于是，林彪向中央提出召开军委扩大会议讨论政治思想工作。1960年9月，军委扩大会议召开了。林彪以总政没有在此前的全军政治工作会议上传达布置“三八作风”为借口，指责总政工作不力。总政治部宣传部部长姜思毅表示总政开展的文化学习是经过毛主席批准的，林彪听了之后非常恼火。谭政没有顺着林彪的话发挥，反而支持姜思毅，而这很快为他惹来祸端。几天之后的扩大会议很快就成为批判谭政的会议，谭政所作的《关于加强政治思想工作的报告》被说成“仍与军委和林彪同志唱对台戏”进而遭到批判。
9月22日，在林彪的亲自示意下，批判谭政的斗争开始升级，不但涉及谭政，而且把总政治部的两个副主任甘泗淇、傅钟也牵扯了进来。而且，会议把之前军委扩大会议上谭政对彭德怀、黄克诚的消极批判的旧账翻了出来，指责谭政是“彭黄军事俱乐部”的政治部主任。会上有人提出，1944年，谭政作的《关于军队政治工作问题的报告》是毛主席的著作，谭政署自己的名字，是捞取政治资本。谭政被包抄围攻，竭力辩解也无济于事。
随后，军委扩大会议通过了《关于谭政同志错误的决议》，谭政的“问题”被上纲上线，他被指责为反党、反毛主席、反毛泽东思想、抵制新军委和林彪。谭政没有想到，他充其量对林彪某些“左”的做法提出一些看法，有不同意见，1960年军委扩大会上，毛主席与谭政等人交谈。然而，这些都成了他的罪名。
不久，谭政被撤销总政部主任职务，降为副主任。一些同志也受到连累，总政组织部部长刘其仁被降为副部长；总政宣传部长姜思毅被降为副部长；总政秘书长白文华、解放军报社社长欧阳文被调离工作岗位。经毛泽东批准，谭政还被撤销军委常委、军委办公会议成员和中央书记处书记职务，行政上降两级。
谭政受到不公正的处分后，罗荣桓重新任总政治部主任。对谭政的处分，罗荣桓虽然有不同看法，但由于是经毛泽东批准，也无能为力。罗荣桓曾说，谭政跟毛主席那么多年，毛主席了解他，谭政怎么会反毛主席呢？
面对既成的事实，罗荣桓只好劝说谭政，从大局着想，振作精神，抬起头来继续工作。然而，一个戴着反党反毛主席的帽子，怎么做政治机关工作呢？在罗荣桓的安排下，谭政下到基层进行调查研究。谭政来到江西九江的基层单位，蹲点调查，写出了有关民兵工作的调查报告。他没想到，这个来自基层的真实情况调查，送交毛泽东，不久就被林彪指责为与毛泽东“民兵三落实”指示相对抗，再次受到严厉批判。这一事件出现后，中央决定谭政退出军队，做一些其他事情。
谭政从九江蹲点回京不久，中共中央就决定调他去福建任第五位副省长。1967年冬，新的灾难又一次降临到他的头上。福州的一群造反派学生，深更半夜闯入谭政家中，把他捆绑起来，押解到北京。随后，在各总部、各军兵种及各院校，谭政与彭德怀、黄克诚等一起，轮番接受批斗和拳打脚踢。从此，谭政开始了长达8年的监禁生活。林彪事件败露后，一些冤假错案得以平反昭雪，一批被错误批判、迫害的开国将领得以解放。在一次会议后，谈起被关的老干部，毛泽东问了一句：“那个谭政哪里去了？”而这一句话救了谭政，他被从监牢里放了出来。
谭政放出后，先是住在中组部招待所，长时间生活上没人过问。老同志、老朋友前来看他，谭政一见面便失声痛哭！一次，之前的秘书前来看他，他对秘书说自己还想有点事情做，秘书就建议他给叶剑英副主席写封信，汇报汇报情况。第二天，谭政就给叶副主席写了一封短信。叶剑英接到谭政的信，把它批给了已经主持中央军委工作的邓小平。邓小平作了批示，又把这封信转给了毛主席。经过毛主席同意，谭政被任命为中央军委顾问，对他所受的政治迫害予以平反。谭政大将又穿上了久别的军装，恢复了往日的荣誉。
毛泽东：我就是看上了你这个“旱鸭子”
萧劲光被授予大将军衔时，担任着海军司令员和国防部副部长的职务，而此时已经是他担任海军司令员的第五个年头了。1949年10月中旬，衡宝战役的硝烟还未散尽，身为中国人民解放军第十二兵团司令员的萧劲光，在长沙突然接到中央军委的急电。电报急令萧劲光赶往北京，毛泽东要召见。在参加革命几十年风雨征程中，萧劲光有幸多次与毛泽东一起共事，说得更确切是在毛泽东的领导下工作。特别是在土地革命战争的艰苦岁月，在同“左”倾机会主义斗争中，两人结下了深厚的友谊。如今，这位老乡、兄长兼救命恩人，已经成为了新开国的人民共和国主席。回想起中央苏区五次反“围剿”那不堪回首的岁月，真是往事如烟……
但是，眼下这位日理万机的兄长要召见自己干什么呢？萧劲光装着满腹疑问赶到了北京。
