通过探测，结果发现竟是两种不同岩石所致。明楼以北的山坡，地下由两种不同岩石组成，西侧是下中侏罗纪的砾岩，东侧是稍晚的长石石英砂岩。这两种岩石本身的磁性差异很大，更奇怪的是，这两种不同岩体的接触界面，呈南北走向，并且位置也靠近明楼中轴线，开始时被误认为是墓道。由于西侧岩石硬度强，开挖困难，专家根据宝城内的地质特征，认为应不排除存在这样一种可能：当年明孝陵的建筑工程主持者已注意到本地岩石的差异，而修改原有的施工方案。
明孝陵地宫确实在独龙阜下，其墓道偏于宝城一侧的做法，起因是什么，目前尚不知，但这种制度一直影响到明代后来的帝陵规制也是事实。如北京明十三陵中已发掘的定陵，其墓道入口便是偏向左侧，与孝陵墓道正好相反，但它们都避免把墓道开在方城及宝城中轴线上却是共同遵循的法则。
孝陵碑亭及布局的奥秘
过大金门向正北行70米，是一座碑亭。亭顶部已毁，内望通天，俗称“四方城”。碑亭建筑平面呈正方形，亭壁下部为石造须弥座，束腰部浮雕碗花，上部砖砌，四面各开一洞券门。
亭内正中置明成祖朱棣为其父朱元璋所立的“大明孝陵神功圣德碑”，碑高6．7米，龟趺座高2．08米，是南京地区明代碑刻中最大的一块。碑文由朱棣撰写，记述朱元璋一生事迹，长达2746字，楷书阴刻，书法优美，具有较高的历史与艺术价值。原碑曾裂损，宣德十年重建。至于亭顶，已有重新加盖的规划，根据遗存结构判断，并结合北京长陵碑亭资料，推测这座碑亭的顶部原为重檐歇山式，覆黄色琉璃瓦。神功圣德碑亭是明孝陵的最后一项建筑工程，于明永乐十一年落成。但在永乐三年，明成祖曾下诏在阳山开凿最大最好的石料用于建碑亭。于是工匠们在阳山开凿出三块碑材，分碑座、碑身、碑额，合起来高度要超过70米，重约15000吨，是世上罕见的巨型石碑。但最后开采的石碑又弃置不用，原因不明。有人认为明成祖朱棣为改变自己“篡逆者”的形象，特别注重表白自己对父亲的无比崇敬之意和孝心，于是下令开采更大的石碑，无奈如此巨大的石碑根本无法运，只得弃置原地，形成现在南京市另一个著名景点——阳山碑材。
千禧年前夕，一座沉睡了600多年的石龟，抖掉覆盖在身上的泥土，以中华第一巨龟的雄姿破土而出。石龟是在美龄宫东侧的树林里被发现的，当时石龟与石碑身处二处，相隔数米，几乎被泥土与灌木丛湮没。据文物部门推测，这石龟的来历有两种可能。一种可能是该物就是制作明孝陵四方城中的“神功圣德碑”时留下的废品，因雕刻不满意而废弃不用。拿该物与现今四方城中的石龟相比，二者在雕刻手法上有所差异，前者粗犷而后者精细。
另外一种猜测，该物可能是原先为明孝陵制作的“无字碑”，与现今四方城内的“神功圣德碑”存在着对应关系。墓前立双碑，一碑有字，一碑无字，这种规制始于唐代帝陵，如唐太宗李世民陵前就立有双碑。建于明朝初年的凤阳明皇陵，是朱元璋为其父所建的衣冠冢，墓道上有东西两座碑亭，西边碑亭竖立着朱元璋书写的“皇陵碑”，东边碑亭即是“无字碑”。朱元璋在为自己修建陵墓时对前朝帝陵规制作了一番改革，开启了新一代的帝陵形制，包括取消陵前双碑的形式。从此以后，北京明十三陵以及清代诸帝陵均仅一碑，但有的有字，有的无字。
孝陵的神道以弯曲悠长有别于历代帝王的宽阔直接，一直使人们百思不得其解，并由此附会出很多传说。目前最流行的三种说法是：一、朱元璋是农民出身的皇帝，做事随意，包括建自己的陵墓也别出心裁；二、朱元璋要让孙权这条好汉给他的陵墓看大门，所以避开梅花山使神道变得弯弯曲曲；三、朱元璋尊重自然，顺应山水形势，设计出了这座前无古人的陵寝布局。
后来考古人员发现明孝陵整体布局呈“北斗星”图。这一新发现解释了这一离奇现象：古代帝王陵墓中有采用天宫、天象、星宿图的情况，意在追求“天人合一”、“魂归北斗”的效果，而朱元璋尤其对天象崇仰，因而在生前就把自己的陵墓设计成北斗七星的形状，“勺头”为绕梅花山而环行的导引神道部分，“勺柄”为正北方向直线排列的陵寝建筑部分，“勺头”、“勺柄”上的“七星”依次为四方城、神道望柱、棂星门、金水桥、文武坊门、享殿、宝城。从平面图上看，孝陵的“七星”排列走向与南北朝、辽代、唐代所绘制的“北斗七星”图是相同的。
