隋开皇末年，晋王杨广即后来的隋炀帝总管扬州，在扬州设置四个道场，延请佛道二门大德入主。吉藏久负盛名，被请到慧日道场。599年，晋王又在京师长安造日严寺，延请吉藏搬去，希望他振兴中原佛教。吉藏在京师说法华经，听众潮涌，数以万计，致使堂宇堵塞，外流四方，豪族游贵都倾囊而出，清信道侣则仰慕芳风。于是法化不穷，财施堆积如山，随受随散。
609年，即隋炀帝大业5年，炀帝次子齐王因为久慕吉藏大名，把他请到私邸，跟长安名士60余人搞辩论会，推举吉藏做论主。吉藏做论数百句，其中说：“以有怯之心，登无畏之座；用木讷之口，释解颐之谈。”最先发问的是沙门僧粲。僧粲自号三国论师，雄辩滔滔，犹如悬河，跟吉藏往来40余回合。吉藏对答设问，出口成章，文思飞激；加上万方仪态，奕奕神采，绝妙文辞，使僧粲最后败北，羞赧而退。当时场面亢奋，举座磨拳，前后60余人相继坠马折锋。尚有没上场交锋的，言不尽意的，齐王宣布延长两天，继续辩论，令众人尽兴而返，没有能辩过他的。齐王大谢吉藏，拜为终生师傅。这一段时间，他写出自己最主要的著作，如《中论》、《百论》、《十二门论》疏，以及《三论玄义》等。
唐高祖入主长安后，礼请吉藏入朝，担任管理僧务的十大德之一。吉藏末年多病，最后口念佛号，在斋饭正要开始的时候，奄然而化。
吉藏一生著述宏富，除三论疏和《三论玄义》外，主要著作还有《大乘玄义》和《二谛义》等，都是本宗立论的根据。他所提出的二藏三轮判教和中道实相论，是新三论学的主要内容。
判教上的二藏三轮，是说一切佛法大小乘经，都以无得正观为宗，以破除有所得的邪观；只是众生根机不同，如来因病施药，才有大乘和小乘的二藏，即菩萨藏和声闻藏。为了防止这个二藏判教被人固执，又依据《法华经·信解品》而提出三轮判教：第一，根本****《华严经》，是世尊最初所说根本大法；第二，枝末****，即华严之后、涅之前的所有大小乘经典；第三，摄末归本****《法华经》。
这样，一切大小乘本来从惟一佛乘流出，最后又流回惟一佛乘。明白了这个道理，知道诸法性空的中道实相，这就是中道实相论——不必执著于大小之别，而应当法法圆融，随宜说教，统统以佛乘为本。如果不对机，则无论说大说小，都是邪说，都应击破，是名处处皆错；如果对机，则无论说大说小，都是正说，都应称赞，都该维护，是名立处皆真。可见三论宗的这种“无得正观”，其所依据的根本经典还是般若类。有人觉得这种态度让人无法捉摸，不知道该怎么办才好，这是因为还有教条主义，认为总有一个什么东西可以永远抓住；有人看见既然好像什么也抓不住，那就干脆随他去，或者一顿胡来，以为这就是三论宗的门风，潇洒得很。
这两种态度都有违三论宗本意。其实因病施药是大夫最普通的做法，一个好大夫不可能拿着心脏病的药去治胃病，更不可能拿着治病的药去治健康人。干将莫邪、上方宝剑虽好，也不能斩断水流、击破虚空。况且好刀坏刀，还要看什么人来用，杀鸡用牛刀，再好的牛刀也委屈了，这时候的毛病在于人，不在于刀。所以《战国策·齐五》云：“今虽干将莫邪，非得人力，则不能割刿矣”。这样一看，三论学是很朴素的，凡事讲究一个因缘。但是我们一旦习惯难改，成了教条，往往又做不到随机应变，所以三论学又是很深奥的。
孔夫子倡导中庸之道，这个学说在当时国君中推销不开，被人称为“知其不可而为之者”，很有一种专走极端、背潮流而动的中庸气概，在政界上说几乎算是一个被埋没的人。谈到古代被埋没的隐士的时候，孔夫子却说，我是无可无不可，我跟伯夷、叔齐、柳下惠、虞仲、夷逸他们不一样。伯夷叔齐不改变自己的意志，不辱没自己的身份；柳下惠降低自己的意志，辱没自己的身份；虞仲、夷逸避世隐居，放肆直言。我呢，没有什么可以，也没有什么不可以，跟他们不同——这个中庸之道，跟佛家的中观中道相通，只是比较质朴，当下现成。说是中，好像又走极端；说是走极端，明明又说中庸中道，无可无不可。既然无可无不可，为什么知其不可而为之呢？啊呀，我们这样问，已经把夫子的无可无不可丢了。中道中庸，算个假说吧，也是空的，跟极端一样空，一样假；那么极端也就跟中道中庸一样中了。于是好像是一切皆空、一切皆假、一切皆中；也好像一切不空，一切不假，一切不中。
