（一）民进党
从民进党方面来看，其内部矛盾重重。1986年民进党成立时就是为了反对国民党专制独裁统治由许多派系组合而成的，内部派系很多，后来几经变化，各派系的名称虽有所改变，但派系之争一直未能消除。成为执政党后，民进党又陷入权力与路线之争，各派系之间也是矛盾重重。
2000年5月13日，民进党“正义连线”、“福利国办公室”、“新动力办公室”、“台独联盟”四派系召开派系整合会议。会议决定，为了配合陈水扁的上台与协助“新政府”，四派系合并组成一个松散的组织——“主流联盟”。“福利国办公室”的蔡同荣担任筹备期的召集人并负责财务；“正义连线”的沈富雄担任发言人并负责提出政策；“新动力办公室”负责人许荣淑负责总务；“台独联盟”负责人李应元负责未来在大选时的提名及寻找人才。四大派系结盟后，各派系的成员将不准跨派系加盟。“主流联盟”建立后，成为民进党内最大的派系。
2002年4月20日，民进党第九届二次临全会在台北举行。此次会议通过了民进党“党务改造方案”，其主要内容是：①党主席产生方式采用双轨制，执政时期由“总统”任党主席，非执政时期由全体党员直接选举产生。②增列当然中执委、当然中常委4人，党主席为“总统”时，为“立院党团”总召集人及“总统”指定3人；党主席非“总统”时，“立院党团”总召集人、干事长、书记长及县市长互推1人。③党主席得就中常委中提名副主席1～3人，经中执委同意后任命。陈水扁在会上讲话时，就民进党党务部门功能的强化提出了五大方向：①捍卫包括“国家定位”、“非核家园”等民进党的一贯主张；②党政功能互补，强化“政党外交”的功能，扩大“国际空间”；③培育优秀人才；④重整党务组织；⑤强化选举机制。这个方案的核心是让陈水扁兼任民进党主席并扩大了主席的权力。同年7月21日，民进党召开了十届中央全会，陈水扁正式接过了民进党主席的权柄并完成了对民进党权力核心的重组，民进党实现了向“党政同步”体制的转型。
（二）国民党进行改造
中国国民党失去掌握了50多年的台湾政权后，全党上下要求进行民主改革的呼声不断，国民党高层人士痛定思痛后一致认为只有对国民党进行彻底改造，才能重生。随后国民党进行了几项工作：
（1）逼迫李登辉辞职。
国民党的败选引起国民党内部及支持者的强烈愤慨，他们组织正常渠道和走上街头游行，要求李登辉为败选谢罪。在讨伐声中，李登辉不得不于2000年3月24日辞去国民党主席的职务，由连战代理党主席。李登辉辞职后于2001年公开反对国民党，声称“我早已经把国民党给开除了”，并且给国民党领导成员戴上“联共反台”的帽子，同时拼凑了“台湾团结联盟”（简称台联党）。2001年9月，国民党中央考纪会作出了撤销李登辉党籍的决议。
（2）成立“改造委员会”，进行“党务改造”。
国民党于败选后的第二天决定成立“改造委员会”，由连战任召集人。2000年4月1日，国民党召开第一次改造委员会会议，确定了改造党的组织、落实党内民主、加强党意和民意的结合、重塑国民党形象、加强对党产和党营事业管理六大主题，开始全面推行党务改造。
这次国民党的改造主要有以下三方面的内容：
第一，清理党员队伍，清查党员人数，进行党员重新登记。这项工作开始于2000年9月，到2001年1月30日结束。参加登记的党员人数超过93万人，到2001年年底共有107万党员。
第二，改变党的领导机构的产生方式。2001年3月25日，国民党首次进行党主席直接选举，连战以高达97%的得票率当选国民党主席。这种做法改变了以往由上届领导人决定“政治接班人”的模式，党主席的民意基础有所加强。在2001年7月底的国民党“十六大”上，取消过去参选中常委的种种限制，全部改为票选产生。与此相仿的是，党内各级领导机构成员和公职候选人的产生方式都有相应改变，增加了民意和党意的成分。
改选后的国民党中常委有18位新任、13位连任。亲李登辉的人马或提前淡出党内，或被赶出权力核心，这表明李登辉对国民党的影响日渐式微，连战在党内的地位正在确立。
第三，清除“黑金政治”的影响，改善国民党的形象，提高政党支持度。主要措施有：①在调查和公布党营事业经营情况的基础上，完成二批党营事业委托社会信托部门管理工作；②制定“排黑条款”、“排黄条款”，限制党籍公职参选人的条件，限制地方派系、黑社会帮派介入党内运作，限制黑金与特权结合；③加强党的队伍建设，发展年轻党员，培养执政人才。
（三）宋楚瑜组建亲民党
在大选中宋楚瑜以31万票之差落败之后，一度在重返国民党与筹组新党之间徘徊，最后在支持者及幕僚建议下决定另组新政党。2001年3月31日，亲民党举行成立大会，宋楚瑜、张昭雄分别出任正、副主席，钟荣吉出任秘书长，会议还通过了亲民党的十大党纲，主张维护“中华民国宪法”，建立权责相符的宪政体制；改善投资环境，重振经济发展；厘清政商关系，杜绝一切黑金政治、白金政治；兼顾劳工权益与企业发展等。8月份，亲民党首次提出两岸政策基本纲领，表示“两岸都是历史、文化、地理的整个中国的一部分，两个中国是不存在的，两岸应在‘九二共识’的基础上签订和平协议”。
亲民党的成员主要是大选期间宋楚瑜的支持者及从国民党中出走的“精英分子”，大体上由三部分人构成：①国民党、新党及部分无党籍拥宋的“立法委员”；②前台湾省政府团队，如前省政府秘书长蔡钟雄、副秘书长马杰明、前省政府发言人秦金生、前省政府英文秘书吴瑞国、前省政府办公室主任杨云黛等；③国民党、新党的重要干部和一些地方知名人士，如廖正豪、钟荣吉等。
亲民党成立大会召开后，随即组建了整个组织架构。亲民党成立的当天，其“立院党团”同时成立，成员以选前拥宋的超党派“立委”为主，包括刘松藩、秦慧珠、李庆安等人共19席；4月11日，亲民党“国大党团”成立，成员主要来自国民党和新党，共21人；在各县市的议会方面，也有不少新党、国民党议员加入亲民党，还有不少乡镇市民代表、村里长集体加入亲民党。亲民党积极在各地建立地方党部，开展招募党员的活动。至2002年初，亲民党的党员已经突破30万人。
亲民党的民意认同度有所上升。亲民党成立后凭其形象清新、作风稳健，赢得了不少掌声。2001年10月，某电视台举行民意调查，民进党的支持率是22%，亲民党是20%，国民党是16%。在2001年12月举行的第五届“立法委员”选举中，亲民党一举拿下了46个席位，同时，在县市长选举中也拿下了台东和连江两县。亲民党成为台湾岛内除国民党和民进党之外的第三大党。亲民党的成立使得台湾岛内的政治局势由“两党对决”变成“三党鼎立”。
（四）台联党的成立
李登辉被撤销国民党籍后，于2001年8月12日帮助组建了“台湾团结联盟”（简称“台联党”），以李登辉为精神领袖，黄主文任党主席。“台联党”以延续李登辉的分裂路线、主张台湾独立为宗旨。它一成立便成为台湾岛内“急独”势力的大本营。在2001年的“立法委员”选举中，台联党获得13个席位，成为“立法院”第四大政党。
