在健全了从中央到地方的官僚制度的同时，秦也进行了法制建设。秦的法制建设是以阴阳五行家的“五德终始说”为理论基础，以韩非的法家思想作指导思想。“五德终始说”认为，金、木、水、火、土为五德，它们是相生相克、循环不已的。做天子的人一定要得到五行中的一德，天下才能真正属于他的。但某一德到一定时期是要衰败的，于是，另一德便取而代之，新的王朝也就出现了。和不同的德相适应，新王朝也要有不同的规定。按“五德终始说”，凡是古代称帝称王将要兴起的时候，上天必定会先向人们显示出征兆来。黄帝的时候，上天显现出大蚯蚓以昭示黄帝，黄帝领悟了，说：“现在是土气旺盛。”所以，服装颜色崇尚黄色，做事取法土的性质。到夏禹时，上天显现出草木秋冬时节不凋零的景象，夏禹说：“这表明木气旺盛。”所以，夏朝的服装颜色崇尚青色，做事取法木的性质。此后的商代是金德，服色尚白，周代是火德，服色尚红。依此推演，代周的必定是胜火的水德。所以，秦始皇统一中国后，宣扬秦代周乃是水德代替火德。原因是，早在秦文公时，曾经捉到过一只黑龙。由于秦是水德，所以服色尚黑，数以六为度，以冬10月为岁首，并把黄河改名为“德水”。
依照水德的要求，水是属阴的，而主杀的刑，也是属阴，所以秦规定以吏为师，要求事情都要依法来决定，全面实行法治。事实上，以法治国是秦自商鞅变法以来的一个传统。从商鞅变法开始，秦一直没有停止过它的立法活动。全国统一后，“一法度”，即全国都统一于秦法。以前，人们对于秦代法律制度的具体内容，知之甚少。1975年12月，文物考古工作者在湖北省云梦县的睡虎地发掘了12座战国末年至秦代的墓葬，其中的11号墓出土了大批的秦代竹简。这些竹简虽历二千多年，仍保存完好、字迹清晰。这批竹简经统计总共有1155支，其中有秦法律文书600多支。这批法律文书的发现，使我们有幸了解秦代法律的详细内容。从云梦秦简中，我们了解到，秦朝的法律有法律条文，对律文的解释、地方政府发布的文告、审理案件的准则和法律文书的程式规定等五种形式。
法律条文，即律，是秦律的主体，见于云梦秦简的有：《田律》《廄苑律》《仓律》《金布律》《关市律》《工律》《军爵律》《置吏律》《捕盗律》等三十多种，包括了刑法、诉讼法、行政法和民事经济的有关法律。以行政法和刑法为主。
对律文的解释，在秦简中称《法律答问》，是对秦律的主体内容做了较为系统的诠释，主要是刑法内容。它与法律条款具有同等效力，并可作为审判案件的法律根据，这也为后来各朝的法律疏议开了先河。
前面我们介绍过，秦代是要求“以吏为师”的，因此，在朝廷和地方上都设有主管法令的官吏，其他官吏和百姓要了解法律问题都来问他，而他必须给以明确的回答，同时还要把回答的问题内容写在长一尺六寸的“符”上，把符的左片给询问者，右片则放在专门的地方，保存起来，以后有同样的问题，即可查阅，这就是《法律答问》的来历。
在秦代，除中央政权统一制订的法令外，地方郡一级政府可以根据中央的有关法令，制定适合本地区实际情况的法令和文件，作为统一法令的补充。
由于秦朝特别重视法制，因此，它对审理案件的程序，对案件的调查、现场勘验等方面，都做了明确地、统一地规定，同时对有关法律文书的格式也做了规定。