考古人员还发现，孝陵的地下玄宫也呈勺子状，而且朱元璋的安葬地确切是在明孝陵，而非民间传说中的其他地方。但这一说法遭到有关人士的质疑，其直接证据是弯曲的神道是明成祖朱棣所建，而非其父朱元璋亲为，“北斗七星”一说是巧合。
有人从朱元璋一首诗“天为帐幕地为毯，日月星辰伴我眠，夜间不敢长伸腿，恐把山河一脚穿”考证认为，这首诗既显示了朱元璋君临天下、拥有四海的雄心，也隐含了朱元璋对天象的崇仰。尽管朱元璋出身寒微，又曾混迹于佛门，但天地神灵、阴阳“风水”、生死轮回等说都会对他有一定的影响，因此他把自己的皇陵设计成“北斗星”图，幻想自己在百年之后还能关照自己的江山，保护自己的后代子孙。
专家认为，明孝陵作为当时的一项国家工程，整个陵寝建造跨洪武、建文、永乐三朝，时间延续近40年。如此漫长的建陵时间，不可能没有一套设计方案和设计思想，只不过其设计理念未能得到记载而保存下来。不会简单地像传说中的那样，一定有别的道理。无论怎样，有意布置成“北斗星”状，应验“天人合一”的思想，是一种比较合理的解释。
旧谜未解，新谜又来
随着考古工作的深入、现代科技的应用，长期以来存在的一些谜，有些得到了比较合理的解释。可考察越是细致，等待探究的谜反而越多了。
太子朱标的东陵与孝陵有什么关系
明太祖朱元璋长子朱标曾被立为太子，这可能不为太多的人所熟悉。懿文太子朱标是朱元璋的长子，元至正十五年（1355年）生于太平陈迪家。朱元璋为吴王时，立他为王世子。洪武元年（1368年），朱标被立为皇太子。洪武二十四年八月，明太祖令他巡抚陕西。他中途患病，在病榻上还给父皇上书，大谈经营谋划之道和在金陵建都的事宜。第二年4月病死，终年38岁。明太祖命礼部讨论丧礼，侍郎张智等人提议说：“治丧礼俗，父为长子要服丧一年。今皇上应以日代月，服丧12日，祭奠完毕就消释平静。在京城内的文武百官要在公署住宿，第二天要穿素服到文华殿量制麻服，三天后穿麻服到春和门聚会哭丧；再过一天，穿素服行奉慰礼。那些应该参加祭礼和送丧的人，仍穿麻服系麻带举行丧礼。在京城内停止大小祭祀和奏乐，直到复土那天为止，停止嫁娶60天。在京城以外的文武百官换上素服在公署举哀，第二天穿素服行礼，停止大小祭礼和奏乐13天，停止嫁娶30天。那些内外使节致祭的，由皇上令光禄寺提供祭品，让百官致哀行礼。”
朱标本可做太平天子，可惜未登基便英年早逝。朱元璋诏令将朱标葬于孝陵之东，后世称东陵。历经600年的沧桑，东陵早已湮没无闻。1999年文物部门对东陵实施全面的考古勘探，探明东陵陵寝所在和建筑格局。东陵位于孝陵东约60米处，两座陵寝之间地下埋藏着大片建筑基址，护陵御河从东陵以东流经孝陵宫前的五龙桥。东陵陵寝总体布局与孝陵相似，由陵园、陵寝大门、享殿前门、享殿及地宫等建筑构成，享殿前门与享殿体积宏大，用材华美。陵寝围墙平面前尖后方，呈龟背形，格局特殊。
考察结果令人吃惊：经过实测资料的认真分析和推断，东陵与明孝陵共用一个施工作业面，施工的通道完全共享，因为这两个陵寝有共同的作业时间。另外，东陵太子墓的墓道西侧为“明挖”，东侧是“暗道”，半明半暗，一反常态。同时，其与太子殿等地面建筑物无直接关系。应该说，东陵太子墓的探明，为明孝陵的诸多谜团作出了释疑。但是，东陵这座“明代第十九座帝陵”自身的谜团还有多少呢？
朱元璋的妃子墓到底在哪里
现在朱元璋已基本证实被葬在独龙阜。但史料记载，明太祖朱元璋死后，为这位老皇帝殉葬的妃嫔有46人之多，宫女达12人。这批如花似玉的妃嫔，都是在朱元璋死后被太监用绳索吊死的。由于明朝正史没有记载，殉葬的妃嫔、宫女葬在何处，成为数百年来人们心中挥之不去的谜团。
根据有关文献记载，当年朱元璋下葬时有46妃殉葬于孝陵，但妃嫔墓的具体方位一直没有确切说法。1998年，文物工作者在陵宫西侧百米处的中山植物园内发现一批大型柱础和少量刻有云纹的石刻，后又钻探此处建筑遗迹和周边相关遗迹，发现此处很有可能就是记载中提到的妃嫔墓所在。再将建筑遗迹的地面、地下遗存情况跟孝陵陵宫情况比较后，更增加了妃嫔墓在中山植物园内的可能性。这只是一种可能性，要破解这个谜，还需进一步发掘证实。
神宫监、孝陵卫等孝陵附属建筑在何处
