在三方面互相敌对的状况下，农民军反对明封建统治阶级的斗争曲折地经历了三个发展阶段。每个阶段都进行着明廷与后金（清）的战争。
这三个阶段是：
第一阶段，从天启七年三月到崇祯六年十一月。这时农民战争的范围限于陕西（今陕、甘、宁地区），山西和黄河以北的豫、冀边境一带。农民军进攻和占领过若干城邑，但从全局来看，明廷在军事上占有优势，不断实行围攻，农民军在战略上处于防御地位。
第二阶段，从崇祯六年十一月到十四年正月中旬。农民战争（包括佃户、奴仆的反封建斗争）遍及全国各地。农民军到处流动作战，与明军对敌，时起时落，这是农民军在战略上与明军处于相持阶段。
第二阶段，从崇祯十四年正月中旬到十七年三月，农民军在军事上取得优势地位，连歼明军主要军力，直至覆灭明廷，战略上处于反攻胜利的阶段。
农民战争的揭幕人白水王二在杀死澄城知县以后，率领起义农民数百人聚住在山上。明官府派兵前来攻捕，因为不熟悉地势，被王二这支起义军所击败。
冬天，兴安县“有贼数百入夜聚晓散，未有主名”，陕南的起义农民也进行活动：
这时明廷与蒙古部落不断发生战争。甘肃以北蒙古诸部进攻黑水河，与明副总兵陈洪范、宫惟贤等交战，河套地区的蒙古部落屡次南袭延绥镇，明廷绥巡抚朱童蒙率明兵御击。崇祯元年五月，蒙古部落再攻延绥，被明总兵杜文焕所拒退。
由于各镇边兵要抗御蒙古诸部，加上起义农民还不被重视，明陕西当局只是利用州县兵来镇压农民军，州县兵多来自民壮，缺乏战斗力，不能“剿”灭起义的农民队伍。
陕西官吏继续严催赋税加派，从天启末到崇祯初，天灾又连年不断，饥馑和死亡日益威胁着各州县人民的生存。边兵因缺饷乏食而逃亡的事件增多了。崇祯元年七月，定边营逃卒王嘉胤聚集了不少饥民起义于府谷。打进地主富户的住宅，把他们堆藏的粮食散发给饥饿的农民。随王嘉胤起义的有杨六郎和不沾泥（张存孟）等。
清涧人王左掛也是延绥逃兵，集合了骑锐万人反明于宜川龙耳嘴，到处焚毁官僚地主的宅舍，许多精壮的农民参加了起义军。
邠县（彬县）、三水（栒邑）等地都出现了农民军的活动。
汉中农民军八月进入四川巴县，通江。十月，农民军首领王大梁率领三千人的起义队伍进攻略阳，逼近汉中，被明军追击至宁羗、阶州。王大梁又率众复回略阳，打败了明军，掳走了明中军官明兵周大旺起义于阶州。战争的烈火从陕北各地燃烧到陕南及其附近地区。
崇祯元年十一月，闯王高迎祥在安塞聚集饥民起义。高迎祥曾为响马，领百余人活动于甘市东部。李自成在甘肃总兵杨肇基部下当兵时，自请往捕响马，与高迎祥“战良久，艺勇悉敌……
乃结为兄弟”。高迎样后来拥有不少“夷（蒙古族）、汉降丁”，成为强部。这营农民军与王嘉胤会台，增强了王嘉胤这支起义军的力量与高迎样同时起义的农民军有：
苗美、飞山虎、大红狼等起于宜川。
王虎、黑煞神起于洛川。
王和尚（一说即紫金县王自用）、混天王起于延川。
在淳化、绥德等县，“流贼千百成群”。
蒙古族、回族和汉族杂居地区的起义军出没于陕西中部和南部的不少州县。
