林兆恩的设教传道活动正处于阳明心学盛行的明嘉靖万历年间，他是从其祖父林富那里接触到阳明心学的。林富任南京大理寺评事时，与王阳明一样均因忤权贵刘谨而先后入狱，两人在狱中患难与共，时常一起谈学论道，据说曾经一起讨论过《周易》。
林富、王阳明出狱后均得朝廷的重用，嘉靖七年，林富协助王阳明镇压了八寨瑶族起义。王阳明病重后，推荐林富接任兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总制两广。嘉靖十一年（1532），林富致仕归乡，在东岩山设立讲坛，宣扬阳明心学。林兆恩一直是在林富的教导下习举子业，直到嘉靖十八年（1539）林富去世。嘉靖十八年以后，林兆恩与王学代表人物亦常有往来。嘉靖二十五年（1546），林兆恩前往江西拜见江右学派的中坚人物罗洪先，后来两人时常有书信来往。嘉靖三十一年（1552），林兆恩在给罗洪先的复函中，介绍了自己弃名学道的过程，阐述了自己的三教合一论。此外，林兆恩还与泰州学派的何心隐密切交往。何心隐曾于嘉靖三十八年（1559）到莆田，在林府住了一个多月，何心隐对林兆恩说：“昔儒道释三大教门，孔子老子释迦已做了。今只有三教合一，乃第一等事业，第一大教门也。兹又属之先生。我即不能为三教弟子，愿为三教执鞭焉。”从林兆恩的身世、交游而论，其思想受阳明心学的影响应当是毫无疑问的。
然而，或者是林兆恩为了刻意求新立异，抑或是为了避免王学末流所带来的空疏、清淡的弊端，在其著作之中，林兆恩很少明确提及王阳明及其后学。
但是在《林子三教正宗统论》，与阳明心学的相类似的表述则随处可见，这些论述中，其思想受阳明心学的影响亦可见一斑。王阳明提出“心外无物”说，林兆恩同样也认为心是宇宙万物的本源，它“本自广大，包罗天地万物，而无有能外之者乎”，而且，“心也者，无所不包者也，故天之体不足以拟其大；心也者，无所不入者也，故物之细不足以拟其微”。林兆恩认为，心不是物质的，它不生不灭，无始无终，主宰着宇宙万物。
“万物之所以为万物者，以其有我也，我而我之，而万物之所以生成者，我也；天地之所以为天地者，以其有我也，我而我之，而天地之所以造化者，我也；虚空之所以为虚空者，以其有我也，我而我之，而虚空之所以为虚空者，我也。”“天地有坏，而此心不坏者，心本虚也”。王阳明提出“心外无理”的“良知说”，林兆恩亦强调“圣人之道，人人具足，仁我所本有而具足也，义我所本有而具足也”，“圣人之知，我可得而知者，以其知乃我所本有之良知也。若知者之知，则舍我所本有之良知，而务为人之难知以为知也。圣人之能，我可得而能者，以其能乃我所本有之良能也。若贤者之能，则舍我所本有之良能，而务为人之所难能以为能也”，“窃以人之一心，至理成具，欲为儒则儒，欲为道则道，欲为释则释，在我而已，而非有外也。”王阳明反对朱熹的“格物致知”说，提出了“致知格物”说。林兆恩也反对朱熹的“格物致知”说，认为“其所谓今日格一物，明日格一物者，此朱子之学，亦惟朱子能之”，“若宋儒之所谓今日格一物，明日格一物者，繁难零碎，不胜其劳。惟是之故，故天之视圣人，真如天之不可得而阶也。况一草一木之细，在所必察，而至于表里精粗无不到焉，亦奚为邪？”在林兆恩看来，格物不是去认识世界万物，不是从外界去寻找天理，而应到万物皆备于一心之中去寻找，格物的根本含义就是排除蒙蔽“良知”的“人欲”，“复其无物之本体，神其不凿之妙用也”。王阳明提出即心即圣的口号，林兆恩也说：“吾心一圣人也”，“神明不测者，心也，圣人也；变化无方者，心也，圣人也。”就以上的种种论述而言，林兆恩所受阳明心学的影响也是显然的，阳明心学成为了林兆恩思想的基本来源，或者说，构成了林兆恩思想的基本理论前提。也正是在阳明心学的基础之上，林兆恩“三教合一”的宗教理论思想才具有了坚实的基础。
