在恭亲王之后担负军机处和总理衙门首席大臣的是庆亲王奕劻，庆亲王眼见着皇上态度的变化，但他无法向皇上重申恭亲王的遗训，公开反对康有为的建议。但他深知如果同意了康有为的这个建议，于内廷中设立制度局，必将带来权力中心的转移，甚至会形成两个权力中心。无奈中，庆亲王只好暗中将康有为奏折中“改官换人诸大端”摘要报告皇太后，一是希望皇太后出面阻止这件事的继续进行；二是如果一定要成立制度局，也应该由皇太后拍板。
皇太后虽然期待大清王朝通过改革重建辉煌，但她对所有改革尤其是涉及政治体制方面的改革极为敏感，有着明确的政策底线。她既没有忘记恭亲王临终告诫，也不愿以政治改革丧失满洲贵族根本利益，进而断送大清王朝的江山。所以，皇太后收到庆亲王的摘要报告后态度极其明白，她直率地告诉庆亲王，既然康有为这个另起炉灶设立制度局的建议不可行而皇上又热心又同意，那就由你们总理衙门依据自己的职责与权限予以“奏驳”，相信皇上肯定会充分考虑你们的意见。
有了皇太后的态度，总理衙门7月2日提出一个处理方案，对康有为、宋伯鲁等人的建议予以全面驳斥，彻底否定了另起炉灶设立制度局及新政局的任何可能。
康有为在奏折中提出参照日本明治维新的经验，在变革之始做好三件事，一是由皇帝主持大誓群臣以革旧维新；二是开制度局于宮中，将一切政事重新商定；三是设待诏所许天下士人上书。对于这三点建议，总理衙门予以全面驳斥，以为大清王朝列祖列宗御门听政，本即大誓群僚之意。如果采纳康有为的建议，事关创制，应由皇上特旨举行，非总理衙门所敢擅自做主。他如奏折中置大学士于内阁，设军机处于内廷，领以王大臣，出纳政令等，这些建议并没有什么新意，大清王朝建政之初即设立登闻院，嗣后归并于通政司。至于许天下士民上书言事，更不是什么新见解，我大清国从来都允许天下士民通过都察院上书言事，从来没有阻止士民阶层对政治的关注与建议。所以从这些事实看，大清王朝成宪昭垂，法制大备，似不必如康有为、宋伯鲁等人所请另开制度局，设待诏所，迹涉纷更，未必即有实际。
对于设立新政局及新政十二分局的建议，总理衙门的驳议以为不可行，强调如果采纳这个建议，必将严重破坏大清王朝旧有行政体制，严重削弱政府行政效率。驳议指出，大清王朝建政之初，所有庶政参照前朝旧制分属六部，佐以九卿。后因中外交涉日繁，复特设总理各国事务衙门，专办外交及通商事件。如法律隶属于刑部，稅计、农商、矿政、造币等事隶属于户部，学校、教育隶礼部，工务事隶工部，武备事隶兵部，铁路、邮政、游历、社会等项，亦均由总理衙门随时筹办。果使各部及其司员各勤职业，实事求是，既无废弛之虞，即不必更变名目。
新政十二局的建议从总体上被总理衙门所否决，但在具体的新政建设上，总理衙门也不是固守成规，一成不变。总理衙门认为，随着新政的开展，铁路、矿务建设为新政关系最要之端，现在各省都在陆续兴办，各自订立章程办法，未能统一规划，制定全国性的标准，甚至牵涉与外商的交涉，如果没有专门机构，似乎不太合适，所以总理衙门参照康有为新政十二局方案，建议将铁路、矿务两项事务从总理衙门管辖中剥离出来，成立专门管理机构，统一规划和管理全国铁路、矿务方面的事务，以一事权而免流弊。
康有为原折对于省以下机构改革也提出很多建议。他认为，省以下的道府州县皆为冗员，州县守令，既不是经过选举而产生，也没有严格考核，习气极坏，与民无关，不如对省以下机构进行大力改革，变官为差，每道设一新政局，照主考学政及洋差体例，不拘官阶，随带京衔，准其专折奏事；每县设一民政局，会同地方绅士公议新政，以厘金与之等。对于康有为的这一改革建议，总理衙门也甚不以为然。驳议强调，道府有表率之责，牧令为亲民之官，大小相维，各专责成，不得谓为尽属冗员，如果采纳改官为差的办法，那么假如任非其人，其弊更甚。驳议甚至讥讽道：该主事所请别开生面，全紊定章，亦未必有实效，应请毋庸置议。
