东汉以来，由于豪强地主经济的恶性膨胀和名教之治的发展，使以官僚外戚为主体的世家大族和以经学起家的名儒世家两大势力迅速突起，它的进一步发展造成了深刻的社会危机，在东汉王朝濒临绝境的事实面前，统治集团，特别是士大夫阶层开始对汉以来的封建统治进行全面的检讨和反思。仲长统在总结这段历史时沉痛地写道：“嗟呼！不知来世圣人救此之道，将何用也？不知天若穷此数，将何至邪！”
东汉大乱之后，曹操首先举起“奉天子以令诸侯”的旗帜，在这个旗帜下吸引了众多的名士，如颍川名士荀彧、荀攸，北海名士孔融、管宁，冀州名士崔琰等。曹操利用这些名士统一了北方。北方统一后，曹操开始着手进行政治转变，企图代汉自立。曹操的这种行为首先受到名士阶层的反对和阻止。于是从建安十三年后，以诛孔融为开端大杀名士。与此同时，曹操发出了三次求贤令。三次求贤令的主要意义在于，它第一次在统治阶级内部公然地对儒家的忠孝、名节提出异议，曹操的这一举动的意义是重大的，它造成魏晋时期思想观念的大裂变，同时三次求贤令提出了未来玄学讨论的主要课题，即名实、才性、名法等问题。
黄初元年（222年），曹丕正式称帝，到明帝曹叡时开始改正朔、变制度，到齐王曹芳执政时，在革除旧制的基础上开始建立新的统治意识。《资治通鉴》在论及曹魏祖孙三代的政绩时，曾引沈约语说：“武皇帝（曹操）肇建洪基、拨乱夷险为魏太祖，文皇帝（曹丕）继天革命，应期受禅为魏高祖，上（魏明帝曹睿）集成大命，清定华夏，兴制以礼乐为魏烈祖。”大意是说曹操是创业平天下的，曹丕是受禅得天下的，而曹叡才是改正朔变制建立曹氏天下的。以后的玄学正是在新的统治秩序确立的基础上形成的。
正始年间，以王弼《老子注》、《周易注》、《论语释疑》的问世为标志，玄学正式产生了。王弼玄学发挥了老子自然的思想，提倡法自然，认为自然法则是凌驾于自然和社会之上的主宰者，天地间一切事物都按照自然法则在运行，临将灭亡的东西听其自然，让他灭亡，任何阻止和挽救他的企图都是徒劳无益的。同时期的玄学家夏侯玄说：“天地以自然运，圣人以自然运，自然者，道也。”这和夏侯惇在劝进表中说的“自古以来能除民害为百姓所归者即民主也”是一脉相承的。王弼及其玄学家们用自然运行、变化的理论粉碎了汉代的君权神授的谶纬神学理论，认为国家的兴衰，王朝的更替都循行着自然发展的趋势，从而为曹魏代汉找到了理论依据，同时王弼以老学改造儒学，以自然解释名教，又论证了曹魏政权的永恒性。
王弼注《老子》的宗旨主要是“崇本息末”，王弼说“《老子》之书，几乎一言以蔽之，噫！崇本息末而已矣”。王弼认为本与末的关系即无与有的关系，也即自然与名教的关系，王弼在论述其关系时指出，无形无名为万物之宗，世界上万事万物都生乎于无形，由乎于无名。但无又不是一个独立于有之外的实体，只有通过具体的形象而又不拘泥于具体的形象，才能把握它的真正含义。王弼用以具体论证的方法论是返纯归朴、得意忘言。王弼以无与有为中心把它推广到各个领域，表现在天道上是天与人、形而上与形而下、道与器，表现在伦理观念上是道与德、性与情，表现在认识论上则为意与言、静与动，表现在政治思想上则为自然与名教、无为与有为，由此建立了一套完整的思辩体系。
王弼玄学的归结点在于政治，王弼玄学在政治上要解决的一个根本问题就是名教与自然的结合问题，这个问题的提出是由当时曹魏的现实政治所引发的。曹丕称帝以后，为了加强统治实力，改变了曹操后期打击名士的政策，实行九品中正制。九品中正制以才、性相兼举用人才，这实际上是为了兼顾当时统治集团中士、庶两个阶层的利益。士即名士、士族，庶是随曹操打天下的以军功出身的人。士与庶的兼顾，表现在选举制度上就是才与性的兼容，表现在思想上就是自然与名教的统一，表现在社会生活中则是文质兼治。一般说来，儒家主文，道家尚质。司马懿曾问政于玄学家夏侯玄，夏侯玄说，文质之治要取其中则，主张文质兼治。上述说明，玄学产生是直接服务于曹魏政治的，因而这时期的玄学不能说是士族阶层的代表学说。从玄学代表人物的出身看，他们也都是曹氏集团的人，何晏是曹操的养子，王弼在曹爽执政时为台郎，夏侯玄更是曹爽集团的骨干。
