此外，清政府为加强对侗族先民地区的管理，除了设置府、厅、县外，还在一些地方设镇、卫、堡、协、塘、汛等基层单位，派兵驻守，逐渐打破历史上长期各自为政的格局，如在古州厅（今榕江县）周边设有寨蒿、王岭2卫，在崇义、忠诚等设40堡，安置屯军2150户。靖州设1协、10汛，城步设长安营及4汛、26塘等。清乾隆六年（1741年）后，在龙胜厅立39塘、7汛。另在一些侗族地区，清政府在镇压当地百姓反抗后，为加强对这些地区的管理和统治，还强制编立保甲制。如乾隆六年（1741年），湖南城步、绥宁及桂北各地苗、瑶、侗各族人民起义失败后，官府在善后措施中规定：“宜编立保甲，地方官因时制宜，寨大者宜十户立一牌头，十牌立一甲长。每寨择小心知事者，签立寨长一二人；寨小者就其寨户口之多寡，酌量编定，亦必签立一寨长，责其稽查。按户给发门牌，将大小丁口遂一备载。”这些措施的实行，一方面加强了中央王朝对侗族地区的管理，同时也为这一地区社会经济的发展作了一定的铺垫。
（二）侗族地区社会经济的发展
元明清时期，侗族地区的社会经济继续发展，尤其是改土归流后，民族之间的藩篱被打破，各族之间的往来与交流愈加频繁，进一步推动了该地区社会经济和文化的发展。
侗族先民专事农耕由来已久，这时期由于农田水利的建设，耕作技术的改进，铁器和牛耕的广泛使用，稻谷产量得到较大提高，清乾隆元年（1736年）的《苗疆告竣善后事宜疏》称，古州厅的车寨大坝，“上田一亩可出谷五石（每石一百斤），中田可出谷四石，下田可出谷三石”。而嘉庆年间的黎平府属“上田一亩价值二十余金（即白银20余两），丰年可出谷七石，稍次五六石，一夫力耕可至七八亩”。道光《晃州厅志》记载，明洪武年间（1368～1398年），仅沅州府属晃州巡检司就开凿了笙竹、南溪、莫家村、清水、石门五大堰塘，使许多旱地变为水田，提高了粮食作物的单位产量。又据万历《贵州通志》卷十五记载，黎平府在万历九年（1581年）第一次丈量田亩时为27220.9亩，仅3年后，即万历十二年（1584年），就增加到29434.6亩。黔东南的许多侗族地区如古州、天柱、黎平等，其时已是着名的产粮地区。不仅如此，这一时期，农作物的品种也较以前增多，如小麦、高粱、甘蔗、麻等在一些地区得到广泛种植。
侗族人擅长种植杉木，都柳江、清水江流域许多侗族人生活的地区，林木郁郁葱葱，清代时树木还成为侗族地区对外经营的重要商品。嘉庆、道光年间，一些地方已是“商贾络绎于道，编巨筏放之大江，转运于江淮”。据光绪《黎平府志》记载，当时仅由茅坪、王寨、挂治每年输出的杉木，价值就达白银200万~300万两。杉木汇集和转运之地，往往店铺林立，商贾云集，清代后期已逐渐发展成为市镇中心，如古州（今榕江县城）、龙溪口（今新晃）、王寨（今锦屏县城）、古宜（今三江县城）、丙妹（今从江县城）等。在这些地方，不仅木材运输量大，而且粮食、桐油、食盐及其他土特产等，也成为这一商道重要的交换品。
在手工业方面，纺织技艺在原有的基础上继续发展，明弘治《贵州图经新志》黎平府“风俗”条载，洞人“织花织锦”。张澍《续黔书》载：“黎平之曹洞司出洞锦，以五色绒为之，亦有花木禽兽各样，精者甲他郡，湅之水不败，渍之油不污，是夜郎苗妇之手，可与尧时海人争妙也。”而康熙年间胡奉衡的《黎平竹枝词》则有“峒锦矜夸产古州”“松火夜偕诸女伴，纺成峒布纳官租”之说。芷江侗族亦是“机织成布，足以衣被一家”，所织绢布“作轻衫长袍，缝帐幔”，有葛布、夏布等，女工甚为精巧。侗族自古以来多依山傍水而居，适应这一生态环境，其造船技术亦甚为工巧，一二吨的木船常往来于都柳江之榕江和柳州等地，成为重要的交通工具。侗族的木工技艺还表现在木构件建筑的建造方面，能工巧匠们不用一颗铁钉，就能运用榫卯穿枋技术建造出高四五丈的鼓楼。乾隆《沅州府志·艺文志》载张扶翼所撰《鼓楼记》说：“（沅州）邑治旧有鼓楼，创自明弘治年间（1488～1505年），规模宏壮，巍然为一，现岁久倾颓。”明邝露《赤雅》上卷说到鼓楼时称：“以大木一株埋地，作独脚楼，高百尺，烧五色瓦覆之，望之若锦麟矣，（铺）板。男子歌唱饮啖，夜归，缘宿其上，以此自豪。”清初诸匡鼎之《傜僮传》亦载：“（仡僚）乐有六管笙，两脚踏地而吹，众歌以倚之。又以大木一株埋地作独脚楼，高数丈，上覆瓦，铺板。男歌唱者，夜则缘宿其上，谓之罗汉楼。”
