各地开拓民都向方正汇拢，估计有2万多人，因为极其害怕被苏联红军赶上，他们只敢走山间小路。时值深秋，缺衣少吃，一路上以偷食中国农民的土豆和玉米活命，小孩子走不动了，就被扔到路旁，或者被推进河中淹死。有些老人实在受不了，就央求同路的日本军人开枪打死自己。有人将手榴弹绑在腰上自尽。一些绝望的日本人围坐在炸弹旁集体自杀或自焚。
据当地上辈人叙述：一群再也走不动了的绝望的日本人，有老、有小，也有妇女，决定自杀。他们堆起木柴，浇上汽油，围坐四周，母亲们用白布将自己小孩子的眼睛包扎起来，男人们开枪，将妇女、儿童和老人一一射杀。随后，男人们点火，自己再举枪在已经熊熊燃烧的火堆旁自杀。
追随着战争的脚步，瘟疫随后到来。到1946年春，来到方正的日本人只剩下了不足3000人，其中有1000多名是孤儿，后被中国家庭收养。
2. 不能否认
日本人把自己不当回事，他们不会同情弱者，也自然不会把别的民族当回事。把自己当作机器，把别人自然当成草木瓦犬，这样的生命意识，确实让别的民族不寒而栗。
然而，日本真正让中国人心寒的地方，不是你曾经杀过多少中国人、手段有多么残忍，而是时过境迁之后，你翻脸不认账——否认侵华、否认强征慰安妇、否认南京大屠杀。
在日本收集到的大多数南京大屠杀的证言，都是近几年的事情。这之前，日军的老兵们大多选择了沉默。然而，也许是即将走进异界时对良心的考验，最终使一部分日军老兵对媒体坦白了当时的暴行。当年参加攻占南京的外贺关次是隶属佐佐木支队的一个卫生队担架兵，自从1937年8月接到应征入伍命令，到1939年7月止，天天记日记，叙事详细，证实屠杀事实随处可见：?趧?趯
12月13日：33联队的1个大队转入进攻，一边逼近举白旗的敌人，一边继续进行射击……途中遇到2到30名残兵败卒，便枪杀或刺杀了他们。在通往南京的道路上，到处都是敌人的尸体等，为数甚多……在南京南门车站，工兵队的胆大妄为者刺杀或绑成十字架地刺杀了中国兵70人左右。城外，尚有许多人躺在敌人的尸体堆里，发现痛苦的呻吟声，最后通过我们的手，送他们上西者，不计其数。
12月15日：途中，在市内过不去，就绕着城外，通过和平门岔道，来到太平门入城。在太平门城门口，堆有中国军人的尸体五百具左右，好像全是被杀害的。尸体的附近，许多敌人用过的武器等东西零乱地丢着，惨不忍睹。由于敌人杀了我们许多朋友，杀死他们理所当然，但竟杀死这么多人，我不胜惊讶。
12月17日：中国人从屋子里出来，由于那间屋子距宿营地五百米左右，因此就把他们枪杀了。也许他们是良民，但也不能放过。
攻占南京的日军共计6个师团、3个航空队和海军1个舰队。陆军中支队、联队、中队之类，总共不下30支队伍。外贺关次所在的佐佐木支队仅是其中之一。他又是担架兵，行动受到限制，不能像随军记者可以根据需要到各处采访。所以他看到的仅是中华门外、宿营地、太平门外、下关等处屠杀俘虏和平民的实况。
关于12月13日在下关屠杀了大量的市民问题，第6师团所属辎重第6联队小队长高城守一在《扬子江在哭泣——熊本第6师团出兵大陆的记录》中这样写道：?趧?趰
在汀线，尸体像漂流的木头被浪冲了过来；在岸边，重叠地堆着尸体一望无际。这些尸体差不多像是来自南京的难民，可能有几千、几万，数目大得很。
尸体的情况活生生地说明，从南京逃出来的老百姓，无论是成人或儿童，他们一律遭到机枪、步枪的扫射，遭到杀戮。一路上枕藉着的尸体，连他们是中国老百姓还是士兵，是男是女也无法辨认。因为这些尸体遭到射击后倒在地上重叠在一起，并浇上重油点火焚烧。在焚烧过的尸体中，无疑也有许多想来是儿童的尸体。总之，几乎都是老百姓。我从未见过如此悲惨的。大量屠杀的痕迹展现在眼前，我觉得日本军犯下了严重罪行。
该书由第6师团第13联队二等兵赤星义雄所著，由日本创作学会青年部反战委员会编。赤星义雄在该书中又说：
12月14日，我们穿过南京城，向扬子江边进发，正好是中华门的对侧，重炮阵地狮子山。
