公元17世纪初，拉达克与佛法之间爆发了一场导致古格王国覆灭的战争。1624年，耶稣会神父安夺德（deAndrode）等由玛那山口进入了象泉河谷扎布让一带，以优厚礼物取得古格王的同意和支持，建立了西藏高原第一座耶稣教堂，并由此引起了耶稣会和喇嘛教之间的斗争。古格王通过没收寺庙收入的办法限止喇嘛庙的活动，并企图使全体喇嘛还俗。于是在古格土邦发生内战，先由喇嘛们起来反对土王，接着土邦的小头人引进拉达克的军队。
1630年，拉达克军队占领了阿里三围，俘获了古格土王，将其押至列城，古格王国覆灭。拉达克王德日朗灰的兄弟英扎布第朗杰统治古格地区。
针对拉达克的占领，五世达赖喇嘛罗桑嘉措命令扎什伦布寺喇嘛甘丹次旺带兵与拉达克作战，经过三年的两军相峙，甘丹次旺取得胜利。把拉达克赶回列城，收回了三围。此后，西藏噶丹颇章王朝开始在阿里设“宗”管理，扎布让宗政府取代了古格王国政权。拉达克主权归西藏，享有自治权，每年向西藏进贡一次。
关于古格王国的灭亡，有一种观点认为是被森巴人（森巴为居住在拉达克西南的一个部落）所灭。然据史料记载，森巴入侵阿里，发生在19世纪前半叶，因此森巴、西藏间的战争显然是古格王国灭亡200年后的事情。
人们对古格王朝兴废的描述是基本准确的：“王朝因宗教兴，因宗教废。”正是不同宗教和不同教派之间的连年争战才最终导致了王国的覆灭。即便在“后弘法”时期，西藏各地的僧侣和信众对于佛教教义教理和修行次第的理解也是不同，这就不可避免产生不同的教派。12世纪以后，各种教派林立，由争辩、矛盾，直至发生冲突。
西藏文化与宗教的关系非常密切。宗教生活在人们整个生活的地位异常突出。所以，当17世纪天主教进入阿里的时候，一场你死我活的斗争战火已经点燃了。古格王国境内，佛教思想早已深入人心，形成根深蒂固的观念，佛教的势力占有绝对优势的地位。而传布天主教教义、公开发展信徒，无异于向佛教宣战，所以人们对传教士表现出强烈厌恶、憎恨和抵制原是情理之中。想一想，古格人可以舍身迎请高僧阿底峡，为捍卫佛教绝对会一拼到底。
这场战争的结果虽然佛教取得了胜利，但却结束了古格王国的历史，阿里高原上的繁荣彻底消失了。
舞阳贾湖遗址
贾湖遗址位于河南省中部的舞阳县北舞渡镇贾湖村。整个遗址平面呈不规则圆形，总面积约55000平方米。1983～1987年间，河南省文物研究所在此进行了6次发掘，揭露面积2358.7平方米，清理出房址45座、陶窑9座、灰坑370座，墓葬249座、瓮棺葬32座、埋狗坑10座，以及一些壕沟、小坑、柱洞等。出土的遗物十分丰富，其中最引人注目的如刻符龟甲、骨笛、稻作遗存等。贾湖的骨笛，创造了中国音乐史上的奇迹；人工栽培稻遗存的发现，证明了黄淮流域是稻作农业的起源地之一；这里发现的契刻符号，很有可能是汉字的滥觞；还有那些随葬的龟甲，反映了贾湖先民原始的宗教信仰。贾湖人所创造的文化的总体高度，远远超出我们的想象。
音乐史上的奇迹
吹奏乐器在我国古文献中有许多记载如《世本》说“女娲作笙簧”，《通历》说“帝喾造埙”。人们在距今6000年前的仰韶文化中发现了大量的陶埙，有力地印证了文献中的有关记载。我国著名音乐家吕骥曾对半坡仰韶文化遗址中出土的陶埙进行了测音研究，用音叉测得的音和用闪光测音机测定的结果，证明当时的音阶与我们现在的五声音阶中的小三度音程接近。如果说距今6000年前后的仰韶文化时期，人们制造的陶埙已达到与现在五声音阶完全相同的水平已令人惊叹的话，那么距今8000年左右的贾湖遗址发现了已具备七声、八声音阶的骨笛，更是让人匪夷所思了。然而这却是考古发掘的结果，它的真实性和科学性是不容置疑的。
贾湖遗址发掘现场图
舞阳贾湖遗址中，出土的骨笛达25支之多。除去半成品和残破者外，真正比较完整的有6支：1支5孔，1支6孔，3支7孔，1支8孔。其中的3支7孔骨笛分别珍藏于北京故宫博物院、河南博物院和河南省文物研究所。这些骨笛的制作，是先选择丹顶鹤的尺骨，截去骨关节，随后根据管长、制笛和吹笛经验、音律思想等，在骨管上刻画印记，再实施钻孔。有的是先刻好等分符号，然后钻孔。如有1件（M282∶20）7孔骨笛，在第六和第七孔间靠近第七孔处又钻一小圆孔。钻孔的工具是手钻和锥钻一类工具，材料应为水晶或燧石一类较为锋利、坚硬且有一定的柔韧性的工具。最后一道工序是调音成器，对有些音孔发音偏高或偏低或不成音列的，采取补救措施来调整发音。