在商业方面，侗族地区的集市贸易进一步发展，尤其改土归流后，“土蛮不许出境，汉人不许入峒”的禁例被逐渐改变，许多汉族商人纷纷来到侗族地区，或行商或开铺，促进了商业贸易的活跃。一些临江市镇和各府、州县所在地成了商贾辐辏之地，乡间村寨密集之地定期集市也逐渐兴盛，农副产品、日用百货等，成为互通有无的主要商品，如六畜、油桐、茶油、土布、生漆、粮食、针线、油盐、农具等。当时较大的场集主要有靖州的新场、通道的鄱阳、怀远的古宜、龙胜的平等、天柱县的邦洞和远口、锦屏的王寨、黎平的潘老、古州的寨蒿、永从的洛乡等。湖南会同的洪江镇在乾隆时期已为“一州三县之总汇”“上通滇、黔、粤、蜀，下达荆、杨，舟楫往来，商贾辐辏，百货云集，洵边邑之货薮，四达之通衢。”而晃州之龙溪口，“江、浙、闽、粤之货亦集于此。”可见其时商贸之繁盛景象。
明清以来，随着汉族人不断迁往侗族聚居区，加之政府教育等政策的实施，民族之间的相互融合也在此过程中不时发生，汉变夷，夷变汉的记载不乏于史籍，在贵州许多地方，民族结构也由过去的夷多汉少变为了夷少汉多。《黔南识略》载：“清江厅（今剑河县）洞苗习华风，编姓氏，妇女有改汉装者，多与军联婚云。”与清江厅相邻的镇远一带侗人亦如此，该书称其“风俗与汉人同，妇女也汉妆，婚葬俱循汉礼，耻居苗类，称之以苗，则怒目相向”。而思南、石阡等地的侗族在这时期也不断汉化，《大清一统志》记载说：“峒人在思南府城朗溪司，颇类汉人。”更有甚者，有的侗人入朝为官，已与汉人无异，如檀萃《说蛮》所称：“峒人今称峒家，衣冠如汉人，亦自讳其峒人也。习汉语俗者久，子弟多读书，补诸生其能者，多役于郡邑为吏胥，不知其为峒人也。”至清末，镇远以北地区的侗人尤其是城镇地区的侗人在生活、习俗的许多方面已与汉人几无差别，民族特征不是十分明显了。即使是南部侗人地区，民族之间的融合也同样不乏事例，如《黔南识略》记清代黎平府土人说：“峒苗向化已久，男子耕凿诵讳与汉民无异，其妇女汉装弓足者与汉人通婚。”清初，朝廷曾多次下令禁止汉民与苗人通婚，但其禁令往往如一纸空文，民族之间的融合已不是政令所能阻挡的。乾隆后，鉴于民间通婚之频繁，朝廷只得弛禁，“不如一概准与民人互结姻亲，使之日相融洽，渐可以民化苗。”“与民结亲俱照民俗，以礼婚配，须凭媒妁写立婚书，仍报明该管百户、寨长等，转报地方官，立案稽查。如有奸拐贩卖，嫁妻逐婿等事，悉照民例治罪。”今后“或有愿与民人结亲者，亦应听从其便，悉照设立婚书报官之例办理”。婚姻禁例废除后，民族之间的通婚现象愈加频繁。
（三）侗族人民的反抗斗争
元明清时期，随着中央王朝对侗族地区管理的加强，以及侗族人民与外界交往的频繁，其社会经济在不断发展的同时，封建剥削和压迫也不断加深。明代初年，中央王朝实行“拨军下屯，拨民下寨”的政策，江南汉族不断进入侗族地区，并带来了高利贷的剥削方式，加重了当地人民的负担。民间谣谚说：“洪武年间，来了汉人，他们放债各样，另有规章，一年收二，两年倍偿，逼迫母亲哭得眼睛肿，逼得父亲神昏智伤。”又如据康熙《天柱县志》载，该县土豪劣绅管理的一处学田，租给农民耕种，年产谷子8.5石，岁收租谷5.2石，地主所得占年产稻谷的61%强，佃农仅得39%。除了高利贷、地租剥削，民众还得定期到土官家服徭役，向土官交纳土特产，如布匹、鸡鸭等等，甚至逢年过节、土官家的婚丧嫁娶之事也得给土官们送礼，诚如鄂尔泰在“改土归流”奏疏中所说的那样，土司年用“钱粮不过三百余两，而取于民百倍，一年四小派，三年一大派，土司一娶子妇，则民三载不敢婚”，由此而导致百姓生活十分困苦。