这就好比吉藏所说：因缘是空的，因为因缘生的法没有自性；因缘是假的，因为空也是空的，没有自性，不过为了化导众生，就假说有因缘；因缘是中道，因为因缘非空非假，不走两边，走在“中间”。其实呢，按照龙树提婆他们的学说，这个中间也是空、也是假，当然也是中。一切可破，中道当然也可破；一切可立，非中道自然也可立。但是既然大家都说边道，我要破掉你们的边道，当然就得说我的是中道。说完了，我自己还得把自己的中道破掉。因为我知道我这个中道虽然是中，却本来也空、也假。总而言之，这个世界是干干净净，无奇不有，森罗万象，不见一物。
华严妙法相，净土修密禅——大唐宗门
我唐虽姓李，释孔齐争先大唐天子除了武则天，其余都姓李，大唐基本上就是李唐。可是据说李渊的祖父在魏周两代做官，曾经姓“木陈”，有异族的嫌疑，入隋后才改姓李。所以立国后就要动点脑筋。李唐李唐，要找个千古圣人做祖宗才好，正巧就有一个，就是孔仲尼老先生的老先生、道德君子、得道大仙、天下第一的老子——李耳。“据说”而已，实际上心里究竟如何想，不清楚。
话说李渊接受李世民的劝告，在太原起兵反隋，618年在长安称帝，做了唐高祖，然后着手进行统一全国的战争。李渊父子首先向金城的薛举、武威的李轨、马邑的刘武周三大割据势力进军，以图巩固李唐在关中的根据地。李渊戎马倥偬，武威大振，不觉到了武德3年。这时有个晋州人叫做吉善行，自称在平阳府浮山县东南羊角山，看见一个白衣老夫说：“替我告诉唐朝天子，我是老君，我是你的祖宗。”李渊得知此事，于是下诏在那里建立老子庙。
武德八年，高祖下诏明确三教的先后次序：“老教、孔教，是此土的基础；释教后兴，可以从客礼。今后可以老子在先，孔子次之，释宗在后”。李世民继位后，就正式册封老子做了道教教主——太上老君。玄宗更是诚心，除了自己作了道士，还让自己的贵妃杨玉环皈依道教，道号“太真”。道教在唐朝的地位，就这样急剧上升，走向盛世。
道教的地位如此之高，有人说开头主要是出于政治目的，攀个好祖宗，有利于统治。据《资治通鉴》载，贞观10年，长孙皇后病重，太子劝说请奏大赦天下，度人人道。皇后不同意，说：“道教释教都是异端之教，祸国殃民，皇上素来不做那些事。”这话也许道出太宗的本心？武德4年，李世民人长安，见隋朝宫殿，感叹道：“这么奢侈纵欲，不灭亡怎么可能？”于是下令撤掉端门楼，焚烧乾阳殿，毁掉则天门，废除所有道场，遣散大量僧尼，只留下明德者各30余人。太宗对于道佛的祸害，是亲眼目睹和痛心疾首，深以为戒的。
而且贞观11年，由房玄龄定下唐律唐令，说是假如按照武德旧制，释奠（持爵祭圣）放在太学，而尊周公为先圣；现在采纳房玄龄建议，立孔子为先圣（1305页）。《资治通鉴》此处没有提到老子的事情。是否真是以孔子的儒教为至尊呢？当初李世民辅佐父皇李渊打天下，功高盖世，而与太子发生冲突，于是有玄武门之变，李世民先发制人，射杀兄弟李建成和李元吉，成为帝位的当然继承者。他就是崇儒，也不会是一介腐儒，泥孔而不化，亦步亦趋跟着孔老先生走；就是汉代，也早就有董仲舒给孔夫子换衣服，吃汉食，精心供养。但是孔圣的教导，世民也深知其用处。
不过李唐皇朝对于儒释道的态度，比较复杂，而且矛盾和多变。隋代大儒文中子培养的高足，有好几位作了李唐大臣，如房玄龄、杜淹、李靖、魏征、温大雅就是。看来儒门是初唐最受宠的一家了，然而《文中子》一书居然也留下一篇妙文，道出文中子预言孔门礼乐将在唐朝遭到冷落。这篇妙文，叫做《录唐太宗与房魏论礼乐事》，文中说——大唐龙飞，宇内乐业，文中子之教未行于世，后世君子很少有知道的。其实隋大业年间，文中子曾经对魏征、房玄龄和杜淹等弟子说过：你们虽然会遇到明王，礼乐上却必定碰钉子。当时魏征不服气，文中子笑着说：到时候你自己就知道了。贞观之始，房玄龄、李靖、温大雅、杜淹等人很受重用，朝廷大事没有不参与的。一次太宗宴请大臣议论长久治国之计，房玄龄和杜淹等除了歌功颂德，都不敢直言，只给魏征丢眼色。魏征直话直说，建议太宗施行周典。太宗当时很高兴，第二天又召魏征、房玄龄、杜淹议事，说：“我昨夜里看了周礼，真是圣人之作呀”。把周礼好生夸赞一番。
