接着，东林党人便站出来要求惩办崔文升。给事中杨涟写本奏道：“奸臣崔文升，明知医理，竟敢把皇帝之龙体当作摧残之身躯，实乃罪大恶极！崔文升知晓医理，理应做到有余者泄之，不足者补之。皇帝身患重病，日理万机，龙体正宜清补。奸阉崔文升却反其道而行之，竟然连下泻药，居心何在？崔贼是受人指使？或是误投药方？崔奸昔日不曾有用药谬误之事，今日却用泻药暗害天子，其中定有阴谋。若是无心之误，为何一误再误？可见司马昭之心，路人皆知也！依理依法，均应将崔文升逮送三法司究治问罪，揪出幕后元凶，以儆奸臣！”
光宗皇帝朱常洛抱病阅罢此疏，认定杨涟是个忠臣。即命司礼监王安，宣召杨涟与阁臣方从哲、叶向高、刘一焜、韩爌、朱国桢及六部尚书进宫。
众大臣闻旨，都替杨涟暗捏了一把汗，担心他弹劾崔文升之奏疏，得罪了皇帝，将遭到面斥与惩罚。
杨涟却问心无愧，感到自己光明磊落，毫无畏惧之色，坦然入谒朱常洛。众大臣鱼贯进入乾清宫西暖阁，成排地跪在龙床面前请安。
朱常洛斜靠在龙床之上，命众大臣平身。朱常洛用黄龙绣被盖住下身，展开龙目注视杨涟。他见杨涟魁梧雄壮，满脸正气，不卑不亢，不觉龙心暗喜。皇帝注视杨涟片刻，才面向众大臣，降谕道：“朕重病在床，头目眩晕，身体软弱，不能动履。凡属国家大事，暂劳众位爱卿多多费心。朕当加意调理，待有起色，便可视朝！”众大臣闻旨，略略放心，纷纷安慰皇帝保重龙体，勿忧国事。
杨涟目光炯炯地奏道：“皇上操劳过度，龙体违和，正宜滋补颐养，忌服泻药。”
朱常洛点头称是，并提拔杨涟，降谕道：“杨爱卿言之有理，朕已停服泻药了。众位爱卿皆可放心。朕追念先帝病危之时，杨爱卿促朕闯宫请安以尽孝。杨爱卿敢于奏惩崔文升以尽忠。如此忠孝之臣，不可不委以重任，朕特加封杨涟为都察院御史！”
杨涟闻旨，当即跪伏谢恩。
众大臣纷纷赞扬光宗皇帝任人唯贤，慧眼识忠臣。
八月十六日，原是朱常洛亲朝的日子，因为病重起不来，下令免朝。
内阁首辅方从哲等人赴宫门候安，说：“圣体尚未康复，我们希望您能清心寡欲，以葆元气。”
朱常洛降旨：“因为腹泻，朕几夜不能睡，每次食粥不满一碗，现在，我感觉头目眩晕，四肢软弱，不能动身。
得知朱常洛的病况，加上新天子朱常洛在登基后依然偏居慈庆宫，这极不正常。大臣们围绕朱常洛的身体健康和郑贵妃的移宫问题议论纷纷，斗争开始激化起来。
此时，最急切的是吏部尚书周嘉谟、兵科给事中杨涟和御史左光斗。郑贵妃所献的八名美女两三天就将朱常洛整病了，不久，又发生了崔文升进泻药事件，朱常洛给整得一病不起。愤怒至极的大臣在杨涟、左光斗的牵头下，他们直接向郑贵妃的家人施加压力。
八月二十日，在大臣们的要求下，朱常洛顺手推舟，收回了封郑贵妃为皇太后的成命。
周嘉谟派人把郑贵妃的侄儿郑养性（郑贵妃的弟弟郑国泰已经在梃击案中被逐出京师）叫来，向他晓以利害：“你快快去告诉郑娘娘，赶快迁出乾清宫才是知趣，否则惹出麻烦，后悔可就晚了！”
于是，郑贵妃的侄子郑养性请求收回封郑贵妃为皇太后的命令，朱常洛准旨。
刑部主事孙朝肃、徐世仪、御史宋宗周等乘势而起，上书方从哲，指斥他误用崔文升，说朱常洛大病不起，是由于服用泻药的缘故，斗争的目标，随着郑贵妃的移宫和停封，而转移到方从哲身上。方从哲，字中涵，祖籍浙江德清，家于京师，人称其为“浙党”。他是万历十一年进士，官至礼部尚书兼东阁大学士。自万历四十三年迄泰昌元年十二月，连任内阁首辅。他的性情柔弱，温柔不敢断，为相期间，无所建树，声名狼藉，是当时东林党的主要攻敌之一。朱常洛刚继位时，遵从万历皇帝的遗诏，命方从哲封郑贵妃为皇太后，廷臣群起反对，而方从哲则时刻想促成这件事，引起东林派大臣及其他大臣的极大不满。现在，朱常洛同意收回封郑的诏令，这在方从哲看来，自然也是自己的失败。他凭借多年的政治斗争经验，十分敏感地意识到自己的处境不妙。从此，方从哲更加小心翼翼地讨好朱常洛。
在大臣们的压力之下，郑贵妃感觉势单力孤，生怕大祸临头，只得搬出乾清宫，移居慈宁宫。这样，这位已经即位了好多天的新天子朱常洛，才得以住进了中宫乾清宫。
郑贵妃搬出乾清宫，意味着郑贵妃时代的终结。这样，郑贵妃要求封皇后进而晋身皇太后的愿望落空了。这个变化对李选侍也很不利，使她开始感到孤立。因为她们二人是皇宫中的政治同盟者。
