第一节 修持次第
三一教的教义不仅强调日常的纲常人伦，同样也强调心身性命的修炼，即世间法与出世间法并重，也就是强调门徒在修炼过程中应该内外兼修，重视心身性命的同时，不能够废弃世俗的伦理道德。
“三纲四业，世间法也，以与世间人道也；性与天道，出世间法也，以与出世间人道也。然孔子之道虽曰高矣美矣，而其教人也，则必以世间法为先”，在这里，林兆恩对于门人的修持顺序实际上已经强调的很清楚了，入门弟子首先应该重视世间法，亦即要加强伦理道德的要求，以儒家传统的纲常伦理来约束自己的日常行为。当然，光有世间法的修持是不够的，还应该有出世间法的修持，亦即对于性与天道的体认和把握。
所以，从对门人弟子修行的要求来看，林兆恩首先强调的是世间法与出世间法的区分，在这层区别的基础上，应当以世间法为先、为重，对于这一点，林兆恩在其论述中曾多次强调世间法的重要性，“纵知心身性命之学，而不三纲，而不五常，不士、不农、不工、不商，且不可谓之人矣，而况曰道人乎？若或不知心身性命之学，而能三纲焉、五常焉、士焉、农焉、工焉、商焉，固不可谓之道人，抑亦可以为人矣”，“余之所以教人者，虽曰兼之以出世间法矣，然而不能不以世间法为重，而亦不能不以世间法为先。”出世间法和世间法的区分，是其对于修持的基本原则的强调。在林兆恩看来，任何学道都是要求出世间法，或是为圣，或是为仙，或是为佛，但是，如果不能够处理好世间法的问题，却连最基本的人都做不了，又遑论圣、仙、佛，“不知世间法则不可以为人，不知出世间法则不可以为圣，不可以为仙，不可以为佛。若古今之言出世间法者，何限也。而儒之成圣，道之成仙，释之成佛者，可得而数矣。而况人道不修，而曰我能以圣学而圣，以仙学而仙，以佛学而佛，余盖弗能知之矣。……余虽无所用于时矣，亦必以世间法为重，而先之者以此”。所以，林兆恩对于门人修持的基本原则是要以世间法为先、为重，即以儒家的纲常伦理为基本。
以世间法为重，并不是不追求出世间法，只是强调先做好“人”，才有可能成圣、成仙、成佛，“以处世间而能以世间法与出世间法教人者，上也；不知出世间法而专以世间法教人者，其次也；若或弃去世间法而专以出世间法教人者，又其次也”。在林兆恩看来，心性之学与纲常伦理之间是不矛盾的，最好的方法就是要在世间将世间法于出世间法结合起来，以教育门人，而不是脱离人伦而片面追求成圣、成仙、成佛，“如或离弃父母，深栖远遁，不续纲常，以为高且洁者，不惟非儒者之道，是亦二氏之异端也。诚使内能明乎心性之学，外不绝乎人伦之大，并时兼修，不相妨碍者上也。或先续纲常，后了斯道，如释迦生子罗睺罗，然后，灵山说法；向子平婚嫁已毕，遂飘然游遍五岳。或先了斯道，后续纲常，如鸠摩罗什已证大乘，而别立廨舍；邵尧夫四十始昏，而生子者次也。”所以，林兆恩要求门人能够在做好世间法的基础之上，亦即在士、农、工、商四业的基础之上，遵守纲常伦理，然后，同时行出世间法。如何才能做到世间法与出世间法的结合呢？林兆恩认为人在世间只要具有了“出世间心”，然后就可以同时行出世间法了，什么叫“出世间心”？“以其心不著于世间也，故谓之出世间心”，换句话说，就是不被世俗的一切是非纷争所牵绊，不沉湎于世俗的利害冲突，如果能够做到这一点的话，也就能“出世而不离世，仙境只在人间”。
林兆恩对于弟子修持的基本原则，简单地说就是以世间法为重，将世间法与出世间法统一起来。这样的修持原则对于门人来说，既有俗世生活中的人伦要求，又有心性修养方面的追求。就具体的修持过程而言，林兆恩要求门人必须依照立本、入门、极则这样的顺序，依次修炼：余之设科也，有曰“立本”者，是乃儒教之所以为教也；有曰“入门”者，是乃道教之所以为教也；有曰“极则”者，是乃释教之所以为教也。而其教之序也，先立本，次入门，次极则。故不知立本，则人道不修，无以为入门之地；不知入门，则心法不持，无以为极则之先。……人道不修则本不立，而曰可以窥圣人之门墙者未也，而况乎不可使知之道可得而知乎？余之立教也，先以孝弟忠信、礼义廉耻，以尽人道而已矣；次而求放心存心，不失赤子之心，以明心法而已矣；又次而虚空本体、本体虚空，是乃百尺竿头，更进一步，而所谓最上乘者，以复其心之本虚而已矣。若也不知人道，不明心法，而遽谈尽性至命之学，则曰我能虚空矣者，妄也。
