在国际高等教育领域，从民办学校与举办者产权关系的角度看，主要有两种类型：捐资办学与投资办学。捐资办学是指私人或社会组织为了设立私立学校，捐资成立基金会或类似组织，并由该组织（基金会）作为举办者举办学校的办学形式。这里的“捐资”是一种转让财产所有权的行为，财产一经捐出，投资人对其不再享有所有权。如果私人或社会组织专门为设立私立学校而捐资设立基金会法人（或财团法人），则法人一经成立，捐资者便与其脱离关系，既不作为法人成员，也不直接参与或决定法人事务，更不享受法人所提供的财产利益。在捐资办学中，私立学校的财产为法人所有，即使法人解散后，捐资人也不能再收回自己的财产所有权，以确保私立学校的公益性。而投资办学是指举办者将资本投入到所创办的私立学校中，仍拥有对所投资本的所有权，且举办者凭借其对资本的所有权自动取得法人成员的资格，进而享有通过制定学校章程，参与法人事务，获得学校经营增值而带来的收益以及其他权利的办学形式。由于私立学校举办者享有对其投资的所有权，因此举办者自然享有经营学校财产而获得的收益权。从这个意义上说，捐资办学是非营利的，而投资办学却是营利的。在我国独立学院发展过程中，一方面它依法享受着作为教育公益性事业而捐资办学从而获得的免税等优惠待遇；另一方面它又成为一些投资者打着捐资办学的名头获得投资利润回报的场所。正如一些投资方的观点所表达的，独立学院是由企业作为投资方，而企业是要赚钱的，不赚钱能叫企业吗？企业对教育的投资肯定是要回报的，而不是捐赠。
然而，我国独立学院与其他民办教育的法律规范中，将个人、私营企业等投资举办、投资举办者享有资产所有权和收益获得（回报）权的教育机构（包括其他社会事业的社会服务机构）都视为公益机构，将投资营利行为视为捐资奉献行为，享有与捐资兴办甚至国家兴办的教育机构同等的法律地位、同等的法定免税等优惠待遇的问题相当普通和突出。
对两种办学类型的混同，“捐资与投资不分，一方面留给了不法商人钻法律空子的机会，另一方面也是对捐资办学公益行为的打击。免税待遇相当于政府把公民交纳的部分税款转移到了民办学校，税收代表的是全民利益，企业性质的学校不应该占有这种全民利益”。
（三）“营利”与“盈利”不分
“营利”与“盈利”不分导致独立学院及其举办者对独立学院的“公”“私”界限模糊。
一般而言，人们认为“营利”与“盈利”是等同的。但“营利”与“盈利”是两个不同的概念，既相区别又相联系。盈利是指一种收入大于支出的收支状态；营利则是指谋求利益的经济行为。盈利不一定是因为营利所得；而营利行为也不一定会取得盈利的结果。民办高等教育盈利的过程实质上也就是民办高等教育产业化的过程，从资本寻利的本质到民办高校发展需要积累，都不能否认和忽视盈利在民办高等教育发展中的影响和作用。
就学校而言，营利性学校与非营利性学校的具体差异体现在以下五个方面：（1）办学性质不同。非营利性民办学校一般是由企业、社会组织及公民个人捐资举办或由社会公益组织出资举办，属于社会公益事业，我国称为“民办非企业单位”；营利性民办学校一般是由企业、社会组织或公民个人投资举办，实质上是以提供教育服务为产品的产业。（2）所有权不同。对非营利性学校而言，企业、社会组织和公民个人投入的财产全部归学校所有，即使学校停办时也不能收回；而企业社会组织或公民个人投资举办营利性学校，投资者依然享有资产的所有权。（3）收益权不同。捐资举办非营利性学校的企业、社会组织和个人不享受财产的收益权，学校经营所获得的结余只能用于学校的发展，不能用于分配；投资举办营利性学校的企业、社会组织和公民个人则就享有该份财产的收益权，可以获得学校盈余相应的回报。（4）收费标准不同。非营利性学校的收费标准受政府限制；营利性学校收费标准主要根据教育市场供需变化由市场决定。（5）政府管理方式不同。对非营利性学校，政府按社会公益事业来管理，在用地、税收等方面提供诸多优惠条件；对营利性学校的管理则基本按照管理公司企业的办法管理，工商注册、依法纳税。
