唐继尧回国后，被任命为云南陆军讲武堂教官、监督，后又担任参谋官、管带等职。辛亥革命爆发后，昆明的革命人士秘密发动武装起义，临时总指挥是蔡锷，唐继尧也积极参与策划和行动。起义胜利后，起义军成立“云南军都督府”，蔡锷为云南军都督，唐继尧因参与积极且非常卖力，当上了军政部与参谋部的次长。
蔡锷率师北伐前派唐继尧率一支部队支援贵州的起义，而贵州已经起义成功组成了贵州军政府，为了争权夺利，唐继尧率滇军突然袭击贵州军政府，从而获得贵州临时都督的职位。不久，袁世凯正式任命他为贵州都督。
1915年12月25日，唐继尧、蔡锷等联合宣布云南独立，武装讨袁，掀起护国战争。正是借着护国战争，东征西讨，唐继尧的势力和地盘大为扩张，从而成为雄霸一方的地方军阀。几乎成为事实上的“西南王”。
孙中山不是不了解他们的历史，但在当时的形势下，以自身的力量是无法进行护法斗争的，而借西南军阀打北洋军阀，革命军也可以发展壮大起来，这就是孙中山自己的如意算盘。更重要的是，他们也反对段祺瑞，因为段祺瑞极力鼓吹“武力统一”，危及了他们的利益。唐、陆二人同意并表示出与孙中山联合的意愿，所以三股势力怀抱不同的目的走到一起来了。
1917年8月25日，国会非常会议在广州开幕，选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅。命令下达，然而两个人却坚决拒绝就职。唐继尧对什么约法不感兴趣，事实上他也不打算出兵真打，也就是摇旗呐喊助威而已，对孙中山他既不反对，也不帮忙，袖手旁观。他不过只是想静观时局发展，看形势决定自己的策略。
陆荣廷更是有意思，他是只反段祺瑞个人，并不反北京政府。因为它认为段祺瑞既无实力又无威望，做这个总理简直是侮辱他姓陆的。同样孙中山做大元帅，也在他的上面，他不愿以“西南王”的身份听命于孙中山。
还有一个不愿意说出口的原因，唐继尧对他与广西陆荣廷同被选为元帅，也认为和他的身份不合。陆荣廷土匪出身，而自己是秀才出身，日本士官毕业，属于高学历的高级知识分子，两个人根本不在一个档次上。
尽管有种种不可调和的矛盾和裂隙，在孙中山的努力下，护法军政府还是宣告成立了，民国又出现南北两政府对立的局面。9月26日，护法军政府下令北伐。
南北正式开打。
得湖南者得天下
南北战争第一战场被选在了南北势力交界的湖南省。
当时湖南最高长官，也就是湖南督军谭延闾其实是国民党人，他对段祺瑞一向都不感冒，甚至多次通电反对段祺瑞的政府。所以段祺瑞要想控制湖南，第一件事就是除掉谭延闾这个心腹之患。
8月6日，段祺瑞下令由原籍湖南乾城的陆军次长傅良佐出任湖南督军，谭延闾改任省长。不但削了他的兵权，还正好迎合了湖南士绅们强烈要求的“湘人治湘”原则，可谓一举两得。段祺瑞一方面让其向报界言明：决不带兵入湘，一方面暗令驻保定的第二十师范国璋部和驻马厂的第八师王汝贤部即刻南下。另外，段还与湘军第二师师长陈馥初暗中联络，“使为己用”。
谭延阊对段祺瑞的意图一清二楚，他不想坐以待毙，可是运气似乎不在他那边。他的亲信第一师师长赵恒惕意外去世，第二师师长陈馥初因接受段祺瑞的游说，也不情愿武力抵抗。失去军队的支持，谭延闾没有了说话的资本，只好服软。一面派人赴京迎接傅良佐，一面让国民党的刘建藩任零陵镇守使，派第一师第二旅旅长林修梅驻防衡山，摆明了“人走心不走”。