……我们下了狮子山，向扬子江岸边走去，一路上我们看到躺在地上的中国兵的尸体，有的没有头，有的只有上半身，说明了攻击相当猛烈。
扬子江边的码头与普通码头一样，是船只起航和停泊的地方。站在码头上观看扬子江的流水，这时，一幅无论如何也令人难以置信的情景展现在眼前。
两千米，不，也许还要更宽一些，在这宽阔的江面上，漂流着数不清楚的尸体，一望无际，满眼皆是尸体。江边如此，江中心也如此。那不是士兵，而是老百姓的尸体，其中有成人，也有儿童，男男女女全都漂浮在江面上。尸体像“木排”那样，缓缓地漂流着。朝上游看去，尸“山”接连不断。似乎可以想见，那接连不断的“山”是看不到边的。?趧?趲
赤星光雄所见到的扬子江中、岸边中国军民的尸体，是第6师团在上新河等地所杀害的。“此一暴行我已在《铁证如山》一节中论述。”赤星接着说，“看来至少有5万人以上。而且几乎都是老百姓。扬子江的确成‘死尸之江’。”
《东京日日新闻》特派记者铃木二郎曾在日军入城后的第三天，即12月15日离开南京，他也亲眼看到偏东的南门——光华门到中山东路朝北的马路上所发生的悲惨的情景，并在《我目击了那次南京的悲剧》中描述如下：
在通往光华门的马路两边，可以看到弯弯曲曲的战壕，里面填满了无数烧焦并已腐烂的尸体；铺放在马路上许多原木下面，也躺着尸体，胳膊和腿露在外面；其情景真是一幅今世地狱图。我看到坦克发出转动声，无情地压在上面飞驰而过。尸体的臭气和硝烟迷漫的臭气一起散发出来，犹如置身于焦热的地狱、血池的地狱，以致有了一种感觉，好像已经站到“狱卒”的立场上了。?趧?趶
铃木二郎所说是日军在光华门里屠杀中国士兵的惨状。中国军队在城里准备进行巷战。但因唐生智下达了撤出南京的命令而未进行巷战。然而一经被日军发现便当即一一屠杀。铃木二郎又描述：
在那里，我第一次看到了令人恐怖的悲惨的大屠杀。俘虏在二十五米宽的城墙上排成一行，一个个被用刺刀刺落在城外。
在城墙上，许多日本兵举起刺刀，使劲地吆喝着，直向俘虏的胸膛或腰部刺去，只见鲜血飞溅，阴森森的气氛使人毛骨悚然。
在那里，我又看到了日本士兵（前一天在中山路励志社把我错当成中国人）企图刺杀我的一幅凶相，我目睹那种惨剧，不久就茫然若失，当场就呆住了。
可是，就在这一残酷屠杀的情景中，出现了不可理解的现象，使我无法忘怀，那就是被刺后落下去的俘虏们的态度，他们的表情。
在死神面前，有的露出满意的微笑，有的时而哈哈大笑，期待着死亡的到来。
12月16日，东京朝日新闻社的随军记者横田曾就俘虏中国官兵的“战绩”发出一篇新闻电讯稿，其中说：
在乌龙山，幕府山炮台附近的山地里，两角部队俘虏了一万四千七百七十七名从城南溃退下来的敌兵。总之，那是前所未闻的大批俘虏，因而抓获的部队似乎吃惊发愣，以至于我方由于人少是无法相比，应付不过来……
这么多的俘虏日本军又是怎么处理的呢？横田记者曾在电讯稿中提到给这些俘虏吃饭就是大问题，但未报道处理结果。两角部队指的是第13师团第65联队。该联队的随军记者秦贤助，后来在回忆录《沾满了俘虏血迹的白虎部队》（载《日本周报》第398号）中对如何处理这批俘虏做了回答：
屠杀事件从15日下午就开始了，到晚上达到了顶点。
甚至被称为“精锐的白虎队”也屠杀其俘虏？这难道是白虎部队的过错吗？是所谓富有人情味的部队长两角大佐的意图吗？抑或是师团长即荻洲部队长荻洲立兵中将所选择的处理方法吗？
军司令部曾向中央（参谋本部陆军省）请示了几次，最初发来的电训是“好好谋划！”这一道命令很不明确，也没有关于处理俘虏的方法。一再请示后，发来的电训也是“研究处理！”如何研究好呢？军司令部觉得为难，于是第三次请示，得到的命令是“由司令部负责处理！”军司令部认为中央的态度暧昧。为迎接朝香宫中将而举行的入城式迫在眉睫，军司令部十分焦急。“杀掉吧”，军司令部就轻而易举地作出了这样的结论。在城内，日本军已经屠杀了俘虏，并扫荡残敌，直到看不到一个中国士兵。而且，日本军认为在缺乏粮食的情况下，只有杀掉2万俘虏。