明孝陵的附属建筑有很多，如专供太监祭祀用的神宫监就是其中一座，但它的建筑位置一直找不到。1999年，研究人员在神宫前金水桥内神道东侧钻探时，发现了砖结构和石构件遗址，附近还有一口砖头砌成的水井，水井四周有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。然而，到了2000年春，研究人员又在神宫的西南角发现一片建筑遗迹——边宽一米左右的石柱础和少量的绿琉璃构件，这些绿琉璃跟孝陵里发现的一样。距这片遗迹20米左右处，他们也发现了一口明代的水井。都有生活设施——水井，而且靠近神宫，两处神宫监，到底谁是谁非？由于没有文献对神宫监的具体方位和数量作过记载，所以只有经过钻探、清理发掘以后才能对此作出正确判断。
还有南京市民现在都知道的“孝陵卫”，它真正位置在哪里也没有人知道，至今仍是一个谜。不过专家断定，这些附属建筑的地下遗存肯定躲藏在哪一角，但就是未见真迹。当时的孝陵围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽。陵内植松10万株，养鹿千头，每鹿颈间都挂有“盗宰者抵死”的银牌，号称“长生鹿”。为保卫孝陵，专设神宫监，外设孝陵卫，有军士5600人。若有樵夫误入山陵，即被“正法”斩首。
表面巨大卵石有何作用
在探陵中，考古人员还发现独龙阜山体表面至少60％的地方是经过人工修补、堆填的，宝顶上遍布有规则排列的大量巨型卵石。也就是说，独龙阜是经人工改造过的。这些巨大卵石是当年造陵工匠用双手从低处搬运上去的，这到底是帝陵美学的要求，还是为了防止雨水对陵表的冲刷和盗陵者的掘挖？或许两种功能都有，或许还有别的妙用。令人惊讶的是，考古发现，明孝陵前的动物石像竟然大多是距今约3亿年前的古生物化石。这一秘密的发现者是当地银矿的一位高级工程师，这一结论已得到许多专家的认可。这位工程师在22只动物石像上，发现藻类、珊瑚类等几类化石，其中有的凭肉眼可仔细看出，有的则要依靠放大镜的帮助。这一考古发现，使明孝陵神道石刻在具有了历史价值、艺术价值之后，又增添了科学价值。
明孝陵不仅有独一无二的宝城，还有绕着紫金山的外廓城，即俗称的红墙。据推测，当时是沿着现在的环陵路建的，但现在连其遗址都没有看到，这是一大遗憾。至于它的走向是朝哪里的，同样没有人能说得清；要恢复它，可能性也很小。明孝陵是我国现存建筑规模较大的几处帝王陵墓之一，自最前面的下马坊至后部的方城，纵深达2620米。据记载，孝陵的红墙周长22．5公里，相当于当时京城城墙长度的三分之二，可见规模之庞大。
除了大量的殉葬妃子外，作为一种恩赐，朱元璋还允许他身边的大臣死后陪葬在他的身边。目前仅发现了徐达、常遇春、李文忠、吴良、践桢等五六处功臣墓，而史书上记载的远远不止这几座，至少还有七八座。还有哪些人陪葬，这些人埋葬在什么地方，是否也是顺应天象来陪葬的，这也是尚需破译的谜。
自洪武三十一年（1398年）71岁的朱元璋归葬明孝陵开始，这位大明王朝的开国皇帝已在郁郁葱葱的紫金山中长眠了600年。在孝陵幽冥的地下宫殿里，朱元璋是以怎样的方式“度过”这漫长的6个世纪的呢？最近，记者从中山陵园管理处了解到，最近，北京十三陵文物科的王秀玲撰文大胆推测，包括朱元璋在内的明代皇帝是以罕见的侧卧姿势长眠地下数百年的，而且这种侧卧姿势暗含着呼应北斗七星的诡异谶语。这个谜的解开或许只有等发掘地宫的那一天了。
相关链接
1．明代开国皇帝朱元璋很重视天象，朱元璋生前对他居住的皇宫就精心用天象设计，称之为紫禁城，其“紫”即取天宫的紫微星。朱元璋对身后之事，更是追求一种“魂归北斗”、“天人合一”的效果。这种效果体现在孝陵建筑的整体布局上，便是一幅北斗七星图。
2．专家认为，孝陵地下宫殿的发掘在近20年内几乎不可能，主要原因是目前我国还不具备妥善保护墓葬品的条件和必要的经济实力。
3．2003年7月3日，从法国巴黎传来消息，联合国教科文组织世界遗产委员会第27届会议决定，将中国北京市的十三陵和江苏省南京市的明孝陵作为明清皇家陵寝的一部分也收录到《世界遗产名录》中。
4．自2004年4月开始，中山陵园管理局开展对明孝陵大金门和明楼甬道变形情况的监测。
