16世纪，在西欧向海外的美洲、亚洲与非洲扩张时，欧洲的基督教会出现了明显的分裂。相当多的北欧基督徒，站出来反抗教皇的权威。他们放弃了天主教会的某些教义，成立了新团体。这些新团体被称作新教徒，导致新教兴起的教会分裂被称作宗教改革，更准确地说是新教起义。
教会的这次分裂出现于16世纪，可是它却是中世纪以来对教会长期不满的结果，这种不满早在14世纪、15世纪就已时常出现。
一、教会早期的分裂
自很早开始，基督徒中便产生了不同的意见，比如对教义与教会组织的分歧，经常出现异端与分裂。
最早的异端，像阿里乌斯派尽管曾经鼎盛一时，但最终还是消失了。只是在亚美尼亚、美索不达米亚、埃及与阿比西尼亚各国分立的教会出现了种种不同的信仰。
更为严重的是东西方基督教在11世纪的分裂，希腊语基督徒与拉丁语基督徒分为两大团体，也就是东方的“正教”教会与西方的“天主教”教会。这两个教会都声称自己是正统教派。东方正教徒拒绝认可罗马主教，也就是教皇的权威。而西方的基督徒普遍都认可他的权威。
二、新分裂的原因
政治方面的对抗
在西欧，出现了对教会的批判与对教会权威的政治反抗和宗教反抗国王和文职官员对教会的政治权力与影响备感憎恨，并加以压制。前面已经讲述，在中世纪时期，神圣罗马皇帝是怎样反抗教皇的，英国、法国与西班牙的国王是怎样取得了对教会财产征税、任用教职人员、限制教会法庭的权力与违犯教皇法令的权力。在14世纪、15世纪，教皇与国王间的冲突并非什么新鲜事，但仅是政治冲突还不足以引发教会的分裂。
宗教方面的对抗
还有一种反抗源于对宗教教义的不同见解。比如，在12世纪，法国南部的阿尔比派攻击教会的圣餐礼与圣职，在13世纪被十字军镇压。14世纪，英国教士兼任牛津大学教授约翰·威克利夫（1320-1384），提出坚决的观点，对天主教的很多教义与做法表示反对。他声称教皇并非是基督在尘世的代表，而是一位“反基督者”；修道制度并非是基督教义的真实部分；由邪恶的教士所实施的圣礼是无效的；基督徒个人应该完全遵循圣经里的教训；教会应该附属于国家。
罗拉德派与胡斯派
尽管遭到教皇的斥责，可是威克利夫获得了很多追随者，有英国的乡绅、政客，也有穷苦民众。在他去世之后，他的著作受到一位教士兼布拉格大学教授约翰·胡斯的赞许，而且在波希米亚广泛传播。15世纪初，罗拉德派的威克利夫的英国门徒们与捷克胡斯派的人数都在增加。
正如国王与诸侯曾经积极的与教会当局联手镇压阿尔比派一样，如今他们也想方设法制止罗拉德派与胡斯派。英国亨利四世与亨利五世采用罚款、囚禁与火刑来遏止罗拉德派运动在国内的传播。神圣罗马皇帝西吉斯蒙急切想要在捷克消灭宗教运动，诱使约翰·胡斯参加在瑞士康斯坦茨举行的全体宗教会议。在会议上，他不顾自己曾经郑重答应保卫胡斯的人身安全，并实施了会议法令，在1415年对胡斯处以火刑。
胡斯派战争
胡斯被处以火刑不久便在捷克引发了民众暴乱，这是一场半宗教半爱国的暴乱。德意志天主教徒向捷克胡斯派宣战，胡斯派内部也立刻分成几个支派，彼此交战。胡斯派战争持续了几年，后来教皇在民族方面做了一些让步，大多数地区都恢复了天主教教会。但胡斯派的一个支派摩拉维亚兄弟派，却一直留存到现在。
道德方面的对抗
在14世纪、15世纪，第三种对天主教会的反抗是对教士的出格做法与教会“腐败”进行批判。人们说有些教士的生活是无耻的，不道德的，搜刮人民膏脂，奢侈无度。人们认为很多主教力争拥有丰厚的世俗财物，罗马教廷从德国、英国与法国“好基督徒”的口袋中压榨了大量钱财，使意大利的“坏基督徒”随意挥霍，享受世俗享乐。伊拉斯谟在著作《愚人颂》里既清楚又幽默地列举了一些人们的抱怨。他认为基督徒已经不再拥有基督教早期的巨大精神力量，因此，为了对教会进行改革，一定要让普通民众接受良好的教育，让他们可以有效地监督修士与神学家们，帮助清除教会里的无耻弊端。
改革的主张