……再说，无论哪一个部队在大陆战线上连战连胜后，都骄傲非凡，得意忘形的。结果什么都干了。?趧?趷
秦贤助说“屠杀事件从15日下午就开始了，到晚上达到了顶点”不完全准确，日军南京大屠杀在接近南京城便开始了。
根据《现代快报》2007年12月13日的报道：早在1999年1月，美国政府就成立了IWG机构，其职责是寻找美国目前持有的与纳粹德国罪行有关的档案，对其进行识别、编制目录并提出是否解密的建议。然而，IWG起初的研究对象只针对纳粹德国，并不包括日本。后来之所以将日本也纳入研究范围，缘自美国国内的多种呼声。例如，美国西海岸众多的华裔人士一直在关注二战期间日本战争犯罪问题；1997年美籍华裔女作家张纯如用英文写作的《南京暴行——被遗忘的二战大屠杀》一书反响强烈。再如，在美韩裔人士对慰安妇的问题也非常关心。再加上一些曾经在太平洋战场当过日军战俘的美国退伍军人的呼吁，美国政界也逐步改变了态度，将二战期间的日本也纳入研究范围。
到目前为止，IWG已经解密了10万页有关二战期间日本战争罪行的文件，涉及日军731部队在中国东北准备细菌战、1937年12月南京大屠杀惨案等种种细节。?趧?趹
例如，1937年12月18日《纽约时报》头版，由美国记者德丁发回的报道：“南京马路上尸首累累。有时要先移动尸体，汽车才能通行。”“日军占领下关门后，对守备队进行了大屠杀。中国兵尸体在砂袋间堆积如山，高达六英尺。到15日深夜，日军还没有清扫街头，两三天中，军车来往频繁，常常在人、狗、马的尸体上碾转而过。”?趧?趻
例如：日本军医保坂晃的日记，1937年11月29日，常州。“我们出发前去扫荡常州的敌人。中午时分，我们的队伍开进常州城。我们接到命令，要求我们杀掉常州城里的居民。大约80名手无寸铁的平民，不分男女老幼，被赶到一块儿，黄昏时分统统被我们开枪打死。我希望我这一辈子再也不要看到这样的惨景。即将被杀死的这些人簇拥在一起，都在祈祷、哭喊并哀求饶命。对如此凄惨的场面，我简直都没有勇气看下去。很快，重机枪就开火了，人们都纷纷发出惨叫声，栽倒在地上。即使我已经有了魔鬼的心肠，我也觉得惨不忍睹。战争真是太悲惨了！”?趧?趽
例如，1938年1月17日，广田弘毅电报：“几天前回到上海以后，我调查了关于日本军队在南京和其他一些地方暴行的报道，据可靠的目击者的直接计算及可信度极高的一些人的信函，可以提供充分的证明：日军的所作所为使我们联想到阿提拉及其匈奴人的施暴形式。不少于30万的中国平民遭杀戮，很多是极其残暴血腥的屠杀。抢劫、强奸、包括强奸年幼的儿童，对市民无情的残暴，这些内容持续地从各地报道出来，而这些地方的仇恨和杀戮仅仅在几星期之前才停止。日本军队在别处的这些暴行，令这里（上海）（良心）较好类型的日本人感到莫大羞耻，这种羞耻感更因为本地日本军人的系列疯狂行为而加强。今天的《华北日报新闻》报道了一个特别令人厌恶的事例：一个醉酒的日本士兵，因为找不到想要的妇女，开枪打死了3名超过60岁的妇女，打伤了另外几个手无寸铁的市民。”
上述这段文字是以时任日本外相的广田弘毅的名义，从东京发给日本驻美国大使馆的一份密电，这封密电被美国情报中心截获并解密，被国际社会公认为这是目前搜集到的最重要的日军在南京屠杀居民30万人的铁证之一。
1946年1月19日，远东盟军最高统帅部发表特别通告，宣布设置由中、美、苏、英及法国、印度等11个国家组成的远东国际军事法庭。5月，远东军事法庭以破坏和平罪、战争罪和违反人道罪等，对东条英机、土肥原贤二、松井石根、板垣征四郎等28名日本甲级战犯提起了诉讼，这场诉讼后来被称作“东京审判”。
在进行“南京大屠杀”审判时，攻占南京的日军主帅甲级战犯松井石根在法庭上这样轻淡地描述日本犯下的滔天罪行：“尽管我在南京之战中小心谨慎，但在当时忙乱的情况下，可能有一些冲动的官兵，干了一些令人不愉快的暴行。”
