朱棣得知武胜已被逮入狱，知道使节战就到此为止了。它无异于朝廷决定与燕军再次开战的宣言。
朱棣说：“今武胜既执，则志不可转。自古敌国往来，理无执使，但执使，即为挑衅。其所以若此是必欲见灭我矣。岂能匏系于此，为人所制乎？”
朱棣分析官军形势，认为其精锐皆集中于德州，其资粮皆须经过徐、沛。他决定调轻骑数千，烧其粮船。如此，则德州之饷必不给，众必瓦解。然后严师待之，以逸击劳，以饱击饥，可以必胜。于是，朱棣派遣都指挥李远等率六千骑，扰官军饷道。
为了靠近官军，使之不疑。李远等人换上官军的甲胄，但又恐两军临阵，彼此不分，便约定临战时每个战士都要在身后插上一把柳枝。李远等人直驱东南，渐入官军控制的地区。他们一路来到济宁谷亭、沛县 ，敌人竟未发觉。李远将军兴以来官军在此的全部积储付之一炬，粮船数万艘、粮数百万尽行焚毁，军资器械俱为煨烬。河水尽热，鱼鳖皆浮死，漕运军士惊骇而散。这一仗不仅使德州驻军的粮饷难以为继，而且震动了京师。盛庸听说官军粮饷被焚，派裨将袁宇领步军三万，邀劫其归路。李远知袁军迫近，便在村中设伏兵，而以少数骑兵将敌兵诱入埋伏。官军大败，战死万余人，损失战马三千匹。
朱棣驻军大名，在派兵赴沛县前后，分兵骚扰彰德。彰德在河南，由都督赵靖率师把守。府东北有尾尖寨，为晋以来所置古堡。地当要冲，路经险隘。官军在此也驻有军队，并动员当地百姓共同把守。以阻挡燕军饷道，与彰德相犄角。朱棣设计，派骑兵数人每日往来于彰德城下，扰其樵采。守军来追则引去。城中乏薪，不将已，往往拆屋为炊。这时朱棣说：“贼窘迫，遥见人少，必来追，吾必擒贼，使其闭门，不复敢出。”于是，派入伏兵于城旁山麓，另派几名骑兵到城下诱敌。官军果出城来追，正中埋伏，仓皇奔入城中，从此不敢出城。继而，朱棣派兵进攻尾尖寨。通向尾尖寨的路十分狭窄，只容一人通过。元末大乱，乡民聚众自保，虽仅数百人，但数万兵攻之不能破。朱棣观此形势，认为硬攻不易得手，只会白白死伤士卒。他决定暂缓进攻，待敌人稍有麻痹，再以计攻之。不久，燕军出钱觅得一个熟悉路的人为向导。命都指挥张礼带兵千余，乘月夜往攻尾尖寨。这天傍晚，下着小雨，张礼屯兵寨下。他挑选了勇士十余人偷偷攀登近寨，杀死守关者，留其一人引路直抵寨门。燕军突然举炮，守军惊乱。张礼向寨中大呼：“我先锋也，大军已驻寨下，尔等速降则生，不降，其大军且至，即破关，欲降无及矣。”
守寨军民以为其寨不可守，纷纷投降。既而林县守军也率众举城而降。
尾尖寨既下，朱棣派人前去招降赵清。使人入彰德，说明来意，赵清令其传话给朱棣：“殿下至京城日，但以二指许帖召臣，臣不敢不至。今未敢也。”使者回报朱棣，朱棣甚喜。他想到了攻下南京之日，天下传檄而定，谁敢不从。于是便放松对彰德的进攻 。