农民军首领王二领众劫宜君县狱，在明军的追击下，逃入白水、宜君间的苜蓿沟回族住区。王二北合王嘉胤军队，一共五六千人分攻县、延安等地。明陕西巡按吴焕向明廷奏道：“秦地数千里，多深山大谷，足为盗区，西北临边，兵民杂处，汉南遥连陇蜀，雒水，黄龙山回、夷久伏，近因边腹荐饥，夷汉兵民相煽而动”。各族人民的起义队伍利用了有利的地理条件，进行出击和隐没，使明军难以攻“剿”。陕北的农民起义实际上是各族人民的大起义。
这年十二月，固原饥兵数百人暴动，劫夺县库而走。总督武之望在弹劾总兵钱中选“钳束不严”时，也认为是“饥寒势极，法无所施”，承认兵变是饥寒逼出来的。
资料记载：“是时乱者，有叛兵、乱民、饥民、难民，当事者不能分别剿抚，以致日炽”。明廷除把归附起义军的饥民、“难民”称作“胁从”外，将农民军分作两类，即“边贼”和“土贼”。“边贼”是起义的边兵，或称“叛兵”，多精卒健马，长驱疾驰，又被明廷称作“流贼”，“流寇”。“乱民”，也就是各州县起义的农民、小手工业者以及其他阶层，被明廷称作“土贼”。很多饥民参加了起义活动，乱民极大多数来自饥民群中，两者是很难区分的。起初，“流贼”少，“土贼”
多，后来边兵起义的日多，“流寇”与“土贼”逐渐结合起来。在一个农民军营里，有起义的边兵，也有起义的饥饿农民。
陕西巡抚胡廷宴和延绥巡抚岳和声感到难以对付这些农民军，互相推诿责任。崇祯二年二月巡按吴焕又奏道：“陕西抚臣胡廷宴，狃于积弛，束手无措，则举而委之边兵，至延绥抚臣岳和声讳言边兵为盗，又委之内地。总之，两抚欺饰酿患，致奸民悍卒相煽不已，而泾阳、三原、富平、耀、邠、三水、蒲城、白水、韩城、朝邑等处皆被盗矣”。
崇祯二年正月，明郧阳抚治梁应泽因汉南农民军近逼，向明廷告急。固原逃兵千人进入陕西境内，攻泾阳、三原等地，与农民军会合起来。
明刑科给事中刘懋请补给陕西边地两年缺饷，发内币十万往赈延绥，崇祯不答应。于是刘懋又请裁撤陕西驿站，以驿费供兵用，每年可得数十万，崇祯欣然同意，改刘懋为兵科给事中，专管驿递。
崇祯说：“如节省若干，即减编额派工食以苏民力”。结果“民之仰食驿糈者皆失所”。许多被裁的驿卒流亡无依，纷纷参加了农民军。这的边兵起义的有韩世盘、韩世友等。
延绥巡抚岳和声檄商雒道刘应遇去进攻白水农民军，农民军首领王二在作战中不幸牺牲，其部众退入黄龙山。
王二虽然英勇战死了，但他点燃的农民战争的烈火并没有熄灭，反而愈烧愈旺了。《明史》说：王二等“诛灭而继起者益众”。
更多的起义农民沿着他的血迹前进。
从崇祯二年起，明廷逐渐注意镇压陕西农民军的问题。总督武之望在二月病死。明廷令陕西巡抚胡廷宴闲住，罢免延绥巡抚岳和声，任用左付都御史杨鹤为兵部右侍郎总督陕西三边军务，以陕西左市政使刘广生为陕西巡抚，河南左布政使张梦鲸为延绥巡抚。
杨鹤在封建官僚中“素有清望，然不知兵”由于廷臣无人肯去，他被吏部推到了总督任上。和过去两任总督相比，杨鹤对于“剿寇”显然要重视得多。
