与慈禧更大的冲突——面对中国政局凄风苦雨的不同选择，不可避免地爆发了。