燕军逐渐南进，离北平日远。南进既不能速决，北平则颇有后顾之忧。这时，驻守真定的平安料定北平空虚，便率兵北上进攻北平。官军营于平村，离城五十里，扰其耕牧。燕世子朱高炽督众固守，遣人急驰南下燕王军中告急。朱棣正担心德州的官军可能会乘虚北进，却没想到平安军会进攻北平。燕军急还师至真定 。接到世子送来消息，说是北平被围，朱棣召都指挥刘江商议对策。刘江慷慨请行，并表示正在考虑如何对付。这时朱高煦也请求与刘江一同先行北上。刘江说，就这样走不行，如此疲于奔命，徒为敌人耻笑。过了一会儿，刘江计上心来，对朱棣说：“臣策成矣！”朱棣十分高兴，招呼备酒送行。
刘江与朱棣约定：“臣至北平，以炮响为号。二次炮响则决围，三次炮响则进城。若不闻第三炮则臣战死矣。臣若入城中，既闻外间救至，则守城军士勇气自倍。宜令军士人带十炮，为殿者放炮常不绝声。则远近皆谓大军既来，平保儿必骇散矣。”保儿是平安的小名。朱棣大喜。决定就照刘江说的办。于是，他派都指挥刘江率千余人回北平。令其一路要虚张声势，造成大军回师的假象。他还嘱咐说：“汝引兵渡滹沱河，由间道而行，张军声，多设间谍。若遇贼少，可击则击之。若贼众我寡，便昼为疑兵，多引旌旗，相屑不绝；夜多张火炬，使钲鼓相应。贼必谓大军回，惧而不进。汝急趋入北平。若贼来侵境，会守城军兵共击之。”
但是虚张的声势，并没有使官军放弃袭击北平的行动。刘江回到北平，会北平守军出击官军，平安才败走，还师真定。
这时这场打了两年有余的战争已经渐入胶滞状态。朱棣大军徘徊转战于北平河南之间，难于向南推进，官军阻止了朱棣的攻势，但却无法从根本上扼制燕军，而燕军骚扰饷道，又给官军带来了很大困难。交战双方都想要摆脱这种局面，都在寻找新的机会。
朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽为世子，此时正坚守北平，但朱棣并不十分喜欢他，而更喜欢狡黠聪慧的朱高煦、朱高燧。朱高煦随朱棣靖难军中勇武善战，不仅多次立有战功，而且曾救朱棣于危难，因而最受朱棣钟爱。朱高煦本人当然也觉得凭自己的本领，不该屈居人下。他也明白，如今随父王靖难，目的在于夺取皇位，而朱棣一旦做了皇帝，那世子就会成为太子，成为当然的皇储。这似乎不太公平。如此出生入死，岂能为他人做嫁衣裳！燕府宦官中有位黄俨，与朱高燧甚为要好。他知道朱高燧的心思，也了解朱棣的偏爱。他与朱高燧共谋排陷朱高炽，同样意在取而代之。
陕西布政使司佥事林嘉猷，是方孝孺的学生，与方孝孺同为宁海人。这位佥事在洪武年间以儒士身份赴四川校文，建文初年入史馆为编修。他曾因事到过燕王府中，知道朱棣、朱高燧与朱高炽之间的矛盾。这事他曾对方孝孺说过。 此时，南北战争相持不下，方孝孺认为这将是个可乘之机。他向建文帝建议利用这一矛盾，使朱棣、朱高炽父子互生嫌疑，迫使朱棣撤兵安定后方。于是，建文帝命方孝孺给朱高炽写信。派锦衣卫千户张安暗中带往北平，送给朱高炽。
朱棣带众兄弟南征北战，朱高炽留守北平，为自身计，当然也会竭尽全力。他知道朱棣并不喜欢他，而朱高燧又处处与之为难，自感处境艰难，因而时刻惕励，事父王兄弟惟恐不谨。这时突然见到朝廷送来密信，不禁大惊。南北兵戈相见，实为寇仇。虽然交战双方信使往还并不逾常情，但既为天子命使，为何不光明正大地送来而要派人潜身密行。其中必有奸计。一封密信已经将朱高炽置于尴尬之中。且不论信中所言何事，只要朱高炽接了，便会在朱棣面前落得个与朝廷私相往来的罪名，若不接此信，也无法向朱棣解释为何朝廷来人与自己联系。朱高炽不免犯难。
