清朝初年，宁夏出了一位名震全国的军事将领，他就是被誉为清朝第一良将的赵良栋。在平定南方三蕃之乱的战斗中，他率领以宁夏士兵为主的“朔方军”，屡建奇功，深受朝廷赏识。
赵良栋早年应募投清军，顺治初年跟随硕英亲王阿济格开始了军事生涯，因功授宁夏水利都司，从陕西定边迁居宁夏。赵良栋在多次战役中显示出军事才能，遂于康熙元年（1662年）升任云南广罗总兵官。西平王吴三桂对他十分赏识，以高官厚禄收买他，但赵良栋看出吴三桂的居心，遂回乡养病。康熙十一年（1672年），赵良栋被调任直隶天津总兵官，他抵津后，力除强暴，惠抚孤弱，整顿了天津的社会秩序，政声大著。
不久，西平王吴三桂兴起兵祸，赵良栋投身到平定三藩之乱的军事行动中。
吴三桂原为明朝辽东总兵，李自成领导起义军打进北京后，他勾结清军人关，配合清军疯狂镇压农民起义军，甘当清廷的爪牙，被清军封为西平王。清朝初年他的权势很大，占据云南，压榨百姓，为害一方，严重威胁清朝的中央集权。康熙十二年（1673年）七月，康熙下谕撤藩。吴三桂杀云南巡抚朱国治，自立为天下都讨兵马大元帅，对清朝开战。吴三桂依靠其兵力强盛，在短期内攻陷了云南、贵州、广东、广西、四川、湖南等省，长江以南基本陷入叛军之手。
陕西提督王辅臣响应吴三桂叛乱，以平凉为根据地，煽动宁夏兵变。康熙十三年（1674年），王辅臣杀陕甘经略莫洛，占领兰州、洮州、定边、花马池等地，固原道台陈彭也听命于王辅臣，甘肃、陕西大部分落入叛军之手，清朝在西北的统治岌岌可危。
当时正值严冬，天气十分寒冷，宁夏军民人心不稳。前去进攻平凉的宁夏士兵在行军途中，由于连续奔波赶路，疲惫不堪，遂发生了兵变，宁夏总兵陈福被士兵杀死，攻击叛军的计划告吹。
为了防止叛乱在宁夏蔓延，朝廷拟发兵进行大规模的围剿。时任天津总兵官的赵良栋挺身而出，全力担保宁夏不会参加叛乱，经他在皇帝面前争辩，朝廷同意任他为宁夏总督，处理宁夏军务。赵良栋奉诏抵达宁夏，仅杀掉兵变中为首的四人，迅速平定了兵变，恢复了宁夏的社会秩序。赵良栋和甘肃提督张勇、西宁总兵王进宝齐心协力，打败了陕甘叛军，迫使王辅臣投降。
陕甘叛军被打败后，朝廷可以依据西北基地，向四川叛军进击。在宁夏的三年中，赵良栋积极操练宁夏士兵，储备粮草，为出征西南做准备。
吴三桂发起的三藩之乱不得人心，各族人民对其无不唾弃。康熙皇帝主张坚决打击。康熙十七年（1678年）吴三桂病死，其孙吴世瑶继位，在孤立失势之中败退四川、云南，其余地区的叛军都被朝廷的剿抚并用计策分化平定。康熙十八年（1679年），年近花甲的赵良栋坚决要求出征川滇。康熙任他为陕西提督，命他从徽州（今甘肃徽县）的巴都山迅速出发，率领陕甘绿营，急取汉中。赵良栋将朝廷赏给他本人的十万两银全数分赏军士，因此威信大行。陕甘绿营的汉军步兵惯于山地作战，适合四川地区的地形，有较强的作战能力。赵良栋指挥军队很快越过秦岭，占领略阳和汉中等地，于第二年强渡嘉陵江，收复成都。在出征四川的军队中，有四千五百名宁夏官兵，被称为“朔方军”。康熙授予赵良栋“勇略将军”称号，并任他为云贵总督，继续向叛军最后的据点云南进发。
从湖南、广西进攻云南的清兵于康熙二十年（1681年）会师云南城（今昆明市）外，但攻打了九个月不能破城。赵良栋于这年九月进军云南。此时另一支由蔡毓荣率领的清军在重关攻打十四天，没有取得进展。赵良栋首战夺得南坝，趁夜猛攻得胜桥。叛军将领郭壮图率军队与赵良栋对抗，战斗十分激烈。赵良栋在夜间设埋伏，打败前来偷袭的叛军，郭壮图大败溃退。赵良栋率军乘胜追击，一路破关斩将，直抵昆明城下，与湖南、广西的清军会师。
赵良栋主张迅速攻城，经过八天激战，清军攻克叛军的老巢云南城，吴三桂的孙子吴世瑶、主帅郭壮图被迫自杀，三藩之乱被彻底平息。赵良栋攻入昆明市后，其部纪律严明，于百姓秋毫无犯。吴三桂多年积累的大批财物全部交由朝廷处理。赵良栋看到满州主帅贝子彰泰指示部下劫夺财物，掠夺人口，就坚决出面阻止。史载：“滇民妇子安全无所离析，皆良栋之力也。”
在平定三藩之乱的战争中，满州八旗子弟已经开始腐败，他们在安乐优裕的环境中丧失斗志，公子王孙大都是无能之辈，朝廷不得不重用汉族将士。赵良栋和“朔方军”在平叛战争中建立了重大功勋，受到康熙的赏誉。为此，引起了朝廷部分满族大臣的不满，特别是当朝权臣明珠对赵良栋蓄意报复。他们找借口给赵良栋定罪，说他在四川时不及时援助其它战区，疏请将他革职。赵良栋终于被降职，调补銮仪卫銮仪使，暂时居住在北京。后来他告病回宁夏。三年后，康熙才恢复了他的将军头衔。
康熙三十六年（1697年），赵良栋病逝于宁夏，终年七十七岁。康熙皇帝在亲征噶尔丹至宁夏时得知消息，命皇太子及诸臣前往祭拜。赵良栋一生“攻克府县百数十城，得伪官大小千官，收伪印二百六十余，平蜀及滇仅二岁一月”，战功卓著，实为清初第一良将。