陕南起义农民二月在汉中地区拒捕。农民军首领王大梁和周大旺率众继续进攻宁羌，略阳和褒城等地。明商雒道刘应遇领毛葫芦兵和州县守兵到达汉中，会合明川将吴国辅袭击农民军于略阳。农民军屯驻于恒口，杀死来犯的明守备黄元极，后接战不利，退往汉阴。刘应遇令都司解文英和川将吴国辅、李标奇等追至大石川，攻陷几处砦堡，设伏夜袭农民军营地，王大梁和周大旺等农民军首领都奋战而死，余部进入四川，退匿汉阳山中的不屈自杀。
固原逃兵在泾阳生擒明游击李英，与农民军合攻延绥。三原地主武装攻击农民军于阳社里，农民军走往富平，同官。
延（安）南不似延北荒凉，泾阳、三原，富平等县“多素封大贾之家”，韩城也是“饶富’之区，陕北农民军常来这一带夺取豪绅富户的赀财和粮米。雒川农民军首领混天王和王左挂、苗美等率众攻韩城的龙门渡，明防兵三百人应战，千总王佐和百户刘爵都破农民军打死。农民军遭到明督粮道洪承畴和陕抚中军官李满仓等的袭击，北赴青涧。
杨鹤到任以后，令督粮道洪承畴指挥明兵作战。农民军首领王左挂于三月进攻真宁，至耀州，为明守军所败，逃匿深山。数日后复出真宁，进逼三水，明游击高从龙御却，王左挂退入马兰山中。
华山白莲或无为教徒张南峰借修华山庙聚众反明，国号大侯永丰，改元金斗元年，以苗光臣为军帅，其余人员按品级发给铜印，约三月起兵，有人向陕西巡抚刘广生告发，由长安知县孙云杰派兵捕获。
王左挂四月率领农民军再攻耀州，明督粮道洪承畴聚合明兵和乡勇（地主武装）万余人，分列十二营，包围王左挂军于云阳。夜间雷雨大作，王左挂乘机率农民军突围，走入韩城的神道岭。
起义农民进攻沔县失利。
河套蒙古部落五十骑进攻延绥高家堡，被明兵驱逐出塞，但蒙古兵逐渐增多至七八百骑，明千总王德权和参将高某、中军任秉德等都战死。
边兵继续逃亡和参加起义，农民军在闰四月进攻三水，击毙明游击高从龙。
回民和汉族农民组成的起义军，明廷称作“回、土二贼”。他们一部分队伍以黄龙山深谷为据点，明兵来“剿”，隐藏山中，明兵退走，又出山活动。明陕抚刘广生五月发动对“土贼”的进“剿”，会同明将李卑、薛来衡等击败“土贼’赵琯于石梯、石仓沟、鉴机镇等处，李卑又与固原明将石勋战败赵琯于玉皇庙、解家沟。六月，明军从麻湾出发，把这支农民军包围在毛家山，农民军全部牺牲。
十月，从北京方面传来后金军入塞的消息，明廷在十一月宣布北京戒严，诏征各镇兵勤王。袁崇焕率辽兵入援。皇太极领后金军从蓟镇进薄北京城下。
山西巡抚耿如和总兵张鸿功领兵到达北京附近。按照明制规定，兵到信地三日开粮。这支兵在三天中屡次调动，又不开粮，迫于饥乏进行掠食，明廷逮问耿如和张鸿功、五千精壮士兵一哄而散，逃回山西起义。
陕西三边总督杨鹤、陕西巡抚刘广生和甘肃巡抚梅之焕遣五镇总兵吴自勉、尤世禄、杨麒，王承恩和杨嘉谟等率兵一万七千人入卫北京。延绥总兵吴自勉领榆林兵，沿途征马，侵尅行粮，兵士多中途逃归起义。延绥巡抚张梦鲸忿死。甘肃入援军队路过金县，兵士因缺饷乏食哗变，李自成率兵士愤杀参将王国起义，这支起义军进入陕西，后来投附高迎祥的部队。陕抚刘广生和甘抚梅之焕都奉命出关东援，刘广生因为儿子患疹，迟走了一步。
这些“勤王”兵离开后，陕西“边腹空虚”。农民军首领混天王等进入延川，米脂。清涧等县。王左掛，苗美等率农民军进攻绥德，至田庄堡明参将石在廊出战，被农民军杀死。