明清以来，随着土地买卖的进一步盛行，土地逐渐被集中到少数地主阶级手中，在许多地方出现了拥有千亩以上的大地主。如乾隆末年，靖州吴、戈、储三大姓，各拥有土地千亩以上；嘉庆年间，黎平府开泰县尹所陈姓地主有田万顷；天柱县的吴、李、龙、杨号称“四大户”，各占有土地千余亩，其中龙姓地主的土地遍及两县（今天柱、锦屏）一厅（即清江厅，今剑河县）；永从县的贯洞（今从江）吴姓地主，有田近千亩。失地、无地的农民越来越多，在忍无可忍之下，侗族人民与其他民族人民一道，先后爆发了多次反抗斗争，给封建政府以沉重打击。
明洪武五年（1372年），古州八万诸洞人民起义，后被明王朝所派总兵吴良率军镇压。洪武十一年（1378年）六月，五开卫（治今黎平）上里坪吴勉率军起义，一度击败靖州卫守兵，后遭明廷总兵杨仲名领军镇压。洪武三十年（1397年），铜鼓卫上婆洞人林宽（又名林小师）率军起义，参加队伍的农民军号称10万人。他们以迅雷不及掩耳之势很快攻克龙里守御千户所，围攻黎平守御千户所。明廷以齐让为总兵官，率军前来镇压，被义军打败。后又派楚王朱桢、湘王朱柏率30万大军围攻义军，林宽领导义军进行了顽强的抵抗，终因寡不敌众而惨遭镇压。明正统十四年（1449年），黎平府属勾猛、绞桥等地苗、侗人民，联合靖州西部和怀远（今三江）等地侗族人民，举行了武装起义，并杀死了靖州知府，围攻铜鼓卫，还曾攻占了思州、天柱、玉屏等地，坚持战斗16年之久，直到明成化元年（1465年）才被明军镇压下去，沉重打击了明朝政府在这一地区的统治。明隆庆六年（1572年）八月，广西柳州府怀远县属的稿黄、大地、太平、河里等地的侗族，因不堪知县马希武的残酷压榨，2000多民众愤而揭竿起义，攻入怀远县城。明朝廷先后派总统都督李锡、两广军务殷正茂、巡抚广西都御史郭应聘等率水陆军前来镇压，义军进行了顽强英勇的抵抗，但终因寡不敌众于万历二年（1574年）而惨遭失败。万历二十八年（1600年），黎平府东南部和府属永从县侗民在吴国佐、石纂太的领导下起义。他们围攻上黄堡，攻克永从县城，围中潮所，焚毁五开，震动了明王朝在该地区的统治。次年，在明廷总兵陈良玭等率大军围剿下，义军因敌众我寡而不幸失败。
清代以来，侗族人民的反抗斗争仍此起彼伏，谱写了一页页光辉的历史篇章。清雍正十三年（1735年），古州八妹、高表等地苗、侗人民在包利、红银等领导下举起义旗，反抗清政府的地方统治。起义大军一度攻占了“新疆六厅”，攻占镇远府、黄平州、施秉等县，进逼贵阳，一时威震全国。次年，清政府调集两广、四川、云南、湖南等省兵力，以张广泗为经略大臣，重兵围剿义军，使义军伤亡惨重，大量村寨被焚毁，起义失败。乾隆五年（1740年）四月，吴金银以龙胜平等为基地，联合湖南绥宁、通道、城步等地侗族，举起了反抗清王朝的大旗。义军四面出击，攻城略地，震动了当时的桂林知府。清廷急派大军前往镇压，多遭义军击退。八月初，在清军的不断进剿下，吴金银被俘牺牲，义军也终因势单力薄而遭到镇压。咸丰五年（1855年），在太平天国革命运动的影响下，侗族农民姜应芳在贵州天柱率农民队伍举起了反清义旗。他们提出“打富济贫”“打倒大户分田地”等口号，转战于天柱、三穗、剑河等县，不断打击清军。同治元年（1862年）九月，姜应芳牺牲后，起义军在陈大陆的领导下继续坚持斗争6年之久，给予清政府以沉重打击。
明清以来的侗族人民斗争虽然都遭到了镇压，但他们英勇不屈的革命精神激励着一代又一代侗族人民，推动了侗族社会历史的发展。
五、近现代时期的侗族
（一）近代侗族
1840年鸦片战争后，西方殖民主义者用枪炮打开了长期闭关锁国的中华帝国大门，使之逐渐沦为半殖民地半封建社会，广大的中国人民从此也遭受了100余年帝国主义、封建地主的奴役和剥削。这时期，偏居西南一隅的侗族地区，虽然封建地主经济仍占主导地位，但在外国资本主义势力的蚕食和渗透、地主阶级的压榨和盘剥下，社会经济发展却长期停滞不前，人民群众生活极端困苦。
