在豪华大厅内食用过美味的食物之后，小夜一行人分别回到了属于各自的房间内。不久正躺在床上休息的小夜，房门被人踹开，小夜定睛一看是位火箭队队员。
“这艘船已经被我们火箭队控制了，如果不想有什么伤害就把精灵球交出来！”
“我可不会就此坐以待毙！出来吧火恐龙！”随后火恐龙一招喷射火焰将火箭队成员和他的神奇宝贝给击昏了。
看着昏倒的火箭队成员，小夜皱着眉头想到，火箭队已经开始攻击了？看来圣安奴号也快要沉没了。不管火箭队成员，小夜快速的出发寻找小智三人。
小夜刚刚来到大厅便开始帮助众人对付起火箭队，同时寻找着小智等人的身影。会场上，训练家和火箭队开始了剧烈的战斗，随着火箭队渐渐倒下训练家胜利了，这时一个巨大的海浪打来整只船正在摇曳不定着。
随着火箭队被击退，所有的训练家都开始向救生船处进发。而小夜和小智也相遇了，准备一同离开。
不过只是瞬间，大厅整个倾斜起来，失去平衡的众人立时朝着另一边倒下，灯光熄灭，喧嚣声充斥着周围，在阵阵晃动中，小夜和小智三人的知觉，慢慢被剥夺~
……
圣安奴号沉没处，海军营救队在处哀悼不幸遇难的人的“安息”随着君莎扔下的花沉下，沉下……海底。
回到圣安奴号船内，小夜缓缓睁开双眼站起来摇了摇脑袋努力让自己清醒点，入眼是已然晕倒在他身边的小智等人。
看着众人，小夜缓了缓自己的身体之后，朝着小霞和小刚两人走去，随后将两人唤醒。见两人已经清醒过来，小夜朝着皮卡丘昏迷的地方走去。
“啊~~不知不觉就晕倒了。”小霞说道。
“快叫醒小智然后逃出去吧！”小刚说道。
“小智……小智……”
“你不要紧吧！小智！”
“怎么了？”小夜走过来说道，后面还跟着已然被唤醒的皮卡丘。
“不知道，小智怎么叫都不醒”小刚担忧说道。
“该不会撞坏脑袋了吧！”虽然小霞如此说道，但脸上还是一片担忧。
看着昏迷不醒的小智，皮卡丘走到小智身边，随后“皮卡~~~丘~~~”一道闪电向小智劈去。
“啊~~~呀~~~呀~~~”小智跳起了“舞蹈”回过神来对小夜说道“这到底是怎么回事啊！”看起来小智的起床气还不小。
“你看外面是什么情况就知道了。”小霞说道。
小智走到窗前看着海里的鱼说道“有鱼~~该不会……该不会是这艘船沉没了吧……”回荡在海底深处。
“啊！怎么办，海水进来了”走出门外的小智说道。
“你是男生啊！不能慌张，这里面有空气，水不会马上进来的。”小霞说道。
“是这样没错，但是这里迟早也会保不住的。”小刚严肃说道。
“就像小刚说的那样，我们要尽快找到出路才行。”小夜也在一边凝重的说着。
小夜此时正看着这里的地形，要想从下面出去的话就必须穿越整整一路水，这是行不通的，看着小智等人想到，而且人的呼吸根本就持续不了那么久。
“往上还是往下呢？”小夜自言自语道。
“因为船已经翻过来了，上面是下面，下面是上面。”小智想着说道。
“现在甲板在下方，往上走是船底的话就没路了。”小霞指着水里说道。
“那么往下，往下走好了！”小智兴奋说道。
“如果往下走的话，要是没有出口的话，那我们就完蛋了。”小刚说道。
“那你们说该怎么办呢？”小智说道。
“这个包在我身上，去吧！我的宝贝。”小霞扔出精灵球叫出角金鱼“角金鱼你去帮我们看情况，如果可以出去的话，就把海里的东西拿给我！”
角金鱼应了一声往水里去了。
片刻后……
“角金鱼怎么这么慢啊！”小智说道。
“看来果然不行呢。”小霞失望说道。
这时，角金鱼推着火箭队三人组上来……
“是火箭队啊！”小智说道。
“这……这是怎么回事啊！”小刚颤抖的说道。
这时火箭队已经恢复了，看见小夜一行人马上跳起来说道“看样子还真是冤家路窄啊！”
“可恶，你们竟敢追到这个地方来！”小刚说道。