林兆恩将修持的次第分为立本、入门和极则三个阶段，先立本，后入门，最后才是极则。何谓立本、入门、极则？简单地说，立本是强调人伦道德，入门是强调心法修炼，极则强调的是虚空本体。立本、入门、极则这三者在林兆恩这里是同三教相联系在一起的，儒为立本，道为入门，释为极则。但是，三者也并不是与三教严格地一一对应，作为一种修持的方式，三者普遍存在于三教之中，即儒不仅有立本，也有入门和极则；道不仅有入门，也有立本和极则；释不仅是极则，也有立本和入门。就立本而言，儒家强调纲常伦理，而道、释之教也是不弃伦常的，“忠孝者，其立本也。从古以来，岂有不忠不孝而能成仙作佛者哉？”“辟世非道，离人非学”，不管是儒，或道，或释，在林兆恩看来，对于纲常伦理（或者简单地说是忠孝）的重视是他们所共同的。就入门而言，不只是道教有心法，因为所谓心法就是“事心之法”，儒、释都有事心之法，儒家《中庸》的“致中和”，《孟子》的“居仁持志”，佛教《金刚经》的“降服其心”，《坛经》的“无所住而生其心”，都是入门的心法。就极则而言，不只是佛教有着对于虚空本体的把握，儒、道二者都有，儒家《周易》的“变动不居，周流六虚”，《论语》的“从心所欲不逾矩”，道教的“虚空粉碎”，都是对于虚空本体的体认。也正是在此基础之上，林兆恩认为三教是一致的，故对于门人的修炼而言，应当将三者结合起来，在修持之中，也坚持了三教合一的基本主张：余之所以合三氏之教而一之者，非他也。三纲四业而为教之始也，见性子三教正宗统论入门而为教之中也，虚空本体而为教之终也。
这是林兆恩三教合一的宗教思想的基本内涵，也是林兆恩对于门人修持的基本要求。修持应当先从三纲四业开始，这是人道之本，是对于人的日常行为的最基本的规范，这是属于世间法的范围。在日常生活中恪守伦常，然后才能修炼心法，以求明心见性，最后达到对虚空本体的把握，这是属于出世间法的范围。先立本，次入门，次极则，这是三一教门人修行的基本次第，在具体的修行实践中是不可以违背着这样的顺序的，否则要受到教规戒律的惩罚，林兆恩的《五切不可示诸生》的第五条就明确规定“为学有序，切不可不知立本而居用入门之功，不知入门而居谈极则之大”。
以上为基本的修持原则和修持次第，这是三一教对于门人修持的最为基本的规定，只有严格做到这一点，才能进行具体的心法修持。在三一教中，具体的修持以“九序心法”为基础，所有的修持基本上都是围绕九序展开的。由“九序心法”出发，在其历史发展中，也产生了不少变形形式，这将在下文详细阐述。
第二节 孔门心法
在具体讨论九序心法之前，首先来关注一下在林兆恩作品中以及后世三一教的修持中经常提及的孔门心法。在林兆恩看来，所谓的心法就是事心之法，“心法也者，事心之法也”，是用以入门的。林兆恩以立本、入门、极则，作为修炼的基本次第，强调三教归儒，儒归孔子。在其对三教的分判中，儒为立本，道为入门，释为极则，但是，三者并不是有严格的区分的，实际上儒、道、释三者就其根本而言都是一致的，都包含有立本（伦理方面的要求）、入门（心法的修炼）、极则（虚空本体）。这里所言的孔门心法，即是以孔子为代表的儒家思想中所包含的入门方法，对此，林兆恩强调得非常多，而且也作为了对门人弟子的一个基本要求的形式提了出来。
隆庆六年（1572）在改作三纲五常堂、合一堂之后，林兆恩曾这样训诫弟子：士能持受孔门心法，能时习举子业而两不相妨碍者，是吾弟子也。入，若不能受孔门心法，即与俗儒无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法衣，而仪举子业为相妨碍轻弃去之，谓之士也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者坐于东舍，毋越他舍混坐。农者、工者、商者，能持受孔门心法，各守常分，各安常业者，是吾弟子也。入，若不能持受孔门心法，即与俗农俗工俗商无别，非吾弟子也，勿入；若能持受孔门心法矣，而不守常分，不安常业，谓之农、谓之工、谓之商也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于西舍，毋越他舍混坐。