从云梦秦简的秦律中，我们可以看出，秦朝的法律是相当繁密的，甚至连百姓生活的一举一动都有规定。以穿鞋为例，秦律规定：只有宫内的宫人、侍从才可以穿用不同色彩的锦做的鞋，而一般百姓是不准穿的。同时，秦朝法律是以“轻罪重刑”作为立法的指导思想。“轻罪重刑”这是法家的一贯主张。商鞅在主持秦国变法时就认为：“行刑重其轻者，轻者不生，则重者无从至矣，此谓治之于其治。”意思是只有重刑才能杜绝犯罪。韩非也认为：“且夫重刑者，非为罪人也”，“重罚者，盗贼也，而悼惧者，良民也”。也就是说，刑罚的主要目的不是为了制裁犯罪者本人，而是在于预防犯罪，把重刑加在犯罪的盗贼身上，就可以在尚未犯罪的良民的心灵上产生威吓作用，使他们因害怕刑罚而不敢犯罪。正是在“轻罪重刑”这一思想的指导下，秦律所规定的刑罚是相当严酷的。例如，秦律规定，一个人诬告另一个人行贿，哪怕数量小至一个钱，也要处以在脸上刺字的“黥”刑，并将其罚做“城旦”，即从事筑城的刑徒。从历史记载来看，秦代刑罚的名目、种类之繁多，是中国封建社会最为突出的。但是，在司法实践中，特别是断狱原则上，秦律还是有可取之处的。例如，秦律规定：“治狱，能以书从迹其言，毋笞掠而得人情为上；笞掠为下；有恐为败。”就是说，在审理案件时，能根据记录的口供，进行追查，不用拷打而察得犯人的真情，是最好的；施行拷打，是下策；恐吓犯人以至不得真情就是失败。说明秦代断狱最主要的根据是口供，要求断案者能够从口供中找到矛盾，从而彻底审明案情。
在进行制度建设的同时，秦始皇也采取了一些有利于封建制度的实施，有利于统一的措施。
在政治上，秦始皇把重点放在防止东方六国势力的东山再起。为此，秦始皇在统一中国后便立即下令拆除各诸侯国在各地修筑的关塞堡垒；与此同时，把各国的旧贵族、豪富之家大量地迁徙到京城咸阳或周边地区，如，公元前221年徙天下豪富十二万户于咸阳，公元前212年（始皇三十五年）迁三万户到丽邑（今陕西临潼东北），五万户到云阳（今陕西淳化西北）。迁徙这些贵族豪富一方面可以对他们进行集中控制，另一方面，也在经济上削弱了他们的势力。为了从根本上解决分裂问题，秦始皇下令收缴天下的兵器，并把他们运到咸阳，全部销毁，并用此铸造了十二个重达千石的铜人，放置在皇宫前的广场上。为了加强对各地的控制，公元前220年（始皇二十七年），秦修建了以京城咸阳为中心的驰道，西汉初年的贾山对驰道是这样描述的：秦“为驰道于天下，东富齐、燕，南极吴、楚，江湖之上，濒海之观毕至。道广五十步，三丈而树，厚筑其外，隐以金椎，树以青松，为驰道之丽至于此。”公元前212年，秦始皇又令人修筑了一条由咸阳直达九原郡长达一千八百里的直道。秦的直道，至今尚有遗存，如在今内蒙古自治区东胜境内的一段遗存，路基高1-1.5米，路面宽达22米，十分壮观。这些驰道、直道，再加上通西南夷时所修的五尺道，统一岭南后所修的新道，构成了以咸阳为中心的四通八达的交通网。为充分发挥道路的作用，秦规定“车同轨”“舆（车）六尺”，即天下的车轨统一规定为六尺宽。正是由于车轨有统一的规定，就能够保证“闭门造车，出门合辙”。“闭门造车”在当初就该如此，并没有教条主义的意思。
在经济上，秦是重视经济发展的，秦始皇是把“皇帝之功，勤劳本事，上农除末，黔首是富”“男乐其畴，女修其业”，作为自己的一项大事。为了维护封建经济的发展，秦始皇在公元前216年（始皇三十一年）“使黔首自实田”，也就是让百姓自己申报土地，这就意味着秦承认土地私有权的合法存在，使封建土地所有制最终在全国确立，从而为封建经济的发展创造了条件。为了促进封建经济的发展，秦始皇下令统一度量衡、统一货币。战国时各国的度量衡是各不相同的，以量制为例，秦以升、斗、斛为单位，取十进制；赵、魏、韩三国以益、升、斗为单位，一斗为十升，一升则是二十益；齐国则以升、豆、区、釜、钟为单位，从升至釜为五进制，十釜为一钟。秦统一后，则把商鞅变法时制定的度量衡标准颁行全国。秦始皇对度量衡的统一，对后世产生了深远的影响，二千多年来，我国的度量衡的数值虽然发生了很多的变化，但基本还是沿用秦制。如秦六尺为步、二百四十步为亩、百亩为顷，步的尺数到唐代才改为五尺，而亩的步数则沿用至今。在统一币制方面，秦规定货币有二等：黄金为上币、以镒为单位，铜钱为下币、名为半两钱，重如其名，秦半两钱，外圆、内方、无廓。从此，我国的主要货币——铜钱的形式便被固定下来，通行了二千多年，并影响了邻近的日本、朝鲜、印尼、缅甸等国。
