朱元璋共有二十六个儿子，除了长子朱标被立为太子，第九个儿子和第二十六个儿子早死外，其余的二十三个儿子都被封为亲王，星罗棋布地分驻在全国各个战略要地。
朱元璋在位的第二十五年，太子朱标因病死去，朱元璋就立太子的嫡子朱允炆为皇太孙。过了几年，朱元璋也撒开他紧紧握住的权柄，长辞人世。
皇太孙朱允炆继承帝位，这就是建文帝，即位的第二年改为建文元年。
朱允炆的性格和他的父亲十分相似，也是仁柔寡断。而当时的各个亲王都是他的叔父，几位年纪较大的亲王久经战阵，屡建奇功，他们手里又都握有重兵，自然不把年轻、孱弱而又没有经验的朱允炆放在眼里，亲王不听调令和违法的事也就接连不断地出现。
在这些亲王中，表现最突出的是朱元璋的第四个儿子，也就是燕王朱棣，他不仅不服从皇帝的调遣，而且蓄谋已久，想当皇帝。建文帝了解到这种状况后，就和兵部尚书齐泰、太常侍卿黄子澄商量计谋，决定先发制人。在不到一年的时间里，朝廷先后削除了周王、湘王、齐王、代王、岷王这五个亲王的藩王爵位，把他们都废为庶人。在逐渐削除其他亲王的权势之后，建文帝便集中精力去对付燕王朱棣了。
燕王朱棣眼看就要轮到自己了，就在建文元年的七月，采取先发制人的手段，首先起兵反抗朝廷。
燕王起兵后，为了表明自己的行动是正义的，就说朝无正臣，内有奸逆，指责齐泰、黄子澄为奸臣，骂他们变乱祖宗法制，从而举兵诛讨他们，来清除皇帝身边的坏人。
燕王以一种旋风般的速度，在不到一个月的时间内就攻克了北平北面的居庸关、怀来和东面的蓟州、遵化等许多州县，这样做是为了排除后顾之忧，又可补充兵力，然后集中全力来对付朝廷的问罪之师。
燕王起兵的时候，那些曾跟随朱元璋打天下，能征惯战的元勋宿将早已被朱元璋杀得差不多了，幸存下来的已是寥若晨星，长兴侯耿炳文就是其中的一个，但这时也年近古稀了。建文帝派不出其他人，只好命他为大将，率兵征讨。兵力号称三十万，实际只先调集了十三万，开到河北滹沱河地区。
燕王在中秋夜乘他们不备，袭破雄县，歼灭了耿炳文先锋部队的全部兵马，继而又在滹沱河北岸大败耿炳文的主力部队。建文帝只得召回耿炳文，让李景隆取而代之。
李景隆本是个膏粱子弟，根本不懂得用兵的方法策略。他接任耿炳文的职务后，收集那些残兵败将，并调动各路军马，一共是五十万左右，进驻河间。正当这个时候，辽东军攻打永平那个地方，燕王和他的部下商议说：
“我们在这里，李景隆是不敢来的。现在我率军去援救永平，他一定前来攻城。我再率领大军回来攻打他们，到那时你们坚守着城池，我们从后面堵截，他们一定大败无疑。”这样，在九月份，燕王率领军队援赴永平，同时，又故意撤走卢沟桥的守兵，诱引李景隆深入腹地。
李景隆果然上了燕王的圈套。他听说燕王率领部队去救永平，就在十月份发兵直趋北平。在过卢沟桥时见没有军队防守，非常高兴，觉得北平唾手可得了，于是就直接逼近北平城下。这时留守在北平城中的燕王的儿子朱高炽严密部署，拼死守卫。李景隆号令不严，指挥不当，军队虽然很多，可是面对他们这样坚守，却也无可奈何。李景隆的军队中唯有都督瞿能勇敢善战，他与两个儿子率领精锐部队一千人左右，直杀入张掖门，其势锐不可当。但是，后援部队迟迟不到，只好勒兵等待。李景隆怕瞿能得了头功，派人阻止，要他等候大军全到，再一起进攻。这样，燕军得到了喘息的机会，连夜汲水泼到城墙上，由于天气寒冷结成了冰，到了第二天，李景隆的军队再也无法攀上城墙去进攻了。
燕王打退攻打永平的辽东军后，又带领军队攻破了宁王朱权的封地大宁，收编了他的精锐部队八万人，从而兵力更加强大。北平在朱高炽的奋勇守卫下，李景隆无法攻克，等到燕王回师救援时，内外夹攻，李景隆支持不住，只得率先逃遁，连夜奔回德州。他的部下一看主帅已经逃跑，也纷纷丢弃兵械粮草，落荒而逃。
第二年四月，李景隆又集合兵将六十余万去讨伐燕王，在白沟河和燕军展开大战，结果又失败了。其中李景隆的部队被杀死和淹死的士兵有十几万人，百余里遍地都是尸体，李景隆躲入德州。燕王乘胜追击，围攻德州，李景隆又放弃了德州，投奔济南。燕王率军紧追不舍，这时李景隆虽然还有十几万人的兵力，但仓促出战，还没来得及布阵，就被燕王所率领的精锐部队击得大败，李景隆只好单骑落荒而逃。建文帝见李景隆一败再败，也无意问罪，就免去了他的大将军的职务，让左都督盛庸来接替他。在盛庸的奋力防守下，济南等地都被保住了，燕王只得把军队撤回北平，暂做休整。
起兵三年来，燕王虽然屡次取得胜利，但所得的城池仅永平、大宁等地，其他的都是得而复失，不能巩固，将士也战死了好几万人。而皇帝的军队人数众多，又都分布在各个要害的地方。面对这种形势，燕王心中很惆怅。正在这时候，皇宫里的太监给他送来了京城的情报。原来，建文帝对宦官的约束很严，这些人心中不满，便密谋拥戴燕王。他们向燕王偷送情报说：“南京城里空虚，应当抓紧时机，疾进直取。”燕王得到这个情报，就决计带领大军南下，一路上不攻占城池，锋芒直指京城。
燕王大举出兵南下，一路攻打到扬州等江北重地，做好强渡长江的准备。南京城里的官员慌成一团，纷纷要求到外地守城，利用这个借口离开南京，有的还暗中向燕王献渡江以及如何攻入南京的计策。建文帝没办法，只好以割地分南北朝为条件，派人和燕王议和。
但是，这时候燕王把攻破南京看作是探囊取物，根本不理睬建文帝的和议，驱兵直逼到南京城下。当时燕王的弟弟谷王朱与李景隆负责守金川门，燕兵一到，就开门迎降。燕王进城后，文武百官纷纷跪在道边迎接。这样京城就被攻破了。燕兵进京后，宫中起火，建文帝的去向也就不知道了。
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，他身穿衰白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧号哭不已。
朱棣劝说方孝孺：
“我是效法周公辅佐成王啊。”方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”“他自焚而死！”
朱棣答道。方孝孺又问：
“何不立成王之子？”朱棣回答：“国赖长君（意指他自己）。”方孝孺咄咄逼人：“何不立成王之弟？”朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”方孝孺夺过诏纸，在上面乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
方孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
建文帝时的兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿庭，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。
朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。
朱棣对建文帝忠臣杀则杀耳，还要极力污辱。他把多位忠臣孝子的清白妻女送入教坊司。直到二十二年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”这可真是“皇恩浩荡”了。