布衣之士，能持受孔门心法，兼理家政，而仰足事俯足蓄者，是吾弟子也。入，若不能持受孔门心法，即与俗流无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而仰不事俯不蓄，谓之布衣之士也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于东之东舍，毋越他舍混坐。道释之徒，能持受孔门心法，又且诵习经典，而奉其戒律者，是吾弟子也。入，若不能持受孔门心法，即与俗僧俗道无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而不习经典，不奉戒律，谓之道释之徒也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于西之西舍，毋越他舍而混坐。
在这里，孔门心法无疑成为了林氏对于弟子的最为基本的要求之一。那么，所谓的孔门心法其所指的是什么？对此，林兆恩有着比较详细的解释，“《论语》所谓敬而无失、居之无厌，《大学》之止至善、格物致知，《中庸》之致中和、致曲而诚，《孟子》之居仁持志，《易》之直内、止其所，《诗》之敬止，《书》之钦厥止，《礼》之俨若思，是皆所谓‘孔门心法’，道教之入门也”，这里，林兆恩从儒家的经典中找到的一些论述，这些论述在林氏看来都是儒家用来修心的方法，其基本的目的就是要达到内心的平静，不被外部的诱惑所牵引，亦即林兆恩所说的，要保持“心在腔子里”的状态。“心在腔子里”，是宋明理学常用的一种说法，“心要在腔子里，不可骛外”（《二程遗书》卷七），“心要在腔子里，只外面有些隙罅，便走了”（《近思录》卷四《存养》）等等，实际上是用来保持心静的一种方法，使得人心不为外物所诱，进而迷失本性。林兆恩这里显然是承袭了宋明理学的说法，但是，林兆恩将这种观念往前追溯至先秦，认为这是儒家自古以来的传统，对此在《书三教会编附录》中有着详细的说明：林子曰：“孔子之儒之所以相与授受者，自有心法在焉。”“夫所谓心法者何法也？”林子曰：“心在腔子里者是也。”“夫心在腔子里，岂非宋儒者始言之邪？”林子曰：“子独不闻尧之钦，孔子之敬者乎？钦也者，敬也。敬也者，心之主乎中也。《易》之《艮》曰：‘艮其止，止其所也。’《系辞》曰：‘洗心退藏于密。’所也，密也，即所谓腔子里也。止其所而藏于密者，非所谓心在腔子里乎？他如‘中心安仁’者，安此心于此腔子里也；‘操则存’，操此心于此腔子里也；‘先立乎其大’者，先立此心于此腔子里也。”“然心在腔子里，固圣学之所以事其心矣，岂不从静中而后能存存不息欤？”林子曰：“静不在静，而心在腔子里便能静矣。故静而心在腔子里者静也，动而心在腔子里者静也。孔子曰：‘君子无终食之间违仁，造次必于是，颠沛必于是。’由此观之，岂特动而心在腔子里而静邪？虽造次之际亦要心在腔子里而静也。岂特造次之际心要在腔子里而静邪？虽至颠沛之顷亦要心在腔子里而静也。若道释者流之不三纲、不五常、不士、不农、不工、不商，离人绝物，荒唐枯槁，以此求静，岂曰能静，岂所谓孔门心法，而为圣人之学之大哉？”在林兆恩看来，所谓的“心在腔子里”，实际上也就是要保持人的本心不因外物而改变，这是儒家一贯的传统，并非自宋儒始。而要做到“心在腔子里”，不是教人像道、释一样断弃人伦遁世以静坐来求得内心的平静，而是要不管遇到何种状况都应该保持自己的本心，在现实的、具体的生活中去做到内心的平静。这是门人在具体修炼中所必须贯彻的基本原则，后来也成为了三一教门人所必须遵守的教规戒律。
但是，孔门心法并不等同于九序心法，不能将两者混淆起来。两者的区别，简单地说，孔门心法是要求门人在日常生活中时时刻刻都要保持内心的平静，不被外物所诱惑，这是基本的原则，贯穿于门人日常生活的始终。而九序心法则是具体的修持方法，是门人在坚持孔门心法的基本要求的基础之上所进行的一种具体的修炼，它的内容包含入门、极则两个层次，其中包含有道、释二教的修行方法。