过了很久，太宗又说：“我考虑呀，要是不搞井田制，不搞封建制，不用肉刑，而施行周公之道，恐怕不行。周易的大意，是随时顺人，如果硬要一一照着周礼去做，可能画虎不成，反遭后人耻笑。诸公请慎重考虑。”
后又召开中书省会议，好几天都定不下来。太宗对魏征说：“礼崩乐坏，我是很痛心的。过去汉章帝老想着张纯，今天我念念不忘你们，就怕你们有意不就，连古人都会伤心的。”于是魏征跪奏施行周礼，言辞恳切之至。
太宗叹道：“时运难得而容易失掉啊！我寝食不安的就是这个。众卿退下吧，以后不要再提此事了。”魏征和房杜等人都战战兢兢，再拜而出。到了外面，房玄龄对魏征说：“我和你竭力辅佐皇上，可是谈到礼乐之事，不是命世大才怕就说不动陛下了。往日文中子不以礼乐赐教我，是有道理的。”
孔子有感于礼崩乐坏，叹日：“郁郁乎文哉！吾从周。”唐太宗虽然听从玄龄的建议，尊孔子为先圣，却是无法“从周”。主要是考虑到时代不同。虽然如此，孔门的许多礼数，大唐还是采用的。
不管是儒道释，唐代天子根据情况的需要，或扬此抑彼，或前道后释，或佛先道后，总的精神还是三教并重，很放松，很豁达，不那么谨小慎微。就世俗生活来说，主要是儒家；较高的追求，则时而贵道，时而贵佛，时而平起平坐。于是有太宗末年转向佛家，武则天以佛为至尊。唐初则有道士傅奕上表排佛，挑起佛道之争。后来为了协调三教关系，武德7年（624）由高祖在国学设立三教辩论会，令博士徐旷讲《孝经》，沙门慧乘讲《心经》，道士刘进喜讲《老子》。三人争得热火朝天，最后还是博士陆德明随方立义，遍析其要，得到高祖的称赞：“你们三个都很能辩的，不过还是德明一说，才作了总结。”儒家在这一次占了上风。从高祖的作风看，还是比较“民主”，有什么问题，辩论一下，不随便打棍子。这种辩论会，唐代帝王普遍效法。
不过棍子虽然不随便打，却也有打板子的时候。太宗即位后，傅奕再次上表，要求排佛。佛道之争又起。贞观11年，李世民下诏，认为外国的宗教跑到前头、本土的宗教落在后头，这个不行；李唐夺取江山，靠的是老君上德，天下大定，凭的是老子无为；所以道士应当排在僧尼前面才对。诏令一下，有个“老实人”，出在佛门，叫做智实，居然上表反驳。
那好，打他的板子。可怜智实呀，智慧太实在了，吃了眼前亏，不算好汉。世民这一次忘了开辩论会。
在佛道“大战”中，儒家一般不多插嘴，只是默默干自己的事情。然而道佛虽然争雄，大唐佛门还是比道门大得多。据唐末道士杜光庭《历代崇道记》统计，有唐以来，道观共有1900余座，道士15000余人，还不及唐武宗灭佛时僧尼人数和寺庙数的二十分之一。
大唐天字第一号留学生玄奘，使太宗对佛法礼遇有加。玄奘在印度取得真经，贞观14年晋见印度戒日王。贞观15年，在玄奘协助下，中印建立正式外交关系；同年，玄奘又在戒日王于曲女城举办的无遮大会上以论主之位、求战群僧、竟至于18天内无人敢于应答，不战而胜。贞观19年玄奘载誉归来，太宗举办盛大****，隆重接待，举国轰动。此后玄奘的译经说法，以及创立法相宗，都得到太宗特殊照顾。
太宗之后，高宗李治礼敬佛道；中宗李显喜佛；睿宗李旦崇佛乐道。
但是武则天此时期内已经逐渐掌握实权，而最终登上帝位。武则天崇佛抑道，也有政治上的原因，抑道直接跟打击李氏势力有关。武则天夺权，依赖佛教的力量甚大，僧众有“太后是弥勒佛下生，应该代唐为人主”的说法，所以她登基后大力扶植佛教。主要是扶植华严宗。她派兵收复西域四镇，派人到于阗迎请《华严经》梵本和翻译家实叉难陀来京，于695年在洛阳大遍空寺译出80卷华严。又请法藏给她讲解《华严经》奥义。华严境界的无比博大和富丽堂皇，“随取一沙都含有一切宝藏”的不可思议的包容性，与大唐的恢弘气象非常相称，给武则天以极大的吸引力。她又请禅宗北派神秀禅师人京，对禅宗的发展起到很大的推动作用；她还礼请南禅大师慧能来京，慧能称病，未能成行。
