水状况是湿地驱动力之一，又可分为湿地流域水状况的变化和湿地水状况的变化。湿地流域上游的水利开发对湿地下游及边远地区的生态特征有严重的影响。筑坝、内陆流域的转化，地下水、河水的过量抽取是最常见的问题，灌溉被认为是主要的消费方式之一。湿地内水文变化可能直接影响它的生态特征。荒地开发及低地化，水的输入，灌溉水的下渗，筑坝及排水可能很快改变湿地的生态特性。就人工湿地稻田而言，大面积的水稻种植建立了一个淡水栖息地，这样的面积被限制在一定的区域内，其强烈的渗入作用提高了该区地下水位，引起盐化现象。就自然湿地河流、湖泊等来讲，由于河流经常携带着大量的物质而使河流和湖泊变浅，湿地的许多生态功能丧失。
湿地是工农业和居民生活等的主要水源地，过度的和不合理的用水已使中国湿地供水能力受到严重影响。因从湿地过度取水或开采地下水，使西北、华北的部分地区湿地水文受到威胁。西北地区如塔里木河、黑河等重要的内流河，由于水资源的不合理利用，导致下游缺水，大量植被死亡，沙进人退。近年来，黄河干涸的趋势加剧，1997年利津水文站累计断流天数达 226天，占全年总天数的62％，严重影响了下游工农业生产和人民生活。中国西部地区的湖泊也因上游地区超负荷的截水灌溉，而导致湖泊萎缩，水质咸化。新疆准噶尔盆地西部的玛纳斯湖，20世纪 50年代面积为 550平方千米，到了 60年代，由于无节制的农业垦荒和截水灌溉，注入该湖的河道从此断流，目前该湖区已变成干涸的盐地和荒漠。在水资源利用中，我国农业用水约占总用水量的70％，但水的利用率却相当低，只有 20％ ~40％，远远低于发达国家70％ ~80％的利用率水平。此外，传统的灌溉方式往往还导致土地的次生盐碱化。我国的工业用水约占总用水量的 20％，在工业生产中，中国的工业企业单位产值耗水量是发达国家的 5~10倍，工业循环用水率很低，淡水资源浪费严重。同时，一些中小企业、乡镇企业将污水直接排入江河湖泊，既降低了水的利用率，又污染了湿地。
在修建水利工程的过程中，自然河流与湖沼等湿地水体之间的天然联系遭到隔断；在挖沟排水的过程中，湿地不断疏干，从而造成湿地水文状况发生变化，湿地功能下降，最后逐渐消失。自新中国成立以来，我国仅仅在长江流域就修建了众多的水坝和涵闸，但由于考虑不周全，没有具体的保护措施，这些大坝隔断了中下游大部分湖泊与江河的联系，长江的鱼、蟹、鳗苗种等不能进入湖泊，而湖区的鱼卵也不能溯江产卵繁殖，使水产资源大大下降，严重影响了经济的发展。另外，我国在其他地区也进行水利基础设施建设，在防洪、发电、蓄水灌溉方面取得了良好的效益，但由于这些堤坝切断了鱼类的通道，使鱼类资源衰竭，同时还不利于湖水和外江水之间的交换，加快了沼泽化进程，影响了湖泊生态环境和水产资源的经济效益。例如，在我国西部内陆干旱地区的湖泊，其水源补给主要是入湖的河流。但由于人类为了发展灌溉农业，在这些河流的上游修建了拦河筑坝，使得这些湖泊由于得不到充足的水源补给而逐渐萎缩，面积逐渐减小，水质咸化，最终走向消失。当这些湖泊消失之后，对周围的环境、生态、气候也会产生重大的影响。
修建水利工程也会使湿地功能下降
营养物富集是湿地受污染的主要表现形式之一。许多湿地接受了来自城市污水及农业面源的大量氮和磷化合物，使得湿地水体严重富营养化，许多湿地水体变浅和不规则涌流，大型藻床开始发展，难闻的气味和潜在的有毒浮游植物繁盛。许多工业污染，诸如石油化工，石油精炼与运输等被认为是湿地及野生生物受污染威胁的主要污染源。塑料、杀虫剂、肥料及制药工业也是湿地水质改变的主要原因。农业化学品随径流进入湿地，废物的不适当处理也可能造成下游地区湿地的严重污染。