延安十二月大雪，“冻馁死者无数，壮者为盗”。
崇祯三年正月，农民军首领王左挂，苗美率领三四千人，分列五营，南下围攻韩城，破前锋镇。杨鹤急调进入河南的陕抚刘广生和刚离潼关的后援明军李鸿嗣、刘国栋部回陕，由朝邑、郃阳北击农民军，解除了韩城之围。李鸿嗣等又出潼关东行。
洪承畴升任延绥巡抚，刘应遇升任甘肃巡抚。明廷根据杨鹤的奏请，起用前总兵杜文焕，“督延绥、固原官兵三千便宜抚剿”。
此后明边兵投入进攻农民军战场的人数逐渐增多。
王左挂等抵达清涧华严寺，走怀宁河，为明军所败，追数十里。
王左挂二月向明军投降。杜文焕招降王之舜等七百余人。农民军首领苗美，苗守义等率众逃去，明军杀害头目飞天夜义等数百人。苗美等进入小滴流山，复入白罗城，山势险峻，明军不能进兵。
农民军首领王嘉胤率众至延安，庆阳，攻下不少城堡。
山西从河曲至蒲州千余里，与陕西府谷至朝邑止隔一河，烟火相望。山西原有的起义逃兵和农民不过一二万人。三月，陕西农民军老回回，八金刚，上天猴和王子顺等自神木造舟渡河，连下襄陵，吉州和太平等州县，攻曲沃。山西农民军的势力迅速增大。
老回回，名叫马光玉（一作马守应），是回、“土”农民军的首领之一，有的记载说：马光玉死后，马守应袭称此号。
农民军首领苗美率众出山至延安境，被陕西巡抚刘广生所败，又退入山区。明总兵杜文焕、参将李卑袭击苗美叔苗登云所领农民军于双柳沟，招降王左掛部王虎、小红狼、一丈青、龙得水、掠地虎等，给免死牒，安置在延绥镇的河西。苗登雾和苗登云也降明，苗美西走。
明军追击苗美至白家岭，苗美接战失利。清涧庠生李攀桂杀害苗美于贺家湾。
入晋农民军首领王子顺南攻蒲县，尽歼在微子岭所遇明兵，东进赵城、洪洞、汾州、霍州，西至石楼，永和、吉州，隰州等地，王子顺自号“横天一字王”。
清涧人点灯子（赵四儿）聚众起义于解家沟，花牙寺，转战于延安、韩城、宜君、雒川和山西沿河州县。
延绥东镇黄甫川、孤山、神木等堡，地处冲要，但一望沙碛，仰食山西。农民军大起后，山西断渡。
皇太极于三月间出塞，回到沈阳。二贝勒阿敏在明军的进攻下，四月弃永平城逃出塞外，明军攻复关内四城。入援的明军开始西还。明廷以殷体仁为总兵官，镇守陕西。
点灯子率农民军三四千人转移到延安以北地区。
农民军首领王嘉胤等在陕北扩大了农民军的声势。荒旱仍继续发展，饥民起义与日俱增。河南也告“饥、多盗”。
崇祯三年六月，王嘉胤会合齐三等农民军袭破延绥东路黄甫、清水、木瓜三堡。明木瓜堡参将杨茂春自经死，孤山副将李钊在清水营为部下所杀。农民军俘虏守备张应昌。
王嘉胤胜攻克府谷县，进行据守，派农民军二千人围孤山堡，明榆林道遣总兵殷体仁赴援，农民军头目金务希战死，部众退走。
张献忠在米脂率十八寨人起义响应，自号“八大王”。
张献忠是延安卫柳树涧人。与李自成同年生。据说他“本铁匠子”。有的记载说他幼年随父运枣往四川贩卖，在内江县因驴粪污脏了乡绅的石坊，父亲遭到乡绅的毒打，他被迫用手将驴粪拣开，因此张献忠很痛恨豪绅地主。有的记载说他入塾读过书，因殴斗打死了同学，将家财耗尽，被父亲驱逐出去。