朝中来人传书世子早在北平弄得满城风雨，朱高燧、黄俨自然完全知道。他们认为这件事正好为他们提供了打击世子的机会，因而一听到消息，便抢先派人驰赴军中向朱棣报告。
朱棣六军在外，时刻惦念家中，听说北平来人便急忙传进，原来是朱高燧寄信来，说是朝廷与世子通密谋，命其归顺，许封王爵。朱棣不禁大惊。朱棣最担心的是后方不稳，归路截断，朱高燧的话绝非子虚乌有，不敢深信而又不能不信。朱棣与世子之间嫌隙已非一日，他乘朱棣率师在外而与朝廷联手也并非没有可能。朱棣问这时侍立在旁的朱高煦，高煦自然不会站在世子一边，他说，世子从来便与皇太孙朱允炆相友善，高燧所报绝不会错。朱棣怀疑渐重，且渐生怒火。已经在盘算如何除去此心腹之患。正在此时，帐外忽报世子信使到。原来，朱高炽与谋臣商议，终决定对朝廷的信不启封，将其连同送信人张安，一同送往朱棣军中，以此表明心迹。朱棣先读世子来信，又拆读朝廷给世子的信，不觉出了一身冷汗，遽然喊道：“嗟乎！几杀吾子！”他下令将张安囚禁。一场风波总算平息。
朝廷仍在继续组织力量以对付燕军。盛庸传檄大同守将房昭引兵南下，房昭由紫禁关东进，袭击保定及周围诸县。房昭动员当地民众上山结寨，其首领授以指挥，千百户之名，房昭带兵驻守易州西水寨 。西水寨在万山丛中，房昭打算凭险久据于此，并进而窥伺北平。果能如此，将会对燕军造成威胁。朱棣说：“保定肱股郡，保定失，即北平危矣，岂可不援。”遂下令班师。
八月，燕师北渡滹沱河，至完县，凡各处结寨自守者，悉击破之，朱棣令孟善镇守保定，同时调集兵力，待机破房昭军。这时，谍报探得吴杰遣都指挥韦谅正在率兵万余为房昭转饷。朱棣便决定用切断敌军饷道的老办法，以瓦解房昭军。他说：“昭据西水寨，寨所乏粮耳。使真定饷入，昭得固守，未易拔也。”他亲率精骑三万，击破韦谅，又令朱荣等以兵五千围定州。朱棣之意以为：房昭军被围，真定守军必来援救，但是不久前吴杰等被燕军战败，惊魂未定，其援兵所进必不锐猛。如果朱棣本人率一支轻骑袭击定州，故意给敌军留出空隙，真定守军必定会乘虚迅速来援。他令燕军据险以待，一旦援军到，朱棣便回师合击，必胜无疑。援军败，寨可不攻而下。
房昭寨久被围困，天已渐寒。而官军多南人，衣单不胜霜月。朱棣令习吴歌者近寨唱歌，以动军士思乡之念。万山丛中夜夜吴歌四起，官军闻之往往泪下，斗志尽解，甚而有偷偷下寨投降者。
燕军依计而行。九月中旬，朱棣分兵赴定州。官军果然出真定，迅速北援。十月初一，由都指挥花英率领的援兵果然来到易县西南百里的峨嵋山 下。朱棣率轻骑五千宵行，是日平明，亦赶来与围寨军合兵。官军都指挥华英 、郑琦以马步军三万余列阵待敌，朱棣纵兵击之。朱棣作战的老手法是善抄敌后，这时又令勇士执旗登山，潜出敌后，待占领敌后山头，便大张旗帜。官军见身后已布满敌兵，无不惊骇，斗志全消，纷纷溃败。官军被斩首者万余级，坠崖死者甚众。都指挥华英、郑琦、王恭、指挥詹忠等相继被俘，惟房昭、韦谅走脱。
