博尔济吉特氏生在一个历史的转折点。这个时期，正是努尔哈赤领导的后金政权与明朝争夺对东北和蒙古控制权的岁月，努尔哈赤在斗争中充分施展了自己的抱负，很快地控制了东北和蒙古的大部分地区。为了更好地笼络蒙古贵族，努尔哈赤鼓励后金贵族与蒙古贵族联姻，从而结成政治联盟。明天启五年（1626年）二月，孝庄文皇后十四岁，嫁给皇太极为妾。不久，皇太极原配妻子病故，她得以被立为正夫人。十一年后，皇太极称帝，博尔济吉特氏被封为永福宫庄妃，后被封为庄后，死后加谥号孝庄文皇后。在此后的数十年间，尽管政局动荡，历经二代（明清）三朝（天聪、顺治、康熙）的变化，但作为一个女政治家的庄后把全部精力都投入到风云变幻的政治斗争之中，对清王朝统一中国和巩固统治起到了重要的作用，是明末清初中国历史舞台上有影响的人物之一。
明崇祯十四年（1641年），皇太极派多尔衮、豪格等将领率军围困明关外重镇锦州，明急派蓟辽总督洪承畴率十三万大军迎战。皇太极闻清军交战失利，心急如焚，亲率大军从盛京（今沈阳）增援，三日之内奔赴前线。他利用明军分散之际，抓住战机，首先派一支轻骑夺取并烧毁明军的粮仓，又截断明军道路，消灭明军五万余人。将洪承畴残部数万人围困在松山堡（今辽宁锦县西南）中。第二年三月，松山堡中粮尽，明副将夏承德投降，由于叛军与清军里应外合，洪承畴被俘。
皇太极此时已有夺取中原之志，对洪承畴十分器重，特别是明朝驻扎在长城一线的守军将领，多为洪承畴的门生和部下。因此，争取洪承畴对清日后进取中原将减少许多阻力。洪承畴被俘后，皇太极曾派谋士范文程等人多次劝降，但洪毫无降意。皇太极劝降洪承畴的消息很快传到后宫。庄后经过考虑后，立即面见皇太极，相机劝降。庄后打扮成一个俊秀的汉族姑娘，端着一壶人参汤来到了洪承畴的房间。开始洪承畴面壁而坐，对她不予理睬。以后几天，庄后每天为他端酒送饭，悉心侍候，语言委婉亲切，竟打动了洪承畴的心，并将她视为知己。她先是盛赞洪承畴智勇双全，对明君忠心耿耿，令人可敬。洪承畴听后自然心中舒畅，但又想到自己身陷囹圄，又不免哀声叹息。博尔济吉特氏则乘机将话题一转，说道：“尽管先生有为大明尽忠报国的决心，然而今天大明气数已尽。现在大清皇朝国势蒸蒸日上，入主中原已指日可待，太宗皇太极正求贤若渴，先生不如顺应历史潮流，为清皇朝建功立业，同样能大展宏图，留名于后世。”听完庄后这一席话，洪承畴经过一段长时间的沉思，终于为博尔济吉特氏所打动。第二天，他写信给皇太极，表示愿意降清。皇太极很快在皇宫大殿里召集文武百官，以极其隆重的礼遇接见洪承畴。洪承畴低头来到殿下，先向皇太极下跪，表示愿意投降。当他向皇后观望时，不禁大惊失色。原来坐在皇后座位上那个人，正是前几天那位汉家姑娘，她端庄、美丽，知是皇后洪承畴激动不已。他无论如何也想不到贵为皇后的博尔济吉特氏竟不惜屈身劝降。他更感激皇太极的知遇之恩，决心追随新主人，以效犬马之劳。果然，在清军入关以后，洪承畴不仅积极为清军出谋划策，更是充当清军急先锋，劝降明军将领，镇压人民反抗，真正起到了为清朝夺取天下的猎犬作用。
崇祯十六年十一月，在自己的事业即将取得全面胜利时的清太宗皇太极突患病暴亡。皇太极死后，由于生前未能确立继承人，诸王、贝勒凡有实力者都“相争为乱，窥伺神器”。其中最有力量争夺皇位的是皇太极的长子肃亲王豪格和皇太极之弟睿亲王多尔衮。豪格继承皇位虽然符合父死子继的传统，但他是皇太极侍姬所生，且为人骄横自大，与诸贝勒不够团结，再者他的实力也难以同多尔衮三兄弟（多尔衮、多铎、阿济格）相抗衡。双方各得到一派人的拥护，甚至到了剑拔弩张的地步。看到这种令人焦虑的局面，庄后立即决定争取多尔衮，庄后语重心长地对他说：“如果按功劳、论资格，你都有权继承兄长事业，但是先帝还有诸子，我想如果为此事闹到兵戎相见，不仅取代大明江山成为泡影，大清政权能否存在下去，恐怕也难以预料了。”接着她又说：“我儿福临，年方六岁，可以让他继承皇位，以王爷为摄政王，全权负责军国大事。如此安排，众王贝勒不好公开反对，而王爷又能控制实权。这样国家不会发生内乱，王爷大权在握也实同皇帝。不知王爷意下如何？”
