崇祯四年七月下旬，后金军在皇太极的统领下渡过辽河，八月进攻明大凌河城，经过三个月的激战，这座城被后金军攻下，明军退守锦州。但皇太极没有继续攻明，他率军回到沈阳，决定明年出征蒙古族察哈尔部。崇祯五年三月至五月，后金军占领了察哈尔部的全部土地，进入归化城，察哈尔林丹汗向西逃遁。皇太极六月领军抵达明边，迫使明宣府巡抚沈棨议和，索取各种财物，但未发动军事攻击，因此在崇祯四年冬和五年时，明廷和后金没有打过什么仗。河套地区蒙古部落南袭明边镇的力量也减弱了。边陲比较平静。明廷利用这个时机，调集了陕西各镇边兵，对关中农民军进行了大规模的镇压。
农民军分散在陕西各地，除点灯子率众渡河进入山西外，其余各部多依城和凭险据守，并随时出击。
陕北山川险阻，有东川、西川等处。“西川、东川深谷大山，绵亘数百里，北即塞外，东至绥德，西至庆阳，又西至西安所，镇原县，原属平凉府地，南通子午岭，黄龙山，达州，由芦保岭，马兰山达中部、宜君、同官，耀州。近宁塞者有金汤山、吴旗营、铁角岭，环县之北有槐安堡、月落堡，米钵堡，皆与东、西川接境，为贼巢穴”。耀州有神木岭、参天岭，韩城有神道岭、龙门渡。这些地方为农民军提供了据守的地理条件。
宁塞一支，即神一魁的余部郝临庵、可天飞，红君友、刘五和黄有才等占据宁塞、环县、合水、铁角城等地区，并在铁角城从事耕牧，作长久之计。
李都司，杨老柴守芦保岭，李老柴、独行狼据中部城，谭雄据安塞城，混天王在宜川、独虎、金龙等在延水关。
清涧，绥德、米脂及西川数百里内都是起义农民反明斗争的地方，其活动范围达于延川、文安、延安等地。
由于杨鹤推行“招抚”骗局的影响，农民军不少部队离散了，不能恢复原来的声势，“比之二月内神一魁围困庆阳，五月内结聚西安北境光景，实天壤悬殊也”。相反，明军进“剿”的力量却增强了，这样便造成了对农民军的不利形势。农民军在驻守地因缺粮等原因，不得不四出到乡村打粮，或进攻明州县城，也使明军获得了袭击农民军的机会。
崇祯四年八月，杨鹤还担任陕督，遣参将李卑，游击夏有启，李养栋和都司许忠等分道进攻陕北农民军。副总兵曹文诏和游击谈震追击农民军点灯子部于山西吉州乡宁县，点灯子至河津越山北行。
明总兵王承恩围中部城，农民军首领李老柴、独行狼等屡次出击，俘炮十门，明军竭力抗击，农民军退守城中。
农民军首领点灯子九月抵石楼县的康家山，与陕西绥德州隔河相对，夜间为明兵偷袭所杀害。混天王、曹操攻克宜川。
郝临庵、刘五、可天飞等率农民军数千人援中部，明总兵曹文诏从山西还陕，击退郝临庵等援军。明总兵王承恩和陕抚练国事围攻中部不下，十月与甘肃总兵杨嘉谟，临洮总兵曹文诏、榆林道张福臻等合兵攻城，中部陷落，李老柴被俘，独行狼突围奔摩云岭，明副将张弘业，曹明辅被农民军打死。
洪承畴继任陕督后，加剧了对农民军的攻势。明总兵王承恩进击宜川农民军，混天王等渡河入山西。独虎被安定地主武装杀害。
农民军一座城，一朵云，薛红旗部三千人至安定城下。城内贫民为内应，农民军攻占安定。
洪承畴分兵进攻宁塞和安塞。据守宁塞的黄有才，在明总兵曹文诏和张应昌的攻击下，逃入铁角城，安塞被明总兵王承恩攻陷，谭雄遇害。王承恩移军攻安定，农民军从安定退走。农民军据守的几个城邑全都陷落。东西川、铁角城，芦堡岭等处成为农民军聚结的中心。