总理衙门对于康有为政治体制改革建议进行了全面驳斥，以为如果按照康氏所请进行行政体制改革，势必给国家行政体制带来极大危害，严重削弱政府行政效率，不符合新政精神和大清王朝根本利益。驳议表示，为政之道不在多言，墨守成规固无以协经权，轻改旧章亦易滋纷扰。劝告朝廷不要听信那些政治小人胡说八道，在政治体制改革方面应该固守住那些最基本的政策底线。
总理衙门这份驳议全面否定了康有为创设制度局、新政局行政改革构想。驳议虽然具有相当充实的理由，但并没有真正说服皇上。而且另外一个值得注意的动向是，康有为等人坚守支持皇上一人的既定立场，他们不惜通过各种合法非法渠道向皇上施加压力。合法渠道是不断向皇上呈递奏折，不断从舆论上施加影响；非法渠道，如通过各种私人关系特别是通过皇帝身边太监传递信息。据说有一位姓王的太监就在康有为等人影响下，不断将各种各样政治建议通过不同方式向皇上渗透，施加似乎并不太直白但却非常重要的影响。事后有人说皇上每天的御旨有相当一部分来自康有为和他的同党，这可能有所夸大，未必属实，但也不能说毫无根据，清廷后来之所以严厉处死一批太监，可能就与此有相当关联。
在康有为等人不断鼓动下，皇上的态度确有转变，他对总理衙门的驳议极为不满，当即将总理衙门的驳议退回，要求他们重新考虑。并为此特意召见张荫桓，批评总理衙门大臣只知道批驳康有为的建议，为什么不能正面提出建设性的方案，总理衙门难道真的不准备干一件正事吗？
与那些老资格政客相比，政治新人康有为乃至皇上无疑都过于幼稚。康有为等人在通过各种手段不断向皇上施压的同时，也不断在同志中煽惑政治改革能够带来怎样的好处，进展如何。他们不知道，政治改革既有好处，又有坏处，从来就是一个零和游戏，有人得益，就有人吃亏。他们的煽惑在不断复制过程中严重变形，康有为先立后破，甚至立而不破的政治体制改革方案，终于被传成先破后立，甚至直接威胁到某些衙门或官员的实际利益。
康有为原折并没有提及裁冗员、撤衙门。而在这些传言不断流布过程中，物议沸腾，且因新党中少年兴高采烈地到处议论某官可以裁，某人必须去，现已如何奏请皇上，而皇上如何反映，何时将发御旨等。这些传言有真实，有虚构，有推测，有推理，毫无疑问，这些传言引起官场上普遍恐慌，不能说人人自危，不知所措，但人人都觉得这些新党真的是杞人忧天，无事生非。康有为等人于无形中为自己制造了对手和敌人。
办大事者慎言语、慎用人，凡事不密则害成。各种传言传来传去，竟然有裁撤六部九卿，而设立鬼子衙门，用鬼子办事之谣；竟有老迈昏庸之堂官、懵懂无知之司官，焦急欲死者。这些无知且恐慌者，除了诅谤皇上，就是痛骂康有为，以为都是康有为的那些蛊惑人心的宣传，严重影响了皇上，影响了朝廷。
官场的恐慌，无形中增加了改革阻力，将那些原本并不一定反对改革的人统统推到了对立面，推到了反对者阵营。康有为后来也曾痛心地回顾这一事件，表示他当时只是建议朝廷于中央创设新政十二局，于各省创设民政局，然而这些消息传到后来，竟然说他建议尽废内阁、六部及督抚、藩臬、司道，而张元济建议撤销翰林院、都察院，岑春煊建议废卿寺、裁局员等，也都归为康有为的建议。于是朝野震动，秩序混乱，官场上人人皆惶惶不可终日，过了今天不知是否还有明天。
懋勤殿：夺我大权？
信息不对称导致了秩序混乱，加大了改革阻力。而最了解事情真相的一些大臣们却期待着这种混乱，以便加大反对康有为的砝码。7月13日，总理衙门拖了近十天时间才对皇上的指示作出回答。
总理衙门的这次回奏是在皇上再次要求后作出的，因此不可能继续以强硬姿态直接否定康有为的方案，而是采取了迂回办法，声称康有为的方案事涉重大，牵涉国家行政体制的根本变革，且更多的不属于总理衙门分管的外交及通商事宜，均系变易内政，故而建议皇上特旨委派王公大臣会同总理衙门一起讨论，寻找出一条可行性更强的办法。
变更国家固有行政体制确实不是总理衙门的权力和责任，按照大清王朝已有的权力架构，事涉重大体制变更，必须通过具有议政功能的军机处进行讨论，所以皇上对于总理衙门的“软抵抗”毫无办法，只好采纳这个建议，指示由军机大臣会同总理衙门王大臣切实筹议具奏，毋得空言搪塞。看来皇上真的对创设新机构兴趣浓厚。