贾湖遗址出土骨笛
1987年10月，由中央民族乐团黄翔鹏带队，音乐专家们对贾湖骨笛共同进行了测音研究。他们从比较完整的6支骨笛中，选定了最完整、无裂纹的一支7孔骨笛（282∶20）进行了检测，其结果发现这支骨笛的音阶结构至少是六声音阶，也可能是七声齐备的、古老的下徵调音阶。音乐家萧兴华、徐桃英先生还利用这支骨笛吹奏出我国传统名曲——《小白菜》，悠扬的音乐令所有在场的人激动不已。面对这比仰韶文化乐器要早1000多年的骨笛，而且制作水平如此之高，不能不引起人们由衷的感叹。
贾湖骨笛，与西安半坡陶哨（只能吹奏出一个二度音程）、河姆渡陶埙（只能吹奏出一个小三度音程）相比较，不知道要先进多少倍。根据目前掌握的材料，贾湖骨笛是目前世界上出土的年代最早、保存最为完整、出土个数最多且现在还能用以演奏的乐器实物。这是我国音乐考古中继湖北曾侯乙墓编钟、编磐之后，又一重大的考古发现。舞阳贾湖骨笛的发现，说明在距今8000年之前，在中原地区已初步显现了中国音乐文明的曙光。当时人们已可以制作出这样高水平的乐器，并用它来演奏出完备的五声、六声音阶和七声音阶，其准确度令人叹服。贾湖骨笛的出现绝不是偶然的。贾湖的先民们在骨笛出现之前，其音乐文化就已经达到了相当的高度。尤其是在贾湖遗址出土的、已测音的5支骨笛中，每支骨笛所发出的自然音序中都有C6这个音，虽然C6的音高稍有变化，但是它们的音准相当接近，与今天世界上公认的C6的音高相距甚微。贾湖的先民们已有了共同音高的概念，这不能不说是一个奇迹。
8000年前人类社会生活的展现
在整个发掘过程结束后，发掘者在对贾湖遗址发掘资料进行室内整理时，在一些红烧土块上惊喜地发现了几枚稻壳的痕迹，之后又发现了几例。经中国科学院植物研究所鉴定，被确认为是栽培稻。贾湖遗址发现人工栽培稻的遗存，其重要性是不言而喻的。因为关于栽培稻的起源问题，一直是农业起源研究的中心议题之一。由于中国是目前世界上发现早期稻作遗存最多的国家，又是丰富的野生稻资料的传统分布区，因而中国栽培稻起源的研究，受到国内外学术界的广泛关注。以往我们总以为黄淮流域的稻子是从长江流域传来的，北方是不产稻子的。而地处淮河流域的贾湖遗址发现了古时栽培稻的实物，无疑在稻作起源和环境考古中给了人们一种新的认识。
贾湖先民所处的生态环境表现为树林、草原和湖沼共存，气候温暖湿润，平均气温比现在高摄氏1～2度。大片的低湿洼地和丰富的野生稻资源，为发展稻作农业提供了优越的自然条件。遗址中随处可见的大量鱼骨、蚌类、龟鳖、扬子鳄、丹顶鹤以及菱角、水蕨、莲等水生、沼生动植物，说明当时这里有丰富的水热资源。从出土遗物分析，贾湖遗址发掘出土有大量的生产工具，其中有农业工具、狩猎工具、生活用具和加工工具等；从质料上分，有陶、石、骨、角、牙质等；从功能上看，狩猎工具比例最高，如骨镞、鱼镖等，农具次之。这说明除了稻作农业之外，狩猎和捕捞业在经济生活中仍占相当重要的地位。
贾湖遗址发现的房基有45座，有半地穴式和平地起建两种。房子面积小者不足5平方米，大的如多间房子者有20多平方米。值得注意的是到了中晚期，出现了中心性的大房子，很可能有中心广场一类的迹象，在遗址的南面，还发现有壕沟。这说明当时的聚落布局有了一定的规律性，有了一定的社会组织。
在发现的349座墓葬中，绝大多数为竖穴土坑葬。中晚期的墓葬大体上可分为6个墓葬群，而且已有了公基地。这使我们对公共墓地出现于6000年左右的仰韶文化的看法，再一次得到更新。墓向以西为主，葬式上分一次葬、二次葬、一次与二次葬的合葬和迁出墓四类。从墓葬的分布情况来看，贾湖在长达1000多年的连续发展中，已形成了中心聚落，且这个中心聚落至少分为几个群。先民们长期在这里繁衍生息，创造了灿烂的贾湖文化。
