顺治初年，东南沿海及两广、云贵是当时抗清斗争的主要活动地区，情况错综复杂，危及清的统治。为了适应当时政治和军事斗争的需要，汉官名将吴三桂受命以平西王的身份镇守云、贵，尚可喜以平南王的身份管理广东，耿精忠以靖南王的身份统辖福建，当时，并称“三藩”。
随着时间的延长，三藩的势力不断增长，各自拥兵自重，形成了一股与中央抗衡的强大力量，与清廷的矛盾也更加尖锐。康熙在亲政之初，就把三藩同河务、漕运列为三件大事。他把解决三藩列为必须解决的三件大事中的第一件事，时刻思虑裁撤的时机与办法。
虽然康熙早就有了撤藩的意向，但由于三藩实力强大，不便贸然采取行动，以防不测。康熙十二年（公元1673年）三月，已经看出朝廷意图的尚可喜首先提出撤藩，上疏朝廷，请求归老辽东。康熙帝顺水推舟，立即批准，并对他大加赞誉。
吴三桂得到尚可喜被撤藩的消息后，非常震惊。这时吴三桂的儿子吴应熊从京师派人驰书给吴三桂，要他依计而行。吴三桂经过反复思忖，只好也上疏请求撤藩。但吴三桂认为自己势力大，而且功劳多，朝廷不会撤去他的位置。与此同时，耿精忠也给朝廷上了一份撤藩奏疏。
康熙认为这是难得的机遇，准备一概批准奏疏。但对是否撤藩吴三桂，朝臣中产生了不同意见。只有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等人赞成康熙的决策，大多数朝臣持反对意见。康熙力排众议，正式作出撤藩的决定。
当撤藩的诏旨送到云南后，吴三桂震惊、失望，更气恼。他立即与其党羽密谋起兵，并开始为起兵做准备，调集人马，断绝邮传，封锁消息，暗令境内只许人而不许出。
当吴三桂起兵的消息传到北京后，清廷上下为之震惊。
吴三桂的叛乱，早在康熙的意料之中。刚刚20岁的康熙，与久经沙场的吴三桂对峙，初期不免有些紧张。但他很快就冷静下来，着手从容应对。
康熙首先杀死在京的吴三桂的儿子，以坚定削藩抗吴的决心。同时增派八旗精锐前往咽喉要地荆州固守，并通知广州与福州，两藩停撤，以孤立吴三桂，另一方面，将散布各地的原属吴三桂的官员一律赦免，以利大局稳定。
吴三桂挥军北进时，清政府在军事上还没有充分的准备，所以吴军进展很快。仅一年的时间，吴三桂就占据了江南。与此同时，四川、山西、陕西、甘肃诸省也发生了叛乱。
面对复杂的形势，康熙处乱不惊，运筹帷幄，指授方略，决心赢得战争的完全胜利。
战争发展到康熙十四年（公元1675年），吴三桂军的战略进攻达到了顶峰，形成了耿精忠控制的福建、浙江、江西为一面；四川、陕西、山西、甘肃为另一面，特别是陕西提督王辅臣的叛变对京师的威胁最大。在这种形势下，康熙制定了明确的战略方针：清军以荆州为战略立足点，与湖南战场的吴军主力周旋，不攻；决定先解决耿精忠、王辅臣两股势力，然后再集中兵力同吴军决战。
王辅臣，山西人，强盗出身，骁勇善战。顺治年间就曾反叛过清廷，后来归降，到了吴三桂手下当差，吴三桂待他不薄。但是王辅臣却对吴三桂不满，就找机会离开了吴三桂，到陕西任提督。吴三桂对此很理解，还送给他两万银子做路费。
吴三桂反清后，极力拉拢王辅臣，王辅臣感念吴三桂的旧恩，又回头上了吴三桂的贼船。根据这一情形，康熙认为王辅臣虽然是第二次叛变清朝，但叛心不坚。假如再度宽容，相信能招抚成功。为此他专敕慰勉，最终感化了王辅臣，使他重新归顺了朝廷。
继西北招抚成功之后，福建耿精忠也被招抚归降，闽、浙相继平定。康熙十六年（公元1677年）四月，后叛的尚之信也被招抚归降。同年六月，康熙向各地统帅、督抚部署：凡在贼中文武官员兵民，悔罪归正，前事悉赦不问，仍照常加恩。如果有擒杀贼者，投献军前，或者以城池兵马归抚者，仍论功奖赏。依此形成制度，每到战役关键时刻，康熙都发招降敕书，由专门负责招抚的人掌管送达，可以说是攻心战。
康熙采取的又一项重要政策是重用汉兵汉将，他们为平叛发挥了重大作用。吴三桂在失去耿、尚两藩支援后，处境孤立，匆忙于康熙十七年（公元1678年）三月在衡州称帝，国号大周。八月，七十四岁的吴三桂得病暴亡。吴世瑶即位，但他根本无力统领军队，吴军纷纷大溃败。康熙则有条不紊地指挥，命令各路军队，乘胜追杀。
这时，清军已进入湖南，将长沙之敌包围，并从水陆两路进攻岳州。在派兵几路围讨的同时，为了尽快结束战争，康熙采取了恩威并施的策略，劝诱叛军投降。他给叛将写了招抚的谕旨，争取他们投诚，并取得r明显的效果。康熙二十年（公元1681年）十一月，清军终于打破昆明城，吴世璠服毒自杀，其党羽四散。这场历时八年的三藩叛乱，以吴三桂的覆灭而告终。
在这场生死攸关的战争中，康熙沉着冷静，从容应对，最终取得了决定性的胜利。
做人的智慧
处乱不惊、从容应变是稳健的表现，这和“稳”体现出了良好的心理素质，没有良好的心理素质就无法胜任突发而艰巨的工作。年轻的康熙，面对来势汹汹的三藩之乱，非常沉着冷静，制定了相应的策略，表现出了一个优秀政治家的从容和气魄。