即使是盈利性的民办学校，其办学也分三种情况，其一是完全以为社会培养专门人才为目的，将办学的公益性放在首位；其二是为社会培养人才和获得一定的经费盈余，将结余用于提高办学质量：其三是办学完全以盈利为目的，一切以经济效益为衡量工作的指标。可见，民办高校从非营利组织向营利组织的转变，主要取决于其办学目的是靠近社会公益目标还是适应市场利益目标。市场化所带来的只是办学观念、经营方式的转变，并不是民办高校营利与否的分水岭。市场既给予民办高校办学盈利的空间，同时也为民办高校提供服务大众、服务社会的公益机会，关键取决于民办高校自身的需要和选择。
独立学院作为市场化运作的民办高校，就是借鉴企业发展、运作方式而经营、管理办学事务。它们实行全额成本或高额成本收费，不向学生提供免费教育，注重办学成本的核算和经济效益的提高，可以追求盈利，但不应以营利为目的。
但是现实中，无论是独立学院本身，还是独立学院的参与举办者都出现了“营利”与“盈利”不分的问题，造成独立学院的“公益性”与“营利性”界限模糊。
一是独立学院办学成本模糊不清造成独立学院的“公益性”与“营利性”界限模糊。独立学院办学成本与利润直接相关，利润与资本增值直接相关，资本增值与所有者权益直接相关。成本是一个关键问题。每当有言论指独立学院收费太高时，通常会有“仅是按成本收费”的声音出现。实际上，“按成本收费”是一个并不切实际的理由。首先，没有人能确切知道中国高教的实际人均成本是多少。1998年《高等教育法》第六十二条规定：“国务院教育部门会同国务院其他有关部门根据在校学生年人均教育成本，规定高等学校年经费开支标准和筹措的基本原则。”1998年财政部《高等学校会计制度》采用的是收付实现制，根本无法进行成本核算。10年来，有关部门没有颁布过关于高校教育成本核算的具体制度以及具体的成本核算体系。2005年虽然国家发改委制定了《高等学校教育培养成本监审办法（试行）》，但因该办法实行的是权责发生制而无法在高校落实。其次，不合正常逻辑。“按成本收费”就意味着零利润，零利润的领域不可能会吸引资本进入。
二是举办独立学院的高校收取的费用分成属性不清，造成独立学院的“公益性”与“营利性”界限模糊。公立普通高校申办独立学院的收益与回报，多数以学费分成（比例各有不同）的方式体现，少数以独立学院股份或者股份加学费分成的方式体现，申办高校抽取的学费分成到底属于什么性质，迄今尚未有一致的说法。有的认为是“管理费”，有的认为是投资回报。那申办高校向独立学院投入的究竟是无形资产（校名、师资）的使用权还是无形资产（校名、师资）的所有权？若申办高校投入的是无形资产（校名、师资）的使用权，则申办高校只宜收取许可使用费；若申办高校投入的是无形资产（校名、师资）的所有权，则应经评估后折价入股（转移所有权）收取利润分成。按照《独立学院设置与管理办法》第十一条规定，普通高等学校主要利用学校名称、知识产权、管理资源、教育教学资源等参与办学。第十三条更进一步规定，普通高等学校投入办学的无形资产应当依法作价。这样，申办高校投入的就是无形资产的所有权，是依法作价评估后的入股，如果是这样，就会给举办高校收取高额管理费甚至追求营利性一个合法的借口。
（四）独立学院自身发展的营利性倾向
