调查研究是谋事之基，成事之道。毛泽东讲过，要先当群众的学生，后当群众的先生，实现这个转化的有效途径也是调查研究。宗教是一种文化现象，有其发生、发展和衰亡的历史过程；宗教是人的心灵对神圣事物的认知和行为上的膜拜，有其内在的规定性和系统性；宗教具有长期性、广泛性和特殊复杂性，决定了对宗教问题不能一般看待。因此，政府宗教事务管理者要高度重视调查研究，在调查研究中认识宗教的本质。
一、做学生，在大同中求小异
统一战线是研究客体异同规律的学问，宗教工作也有个异和同的问题。这个同，是宗教规律的一般相同之处；异，是不同宗教与教派的差异。做好宗教工作，只掌握宗教的一般规律是不够的，必须见微知著，了解每个宗教及其教派之间的差异，才能够全面准确地把握宗教工作的实际。做到求异，要甘当小学生，多向教内学者学习。不仅要学习不同宗教和教派的来龙去脉，而且要掌握教规教义上的细小差异，更要看到在历史上和其他教派以及社会的互动关系。吴忠这些年，分教派对大型宗教活动进行全过程观察，对不同教派的观察结果进行比较分析，找出其差别，作为决策的基础材料。他们除了调查研究境内存有的伊斯兰教哲赫忍耶学派外，还去甘肃等地调查了解库布忍耶、嘎德忍耶、虎夫耶等学派的情况，用这些学派与哲赫忍耶做比较，深入了解哲赫忍耶学派。
二、做先生，在小异中求大同
做学生的目的是为了做先生。在调查研究的基础上，经过分析、比较后得出的异，并不是认识的终结。在异中求同，找出宗教与教派发展的规律，制定政策时，就可以做到既观照差异，更着眼于类同。这样，就是跳出教派看教派，跳出宗教看宗教。实际上，也就变成先生。在实践中他们发现，不同教派间差异是小的，是次要的；而类同处则是大的，是主要的。因此，工作上要求教派之间放弃细小的争议，看到本质上的一致，各行其是，互不干涉。有些清真寺原本由是几个教派的信众组成，有的提出分坊建寺的要求，经过管理部门和宗教团体做工作，这些人也认识到了求同存异的重要意义，共同努力将寺院建成不分教派的团结寺院。
三、做智者，在不变中求万变
宗教或教派的形成，都是一定时间的产物，是长期的历史积淀。到目前为止，大体上已脉络清晰，相对稳定，这是我们说的不变。但万事万物都是在不断变化发展中，宗教或教派也是如此。这个变化更多地依靠宗教或教派内在结构的变化，也就是内因产生作用，任何外界的力量不仅不能促其结构变化，相反，会巩固内在的结构，这就是外因必须通过内因产生作用。在调查中，吴忠的管理者认为，中央的“三废除”原则，是针对门宦教派实际存在着的教主继承、放口唤、放阿訇而提出的，大的原则应该坚持。但作为门宦教派，如果将其放入一定的历史阶段，就能看出其内在结构的变化也是很大的。我们应该看到这个变化，尊重这个变化，创造条件促进这个变化。因此，提出了对门宦教派封建特权的废除应该持审慎态度，在大的原则不变的情况下，更多地依靠门宦内部的变化，任何急于求成的外力势必会适得其反的工作策略，在实践中收到了好的效果。如哲赫忍耶学派经过二百多年的繁衍，目前有三个支系：以甘肃张家川为中心的北山之系、以宁夏西吉沙沟为中心的沙沟之系、以宁夏吴忠为中心的板桥之系。在这三个支系中，北山已实行民主管理；沙沟实行“看门人”管理体制，已处于半民主管理半教权集中的状态；而板桥则仍然教权相对集中。如果按照目前这个变化速度，几十年后，北山体制很可能是未来哲赫忍耶学派通用的体制。实践证明，调查研究工作搞好了，实际工作中就能做到既稳健而又灵活，工作也就能取得更好的实效。