教会中的严重弊端引发了人们广泛的主张改革。改革的主张会得到人们的关注，弊端也会得到纠正。不只一般教徒，甚至教皇、红衣主教、主教、教士与修士们也都期盼改革，而且诚心为此努力。教会的精神使命没有被完全忽略。在15世纪，修士托马斯·肯皮斯所创作的《效法基督》是仅次于圣经的最著名的而且流传最广泛的有关基督教虔信的书。书中阐述的基本原则受到人们的高度赞同，并被普遍传授。
小结
事实上，在16世纪，已经实现了教会改革，但当时想遏制分裂已为时太晚。政治、经济与爱国之心对教会的反抗，以及对教会某些教义的不满，已经形成了王侯与人民的公开对抗。
专制政体的兴起加强了国王与诸侯们想在政治方面、宗教方面，变成专制君主的野心，而且想控制本国教会，正如他们控制贵族、议会与城镇一样。贵族与商人们渴望财富的野心，在他们心里引发了一种侵吞教会财产、少交纳教会钱税与终止教会经济独断的奢望。
民族情感
民族情感与民族爱国之心的发展，大大推进了将英、德、法及其他地方教会从“外国”的统治之下解放出来的主张，还出现了将天主教教会改成各个国家教会松散联盟的鼓动。
16世纪种种分裂教会的趋势，教皇与许多基督徒对此表现出了坚决的敌对。他们不愿将天主教会“国家化”，不赞同失去教会的土地与收益，不允许将教会彻底置于专制君主的掌控之下。
两派改革者
在16世纪，基督教的改革者分为两个阵营：一派还留在天主教教会，支持其组织与教义，同时尽力补救弊端；还有一派则脱离了教会，放弃某些教义，成立新组织“改革的”教会。这些新组织被称作“新教”教会，对人们所抱怨的教会弊端表示抗议。新教起义摧毁了曾是中西欧特征的宗教统一。
三、新教教会
德国改革者马丁·路德
首位领导西欧大批民众与天主教教会公开分裂的改革者是马丁·路德（1483-1546）。他是德国人，20岁时当上修士，不久之后被任命为威滕贝格大学神学教授。身为教师与讲道者，他深受学生爱戴。他果敢直率，不惧表达自己的主张。同时他还深切关注着永生拯救的问题。慢慢地他开始怀疑人们是否可以通过某些做法来博取上帝的欢心。他相信人类仅存的希望就在于每个人对上帝仁慈的质朴信仰。
路德同教会分裂
路德同天主教教会的分裂是逐渐发展的。他于1517年首次在德国引得人们的普遍关注，源于他公开质疑提供“赎罪券”与赎罪券所依托的“善行”的教义。
赎罪券是一种死后获得特惠的承诺。一个人真正对自己的罪孽感到忧伤并开始忏悔，赎罪券准许免去所有或者部分死后应该得到的惩罚。为了获得赎罪券，悔罪之人要念读某种祷词、进谒一些教堂或者做其他“善举”。在中世纪时期，加入十字军或者资助十字军都算得上是“善举”。如今天主教教会中仍存在赦罪的方式，可是不再主张捐钱，也没人捐钱了。
论纲与辩论
教皇利奥十世于1517年为筹措罗马圣彼得教堂的建造钱款，委派很多专职人员去销售赎罪券。路德被一位名叫特策尔的委派人员激怒了，他在威滕贝格教堂大门上张贴95条论纲，主张和所有前来的人辩论。在这95条论纲里，他抨击了赎罪券与教皇的一些主张。两年以后，在与一位著名学者的一场公开辩论中，路德否认了所有教皇和一次宗教会议拥有解释基督教教义的神圣权威。他援引胡斯与威克利夫的教义理论，坚决声称，每个人都有权遵照自己研读圣经的体会来料理自己的生活。
教皇利奥十世于1520年把路德从教会开除，还提议神圣罗马皇帝查理五世将他当作异端进行惩罚。
禁令下的路德
皇帝偏向于惩罚路德和他的信徒，可是在德国有很多人，包括各王侯、贵族们，还有一些教士与修士，都对路德表示同情，让他能继续和教皇与皇帝对抗。
路德分裂德国
在德国，路德发放了很多猛烈抨击教皇与天主教教会的小册子。他获得了虔诚信徒的拥护，因为他们被路德披露的教会内部的各种腐败现象震惊了。他获得了爱国的德国人的拥护，因为路德让他们对自己的国家附属于一个意大利教皇而感到憎恨。他获得了贵族与王侯们的拥护，因为路德让他们见到，他们能从教会与帝国的削弱中增长自己的财富与权力。
一时间，似乎所有德国人都将对抗天主教教会。可是在德国南部一批批农民起来对抗教会，还对抗国家统治者的时候，王侯们开始惊慌了。农民起义于1525年被残酷地镇压下去。于是农民转而反抗路德，因为在这场反抗战斗中他站到了贵族那边。同时，许多贵族，尤其是南部贵族看到农民受到路德纲领影响，便背弃了路德理论。当然，皇帝与其他王侯们，无论是从信仰还是从政治的角度，都不会听从路德的号召。