傅良佐到达湖南就任督军还没几天，便电保陈璩章为零陵镇守使，取代国民党健将刘建藩，又撤了林修梅的职。刘建藩、林修梅便在谭延阊的策划下当即宣布独立，与段政府和湘政府脱离关系，并通电各地。
听闻变故，段祺瑞马上命令徐树铮接管战事，同时命令傅良佐的第八师、第二十师紧急进入湖南，摆开阵势对付西南军。然而由于北洋系内部派别之争，这场战争一开始就注定是一场闹剧。因为冯国璋的直系兵力诸如范国璋部和王汝贤部被段祺瑞摆在了最前线，冯国璋可不想做冤大头，替段祺瑞火中取栗，因此当段祺瑞以国务院总理的名义要求冯国璋正式下令讨伐刘建藩、林修梅时，冯国璋却一再拖延，始终不下命令。所以这场南北战争从始至终居然没有正式宣战。
刘建藩、林修梅的兵力毕竟有限，在段祺瑞大兵压境的形势下，感到了巨大的压力，不得不向西南求援。湖南紧邻广西，一旦湖南失守，段祺瑞及他的北洋系下一个目标毫无疑问就是两广，于是广西王陆荣廷再也坐不住了，立即派谭浩明为湘粤桂联军总司令，率领5个军80营的兵力进入湖南协助作战。同时，孙中山派遣程潜也率军进入了湖南，刘建藩、林修梅得到强力外援，实力大增，明刀明枪地和北洋军打了起来。
战争初期，北洋系军队稍占上风，但进展异常艰难。就在陆荣廷为挽回不利局面做着多方努力的时候，意想不到的变故发生了。当然，这场变故对西南方面来说是有百利而无一害。原因就是：北洋军竟然主动撤兵了。
北洋军节节胜利，带给冯国璋的却不是获胜的成就感，恰恰相反，他感到了隐隐的忧虑：如果再这么打下去，说不定“武力统一”真就实现了，但到那时自己的直系势力肯定已经所剩无几，唯一的老大只能是段祺瑞的皖系。没有了西南方面的掣肘，段祺瑞要对付自己不过是小菜一碟。想到这里，不由得身上直冒冷汗。于是他暗中给尚在前线苦战的范国璋、王汝贤发了密电，范、王二人得到指示后，联名给段祺瑞、冯国璋同时发来函电，主张停战议和，并自行将队伍从衡山撤退至长沙。
眼看胜利在望，偏偏这时候陡生变故，通电传到北京，冯国璋捂嘴偷着乐，命令将电报马上交给段祺瑞，自己就等着看他的笑话了。
范、王二人的擅自停战，完全打乱了事前的部署，湖南战场局面瞬间逆转。这就像多米诺骨牌一样，一块倒下，跟着就是一串。没有这两支部队在前线的拼杀，后方就直接暴露出来，长沙是湖南省会，此时却成了最不安全的地方，面对南军的节节进逼，湖南督军傅良佐吓得和省长周肇祥一道弃长沙而逃。湖南形势一下子变得对南方极为有利，与此同时，四川又传来消息，川军第五师师长熊克武乘吴光新不备，将到重庆的北洋军包围缴械，重庆被熊克武控制，四川形成了独立的局面。
对段祺瑞来说，一切有利局面瞬间被逆转，对=f王范两人的擅自撤军，他心里非常明白是怎么回事，是谁在幕后主使也清清楚楚。但此时他已经无力回天，连骂人的心情都没有了。在接到两人通电的第二天，段祺瑞便向冯国璋递了辞呈，打算以此威胁冯国璋。
早就瞄着段祺瑞的冯国璋心中暗乐，接到辞呈的他很愉快地几乎要立即签字批准。虽然前几次段祺瑞也耍过这样的辞职把戏，但奈何日本人是支持段祺瑞的武力统一思想的，自己一下子还不敢公然与日本人撕破脸，所以每次段祺瑞一说要辞职，冯国璋心中不满，也不得不假意挽留。这次日本人又来施加压力，害的冯国璋手痒痒，几次都想签字批准，又放下了手中的笔。
