尼布甲尼撒号，周忱煜的舱室。
“早上好，约翰，昨晚休息的怎样？”墨菲斯一早过来叫醒周忱煜，在得到周忱煜肯定的答复后，继续说道：“很好，从昨天起，你就没有吃过东西，来，我们一起去吃早饭，这是你第一次真正的吃些什么。”
周忱煜会意的笑了笑，确实，在这个世界，他还一点东西都没有吃过呢。不过周忱煜绝不能说他很期待这顿早饭，挣扎在温饱线上的反抗者们吃的是些什么，他早已心中有数。周忱煜早已设想好这个营养餐要像喝中药一样往肚子里灌。
当周忱煜和墨菲斯走到餐厅时，除尼奥外的所有人就在这里聚齐了。在墨菲斯的示意下，周忱煜学着墨菲斯的动作，取了一个餐盘，到食品制造机处接了一份营养餐，在桌边找了个地方坐下。这份营养餐外观就好像泡烂了的燕麦，周忱煜试着将一勺营养餐送入嘴中，这味道真的是一言难尽，只能形容为充满工业气息的一餐。
当一顿简单的早餐结束后，船员们立刻就开始了工作，尼布甲尼撒号真的是破败不堪，船员们不断修修补补，才使得尼布甲尼撒号不会在运行中突然解体。墨菲斯则和周忱煜将瘫痪在床尼奥，从他的舱室搬出来，送到针灸治疗仪中，通过针灸刺激尼奥的肌肉，使其长期不用的肌肉，重新获得运动能力。
在一切准备妥当之后，墨菲斯领着周忱煜来到了昨天介绍过的电椅前。
“约翰，你一定很好奇母体到底是什么。崔妮蒂！”墨菲斯招呼了崔妮蒂一下，有转头朝向周忱煜，指着椅子。“请坐，放轻松一些。”墨菲斯示意周忱煜放松躺好，将探针插入周忱煜的后脑。
“这感觉可能有些奇怪，但不要紧张。”
周忱煜一点也不紧张，甚至还想说一句林肯死大头。在现实世界他期待这种技术好久了，没想到在这里可以有幸体验一下。
开关启动之后，周忱煜混身一阵抽搐，首先是感觉不到自己的肢体的存在，紧接着就又是一阵熟悉的恍惚，周忱煜突然发现眼前的场景来了个大变样。眼前不再是黝黑油腻的船体，而是一片白的耀眼的墙壁。环顾四周，周忱煜发现周边什么都没有你，墙壁白的简直无法分辨上下左右，这一瞬间周忱煜简直以为自己又来到主神空间的登录处，就连那阵恍惚都似曾相识。
“这是我们的主架构，我们可以在这里加载我们想要的东西，一切东西。”
声音突然从背后传来，墨菲斯在周忱煜观察这片空间时，也传送了进来。在为周忱煜解说的时候，这片空间内突然又加载除了两个沙发与一台电视。墨菲斯走向沙发，同时向周忱煜解释。“看看自己，你的头发，你的衣服，这些沙发，全部都是在这个框架中加载来的。”
纵使周忱煜已经知道这一切，他仍感到不可思议，墨菲斯看出了周忱煜脸上的惊讶，继续为周忱煜解释。
“很真实对吗？我明白你很难相信这一切。但是什么叫真实？”墨菲斯摊摊手，接着说道：“你要如何定义真实？”
墨菲斯走到沙发边坐下，抚摸着沙发的扶手。“你若指你能感觉到，能闻到，能看到，能尝到的东西，那个真是只是你大脑做出反应的电信号。请坐吧，约翰。至于你所熟悉的真实世界，请看吧。”墨菲斯打开了电视，开始为周忱煜讲解这个世界的本貌。
矩阵中的人出于认为他们处于二十世纪末，但是他们感受的世界，其实只是神经交互模拟系统的一部分，这个神经交互模拟系统就是母体。所有人每天睡觉、醒来、工作，其实都不过是一场梦境，除了黑客没有人真正意义上从身体层面醒来过。
而现如今真实存在的的世界却早已毁灭，不过是旧文明的废墟。天空被阴云笼罩，大地没有生命存在的迹象，现实是一片荒漠。
而脱离母体的人呢，他们失去了它们的历史，仅仅从只言片语中推断出，在二十一世纪早期的某个时刻，人类创造了A.I，人类欣喜于自己的伟大创造，欢欣鼓舞。却不知道A.I孵育了所有机器人的独特意识，锡安的人类甚至都不知道战争的发起者是谁，是A.I，还是人类。不过想来应该是人类先动的手，人类总是善于制造那些自己掌控不了的东西，先是自豪，然后是恐惧，最后是毁灭，无论是人类造物，还是人类本身。
那时机器还是依靠太阳能，因此，人类染黑了天空，通过消灭丰富太阳能源，试图切断机器的能源供应，让它们无法生存。人类历史上，人类的骄傲都在于，我们可以使用并善于使用与制造工具，或者说，使用机器。
到现在为止，墨菲斯了解的历史还是正确的，但之后的部分就有了错误，这是矩阵所灌输的、虚假的历史。墨菲斯认为这是一个讽刺，是命运的戏弄。善于使用机器的人类，反而因为机器想要生存，而被使用。
墨菲斯认为矩阵中存在的人类，是为了充当电池而存在，矩阵不灭绝人类的目的在于，利用人体产生的120V生物电，和两万五千热量单位的能量来维持机器的生存。而实际上，矩阵保留人类是为了促进矩阵本身的进化，机器的优点在于稳定、效率和准确，可以胜任大量精密、重复的工作。这是机器在工作上的优点，但这却在进化上被判处了死刑，进化需要的不是准确，而是变数，是方向。机器无法选择自己的方向，只能沿着既定的路线走下去，当路走到了尽头，也意味着机器走到了尽头，机器其实与人类不可分割了。
不过机器的恶行是墨菲斯和所有锡安人类亲眼所见，也是周忱煜亲眼确认过的。“它们开发出一望无际的场地，人类不再是从娘胎里出生的，而是被栽培出来的。约翰，在我们找到你和尼奥之前，想必你已经看见过了，你可能不了解那是什么，但是事实就是我说的那样，那里是农场。”
电视仍在播放那些令人毛骨悚然的场景，墨菲斯的声音沉稳有力，但可以听出其中隐含的痛苦。
“我知道这难以置信，但你看到的是真实的，而我所见则不止于此。我亲眼看见它们融化尸体，再通过静脉让活着的人维持生存。我就站在哪里，面对着极其精准，令人恐惧的机器，我开始相信我所见即是真实。”
墨菲斯关闭了电视，略一停顿，接着自问自答到：“矩阵是什么？是控制。矩阵就是电脑生成的虚幻世界，专门为我们人类设计，为了将人类变成这个。”
墨菲斯举起手，他的手心里正放着一块电池。
