绍兴十一年（1141年）七月，岳飞被免除枢密副使。秦桧、张俊又教人诬告岳飞部将张宪密谋让岳飞父子夺回兵权，而下岳飞大理寺狱。
御史中丞何铸和大理卿周三畏被特命为正、副主审官，“奉圣旨，就大理寺置司根勘”。
当何铸看到“尽忠报国”四个大字，深嵌于岳飞后背的肌肤，不由不收敛起严酷的面孔。何铸在两三个月前曾参与弹劾岳飞，现在终于悔悟了。
何铸不忍心再为此丧天害理的勾当，便去见秦桧，力辩岳飞的无辜。
秦桧张口结舌，难以对答，就向何铸透露底细说：“此上意也！”
何铸仍不退让，说：“铸岂区区为一岳飞者，强敌未灭，无故戮一大将，失士卒心，非社稷之长计。”
秦桧理屈词穷，遂上奏宋高宗，改命万俟卨为御史中丞，任主审官。万俟卨是一个卑鄙无耻、阴险歹毒的小人。
万俟卨过去担任荆湖北路转运判官和提点刑狱时，岳飞知道他人品很坏，予以鄙视，故万俟卨一直怀恨在心。万俟卨趁入觐的机会，投靠秦桧，在宋高宗面前对岳飞大肆诬陷谮毁，从此就留在南宋朝廷，宦运亨通。万俟卨接办岳飞狱案，正好乘机挟私报仇。
岳飞虽然自幼受尽贫困生活的煎熬，却从未品尝过囹圄的苦痛。在岳飞生陷绝境的两个半月中，各种各样的惨酷刑罚，实际上是给岳飞上人生的最后一课。阴险歹毒的万俟卨的惟一目标，就是要想方设法地强迫岳飞自诬；岳飞也以倔强的性格，顽韧的意志，进行不屈不挠的抗争，他决不自诬。
经二月考讯，无可证实。但秦桧百般诬蔑、罗织，将要定岳飞“死罪”。
岳飞入狱的消息传开后，南宋朝野震惊。一些正直人士不顾宋高宗和秦桧的专制淫威，纷纷设法营救岳飞。
赵宋皇朝宗室齐安郡王赵士褭曾因朝拜赵宋八陵，对岳飞尽忠国事，印象极深。赵士褭身为宋高宗赵构的“皇叔”，是宋朝宗室中德高望重的一位。
赵士（左佑褭）向宋高宗进谏说：“中原未靖，祸及忠义，是忘二圣，不欲复中原也。臣以百口保飞无罪。”
文士智浃、布衣刘允升、南剑州（今福建南平市）布衣范澄之等，也分别上书为岳飞鸣冤叫屈。
范澄之在上书中尖锐指出，“宰辅之臣媚虏急和”，“胡虏未灭，飞之力尚能戡定”，“是岂可令将帅相屠，自为逆贼报仇哉”！
参加审讯或诏狱结案的大理寺左断刑少卿薛仁辅，与大理寺丞何彦猷、李若樸（李若虚弟），也力排众议，企图保全岳飞的性命。
韩世忠当时已被罢去枢密使，改任醴泉观使的闲职，之后“杜门谢客，绝口不言兵”，以躲避秦桧的迫害。但是，为了岳飞的深冤，韩世忠仍鼓起勇气，不计个人安危，前去质问秦桧。
秦桧说，岳飞谋反这件事“莫须有”，即不一定没有。世忠脸色一变，大声叱责说：“相公，‘莫须有’三字，怎么能使天下信服？”直接替岳飞喊冤。但在当年十二月，在权奸秦桧的陷害下，岳飞被杀于风波亭，其子岳云与部将张宪一起遇害。金人所惧怕、佩服的就是岳飞，甚至有人称他为“爷”。那些金酋听了岳飞的死讯，都喝酒相庆。
岳飞下狱后，加紧了与金媾和的步伐。绍兴十一年十月，朝廷任命吏部侍郎魏良臣为大金通问使，出发北上。十一月，和议成，史称第二次《绍兴和议》：南宋与金国东自淮水中流，西以大散关为界，南宋割唐、邓二州，以及商、秦二州的一半给金国；南宋向金国称臣；南宋每年向金国进贡银二十五万两、绢二十五万匹。
世忠见朝事已不可挽回，又惧怕秦桧耍阴谋，因而连续上表，要求解除枢密使的职务，以避冗繁事务，求得清闲。十月二十八日，朝廷批准免去枢密使的实职，仍给予太傅等虚职。由于是韩世忠主动辞职，受到朝廷的勉励，在皇帝的《制》辞中，赞扬韩有“一世之英”、“万夫之望”的气概，勉励他“知止而退”的高风亮节，并赏赐房屋一座。
不久，韩世忠要求告老全退，连一些虚职虚衔也不要了，但朝廷没有同意，仍任太傅、三镇节钺与醴泉观使，进封福国公、奉朝请。所谓奉朝请，是闲退官员定期参加朝会而不必作实务。到这时，这位“十指仅存其四”、身上的伤痕如刻画一样、功勋卓著的韩世忠实际被迫退休了。
绍兴十一年除夕（公历1142年1月27日），岳飞终于以“莫须有”的罪名，与子岳云、部将张宪被害。
当日，岳飞在狱中被赐死。在生命的最后一刻，岳飞无限悲痛地向天空仰视了一阵，接着就拿过笔来在供状上写了八个大字：天日昭昭！天日昭昭！
按照规定，岳飞的尸体应当草草地埋葬在大理寺的墙角下。好心的狱卒隗顺含悲忍痛，冒险背负岳飞的尸身，走出临安城西北的钱塘门，偷偷埋葬于九曲丛祠附近北山山麓的平地上，坟前种两棵橘树，作为标记，假称“贾宜人墓”。
遇害之时，岳飞随身还带着一个玉环，是他妻子李娃给他的信物，陪伴岳飞长眠地下。岳飞死时年仅三十九岁。张宪和岳云被绑赴临安城的闹市处斩，岳云死时年仅二十三岁。