污染是中国湿地面临的最严重威胁之一，湿地污染不仅使水质恶化，也对湿地的生物多样性造成严重危害。目前许多天然湿地已成为工农业废水、生活污水的承泄区，湿地整体质量下降。
无处不在的水污染
中国湖泊普遍受到氮、磷等营养物质的污染，富营养化程度严重，部分湖泊汞污染也很严重。已有 2/3的湖泊受到不同程度的富营养化污染危害，其中有约 10％的湖泊达到严重富营养化程度。20世纪 80年代以来，我国水质严重污染的湖泊数量急剧增加。据中国科学院的科研人员抽样调查分析，20世纪 80~90年代的 10年间，已有 20％的湖泊因污染而丧失了基本使用功能（水质为 V类）。1998年的环境公报显示，大的淡水湖泊和城市湖泊均为中度污染。如洞庭湖，仅湖区内有工业污染源 1803个，年平均向湖中排放污水 3.5亿吨，加上大量的农业污染，致使全湖总磷、总氮超标现象十分突出。鄱阳湖每年有 1.04×10 9吨工业废水排入湖区，如注入该湖河流上游的铜矿污水排入后，使沽口至江村坂长达 200千米的水体呈浑黄色，有恶臭，致使该河段水生植被完全绝迹，甚至污水入湖的2~3千米范围内无植物生长。山东南四湖在老运河、新薛河入湖口污染最重，使湖中底栖动物绝迹，沉水和浮水植物全部死亡。据 2000年中国水资源公报，全国 24个被评价的湖泊中，水质符合或优于Ⅲ类的 9个，部分水体受到污染的 4个，水体受到严重污染的 11个。
中国江河的水质污染非常严重。根据相关资料，我国包括辽河、海河、淮河、黄河、松花江、珠江、长江等在内的七大水系的水质状况非常不好，很多河流已经失去了饮用水功能。由于每年有大量的工业废水和生活污水排入各个水系，严重威胁着人类的生产、生活。
湿地污染
近年来，近岸海域水体污染严重，总体呈继续恶化趋势。因水质污染和过度捕捞，近海生物资源量下降，近海海水养殖自身污染日趋严重。其中，尤以无机氮和无机磷营养盐污染最为严重，超标范围很广。从辽东湾、渤海湾、胶州湾一直到江苏、浙江、福建等地的近岸海域赤潮现象频繁发生，1998年我国海域监测到赤潮发生22起，其中南海 10起、东海 5起、黄海 7起，对近海养殖业造成了严重的危害，经济损失惨重。局部海域油类污染也较为严重，不仅破坏了海滨景观，也直接造成了生物多样性丧失。
由于稻田等人工湿地大量使用化肥、农药、除草剂等化学产品，已经严重污染了湿地的水质，成为湿地的主要污染源，湿地水质的变化必然会影响内陆和沿海的水体质量。所以，保护水资源势在必行。
在中国的西南、华中、华东、华南地区经常会发生酸雨现象。这些酸雨所造成的天然水体酸化现象，也在不同程度地影响着各个地区的湿地生态系统。
许多湿地被认为是一个丰富的群落资源，许多使用者试图从湿地中获取最大的利益而不考虑其可持续的收获。因此沼泽可能被过度放牧，湖泊被过度捕捞，水禽被狩猎而未考虑湿地的自身发展规律。尽管一些法律法规的出台减轻了人类对湿地造成的压力，但由于湿地本身的市场失灵，势必会对湿地的合理利用及其可持续性带来许多问题。
20世纪 50~60年代，三江平原鱼类资源十分丰富。随着人口的增加，过度捕捞、滥捕幼鱼，加上水域环境污染，致使鱼类资源衰退，某些河段已无鱼可捕，鱼类群体结构也发生变化，中低龄鱼增加，高龄鱼减少。20世纪 50年代初，若尔盖高原湿地区牲畜总量为 33.7万头（85万个羊单位），发展到 20世纪 90年代初已达到 124.3万头（415.2万个羊单位），增长 4.99倍，现已超载 250.6万个羊单位。过度发展的畜牧业，不仅使湿地面积减少，而且引起湿地退化，鼠害和虫害严重，一些地区还出现沙漠化和盐渍化现象。