北京，中南海。毛泽东办公室。
清晨，一夜未睡的毛泽东用他那略带疲倦的目光打量着这位风尘仆仆赶来的战将。从主席那神态上看，萧劲光已经感觉出毛泽东要点他的将。
毛泽东开门见山地说：“解放全国的作战任务虽然还相当繁重，但是，组建一支空军和一支海军的任务，已经提上议事日程。空军的筹建工作已经差不多了，中央决定让刘亚楼去当司令员。现在要着手筹建海军，我们想让你来当司令员。今天先给你打个招呼，并听听你的意见。”
对于当海军司令，搞海军，萧劲光是既无准备，又无基础，便坦率地说：“主席，我是个‘旱鸭子’，又不懂得海军，哪儿能当海军司令员？我晕船挺厉害，连海船都坐不得……”
毛泽东笑着说，“我就是看上了你这个‘旱鸭子’，是让你去组织指挥，又不是让你成天出海！”略停顿一会儿之后，这位运筹帷幄的统帅意味深长地说：“二十多年来，我们和日本鬼子打仗，和国民党反动派打仗，都是钻山沟，主要在陆地上。现在要建设海军、建设空军了，派谁去当司令员呢？你俩懂得我军的传统，又在苏联学习过。我们建设海军、空军，要向苏联学习，要依靠苏联帮助。你们会俄语，又比较了解苏联军队，我看，选定你们来当司令，还是合适的。”
按照惯例，毛泽东的决定很少有更改的，尤其是在调兵遣将方面，萧劲光十分了解自己这位兄长的秉性。
1950年1月12日，中央军委正式发布命令，任命萧劲光为海军司令员。萧劲光接到命令后，于同月底正式移交工作，离开长沙到北京，开始组建新中国最年轻的军种。
海军筹建伊始，工作千头万绪，困难自不待言。本着建军先建校的原则，首先在大连筹建了海军学校，萧劲光亲兼校长和政治委员。与此同时，他抓紧调查研究，先到已成立半年多的华东军区海军了解情况，后到山东青岛、威海等地察看，很快掌握了当时全国拥有的主要是接收国民党海军起义、投诚的几十艘旧式舰艇及其装备情况。他几次向毛泽东汇报组建情况与设想，并经毛泽东拍板确定海军领导机关设在北京。随着抽调的十二兵团部分机构和干部陆续抵达北京，他抓紧海军领导机关组建的各项工作，先后成立了司令部、政治部、后勤部、卫生部，并于4月14日经中央军委同意在协和医院礼堂召开了海军领导机关成立大会。会上，萧劲光针对大家普遍关心的问题，即我们要建立一支什么样的海军和如何建设海军作了讲话。他说：“我们要建立的是一支自卫的、防御的海军。这固然要重视物质条件的建设，要想方设法解决武器装备，建设基地、码头、阵地；但同时还要重视建政治、建思想、建作风，要从各个方面打好海军建设的基础。”会议宣布海军领导机关正式成立。从此，中国人民解放军有了一个新军种，管理和指挥全国各地海军有了一个统一的领导机构。
海军领导机关成立后，急需确定海军建设的各项大政方针。经过一段时间的准备，萧劲光于1950年8月11日至30日，主持召开了海军组建后的第一次重要会议——海军建军会议。会上，大家以1949年秋天毛泽东为华东军区海军的题词：
“我们一定要建设一支海军，这支海军要能够保卫我们的海防，有效地防御帝国主义可能的侵略”和在全国政协第一届全体会议的开幕词中所指出的“我们将不但有一个强大的陆军，而且有一个强大的空军和一个强大的海军”为总的指导方针，讨论研究并制定海军建设的具体方针、路线及三年建设计划。对于海军建设的方针，萧劲光在集中与会同志意见的基础上提出：“我们在三年内不可能建设大型的海军，只能建设一支现代化富于攻防力的精干的轻型海军力量。”此后不久，又进一步完善为：“从长期建设着眼，由当前情况出发，建设一支现代化的、富于攻防力的、轻型海上战斗力量。首先组织和发展现有力量，在现在力量的基础上，以发展鱼雷快艇、潜水艇和海空军等新的力量，逐步建设一支坚强的国家海军。”这就为海军的早期建设制定了一条明确具体的方针。对于海军建设的组织路线，这次会议提出了“在共产党的绝对领导之下，以工农为骨干，以解放军为基础，吸收大量革命的青年知识分子，争取团结和改造原海军人员，建设人民的海军”。这条组织路线的提出及其贯彻落实，为海军创建时期的组织建设和思想建设起了重要指导作用。
为了贯彻落实好海军建设的方针，打好海军建设的基础，萧劲光在一次海军领导人会议上，以形象的语言，将当时海军业已开始的打基础的工作概括为打好海军建设的三个桩子，即组织桩子、思想桩子、技术桩子。