西水寨既破，朱棣率师返回北平。在此前后，驻守辽东的官军也在向西推进，守将杨文带兵包围了永平，并以游兵万余抄掠蓟州、遵化诸郡县，对北平造成威胁。驻守永平的燕军主将郭亮飞报北平。朱棣立即命都指挥刘江带兵往援。刘江临行，朱棣向其面授机宜。朱棣料定官军闻知北平援军至，一定会退回山海关。他要求刘江“慎勿追之”，然后如此如此，必能打败官军。
刘江到永平，杨文等果然退回。按朱棣的策划，刘江在永平驻守一段时间，然后大张旗鼓地整饬队伍撤出永平，说是要回北平。刘江带大队人马缓行出城不过一二程之遥，复又收卷旗帜暗持甲兵乘夜趋回永平城中。官军只知刘江撤出，却不知其撤而复归，杨文等又卷土重来，袭击昌黎。这一形势完全不出朱棣所料。刘江出其不意，大败官军，斩杀数千人，擒获将领王雄等人。
自派薛岩投书以来，纵观这一时期的整个战场，对燕军并不有利。朝廷的运筹帷幄也可谓深思熟虑、布置周全。你看，朱棣带师远离北平，吴杰、平安、盛庸等遮其饷道，继而平安乘虚直捣北平，与此同时，房昭从大同入紫荆关，扰保定、易州，杨文自辽东经昌黎同时向北平推进。战场以外与之配合者则有张安行离间之计。弄得朱棣在内几乎误杀世子，在外也只能穷于应付。然而似乎稳操胜算之局竟似与朱棣打成个平手。官军所以不能得胜，固然由于朱棣不敢贪功冒进而断然撤军，维护根本，但究其根本，则因官军诸路未能及时配合，早已错过了取胜的机会。如果在盛庸与朱棣大战未决之时，派房昭出紫荆关、杨文出山海关，直捣北平，以盛庸牵制朱棣主力，使之不得还救北平，则北平未必不能攻克。然而，官军在德州、真定相继失败之后，辽东、大同才先后来会师，而杨文、房昭未能很好地配合，真定之兵又未能尽力阻挡朱棣北还，盛庸在德州又无所作为，最后终被朱棣个个击破。官军的调动运转不灵，朱棣的机变善战，于此一目了然。
朱棣善战，固矣，然彻底打败强大的官军，又谈何容易！
淝河之役
朱棣已经起兵三年，众将士冒霜露，犯矢石，浴血奋战，虽然常乘胜逐北，但也屡频于危，所克城邑，兵去旋复为朝廷守。三年所得止永平、大宁、保定三府，许多骁将勇士战死沙场。朱棣的部下乐意跟随他南征北战，倒并不全然由于朱棣善于驾驭。在他们看来，朱棣是个龙种，他早晚会当皇帝。一旦他做到皇帝，拥戴他的人便都会成为功臣而平步青云。他们实在是为了自己而战。转战三年，风霜雨雪、剑影刀光使众将士厌倦了。他们迫不急待地要把朱棣抬上皇帝的宝座，自己也好鸡犬升天。现在不是除了北平之外又得了三府吗？就做这几府的皇帝也好！
北平都指挥使张信、右布政使郭资、按察副使墨鳞等联名上表，请朱棣就此即皇帝位，表说：
臣闻天生非常之君，必赋以非常之德，必受以非常之任，所以能平祸乱，定天下于一，而安生民，纳之于仁寿之域也。昔者夏商之季，桀滔淫而成汤放之，纣沉缅而武王代之。故《易》曰：“汤武革命，顺乎天而应乎人。”夫征伐岂汤武能得已哉！所遇之时然耳。然汤武俱不失为圣人者，以其拨乱兴治，措天下于袵席之安也。