独立学院自身发展的压力与要求促使重“盈利性”，轻“公益性”，导致营利性倾向。从高等教育的性质来看，教育属于公共物品或准公共物品。公共物品具有外部性。当教育这种公共物品转化为私人物品或准私人物品向社会成员提供时，就必然在某种程度上具有可分性和排他性，从而使教育变成一个有利可图的领域。独立学院要为社会培养专门人才，根据高等教育自身的内在规律配置资源，保证教育教学质量，提高办学水平。同时，在市场竞争环境中，独立学院作为在社会主义市场经济下为适应所有制结构多样化而产生的多元化办学体制下的一种特殊的办学模式，其经费渠道不是来自政府，只能依靠自身的运作筹集，它在自身的运行中必须要有相当多的结余才能形成良性循环，有经济效益才能维持办学的可持续发展，而结余就包括盈利和不断地多渠道吸收资金，因此是不能没有盈利的。如果没有宽松的结余，学校就无法发展，办学条件就不可能不断地得到改善。这就带来了教育公益性和资本寻利性的矛盾。
首先，独立学院自身规模的日益扩大、办学需要巨额经费。公办大学收费制度的实施和高等教育成本补偿观念的认同，给所有民办高校都增添了生存的压力，独立学院只能依靠提高学费、降低成本、提高效益，不断进行资产积累，走上市场化运作的道路，通过与社会的广泛接触和联系、调动社会的巨大人力和物力资源。利润的回报使得资金筹集难度下降，而资本规模越大、资金来源越多的独立学院，学生规模也会随之不断扩大。实践证明，对利润的追求可能会降低其教学质量，虽然市场竞争的压力会成为其不断提高质量的动力，从而为社会提供更多良好的教育服务，逐步成为在同行中名列前茅的高等教育机构，但在努力扩大高等教育规模的当今中国，这一竞争压力并不足以平衡独立学院办学者追求利润的动力，反而会促使其不断扩大招生规模，提高学费所占比重。
其次，无论是政府、举办高校、投资者还是学生及家长，成本与收益也是必须考虑和衡量的。如果产生净收益，则他们维持或增加供给，否则，无论政府制定怎样的政策和法律也难以调动其积极性。事实上，从独立学院本身的发展进程就说明了这一点。对地方政府而言，区域经济的发展急需人力资本以支撑，还面临着上有扩招指令、下有百姓压力而政府资源有限的困境，所以许多省份都出现了有地方政府直接注入资金参与独立学院办学的现象，几年后再慢慢“断奶”。作为普通高校来说，举办独立学院不仅可以解决一部分办学资金，还可以变相增加教师薪水，所以有条件的高校纷纷上马；而资本投资者则是为企业寻找一条营利的渠道，甚至有的企业在面临破产的情况下参与了办学。因而，在独立学院的运行过程中，追求短期的经济利益，忽视教育的长远利益的现象必然会存在。独立学院比一般的民办高校起点高，可以直接获得实施普通高等教育、颁发正规学历文凭的办学权，依托学校又通过选派教师、干部到独立学院教学和管理，把成熟的办学经验和优秀的教学资源提供给独立学院，因此它的发展速度较快，在处理“质量、规模、效益”三者关系时难免会出现急功近利的倾向，所以，不断调整指导思想、完善法律制度，实现独立学院“营利”与“非营利”的区分，使法律、政策落实到位，才能使作为公益性事业的独立学院实现“盈利性”的同时落实其社会公益性。
三、发展定位的两难
独立学院的发展定位就是独立学院在高等教育分类分层系统中的位置，包括类型的定位与层次的定位。在高等教育发展的不同阶段，高等教育系统的特点不同。在我国高等教育向大众化过渡阶段，高校发展定位的战略性问题是学校类型定位，资源决定高校的发展定位，资源依附状况决定高校的类型定位。类型分类是对高校质的界定，层次划分考察的是高校发展的水平。高校在发展定位时首先要在类型上找准定位，其次才确定发展层次。
在确定其类型定位的基础上，还要进一步明晰独立学院发展层次的定位，明确办学特色。所谓大学办学特色是指高校在长期的办学过程中形成和表现出来的比较稳定的发展方式和被社会公认的独具个性、优良的办学风格和办学特征，主要体现在办学思想、目标定位、学科专业、人才培养、科学研究、社会服务、校园文化等方面。大学办学特色是大学发展的关键，有特色才有生命力，有特色才有竞争力。对于独立学院来说，办学特色更是关系到其生存尤其是可持续发展的关键性问题。但在独立学院十几年的发展中，相当数量的独立学院在发展定位上很纠结，特色也尚未形成。