多尔衮见庄后说得合乎情理，言语中又表现出对自己的关怀，终于决定服从皇嫂的意见，不再争当皇帝，并表示全力协助其侄福临登上皇位。于是年仅六岁的顺治皇帝福临继位，成为清朝入关后第一代君主。清统治阶级内部激烈的矛盾暂时缓和下来，又能全力对付明朝了。一年后，多尔衮利用明朝山海关守将吴三桂降清这一天赐良机，率满、蒙、汉军各八旗挥师入关，很快占据中原，迁都北京，完成了清朝初步统一的大业。
孝庄文皇后力扶顺治继位，虽有子尊母贵的想法，但在当时的情势下，顺治称帝也是最合适的人选。博尔济吉特氏这种做法，确实起到了维护大局的作用。但顺治称帝以后，多尔衮要做皇帝的野心并没有收敛，他利用手中掌握的军政大权，结党营私，打击异己。皇帝形同虚设，帝位岌岌可危。对多尔衮的专制独裁，孝庄文皇后更是忧心忡忡。为了保全自己和幼子的地位，必须要想出笼络并控制住多尔衮的办法。于是她决定以皇后之尊下嫁多尔衮。自此她在多尔衮面前着意打扮，对多尔衮礼敬有加，关心备至。这时恰又遇到多尔衮妻子病故，双方终于在顺治二年（1645年）结成伴侣。孝庄文皇后当年下嫁多尔衮，虽然为后人所非议，但在当时不失为成功之举。
顺治七年十一月，多尔衮因行猎跌伤致死。顺治帝开始亲政。顺治皇帝亲政时，虽年龄不大，却能书善画，且有处理朝政的才干，这都是庄后博尔济吉特氏多年培育的结果。顺治十七年，顺治生病，又感染上天花，死时年仅二十四岁。
顺治帝福临死后，其子玄烨只有八岁即位。孝庄文皇后在康熙继位之初，没有垂帘听政，但她仍在全力以赴地协助年幼的皇帝和辅臣。当时，清朝已基本统一全国。激烈的抗清斗争已经和缓下来，但由于清入关之初推行的一些政策如雉艹发令、圈地等造成的人民不满仍未平息。孝庄文皇后与其他辅臣为缓和人民的不满连续推行了一些改革措施。如下令停止圈地，实行“更名田”，多次下令垦荒，借贷给百姓耕牛、种子。在这种政策鼓励下，全国垦田面积大增，被战争破坏的社会经济得到了迅速的恢复。
孝庄文皇后在过去协助多尔衮和顺治帝执政的时候，已充分认识到拉拢汉族地主知识分子的重要性。康熙初，曾用皇帝的名义多次发布“诏举山林”，又开设“博学鸿科”，选拔人才。对现任官员，也实行京察、大计、纠八法等考核方法，提升了一批有政绩的官员，撤免了一批不称职的官员，有效地加强了中央政府对各级官员的控制和管理。
康熙皇帝十岁丧母，以后全由孝庄文皇后教养。作为祖母的孝庄文皇后无论是在关照皇帝的日常生活中还是在培养议政能力上都尽到了自己的职责。每天上朝前或下朝后，小皇帝都要亲自到祖母房中问安或请教对具体问题的处理办法。太后除了对皇帝面授机宜以外，还经常给他讲述历史上帝王治国安邦的方略，多次告诫小皇帝要善用贤人，敢于纳谏，不可松弛武备，处理政事力求公正、果断等等。每当遇到困难和危机，孝庄文皇后也是全力协助康熙皇帝渡过难关。在康熙亲政前夕，辅佐大臣鳌拜权势熏天。康熙十分不满鳌拜的专权，总想要将他清除。孝庄文皇后对如何处理鳌拜集团，也煞费苦心。祖孙二人多次密谋商量，终于制定出一个巧妙的计谋，让康熙皇帝和他的小侍从通过游戏的方式在朝廷上生擒鳌拜，然后宣布鳌拜一伙的罪行，兵不血刃地清除了朝廷的心腹之患。
三藩之乱爆发后，全国处于动荡之中。正值清军与吴三桂等叛军在前线激烈对阵的时刻，蒙古察哈尔部贵族布尔尼趁清军后方空虚之时兴兵叛乱，孝庄文皇后在这一紧急关头，再次显示了处事冷静、果断的才能。她要康熙皇帝先派出使臣对叛军招抚、分化麻痹叛军，延缓叛军进军的速度，建议皇帝起用对军事颇有才干的大学士图海率军平叛。由于清廷采用了缓兵之计，赢得了平叛的宝贵时间。图海率领的军队也用最迅速的行动开到了察哈尔。当时叛军首领布尔尼军事上毫无防备，结果被突然出现的清军打得猝不及防，大败而逃，叛乱很快被平息。这次叛乱的平息，为清朝巩固了后方，以便全力对付吴三桂。不久就很快平定了三藩之乱。
康熙亲政若干年之后，仍念念不忘祖母对自己的教诲和关键时刻的支持。他曾数次与亲近大臣谈道：“承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成，设无祖母太皇太后，断不能有今日成立。”言谈之间，表露出对祖母的无限爱戴与深情。