在中国重要的经济海区和湖泊地区，存在着十分严重的滥捕的现象，这种现象不仅严重破坏了重要的天然经济鱼类资源，而且还严重影响着湿地的生态平衡，破坏生态系统，威胁其他水生物种的生存。随着我国渔民滥捕情况的加剧，许多海域的经济鱼类年捕获量明显减少，所捕的鱼的种类日趋单一、种群结构低龄化、小型化。在内陆湿地生态系统中，生物多样性受到严重威胁。如白鳍豚、中华鲟、达氏鲟、白鲟、江豚已成为濒危物种，长江鲟鱼、鲥鱼、银鱼等经济鱼种种群数量大大下降；湿地水禽由于被过度猎捕造成种群数量减少。
此外，湿地还遭受着以下几种破坏：
1.开荒
历史上，由于对湿地的功能和价值认识不清，导致对湿地的大面积开荒，结果使湿地大面积的丧失。据统计，中国湖泊面积比新中国成立初期减少了 130×10 4公顷，因围垦而消失的大小湖泊近 1000个。如太湖流域已围湖 239个，“千湖之省”的湖北省已减少湖泊 741个，水面减少 3/4。沼泽面积与建国初期相比已减少一半多。三江平原地区是我国最大的沼泽区，新中国成立初期，该区仅有耕地 78.6×10 4公顷，目前耕地面积已达 367.8×10 4公顷，开垦湿地 289×104公顷，到 1991年仅剩下沼泽 113.33×10 4公顷。沿海滩涂的开发也使滩涂面积迅速减少，近 40年来，我国沿海地区累计围垦滩涂湿地面积多达 100×10 4公顷，相当于沿海湿地总面积的 50％。世界各国的湿地也以惊人的速度在退化，如美国损失了 8700×10 4公顷的湿地，占原来湿地面积的 54％，主要用于农业生产。
2.过度放牧
放牧可以通过利用湿地中的食物和水资源而使湿地退化。由于牲畜排入湿地中的尿液和粪便，可造成尿素和肥料等高营养物质的输入。牛的踩踏可以使湿地中的齿状部分和坑道倒塌。对河边湿地的过度放牧可以造成河边植被的减少，影响径流的过滤作用，增加水的温度，减少鱼类和野生动物的食物和生境。由于植物的减少，河流堤岸会坍落或侵蚀而被破坏。河流的扰动和侵蚀会使下游沉积物增多，沉积会使河流和湖泊的容量减少，造成水供应和灌溉用水减少，防洪能力减弱，水力发电量减少，水的质量降低，水生生物和湿地生境受到损害。由于水的数量和质量减少，河边湿地植物的过度放牧，使美国经济受损十分严重。如果对牲畜进行圈养，牧草可以和湿地共存，可以使农民增益，增加生境的多样性。
近年来，由于人类盲目、过度地开发利用湿地，不顾湿地的承受力而过快地使用其资源，大力发展畜牧业，使湿地遭受的损伤程度较高。湿地原有的生物多样性也遭到破坏，威胁了湿地生态系统的良性循环，使湿地生态功能丧失。例如在若尔盖湿地，人们在草场上过度放牧，牲畜数量不断增加，但湿地上的植物难以满足动物的需求。所以出现了“靠天养畜”的局面。当气候条件较好时，这些牲畜也会生长较好，否则就会挨饿、等死，特殊的条件形成了这样的恶性循环—“夏饱、秋肥、冬瘦、春死”。自从畜牧业的快速发展，湿地的植物种类在大量减少。
湿地学家、植物学家和土壤学家已注意到由于过度放牧而导致的湿地变化。土壤践踏是导致湿地土壤结构变坏最引人注意的原因。压实效应造成土壤空隙减少，土壤容重增加，结果土壤通气性、渗透性和土壤蓄水能力都有所降低。家畜践踏稀有植物和濒危植物，也会使珍稀濒危动物生境退化。
在某些放牧湿地植物中，常年放牧使少数无意引进的植物种属或群落得以发展。对湿地影响最大的牧业活动是：高采食率和放牧强度过大，致使杂草侵入，降低野生动物栖息地质量。当野生动物在地面或低矮草本植被上繁殖时，土壤湿度过大，加之植被遭受病虫害、干旱、水文变化影响都会对野生动物的繁殖栖息造成很大影响。