十二月，甘泉农民军白柳溪等连下宜君，葭州，杀死明兵备郭嵩。洪承畴遣总兵曹文诏等进“剿”。铁角城的农民军郝临庵、黄财、刘五等攻环县，明署印同知赵应兰自缢死。
崇祯五年春，洪承畴留饷二十万，遣甘肃总兵杨嘉谟、东援回陕的固原总兵杨麒、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虑臣和定边营副将张应昌等统各镇兵进攻农民军。
榆林道张福臻在崇祯三年时因明军东援，手中无兵，曾将受“抚”农民军柘亨，党雄等部精健五六百人改编为明军，驱使他们往延南去攻打农民军。这些兵士逐渐向农军靠拢。崇祯五年正月张福臻诱杀柘亨等头目七人，王承恩击杀二百人，其余人员走入西川。
铁角城农民军黄友才，刘五，可天飞（何崇谓）等攻环县的万安镇，为明固原道王振奇，总兵杨嘉谟和贺虎臣所袭，黄友才中铳死，农民军退回。
可天飞与郝临庵率数万农民军坚守铁角城。二月，明总兵杨嘉谟和贺虎臣自曲子驿领军来攻，战酣之际，农民军伏发，杨嘉谟兵溃，农民军打死参将潘维忠，大挫明军。明廷称作西川之败。
宁塞和铁角城农民军合攻庆阳。据大小方山的农民军红君友等三月在西濠札立三大营。李都司、杨老柴攻克镇原县。
洪承畴遣曹文诏往庆阳。曹文诏和杨嘉谟袭破西壕农民军，追击两日夜，“血战数十阵”。红君友在西壕战败后，趋平凉，诈称明军攻下华亭县。
红君友部连战明曹文诏，杨嘉漠军于咸宜关，陇安司等地，抵清水，击杀明副将蒋一阳等，俘虏明都司李宫用。曹文诏追至，纵反间绐其党杀红君友”。农民军北走。
不沾泥自三月复起反明，领兵数千，攻绥德、米脂、葭州、副近榆林。延绥镇告急，明陕督洪承畴北上，“设伏出奇”、“计诱贼渠”，擒获不沾泥。不沾泥遇害。
明陕西巡按吴甡六月奏言；农民军以铁角城为“巢穴”，应令总兵杨麒驻兵耀州，张应昌驻兵金汤、吴旗营，以成南北夹击之势，张全昌堵农民军南下西安之路，曹文诏和杨嘉谟合洪承畴的标兵进“剿”。
铁角城农民军因雹灾伤稼，乏食。可天飞、刘五（道江）率军围攻合水，与明曹文诏军大战于城郊，失利退走，再战于铜川桥，贺虎臣来援曹文诏军，农民军又不利退去。可天飞至甘泉虎儿坳，为曹文诏军击破，杨麒再邀击于安河口，可天飞走环县。明总督洪承畴八月移驻环县，下令搜“剿”附近地区农民军。可天飞的部下白广恩在吴旗营降明。明军于九月疾至何家老寨，农民军首领可天飞率众迎敌。可天飞与李都司在激战中牺牲。刘五逃匿深山。
明靖边道戴君恩击擒农民军一字王（拓仙灵）、薛红旗（薛三）
于安塞，又利用通敌分子郝维端计杀农民军首领石耀宇于保安。
农民军首领郝临庵和独行狼等南下，自真宁过宁州攻三水、淳化。“安塞遗贼”——农民军一座城、一朵云等部攻西川胡岔，明廷抚陈奇瑜遣总兵王承恩进击。一座城被部下乔六郎杀害。
明总兵曹文诏、杨嘉谟合各镇兵同剿“铁角城”一带山区农民军。十一月，农民军在高家畔迎战，被明军击破，可天飞和刘五部下大小头目很多人死难。明廷报称“环庆贼巢”已获“清理”。