好吧，看谁能挺到最后。于是冯国璋再一次故技重施，指使鄂督王占元、赣督陈光远、苏督李纯联名发出通电，主张与西南和平解决问题，这就是历史上有名的“三督联名通电”。
这长江沿岸的三省都督都是直系中坚，是冯国璋一手提拔起来的心腹，段祺瑞心知肚明却毫无办法，只好回头将希望寄托在那两位临阵撤兵的大哥身上，他连下两道命令，一是把那个不争气的、携印脱逃的湖南督军傅良佐和省长周肇祥撤了职。另外就是重新任命王汝贤以总司令代行督军职务，接管湖南一应军政要务。按段祺瑞的性格，这两人临阵抗命，不杀就已经是天大的照顾了，怎么可能还升官了。但段祺瑞已经没有办法再去和他们纠缠责任问题，只好息事宁人。然而，段祺瑞一番苦心还是打了水漂，高高兴兴去长沙上任的王汝贤还没等到北京任命的公文下来，就已经被湖南军民赶出了长沙。
所有的努力全都白费，身为总理却不能发号施令，反而处处遭到掣肘，这样的总理干下去还有什么意思。一向喜欢专权的他感到了深深的绝望，他第二次向冯国璋递交了辞呈。
冯国璋这次可就不客气了，马上宣布免去段的总理职，外交总长汪大燮暂行代理国务总理，接着冯国璋又任命王士珍为国务总理。
奉系入京
段祺瑞多年的政治生涯中，多次下野又多次复出，倒很有现在某些明星的派头，只不过他的能量显然比这些明星们要大得多，具体表现在他虽然下野了，但他一手挑起来的南北战争却没有停止的迹象。而且在他下野的时期，国内政治形势并没有多大的改变，所发生的一切或多或少都与他有着千丝万缕的联系。
此时南军已打到湖南的岳州附近，直接威胁到了长江流域，而长江流域可是直系势力的固有地盘，长江三督均为直系中坚，冯国璋再也难以安坐。
同时，坏消息不断传来：重庆失守，吴光新弃城而逃；北军内讧，浙江宁波、湖北荆州、襄阳先后宣布独立，响应护法，武汉也受到了威胁。
冯国璋虽然一直是主和派，但局内人都清楚，那不过是为了对付段祺瑞和他的皖系，并非他冯国璋天生是上帝的信徒，爱好和平。现在南军已经打到了家门口，却毫无收手的迹象，发展下去，北洋军阀们只能去喝西北风了。
所以和谈已经难以说服北洋诸军阀，北洋集团的整体利益成了当务之急。
然而，与段祺瑞一样，冯国璋也遇到了和他一样的问题：力量不够。当初段祺瑞在台上时，皖系力量在后作为后援，自己的直系打起仗来底气十足，现在南军打到了家门口，而段祺瑞却已经下野，仅靠自己的直系军力是无法阻止南方军的进攻的，而且即使自己勉强支撑下去，最后也不过是两败俱伤，皖系力量就会捡个现成的大便宜。这不是搬起石头砸自己的脚么？
迫于无奈，在罢免段祺瑞不久，冯国璋不得不再次启用段，好让段氏的力量重新参战。12月18日，冯国璋下令，段祺瑞就任“参战督办”，段芝贵为陆军总长，转了一大圈，北京政府的兵权还是控制在皖系手中。
不过，冯国璋无论如何是不甘心让段祺瑞、徐树铮之流操控自己的，一方面他无法调和北洋系内部主战派与主和派之间的分歧，另一方面又不想太得罪西南方面，于是他下令北军去进攻荆川和襄阳的“自主军”。所谓“自主军”，是由一些地方武装发展而来的力量，本身与西南军阀没有隶属关系，实力也较弱。冯国璋的目的就在于鱼目混珠，用局部的小打小闹代替全面的“南北战争”，从而保存自己的实力。