在打好组织桩子方面，首先是建立健全各级和各方面的组织机构。为了筹建青岛基地，萧劲光两次到青岛地区察看。回到北京后，他给毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、聂荣臻等中共中央和中央军委总部的领导写信，汇报察看青岛地区情况和筹建基地的设想。他在信中说：“青岛是商港，同时又是华北最重要的军港。青岛海港的各种设备，如码头、仓库等，基本上未遭破坏，且较优良，但是海防可以说没有，海上全无屏障。”他建议尽快建立青岛基地和几所学校，并拟制了青岛地区海防计划和组建基地、学校的组织编制表。萧劲光的建议很快得到批准。同年9月9日，中央军委发布了成立青岛基地的命令，设在青岛地区的海军航空学校、炮兵学校、鱼雷快艇学校也陆续开学。11月2日，中央军委命令，成立中南军区海军领导机构。华东、中南军区海军和青岛基地的成立，为后来成立的东海、南海、北海三个舰队筑成了雏形。在组建海军各级组织机构的同时，从陆军调来的干部战士，从地方院校招收的青年知识分子，还有从各地征集的原国民党海军人员，很快陆续充实到海军各级机关和部队。
对于政治思想桩子，萧劲光尤为重视。他强调说：“这个桩子如果不打牢固，就不可能在统一的意志下进行工作，党的建军路线、方针和任务，也就不可能得到正确的执行，组织建设、技术建设也就没有保证。”为了打好政治思想桩子，萧劲光和海军其他领导人首先抓了部队的团结问题。海军人员来自四面八方，其中从陆军来的“新海军”与原国民党海军人员的“老海军”之间矛盾较为突出。有的“老海军”认为自己有文化、懂技术，瞧不起从陆军来的“大老粗”；有些从陆军来的同志则认为，原海军人员是“手下败将”，打仗还得靠我们。因此，这两部人的团结就成了一个突出的问题。为了解决好这一问题，萧劲光和海军其他领导人几乎每次会议、每到一处，都要突出地强调搞好团结。在青岛基地成立时召开的师以上干部会议上，他强调指出：“团结出了问题谁负责？我看上级要对下级负责，党员要向群众负责，军队要向地方负责，老的要向新的负责。当然，每个人自己也要负责，要作自我批评。”由于上下都很重视，使这一问题得到了较好的解决。解决事业心的问题也是打好政治思想桩子的一项重要内容。从陆军来的同志开始绝大部分不大安心在海军工作，认为调到海军是“逼上梁山拖下水”。有的说：“舰艇就像巴掌大的一块地方，在海岛也是抬头是天低头见水，海军生活太单调。”针对这种思想状况，萧劲光在海军部队中大力加强爱国主义和革命英雄主义教育，提出了“守卫海洋国土，是我们最神圣的任务”、“热爱海军，征服海洋”、“把荒岛建成乐园”、“以海洋为家、以舰艇为家、以海岸和岛屿为家”等响亮口号，激励部队广大指战员树立热爱海军、长期为海军建设事业奋斗的思想。此外，一系列的政治工作制度也相继建立。舰艇建立了党支部，设立了政治委员。还针对海军技术装备复杂的特点，强调把政治思想工作做到技术业务工作中去。尤其是由萧劲光提出、在海军部队开展的立功创模活动，极大地调动了广大指战员扎根舰艇、岛屿，建设人民海军的积极性。通过这一系列的工作，为海军部队打下了坚实的政治思想基础。
对于技术桩子，萧劲光在1951年的一次会上说：“我们当前最大的困难是不懂技术、不懂业务，对海军不内行。今天干部能否掌握技术，已成为能否实行建军路线、能否建设海军的中心的一环，也是来自解放军的老同志能否成为建设核心的关键。”为了打好海军建设的技术基础，萧劲光和海军其他领导人极为重视创办各类海军学校培养技术人才。继最初创办的大连海校、海军联合学校、海军航空学校、海军炮兵学校、海军鱼雷快艇学校之后，又陆续创办了海军政治干部学校、海军潜艇学校，并在南京中国人民解放军军事学院设立了专门培养海军高级干部的海军系，在哈尔滨军事工程学院设立了培养工程技术干部的海军工程系。这些学校建立后，为海军部队培养了一批又一批的技术骨干。与此同时，为了使更多人能初步掌握一两门急需的技术，在部队中开办了各种类型的短期训练班，学习轮机、航海、枪炮、电工、雷达、通信、鱼雷等几十种专业。海军各部队还普遍掀起了一个突击学习技术的热潮，采取“用什么，学什么，先学一门，再学别样”和“由浅入深，由近及远”等方法，使海军广大指战员很快掌握了应用技术。海军创建初期，如何解决武器装备成为相当重要相当迫切的问题。当时，一方面海军拥有的各类舰艇，无论是接收国民党海军起义、投诚过来的，还是利用商船改装的，或是从香港等地购买的，大都破旧不堪；另一方面由于我国造船工业技术基础薄弱，已有的各造船厂正待整顿恢复，要自行设计、自己建造舰艇，困难非常多。