农民军首领郝临庵在耀州为曹文诏军所败，走据凤凰山，明监牢道樊一蘅以山险难攻，派守备雷起春潜入农民军中为间牒，雷起春引诱农民军中坏分子暗杀首领郝临庵和独行狼等，并率众投降。
明总督洪承畴残杀投降人员中杨老柴等四百余人。尚留在凤凰山的通敌分子郝维端在十二月也被人杀死。
明廷将农民军首领郝临庵、可天飞和红君友等称作“宁塞遗党”。这支农民军瓦解以后，陕西农民起义队伍基本上就被明廷镇压下去了，只有少数起义军还据守在延水关等地。
陕西农民军与明五镇兵及州县兵、乡兵进行了一百多次战役。
表现了英勇不屈的斗争精神。农民军的失败，说明在优势敌人面前，农民军由于分散，缺乏粮食和火器，实行局部地区的据守是不能持久的，容易被敌军“四面围堵”和各别击破。
当陕西战场逐渐沉寂下去，山西战场正展开激烈的斗争。
农民军在崇祯四年时已攻占山西西部和南部的不少地区，明宁武总兵孙显祖曾奏言：“闻喜、稷山贼二十余万，日剿日益，官兵不过二千，奔逐不支，乞发京营、边骑夹剿”。明廷要宣大总督张宗衡“便宜专制”，张宗衡因兵饷两乏，不能执行。
崇祯五年正月，明山西巡抚宋统殷提兵援“剿”。孙显祖部将刘敏元二月攻静乐农民军，狼狈窜回。孙显祖因兵士索饷哗变被劾去职。明游击王尚义和刘光祚袭击临县农民军，大败而归。
晋南农民军紫金梁等部由岳阳趋沁水，四月击杀明将猛忠于沁水平头山，进入长子县。晋西农民军混天王部六月破隰州，自宁乡至永和。
农民军七月在沁水全歼明客兵吴开先军，攻克泽州（晋城县）。
山西全省震动。明援军从阳和到达泽州境，农民军退入霍州山中，山西巡抚宋统殷进击农民军首领紫金梁于长子，紫金梁率众走沁水。
紫金梁，老回回，八金刚等八月领农民军三万人包围窦庄。明谪戍锦衣卫都督张道濬固守。这时传闻陕西明军将至山西，紫金梁产生动摇情绪，打算向张道濬投降，但八大王、闯塌天等五营不肯，紫金梁犹疑未决。阳和明军乘农民军不备，轻骑袭击，激怒紫金梁等首领。农民军分兵南下，进攻河南济源县，明参将芮琦等率兵抵御，农民军返回山西阳城。紫金梁率农民军越过太行山，突至河南怀庆清化县，离怀庆（泌阳县）城四十里，抄没地主大商人赀财，进至武陟、辉县一带。
闯将李自成九月率农民军攻克修武县，知县刘凤翔逃去。明阳和兵至，李自成入太行山，转逼怀庆，打死明参将黄士英和都司卫某。农民军数千人到达新乡。
晋西临县西当大河，三面绝壁。神一魁遗部豹五（王之臣）率农民军袭取县城，实行据守。明山西巡抚许鼎臣遣兵久攻不下。明廷催战，宣大总督张宗衡领兵合攻，也不能攻下。
紫金梁率农民军返回晋南，击败明晋抚宋统殷兵于沁水，围张道濬于九仙台，明援军十月到达，农民军解围去。
明适调昌平副总兵左良玉领兵二千四百人往冀南与农民军作战。左良玉原隶昌平总督侍郎侯恂部下，崇祯二年，侯恂荐左良玉往援大凌河城，拔为副将。
农民军倚太行山为屯聚出没之所，进占晋南的潞安（长治县），泽州（晋城），豫北的济源，河内、修武，武涉，辉县、淇县、汲县、汤阴、安阳、林县和冀南的涉县、武安、磁州等地，明河南巡抚樊尚璟因豫北防地多，兵少，不能抗御农民军。左良玉在冀南孤军奔救明各州县。宣大总督张宗衡领兵到高平，袭击农民军于桑子镇，农民军趋沁水，出没潞、泽、岳（阳）、沁之间，号二十万人。