张献忠曾在延安府当过捕快手，不久革职。他又去延绥镇当兵，隶总兵王威部下。他犯了军法当斩，明将陈洪范奇其状貌，请王威宽释，结果同犯十七人都处死；张献忠仅鞭打一百就释免了。张献忠逃离明军后，便到米脂起义。
同时起义的农民军首领，还有延安人罗汝才，绰号“曹操”。
延安、庆阳等地农民军到处攻夺城堡。明总督杨鹤和陕抚刘广生招抚的原属王左挂、苗登云部的头目和人员，在河西虽不焚杀，但仍劫夺豪绅地主富户的赀财粮食。
明兵科给事中刘懋上言：“秦之流贼，非流自他省，即延、庆之兵丁、土贼也。边贼倚土贼为向导：土贼倚边贼为羽翼。六七年来韩、蒲被掠，其数不多，至近年荒旱频仍，愚民影附，流劫于泾、原、富、耀之间，贼势始大。当事以不习战之卒，剿之不克，又议抚之。其剿也，所斩皆饥民也，而真贼饱掠而去矣；其抚也，非不称降，群聚无食，仍以劫为生，名降而实非降也。且今年麦苗尽枯，斗粟银三钱，营卒乏饷又三十余月，即慈母不能保其子，官且奈兵民何哉？开门纳贼，民尽盗也，缚将投贼，兵尽盗也。即新抚洪承畴力能办贼，抑能尽剿尽抚乎？能为无米之炊乎？自非圣明慨发数十万帑金以收拾贫民，补一年阙饷以安抚饥兵，未易定也。又清盗之源，惟责成督抚参逮贪酷有司，甦民生，培元气”。这段话揭露了不少事实，说明“边贼”与“土贼”的结合，明军的“剿”、“抚”无效，要明廷“甦民生，培元气”，但刘懋希望崇祯拿出数十万帑金来“收拾贫农”
和“安抚饥兵”，这就办不到了，因为“时朝臣专筹东事（指后金），裁各边饷”，而不是补缺饷。
王慎行继刘广生任陕西巡抚，农民军在州雷公岭打死庆阳守备李极，杀直罗巡检陈其佐，重伤守备白邦政，获得战马四十条匹山西农民军攻石楼、永和、克蒲州，潞安，歼灭明守兵。据候代晋抚仙克谨奏，农民军千令人在永宁州的孟门镇，欲引陕西大同集中农民军二千余人渡过黄河。
明游击曹文诏随袁崇焕入卫京师，迁参将，加都督佥事。明廷擢为延绥东路副总兵，往“剿”农民军。
陕西农民军一部七月从吴堡南菜园渡过黄河，进入宁乡。山西襄陵农民军千余人攻大凌诚。绥德农民军二三千人声言南下韩城，明游击李养栋和参将李卑领兵前来，战于神头岭，赢子深崾等地，农民军败走。
明军数千人屡攻府谷不下。总兵杜文焕驻兵孤山堡，受镇西将军印。王嘉胤、吴三咸约河套蒙古部落百人来攻，与明兵杀伤相当。
练国事代王慎行为陕西巡抚。延抚洪承畴派兵至府谷。山西巡抚宋统殷驻保德会攻。总兵杜文焕认为城险难攻，派人招降，王嘉胤送出县印佯降，乘明军意懈，领兵出城，据大小宽坪。张山口，刘家坞，立四寨与土贼吴延贵等九寨连结，又于张山口，刘家坞，山神堂招饥民三千余人分守，对抗明军。
农民军白汝学等四千人进攻绥德。降明人员王左挂等欲于城中内应，为明军事先发觉。陕西巡按李应期和延绥巡抚洪承畴、总兵杜文焕密谋、令守备白邦政等擒斩王掛挂等五十七人，降明入员全部被害。
延抚洪承畴和总兵杜文焕合攻王嘉胤，农民军夜间劫明营失利。杜文焕击败齐三于黄甫、东山诸寨，杀害头目王天云等。