第二节 林兆恩思想与道教
林兆恩在嘉靖三十年（1551）放弃举子业，开始了其寻求性命之道的历程，他思想的转型也在这个时候开始出现。林氏自幼受到系统的儒家思想训练，但是，屡次科举失败给他带来不小的打击，从35岁开始，林兆恩出入儒、道、释三教之间，以寻求心身性命的要道。在此期间，接受了道、释两家思想的影响，最后形成其独特的三教合一学说。就道教思想的影响来看，对林兆恩思想起关键作用的是道教内丹学。
林兆恩所受道教内丹学思想的影响，可以从林氏所接触到的道教人物来说明。在林氏思想体系发展过程中有两个人——上阳子卓晚春和张三峰——具有非常重要的作用。在《林子三教正宗统论》中，还收有两人的著作，分别为张三峰的《玄歌》、《玄谭》，以及卓晚春的《寤言录》、《卓仙诗》。卓和张两人与林兆恩的交往，对于林兆恩道教思想的发展有着密切的关系，通过卓晚春，林兆恩开始接触道教内丹学思想，而张三峰则使得林兆恩的道教内丹学思想最后成型。卓晚春，莆田人，生于嘉靖年间，自号无山子，上阳子，时人称为“小仙”。林兆恩与之交往甚多，在当时有“卓狂林颠”之名。
对于林兆恩而言，作为道教神仙类人物的卓晚春对于他的作用是让道教的思想和观念进入了林兆恩的世界。也正是在与卓晚春交往之后，林兆恩开始了其修道之路，真正进入了道教的理论世界（特别是内丹学），并深受其影响。嘉靖二十五年（1546），林所得的“八闽第一”之兆，在嘉靖二十七年（1548），卓晚春访林府，为林兆恩解为“九转还丹”（道教丹法之一，谓经过九转而练成纯阳之大丹），而这也就促使林兆恩开始寻师访道，《年谱》称其因此“豁然大悟”。这也就是卓晚春的作用所在，而当林兆恩需要进一步询问“修真要诀”的时候，卓晚春并没有应允，而是自此消失了。因此，卓晚春对于林兆恩来说只是一座桥梁，经由他，林兆恩开始了其心身性命的修炼。而对于他的思想影响较大的，应该是张三峰。与张三峰的交往，《年谱》中有一则记载：“（隆庆）八年庚辰，先生六十四，春游鼓山，夏往武夷。……时张三峰真人晦其姓名曰桃文羽，来见先生剧谈玄秘，有玄歌、玄谭，先生悉录以付梓。”按照这则记载，张三峰当曾传修真要诀于林兆恩，而三峰丹法，按照记载，属于内丹派，提倡内丹修炼，因此，其所传于林的也应当是内丹修炼方法。对照《林子三教正宗统论》第三十五册中所载张三峰的《玄歌》、《玄谭》即可知，其丹法接近于内丹东派陆西星的阴阳双修。
除了卓晚春和张三峰，据《实录》记载，嘉靖四十三年（公元1564年），林兆恩曾从吕纯阳（即吕洞宾，相传为内丹道创始人）处学到丹法秘诀，“先是教主紫金丹温养未就，纯阳祖乃显化泉南，讬为市药，以其诀授教主门人杨质斋，之莆以语教主，教主聆之豁然，质斋竟未解其意，再复询之，遂忘之矣，可知大道真秘密也。”当然，无论是《年谱》，还是《实录》都会有其弟子夸大其辞的地方，再加上林兆恩后来是作为神一样来崇拜的，这样的夸大也就更是难免。但是，至少有一点是可以肯定的，即林兆恩对于道教相当熟悉，并且受到过道教（特别是内丹学，因为宋以后丹法主要是内丹道）的影响。