明兵部尚书张凤翼以山西农民军有三支，西在平阳；东在潞、泽；北在汾、太、沁、辽，提议总督张宗衡驻平阳，统兵八千人，进“剿”东、西二支农民军，巡抚许鼎臣驻汾州，统兵七千人，进“剿”西北农民军。
明将贺人龙、李卑、艾万年领陕西兵至山西。
农民军十一月围高平，晋抚许鼎臣遣猛如虎、虎大威领兵往救，又遣总兵张应昌和刘光祚、赵民怀、艾万年等进攻临县农民军。
猛如虎等十二月击破农民军邢红狼部，解高平围。
农民军阎正虎部据交城，文水，进逼太原，邢满川、上天龙据吴城往攻汾州。明军追击紫金梁，邢红狼部于晋南。农民军闯将、八金刚、过天星等部从武乡攻取辽州。
崇祯六年正月，农民军从辽州进攻榆社、和顺、寿阳、榆次、平定，太原大震。沿太行山东进的农民军因井陉群山陡峭难越，绕道濬县，滑县、邯郸、沙河到达顺德（邢台）西山，达数万人，又北进赵氏、元氏、宁晋、获鹿、井陉、灵寿，徧及畿内。明参将芮奇被农民军打死于武安的徘徊镇。
有一部分农民军北向固关而来，一部份南至豫北，在紫金梁、老回回率领下逼近怀庆，到达辉县、济源、武涉等地。
明总兵曹文诏领兵三千五百人至霍州，袭击渡汾水的农民军，与猛如虎击杀农民军钻天鹞，上天龙等。农民军混天王部围寿阳，为曹文诏所败，退至定襄。猛如虎在黑山擒农民军头目恶虎，杀死姬关锁。
临县在明军四面环攻下陷落，农民军首领豹五突围而出，转入山地。
这一年多，农民军不但又占领了山西若干州县，而且进入豫北和冀南地区。农民战争的中心地已经从陕西转移到山西和豫、冀边境一带。
在农民军初起时，明廷将各地起义队伍分别蔑称为“流贼”和“土贼”。实际上“流贼”在崇祯三年以前流动性并不大，和“土贼”同样作战于陕西和山西西部地区，而且两者很快就结合起来了。他们据河曲、保安、宁塞、合水、中部、安塞等城邑和山川险要之处如东西川、铁角城、芦保岭、黄龙山、马兰山、凤凰山等。以这些据点为基地去进攻远近各州县，然后又退守这些据点。到崇祯四年时，据守河曲的王嘉胤一支被迫向晋西南流动了，但其他支农民军仍和过去的状况一样，只有少数起义军流到山西去。陕西地区的这种据守作法一直保持到崇祯五年底农民军基本上被镇压下去为止。
山西农民军在崇祯五年不仅从晋西向晋中发展，而且从晋西南流动到豫北、冀南地区。他们逐渐远离陕西故里，乡土观念也随之淡薄下去。自临县陷落后，他们不再象过去那样为固守某个城邑和险要山地去同明军作战，而是根据形势的发展到处流动了。“流寇主义”思想在农民军中不断地增长，极大部分的农民军都成为流动性的起义队伍了。
冀南农民军在崇祯六年二月从顺德翻越山岭至武安，败明将左良玉军。从山西向固关方向发展的农民军，在磨口山口歼灭明井陉道寇从化所遣守备李定等明军，由小山涧至真定，入保定境，明保定巡抚丁魁楚，大名道兵备副使卢象昇率军御击。
明将猛如虎偷袭农民军混世王部于寿阳解愁村，混世王兵溃。
曹文诏与猛如虎击杀农民军混天王于碧霞村。
明山西巡抚许鼎臣令总兵曹文诏驻军平定州，备太原东，总兵张昌驻军汾州，备太原西，贺人龙为游兵。曹文诏进攻农民军八大王部于乐平、和顺间。
晋南农民军数万人自泽州南下，击杀河南明将曹鸣鹗于仰原关，长驱进入济源。