张献忠部在米脂十八寨向明总兵杜文焕军佯降。杜文焕败农民军上天虎、扫地王等。横天王、隔沟飞、点灯子等奔延川南，据险而守。
农民军首领王嘉胤九月率农民军南走甘泉，州，肤施等地为明参将卜应第所袭。
李老柴十月起义于州、雒川、中部间，聚众三千人进攻合水。
明总督杨鹤檄宁夏总兵贺虎臣往“剿”，战李老柴于盘谷，农民军阵亡数百人。
王嘉胤率农民军再下清水营，杀明游击李显宗，复占府谷城。
明副总兵曹文诏击败王嘉胤军。农民军出城，明固原总兵杨麒追击农民军至安河口，天淫雨，杨麒托言有边警还师？王嘉胤长驱进入山西，攻克河曲。
王嘉胤在河曲称王，设官署，置左右丞，以白玉柱为右丞，王自用（紫金梁）为左丞，这是农民军早期的政权机构，组织形式很简单。闯王高迎祥等各部都属于这个农民政权。
张献忠等复起反明，率领农民军五六千人进攻靖边、安定、绥德、米脂、清涧等地。乡绅惠世扬等招募地主武装进行反抗。延抚洪承畴和总兵杜文焕击杀农民军八百人，招抚十八寨起义农民约二千人，张献忠率农民军据守双柳。
山西总兵王国樑十一月进犯河曲，用炮轰击。但红夷炮铳炸裂，明兵混乱，农民军乘机进攻，王国樑军大溃，参将李春坊先逃。
明兵部尚书梁廷栋请拜杜文焕为大将军，领山（西）、陕（西）、临（洮）、宁（夏）四镇兵攻河曲农民军，命道臣叶廷桂，白贻清监军。
杜文焕领兵一万人与副总兵曹文诏至河曲，农民军坚守，明军露宿雪中，不能强攻，于是采用断绝农民军粮道的办法来进行围困。
延绥镇边兵神一元白辽阳逃归，聚众三千入。于十二月初一袭破新安边营，收集该营兵民进攻宁塞，城中人开门迎纳。神一元杀明参将陈三槐，又攻柳树涧堡，堡中饥军饥民迎入。农民军攻克宁塞，围靖边三昼夜。明副使李若梓固守。因明援兵来救，城没有攻破。
杜文焕在河曲听到宁塞被农民军攻下，家口多死，令曹文诏攻城，自往宁塞。神一元弃宁塞进占保安。
明兵部移保定总兵尤世禄于山西，攻河曲农民军。王嘉胤派农民军三千人至方裕岭，与尤世禄军相遇，大败明兵于樱桃镇，明将白雄被打死，虎大威、尤胜龙等重伤，而尤世禄虚报首功。尤世禄攻平阳农民军，上天猴（刘九思）等率农民军还陕西。
陕西大饥，山西为阻止农民军过河，断渡闭籴，以致陕北米价腾贵，斗米六钱。清涧、延长、绥德等县饥民流亡瘠死，米脂人“从贼者至半”。御史吴牲请从山西籴粮，明廷不允，令由西安接济，而西安距上述州县路远，不如山西临县、永宁等地仅一河之隔。
当时陕北农民军的支系，据《绥寇纪略》记载：“当秦寇发难，延绥以北为逃兵，为边盗；延绥以南为土寇，为饥民，边盗则神木之王嘉允，靖边之神一元为魁，而支蔓于绥德之不沾泥，庆阳之可天飞，延安之郝临庵、镇原之红军友也。土寇则西川之王左挂、苗美，清涧之点灯子为魁，而支蔓于中部之李老柴，延州之混天猴，保安之独行狼也”。《怀陵流寇始终录》归结为四大支：“时西安北有大贼四：河曲王嘉胤，保安神一元皆攻城破邑；回贼、土贼剽掠州、雒川间”。其中王嘉胤一支被明廷蔑称为东路“流贼”，神一元一支被蔑称为西路“流贼”。除“回贼”。“土贼”外，还有未列入的蒙古族起义队伍。这是农民军初起的基本情况。