最终的结果是德国分裂了。北部邦国追随路德变成了新教徒。南部邦国否定他的纲领，仍然信奉天主教。
路德赢取斯堪的纳维亚
路德失去了德国南部的拥护，却在斯堪的纳维亚大得人心。因为丹麦、挪威与瑞典国王都将路德教封为国教。16世纪之后，不止德国北部，斯堪的纳维亚国家的绝大部分民众也都是路德教徒。
奥格斯堡和约
德国的天主教徒与路德教徒长时间的内战之后，在1555年签署了所谓的奥格斯堡宗教和约。在和约里，皇帝认可路德教是基督教中合乎法律的一派。这份和约对德国王侯有利，而对人民却不一定如此，因为和约规定每个王侯有权代他的民众选择宗教。在每个邦内，人们一定要遵奉王侯的宗教。这符合当时的专制政体。
英国国王
在英国，威克利夫的一些言论已开始生根。可是在16世纪，英国的宗教对抗主要是由英王亨利八世实施的。起初亨利反对路德，还写了一本书来反对他。之后亨利和教皇决裂了，采取果断做法，领导全国一起来反对教皇。亨利由于教皇不肯答应他非常期盼的一桩婚事而悲痛绝望；另外他急于提升自己在教会里的王室权威，就像提升自己在国家中的权威一样。所以，在1534年，他引导议会通过了一项“最高权力法案”，规定国王替代教皇变成英国教会的元首。
英国国教教会
英国的教会逐步成为了英国国教教会。亨利八世仅仅希望摆脱教皇而独立，他并非要改变教义或者礼拜的形式。但在自己的儿子爱德华六世（1547-1553）与女儿伊丽莎白（1558-1603）统治时期，国教教会进行了种种革新。圣经被宣布为信仰的唯一指导；天主教教义里的“善举”被断定属于迷信；更改了各种圣礼；祈祷书从拉丁文翻译成了英文，还做了很大的改动。
亨利的女儿玛丽女王是一位忠诚的天主教徒，在她为期五年的统治期内（1553-1558），英国再度和罗马联合起来。但在伊丽莎白漫长的统治时期，新教又得到了稳固。英国国教教会正式获得了认可，有时被称作安立甘教会（又称为圣公会）还得到了国家的支持。从伊丽莎白女王时代开始，大部分英国人都是安立甘教徒，尽管还有少部分人信仰天主教。直至19世纪，英国天主教徒才赢得解放，针对天主教徒的严苛律法才被废除。在爱尔兰，虽然英国统治者成立了新教教会，可是当地大部分民众还是信奉天主教。
英国与爱尔兰不同的宗教转变，与其他大部分国家一样，紧随而来的是大批的迫害与财产充公。许多人为了信仰而牺牲，许多家族与组织因此变得贫困。在亨利八世、玛丽与伊丽莎白的统治下，情况更是这样。
瑞士改革者——乌尔里希·茨温利
在瑞士，乌尔里希·茨温利（1484-1531）领导了反抗天主教教会的起义。他和路德有的论点不同，尤其是有关圣礼和教会组织的事。瑞士和德国一样，有些小邦信奉新教，而其他邦仍然信奉天主教，他们因信仰不同而相互混战。茨温利于1531年在卡佩尔战役中被杀死了。
法国改革者——约翰·加尔文
年轻的法国人约翰·加尔文（1509-1564），在建立新教教义与组织方面，被证实是一位要比亨利八世和马丁·路德更具普遍影响力的人。加尔文在20岁的时候，就与天主教教会闹翻了。他在法国被看作异端，所以离开家乡前往瑞士避难。在日内瓦，从1536年直到1564年去世，他一直是这座城市的宗教预言家与政治独裁者。加尔文的教义自日内瓦遍传四方。他的教义之所以被普遍接受，存在几点原因。第一，加尔文教要比大部分其他形式的基督教更为民主，所以得到了许多厌恶专制政体的人的欢迎。第二，加尔文在26岁时创作的《基督教原理》一书中，将教义阐述得清楚精炼，以至于立刻被誉为神学中的一部优秀作品。自那时开始，这部著作在宗教文献中一直占据明显地位。
很多瑞士人追随加尔文，荷兰人与部分马扎尔人也是如此。法国的新教徒胡格诺派也成了加尔文教徒。在苏格兰，约翰·诺克斯所引入的加尔文教被封为国教。在不列颠群岛的一些地方，它也被许多人所接受。苏格兰（与其他一些国家）的加尔文教徒被称作长老会信徒。清教徒与新英格兰迁移新教徒也都成为加尔文教徒了。