“去吧！”随着一阵白光，阿柏怪，瓦斯弹和妙蛙种子，小火龙，杰尼龟，小拳石出现在船内……
看见这一幕小夜无奈扶额，他们到底弄不弄都清楚状况啊！
“都给我停下！现在最主要的是逃出去，而不是在这里战斗！”随后不看众人，独自一人先行离开。
“喂！喂！小夜等等我们啊！”小智连忙收起小精灵追了上去。
“我们也不想死啊！一起带上我们吧！”火箭队说着也跟上来。
“小夜，现在我们该怎么办？”看着正在思考的小夜，小智忍不住问道，其余几人也是纷纷看向他。
“在圣安奴号的船底开个洞出去。”小夜看着眼前翻过来的楼梯说道“小刚，叫你的大岩蛇出来做楼梯。”
“是这个吗？大岩蛇，你来当楼梯”小刚扔出精灵球“砰”大岩蛇架起了一座临时楼梯，“上去”小夜说着立刻跑上去。
上去后的楼道一片漆黑……
“真是伤脑筋，什么都看不见。”小刚说道。
“好，这个包在我身上，小火龙，就决定是你了！”小智说道叫出了小火龙。
小火龙微微的火光带领着众人前进，这时小智问小夜道“这条路是往那里的？”
“不知道。”小夜如实回答。
“那还走这边？”听到小夜的回答，小智瞬间淡定不能了。
“总不能坐以待毙吧？”小夜反问道。
“动力室，那里的甲板比较薄，我想我们可以逃出去了。”小霞说道。
“小霞你知道啊？”小智说道。
“当然，我制造过圣安奴号虽然只是模型。”小智等人听到小霞做过圣安奴号全都惊讶的望着她，但一听是模型全都焉了……
小夜等人遵照小霞的指示前往动力室。推开门，发现通往动力室的楼梯断了，下面正燃烧着熊熊火焰。
“不行啊！这样子根本走不到动力室嘛！”小智说道。
火箭队这时那里唠叨个不停，小夜这时叫出了妙蛙草说道“妙蛙草，拜托你用藤鞭驾到那边去。”说着指了指动力室的门。
“妙蛙”妙蛙草的四条藤鞭驾到了小夜指的门前。
“大家快走！”小夜对着众人说道，然后踏着藤鞭走过去。
“啊！我怎么没想到”小智说道。
“小夜你真行”小霞说道。
很快，小夜等人全到达了门前，小智看着火箭队说道“我们要丢下你们咯！”
“不要抛下我们啊！！！”
很快，小夜等人和火箭队到达了动力室，“好！这次该我来了，小火龙，就决定是你了。”小智叫出小火龙说道“小火龙，你用火焰烧毁天花板的铁板吧！”
小火龙开始它的工作，这时小霞说道“听好了，现在我们要用水系小精灵逃到海面去。”
“嗯，小智你呢？”小刚问道。
“我没问题，我有杰尼龟。”小智说道。
“我有迷你龙。”小夜说道。
“等……等一下，那我们该怎么办呢？”火箭队这时说道。
“你们也用水系小精灵逃生啊！”小霞理所当然的说道。
“来了！小智收回你的小火龙。”听到巨大的轰鸣声，小夜对着小智说道。
“好，小火龙，回来吧！”小智将小火龙收入精灵球。
水流开始疯狂般的涌进船内，小霞叫出了角金鱼，宝石海星，小智叫出了杰尼龟，小夜也叫出了迷你龙。
“迷你龙，拜托你制造一个大气泡将我包裹起来。”迷你龙会意，制造出了一个坚固的气泡包裹着小夜。
随着海浪，小夜等人出了圣安奴号。
冲出海面，小夜一行人浮在了海面上。看着四周的情景全都长叹一声。
“现在问题是我们看不见陆地了。”小刚说道。
“是啊！全部都是大海啊。”小智看这周围说道。
“我记的古时候有一个叫诺亚的人，他是看到鸽子叼了一根树枝回来而找到陆地的。”小刚说道。
“原来如此，这个主意太好了，我也要学他，就决定是你了，比比鸟。”小智派出比比鸟说道“比比鸟，看到东西就叼过来！”
随着比比鸟飞行在一段时间后，叼回了火箭队，随着日落月升，月落日升，小夜等人和火箭队已经饿的不行了，决定吃掉鲤鱼王，难道他们不知道鲤鱼王的愤怒有多可怕吗？果然，发现鲤鱼王不能吃后，小次郎一脚把它踢进海里，进化成暴鲤龙，一个龙之怒把小夜等人和火箭队卷飞了。