至此以后，司马氏逐渐控制朝政。高平陵事变后，曹魏宗室受到致命的打击，接着司马氏开始作代魏的准备。玄学家们的政治理想被司马氏的篡权行为击得粉碎，他们的政治构想与严峻的现实发生了剧烈的冲突和碰撞，他们苦苦追寻的救世理论化作一团泡影，因而曹魏后期的玄学代表人物阮籍和嵇康开始从主张名教与自然的统一走向主张自然与名教的对立，主张由自然而越名教。这时期玄学的特征有两个方面：一、对名教的鄙弃和批判。阮籍在他后期著作《达庄论》、《大人先生传》中对名教的虚伪和欺骗进行了猛烈的抨击，深刻地揭露了那些“貌有常则，言有常度，行有常式”的礼法之士，认为这些人整天“诵六经之教，习儒家之迹”，而实际上是一群造音乱声，作色诡形的伪君子，进而提出“无君而庶物定，无臣而万事理”的无君主张。嵇康排斥儒学的态度更为激烈，主要著作有《答难养生论》、《声无哀乐论》、《答张辽叔自然好学论》等。二、自我意识的觉醒。这一时期的玄学家逐渐由政治上的失意转变为对人生自由的精神境界的追求。在阮籍、嵇康身上所存在的心理矛盾代表了当时知识分子普遍存在的忧患意识和对人生的追求。因而在他们的时代，人的问题、自我意识、精神境界的问题成了突出的时代问题。阮、嵇二人在理论上虽然不及王、何，但他们在当时的历史条件下开创了一个自我意识觉醒的运动，他们以人的问题取代了宇宙的问题，以人的哲学取代了政治哲学。如阮籍在《咏怀诗》中写道：“去者余不及，来者吾不留，愿登太华山，上与松子游。……宁与燕雀翔，不随黄鹄飞。黄鹄游四海，中路将安归。”嵇康在《游仙诗》中说：“飘飘戏玄圃，黄老路相逢，授我自然道，旷若发童蒙。”
西晋一代是玄学盛行时期，崇尚玄学的主要是世族阶层。西晋世族地位的确立主要有两个方面的原因，一是九品中正制的演变，由品状相参、才性兼顾发展为只重品性、家世，而不重才能或不看才能，二是西晋初五等爵位制和官吏占田荫客制两项法律制度的规定。至此世族世代作官就有了法律依据，这同汉魏时期的情形大不相同。世族操纵了选举，控制了朝政，因而西晋政权一开始就是建立在深刻的社会危机之上的，当时的情形是“悠悠风尘，皆奔竟之士；列官千百，无让贤之举”。世族把持政权后，一方面需要严格以等级制度来维持他们既有的地位，另一方面他们又要求无限制地发展他们的力量，在这种情况下，庄子的性分、逍遥就成为他们的理论工具，社会上于是掀起一股以庄学改造儒学的思潮。西晋中期思想家荀勗著《清心论》，刘寔著《崇让论》，潘尼著《安身论》都不同程度地发挥了庄子的性分、逍遥思想。这个浪潮中，裴頠则独树一帜，著《崇有论》，他的理论与魏晋之际的阮籍、嵇康的理论相比，走向了另一个极端。裴頠主要从名教出发指责贵无，他认为主张贵无的人，背弃了吉凶礼义，混淆了长幼、贵贱之序，主张“崇济先典，挟明大义”，但《崇有论》就其理论本身来说，很不严密，可攻击之处很多，就其政治效用来说也与当时世族的要求不相投合，所以连裴顾自己也说：“申其所怀，攻者盈集。”
当时的玄学家们大都致力于名教与老庄思想的结合。元康时期王戎同阮瞻的一段对话典型地反映了这种情形。王戎问阮瞻说：“圣人贵名教，老庄明自然，其旨同异？瞻曰：‘将无同’？”于是瞻被戎辟为椽属，时称“三字椽。”
郭像是西晋时期玄学的集大成者。郭象玄学的核心是率性逍遥。郭象说：“小大虽殊，而放于自得之场，则物任其性，事称其能，名当其分。”郭象认为，世界上的万事万物各有性分，性分是不能改变的。性就是天性，就是自然，分是智与愚，小与大，贵与贱。小大贵贱各当其位，这是自然的原始和谐。如果人们不能安分守命，那么这个和谐就要被破坏了，要恢复、维持这个和谐，就必须是人们在各自的等级内自得其乐，自得逍遥，贫穷的不要羡慕富贵的，在下的不要图谋在上的，如此，天下便大治了。