明廷在三月初限山西抚镇三月“平贼”。
豫北农民军自林县进攻临漳，淇县，为明将左良玉所败。农民军从济源到达怀庆城北十里，欲破水西关，为紫金梁庆寿。左良玉领明军从彰德赶到，农民军退去。南营八大王在林县战死。
明河南兵七千死亡将尽。左良玉被农民军击败于矿山。明将邓领川兵和石柱土司兵四千人赴豫北战场。
晋中农民军弃定襄、寿阳、太谷等地向南移动。
明廷四月令总兵曹文诏合陕西兵进攻农民军。曹文诏南攻沁水、阳城、连战农民军过天星部于高平，泽州。农民军王刚部袭交城，为明将虎大威击退。
畿南农民军在内丘、武安、临城等地不断同明军作战，头目上山虎被左良玉军所擒。
四月三十日，农民军领袖紫金梁在济源病死。农民军诸首领厚葬于山中。紫金梁在王嘉胤死后，能统领各营农民军，协同作战，虽曾一度动摇过，仍然是公认的领袖人物，自紫金梁死后，农民军各营时分时合，就不再有一个共同推戴的领袖。
紫金梁的部众多归于闯将李自成。
冀南农民军数万人五月屯聚于内丘大小西天山，与明总兵梁甫，大名道卢象昇和井陉道寇从化等军交战不利，退回山中。
由于明总兵邓和左良玉的袭击，农民军老回回等率数万人从豫北转入冀南，依山自固，逼近邯郸、沙河诸县。明保定总兵梁甫进攻农民军于冷水铺，大名道卢象昇与农民军战于青龙冈，总兵邓从磁州出兵，与左良玉合击农民军于邯郸、沙河间。
农民军一字王（刘小山）、领兵王、黑蝎子、闯将、闯塌天等九营十余万人进逼磁州，又由武安南下，歼灭明毛葫芦兵四百人于河沟村。
农民军从水冶到达汤阴、淇县和卫辉府境。明河南巡抚元默檄总兵邓进攻淇县农民军，农民军退至林县。邓与左良玉合兵追击，邓军都司安重被农民军杀死。
明廷命太监陈大金、阎思印、谢文举、孙茂霖分监曹文诏、张应昌、左良玉、邓军，发内帑四万两，蟒缎一千四百匹，军前行赏。
林县饥民纷纷归附农民军，农民军设伏袭杀来犯的明邓部将杨遇春军，又用扬遇春旗号诱破毛葫芦兵营将丁守贤军，接连获胜，左良玉部将张启被农民军打死于三井阵前。
明璐王朱常淓六月自卫辉上疏告急。农民军攻涉县，明参将汤九洲领昌平兵二千二百人至，河北道臣曹应秋到武安，河南巡抚元默也到达涉县。农民军退走，围汤阴，打败乡兵（地主武装）。
晋南阳城，垣曲农民军为明将李卑等所袭击，南下与济源农民军会合。豫北成为农民军的主要活动地区。
曹文诏进击农民军于涉县深山，左良玉败农民军于怀庆，农民军奔入太行山，“山绵亘千余里，望之高峻，内皆平坡，民居稠密，五谷丰足，官兵鲜至，贼乐居焉”。
农民军围困明将邓军于林县土樵窝，豫抚元默督左良玉、周尔敬军来援，汤九洲也从涉县赶到，农民军交战失利，从辉县奔往怀庆，济源。
明总兵邓、曹文诏七月连攻济源农民军。邓进入太行山，被农民军打得大败。曹文诏从山上驰下横击，农民军受到挫折。
曹文诏被明廷臣中伤，八月调往大同。后金（清）军入塞时，曹文诏因失去晋北二县滴戍。
明将汤九洲、周尔敬八月夹攻林县农民军。汤九洲军屯驻武安的水冶镇，暗伏侦卒于村民家中，对来往林县、武安、磁州的农民军进行袭击。闯王为流矢所中，率部离去。
农民军在晋南攻占沁水县城，该地为明将张道溶戍所，张道濬改戍海宁卫。
崇祯特遣京营总兵倪宠、王朴往“剿”农民军，领兵六千人，马五千。太监杨进朝、卢九德监军。
