（1）常见的几种毛色
◎貂色系（S）：
属于最稳定，也是最强势的基因。色泽分布由橘黄色至深褐色皆属貂色系。纯貂色，会呈现较浅的橘黄色被毛，并在橘黄色的边缘有较深的颜色覆盖（接近褐色）。若不同时带有三色系基因，则橘黄色的被毛会作为该犬的主体颜色。
公式：SABLE+SABLE=稳定的貂色
◎混三色貂色（TS）：
带有三色基因的貂色也叫做深貂色。因为在纯貂色基因的基础上混杂了三色基因的成分，被毛颜色会较深，呈现出深褐色。这个原理简单来讲，像是在牛奶中加入了可可粉，颜色自然就深了。
公式：TRI+SABLE=深貂色
◎三色系（TRI）：
比貂色系基因弱，黑色为主体颜色，褐色分布于黑色毛的边缘，及鼻梁部位，白色分布于四肢、前胸、尾等。这种颜色为覆盖犬只全身的毛色。
公式：TRI+TRI=稳定的三色系
◎大理石色系（M）：
A：灰色大理石色系（BM）
毛色分布情况与三色系大致相同，但是原来黑色的部分，会产生如大理石色的斑纹，就像是把黑色淡化成了灰色纹路。再打个比方，就像是在黑咖啡中加入了很多牛奶所形成的纹路。
公式：BI+MERCLE=灰色大理石色系
B：混貂色的云石色（SM）
貂色大理石色系的毛色分布大致和貂色系相同，只是原来本该是貂色的部分，会产生如大理石色的斑纹，就像是把貂色淡化成了灰色的花纹。
公式：SABLE+MERCLE=混有貂色的云石色
如果将云石色系再细化详细分解，还会产生TSM（混三色貂色云石色系），PSM（纯貂色云石色系）等许多种颜色组合，在此不做赘述。
（2）纯白色（W）
通体雪白的苏格兰牧羊犬是难得一见的，它们除了头部及身上少部分的颜色会有上述三种色系（貂色系，三色系，大理石色系）的色彩外，全身大部分皆是纯白色，但偶尔会有褐色斑点在身上，相当耀眼，但基本不会影响犬只的身体健康。
这种毛色的成因是这样的，如果具有两个显性基因（W+W），就会出现身上覆盖大面积白色毛，甚至是只有头部具有深色素。而具有两个隐性基因（w+w），白色毛只会出现在合理的位置，比如白脖圈、白尾尖等。另外拥有（W+w）的苏格兰牧羊犬则会在腹部、胸部及大腿内侧出现大片的白色毛，但不会影响被毛的颜色。所以分辨一条苏格兰牧羊犬是否具有白化显性基因的最好方法，就是观察大腿内侧的毛色。如果两条（W+w）的苏格兰牧羊犬进行繁殖，就会出现以下情况（W+w）X（W+w）=（W+W）+（W+w）+（W+w）+（w+w），全白色（CHW）和正常色各占25%。
需要说明的是，国际标准是承认全白色苏格兰牧羊犬的。而喜乐蒂牧羊犬则不然，身上白色毛超过50%即判为失格，不允许繁殖。
（3）双云石基因（DM）
云石基因（MERLE）在前文已经介绍过。我们知道，人的基因分为X，x，Y，y，大写的XY被我们称为显性基因，小写的则称为隐性基因。在遗传中，显性基因会占到主导地位，例如单双眼皮的遗传。而苏格兰牧羊犬的云石基因也分为M，m（分别为显性和隐性）。
首先来看显性基因的云石和隐性基因的非云石的繁殖公式。（M+m）X（m+m）=（M+m）+（M+m）+（m+m）+（m+m），这样可以有50%的几率得到正常的云石。同理，如果用DM用于繁殖，与隐性的（m+m）相配，那得到云石的几率将是100%。
这里要做特别说明的是，MERLE基因是一把双刃剑，在掌握好了的情况下，会得到非常漂亮的大理石色。但如果是没有专业知识的随意性繁殖，就会使苏格兰牧羊犬出现很多遗传性疾病。如先天性失明，眼球发育不良等。更为严重的甚至会付出生命的代价，由于黑色素的严重缺失而造成胎死腹中的悲惨结局。
现在的宠物市场云石的价格被抬得非常之高，其中一个原因就是它们在正常繁殖的过程中属于稀有毛色。而一些不尊重生命而单纯追求利益的人就开始故意繁殖出DM，使这种拥有双倍云石基因的苏格兰牧羊犬继续繁殖，从而提高云石的出生率。虽然毛色得到了保证，但是这种基因的犬只存活率很低，即使得以存活也不会有健康的体魄。