军机大臣们太清楚康有为设立制度局、新政局及改革省以下行政机构的必然后果，那就是制度局立，军机处废，所以军机大臣们出于自己利益的本能反应，只能是坚决反对。据康有为后来说，有军机大臣曾经公开宣称，康有为建议设制度局，其目的就是要废我军机。假如这个建议真的被皇上采纳，我宁愿这个军机大臣不当，也要抵抗到底，反对到底。
如果军机大臣真的采用这种极端手段反对创设制度局，那么历史极有可能改写。因为按照皇上的性格及当时的行事风格，他极有可能干脆废除军机处，开设制度局和新政局，至少也要对军机处、总理衙门的构成进行一番大的改组。礼部六堂官的集体免职证明皇上具有这样的魄力。
然而，军机大臣毕竟是大清帝国内部最富经验的政治家，他们可以背着皇帝发发牢骚，但决不会采取态度鲜明的直接对抗。新任汉军机大臣王文韶向同仁分析道，皇上的倾向性已很明显，他受康有为的蛊惑，已下定决心设立制度局、新政局，并肯定要对整个帝国的行政体制进行全面改革。皇上既然让我们对这个方案发表意见，那是给我们一次机会，如果我们不充分利用这次机会，明白表达不同意见，尽量说服皇上回心转意，而是延续总理衙门先前简单粗暴的否定，那么按照皇上的性格，极有可能明发上谕，宣布成立制度局、新政局，并对帝国的整个体制进行全面改革。这样一来，我们这些军机大臣、总理衙门大臣就真的没有什么权力了，未来的改革乃至帝国的全部事务都必将被康有为一班人所主导。王文韶建议，为了大清帝国的整体利益，也为了各位军机大臣、总理衙门大臣的利益，与其对康有为的方案全面对抗导致皇上接受康有为的方案，不如仔细分析康有为方案的漏洞，提出一个不一样的合理方案。
王文韶的一番分析使军机大臣们茅塞顿开，经过一番周密准备，军机处于8月2日向皇上呈递了并没有“空言搪塞”奏议。这份奏议虽然在目的上与总理衙门前两次驳议一样，是要彻底否定康有为的行政改革方案，但道理要比总理衙门的驳议说得清楚，论证也比较周密。
奏议说，根据皇上的指示，军机大臣会同总理衙门大臣对康有为的改革方案进行了详细讨论，大臣们认为康有为奏折中的许多看法是有价值的，大清王朝在最近若干年所面临的外交困难，确乎如康有为所分析的那样有着很深的背景与原因，中国要克服这些困难，确乎应该及时发奋，革旧图新，于中外局势、各国环伺中国的情形，了如指掌，知己知彼。像康有为所上的《俄大彼得变政记》《日本变政考》等著作，也确实有许多振聋发聩的精辟见解，康有为所建议的许多变法自强之策，确实有根有据，切中要害，具有相当参考价值。
军机大臣们强调，诚如康有为所言，自甲午战争以来，西方各国自以为帮助过我们，狡焉思逞，藉端要挟，瑕衅横生，外交困难日甚一日。论政艺则彼巧而我拙，论兵力则彼强而我弱，论财用则彼富而我贫。这是目前的实情。中国既不能闭关自守，又适值万国竞争之时，诚亘古未有之变局。在这样一种国际背景下而拘牵成规，墨守旧章，徐图补救，显然很难达到预期目的。世变既大，则治世之法亦应因之而变。这是历千古而不易的道理。
应该承认，军机大臣们的这番道理确实比先前总理衙门的驳议要好得多，至少他们没有再一味否定康有为改革方案的价值，而是在高度抽象的意义上充分肯定了康有为变法维新思想的意义，这就在很大程度上迎合了皇上的认识。
军机大臣在奏折中接着说，至于听政纳言，设官分职，我大清王朝定鼎中原以来，集历代百王之成法，革前代之秕政，列圣相承，时有损益，故已百度修明，粲然大备。应该肯定，大清王朝政治体制在列祖列宗主导下，已经建立一套比较完备的体制。当然，正如所有事物一样，积习相沿，法久则弊，甚至弊存而法亡。所以，不断革新，与时俱进，是为政者时刻应该坚守的原则。不过，任何弃旧图新、与时俱进，都是对旧有体制的修正和修补，而不必尽变其初立之法，从根本上否定旧体制的价值。