晋南农民军与明参将艾万年作战于岳阳。晋北五台山农民军突至井陉、屯元氏，战明将梁甫于石家沟。明大名道卢象昇攻内丘小西天山农民军。
明将张应昌九月邀击由豫返晋农民军，擒农民军头目一盏灯（张有义）。明将汤九洲败豫北农民军于武安和林县。
在明邓部的袭击下，进入冀西、行唐、灵寿、平山、井陉的农民军复走入山西五台山。五台山周围数百里，“贼据显通寺，窟于中台，其中薪粮庐舍皆备，险阻足恃”。农民军不久又离山南下。
明京营兵与汤九洲、左良玉军在豫北修武合击农民军，前后控扼，农民军困乏。畿南农民军数万人自顺德至内丘、临城，又有数万人屯内丘小西天山。
陕西仅存的农民军据点延水关，东临黄河，西北环山，由钻天哨，开山斧等首领固守。冬十月，明廷绥延抚陈奇瑜发延绥镇兵七千人与总兵王威由延川偷袭延水关，农民军溃败，走骨都寺。
冀南农民军攻赵州、宁晋，阻于清水河不能东渡。从柏乡西去明总兵梁甫因怯战革职。农民军八大王、蝎子块、闯塌天等部仍在元氏西山。明调邓去东昌，保定巡抚丁魁楚留下进“剿”，邓还真定。
豫北明军连破农民军于林县原康、甑底和涉县，杀害头目飞天圣等，农民军焚大石桥，北入山西。十一月，农民军十三营又到武安、林县，涉县。明京营兵击败武安农民军于柳泉、猛虎村。混海龙，插翅虎、黄莺子等头目战死。
在山西和豫北、冀南战场，农民军的总人数，据二月山西巡抚许鼎臣所奏：“寇三十万，流毒晋地五年，今就歼十之五，解散十之三”，“就歼”和“解散”的数字不实，因为到六年冬，农民军仍有二十万人。明军自崇祯四年到六年投入的兵力，计主客兵和州县兵，乡兵，前后约达八万多人。农民军占有数量上的优势，但军中有很多新附的饥民和老弱妇女，缺乏武器和训练，在局部性战役中曾获得不少胜利，将明军歼灭了很多，明军“唯欲报功，取易得者，不追骁贼”，可是在整个战局上，农民军却处在受明军四面围击的不利地位，以致散亡较多。
农民军在豫北豫南地区屡战失利，临冬饥困乏食，想往南突破明军的围击。这时明兵部正促保定、河南和山西巡抚会“剿”。
明京营总兵王朴家丁多关中人，与农民军相识，于是农民军重赂王朴诈降，声言愿押还故土复业。王朴取得太监杨进朝，卢九德的同意，思立大功，答应对农民军招降。农民军一见计成，暗中用钱购买裘靴，作渡河准备，表面上让首领贺双金、张妙手等十二人到武安去见倪宠、王朴。杨进朝和道臣常道立。这些明帅监道臣受降后，蒙在鼓面，没有作任何防备措施。其他明军仍对农民军进行袭击。
从济源到垣曲一段，黄河河身最狭，天寒结冰，农民军在毛家寨处用门板铺在冰上，盖上泥土。屯聚于黄河岸的农民军达十余万人。十一月廿四日，农民军三道驰马过河，南至渑池县的马蹄窝、野猪鼻。明防河中军官袁大权仓卒战死。廿六日天还未亮，农民军玫占了渑池。
明将左良玉领兵渡河追击，“而众寡不敌，警报沓至”。
未渡河的农民军继续与明将汤九洲，曹变蛟和山西巡抚戴君想等激战于豫北的林县，武陟和冀南的涉县等地。
农民军渡过黄河，开始向全国各地进军，大大改变了国内的政治形势。农民战争不再是局部的地方事件，它的烈火已由陕，晋和豫北、冀南地区引向南北各处，形成了燎原之局。