在文化上，为了促进各地区的文化交流，有利于国家法律法令的执行，秦王朝对文字进行了整理和统一。我们知道，早在六千多年前的新石器时代，我们的祖先就发明了文字。但由于文化发展的不平衡、政治经济发展的不统一，文字的字形在长期的发展、演变过程中产生了很大的差异，以至于同样一个字，在不同的地区有着多种不同的写法。公元前221年，秦始皇下令李斯等人以小篆作为统一书体，对各国原来使用的文字进行整理。李斯在整理文字的过程中，首先是固定各种偏旁符号的形体。汉字的形体大多是由一定数量的偏旁符号组合而成的，秦以前文字之所以同字异体，主要原因是偏旁形体不能固定，同一个偏旁同时存在多种写法。李斯在整理文字时则将每种偏旁确定为一种形体，余者皆废，这便为统一汉字字形奠定了良好的基础。其次是确定每种形旁在字体中的位置。秦以前的汉字不仅偏旁形体不固定，各偏旁在字体中的位置也不固定。由于形旁在字体中没有固定的位置，也影响到了字体的统一。因此，李斯根据各种形旁的不同条件，分别确定在字体中的不同位置，像金字旁，一律置于字体的左侧。再次是每字的形旁固定，彼此不能代用。秦以前的文字，尤其是形声字，在形旁意义相近的情况下，可相互代用，如从土旁的字，可与田旁代用。李斯针对这一情况，规定每字所从形旁必须确定为一种，不得随意更换。最后是统一了每一字的书写笔数。秦以前的文字因采用的偏旁形体、数量、种类和繁简的各不相同，书写的笔数不可能一致，由于每字的书写笔数没有统一的规定，也就无法判断某种字体的正确与错误。李斯把每字所用的偏旁形体、种类、位置，一一做了规定，书写笔数自然取得一致，同时也避免了字体中随意增减点画或符号的弊病。在整顿的基础上，李斯、赵高和胡毋敬分别用小篆体书写了《仓颉篇》《爰历篇》和《博学篇》，三篇共五十五章，每章六十字，作为标准的文字范本，颁行全国。在小篆通行的同时，秦还创造出一种更加简便的书体——隶书。隶书是小篆的草化，它与小篆的不同主要是在笔画上化圆为方、改曲为直、短笔改点、续断笔为连笔、左右笔改成撇捺。隶书为以后楷书的出现奠定了基础。在传说中，隶书的发明者叫程邈。程邈是秦的狱吏，他看到秦统一后官狱多事、政务繁忙，用小篆书写相当的不方便，因此，便对小篆加以简约，发明了隶书。事实上，从考古材料来看，早在秦统一以前，就已经出现了隶书，并且是广泛地使用着。例如，前面我们提到的云梦秦简，就是用隶书书写的。因此，应当说，隶书是人民在长期的实践中发明的，程邈可能是对这种书体进行过整理。
在“书同文字”的同时，秦还十分注意整顿各地的风俗，并把“除其恶俗”“去其淫僻”，作为地方政府的主要职责之一。对于“乡俗淫逸之民不止”的地区，要依法追究其官吏的责任。在对风俗的端正中，秦始皇特别强调礼和孝的作用。
在思想上，秦始皇在强调“以吏为师”的同时，为进一步统一人们的思想，消除那些不利于巩固统治的思想，在公元前213年（始皇三十四年）下令焚书，这就是历史上有名的“焚书”之举。
经过这一系列的努力，秦始皇的确是做了三皇五帝都没有做到，当然也不可能做到的事，的确是“功高五帝”。他的功高就在于第一次建立了统一的多民族的国家，就在于建立了封建的中央集权的政治制度，就在于奠定了中国封建文明的主要范畴。