率性逍遥推衍到政治上就是“内圣外王”，郭象说：“夫神人即今所谓圣人也。夫圣人虽在庙堂之上，然其心无异于山林之中”，是要把道家从玄远的“山林之中”，拉回到现实的政治之中，也即要将名教与自然在新的基础上统一。
郭象的理论是王弼玄学体系的继承和发展，王弼解决二者关系的方法是“崇本息末”，但正是在本未沟通的问题上，有一个无法解决的难点，这就是静止不动的无，究竟如何生出川流不息、仪态万千的有呢？它使王弼陷入困境。这也是郭象玄学所无法回避的问题。郭象提出了一个高于以往所有玄学家们的一个新方法，即“独化”理论，这在当时玄学家的历史视野内无疑是一个有效的论证方法。所谓独化，是指各个事物之间的自为而相为关系。郭象认为，就表面上看来，世界上的每个事物，都以自我性分为轴心，不依赖外在的条件，整个世界处于一种多元、无序的状态，但实际上并非如此，因为就在各个具体事物的自为之中，自然而然地产生了相为的作用。《齐物论注》中说：“若天之自高，地之自卑，首自在上，足自居下，岂有递哉，虽元错于当而必自当也。”正是这种相与与无相与，相为与无相为的关系，就把整个世界组成一个普遍联系的有机统一体，郭象把这种相因之功称为“卓尔独化”。
郭象把这种理论推衍到社会政治上，那么尊卑、上下、君臣、贵贱的等级区分也是一种独化，就每个个体而言，虽然是多元的、对立的，但却都自成一个封闭和谐的小系统，就凭他们之间自为而相因的协同作用而言，那么整个社会就构成一个和谐的大系统了。
郭象的理论集中地反映了世族阶层的政治愿望，郭象的思想不是道学的简单回归，更不是儒学的变种，它是在新的形势下提出的一种新的等级统治理论。西晋后期率性逍遥成了社会的主旋律。赵王司马伦执政期间，玄学家有王戎为司徒，王衍为尚书令，当时有名的玄学人物如王澄、阮咸、阮瞻、毕卓等大都受到重用。司马越执政后，玄学家们几乎全被起用，司马越刚拜太傅，就任命王浚为骠骑将军，庾敳为军谘祭酒，胡母辅之为从事中郎，阮修为行参军，郭象为主簿。
郭象的玄学所构造的正是一个新的封建统治格局，这种模式实际上就是后来的东晋门阀政治。以世族为主体的玄学家在西晋后期已经成为西晋王朝的最大离心力量，他们以断送西晋政权为代价，力图建立一个新的政权机构。永嘉元年（307年），西晋行将崩溃，这时作太尉的王衍（大世族、玄学家）以其弟王澄为荆州都督，族弟王敦为青州刺史，并嘱托两弟说：“荆州有江汉之固，青州有负海之险，卿二人在外而吾在其中，是以为三窟矣。”建兴元年（313年），怀帝在平阳遇害，居长安的愍帝下诏以司马睿、司马保、刘琨三路七十万大军讨伐刘聪，但由于世族控制下的司马睿拒不出兵，使西晋政权组织的最后一次大规模的军事反击流产了。西晋灭亡了，但西晋的世族并没有同西晋王朝“一起拉倒”。相反，世族终于借司马睿的门面在江南建立起了东晋门阀政权，而以玄学家王澄为首的“四友”，以羊曼为首的“中兴四君”，以郗鉴为首的“玄学八伯”都成了门阀政权的中坚。
所谓门阀政治，就是几个大的世族集团轮流专政。门阀政治就其实质来说是皇权政治，但它又不完全等同于皇权政治，它是封建政权下的一个新的政体形式，在这个政体下，皇帝只是世族集团操纵下的傀儡。
东晋门阀政治建立后，又产生了新的矛盾，出现了门阀内部的权力争夺和磨擦，又造成中央集权的严重削弱，所以统治集团的一部分人又企图以恢复儒学的地位寻求出路。在东晋初、中期以后，门阀内部一直存在着玄学与儒学的斗争。东晋初以王导等为一派推崇儒学，以殷浩为一派崇尚玄学。到穆帝时，又形成会稽王司马昱、殷浩为首的玄学同以桓温为首的儒学两大派。最后桓温的儒学一派取得胜利，玄学开始退出政治舞台，逐渐蜕变为养生之学，其代表人物是葛洪、张湛，到东晋后期服药、隐游、导养之风大盛。
东晋以后，玄学基本上衰退、终结了。