但是，郑贵妃在移宫之时，竟把心腹太监李进忠留给皇帝之宠妃李选侍，有意安下一颗钉子。她这步棋下得非常阴毒，竟让明朝江山被李进忠（进宫时叫李进忠，本姓魏，天启皇帝朱由样即位后改名魏忠贤，也就是后来一手遮天的九千岁）搅得濒临灭亡！
7“一月天子”命丧红丸
八月二十一日，朱常洛再次召太医院内官诊病，赐银六十两。当时京师流行一则民谣，叫“翰林院文章，武库司刀枪，光禄寺茶汤，太医院药方”--全都是废物。朱常洛服了太医院医官开的药以后，病情也没见好转。
这时，鸿胪寺丞李可灼来到内阁门外，向阁臣说，自己有仙丹及其用法的奏章要进献给皇上。
这一天，方从哲因一惯主张移宫可从缓请假未入宫问安。
八月二十二日一大早，方从哲便上疏说：“臣已询问医宫，得知圣体膳食减少，兼有痰喘，恳请圣上一意调养，不要过分劳累。服药尤需慎重。以往有人说治病以服药有效为上策，以不服药保养为中策。一旦欲寡心清，则元气自固。若用药不当，其害将不可言。惟望圣明留览。”方从哲一再奏请朱常洛寡欲清心，本意是为依阿自守，保持禄位。但是，他是有针对的，因为倒在病床上的皇帝，此时仍然没有停止纵欲。即使病入膏肓，还照样服用春药，尽可能地寻欢作乐。
朱常洛召见方从哲时问：“广召名医的事办得怎么样了？”
方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼曾上本说他有仙方可治万岁病症，但臣与内阁诸臣商量了一下，觉得不可轻信，所以已将他斥退了。”
朱常洛嗔怪地说：“太医没用，仙方又不能信，难道叫朕等死？”原来，从嘉靖皇帝起，明朝的皇帝大都信奉道教，以求长生不老。如今，朱常洛病入膏肓，更加求助于仙方仙丹。
“微臣怎敢？只是李可灼的话实在是不可信，请皇上三思。”
朱常洛听到这里，害怕用不好反被其害，只好作罢。
八月二十三日，朱常洛传示锦衣卫官校入内，于乾清宫暖阁御榻前亲自召见首辅方从哲等大臣，包括在朝勋爵、内阁、部院大臣及吏科、河南道御史，六品的给事中杨涟也在召见之列。
群臣问安论药以后，朱常洛又特别召出皇长子朱由校（即明熹宗）与群臣见面。显然这是为自己的后世做准备。暗示群臣将来要好生辅弼这个皇嗣。
方从哲乘机一面极力献媚讨好朱常洛和皇长子朱由校，准备为自己留一条后路。他见到朱由校以后，立即拍马屁说：“皇长子天姿伟岸，这是国家的福气。”朱常洛大喜，朱由校也暗暗得意。方从哲更为自己善于见机行事、阿谀奉承而高兴。
这次召见，破例有锦衣卫人员参加，群臣估计是因杨涟上疏忤旨得罪了朱常洛，肯定要受到廷杖，所以大家都为杨涟捏着一把汗。都主动嘱托内阁首辅方从哲到时代为解救。方从哲听后当面劝杨涟上疏引罪。杨涟感到自己无错，因此顶着方从哲说：“死就死吧，我杨涟有什么罪？”表示自己决不屈从于舆论压力。
等到朱常洛正式接见时，宫中一片肃静，廷臣之间默默互视，屏住气息，认为马上就要宣布廷杖杨涟了。其实朱常洛内心认为杨涟是位忠心耿耿之臣，好几次用眼上下打量他，每次都一直注视着看了好久，并慢声细语地对群臣说：“现在国家事务繁重，你们都要协力齐心，外面所传一些流言都不必相信。”
此后，朱常洛凡是接见大臣都要连同杨涟一齐召见。由此可见，朱常洛同意杨涟的观点：贼臣崔文升不知医。接着，朱常洛接受杨涟建议下令，将崔文升关入司礼监大牢。
八月二十五日，杨涟专疏劾崔文升：“谁实误皇上困顿至此……传闻为内官崔文升也。崔文升如不知医，就不当以国家圣人贵重之身，妄为尝试。如其知医，则医法为有余热则泄之，阳气不足则补之。此事明白易晓。皇上因日理万机，丧事哀痛，精神受到损耗，按医法及宜清补。崔文升却投用相反相伐之药剂。于是圣体动履艰难，睡眠、饮食俱困如此。日前外面传言，说是由于近侍蛊惑，皇上起居没有节制。崔文升借此掩盖其误药之奸，其党还四出煽援流言，企图掩饰外面攻击崔文升之口。崔文升既加重圣上的病情，又损坏圣德美名，割他的肉亦不足以食。听闻崔文升于达官贵人之家调护多年，不闻误用一药。皇上初用崔文升一剂，便泄、补倒置如此，是有心之误，还是无心之误？有心误，则将他碾成粉末，也不足以赎其罪。如无心之误，岂可一误再误。皇上如何将这样的贼臣置于宫廷之内，……恳请将崔文升发往司礼监究问处分，传示中外，使知圣体不安，全是用药差误所致，以解街头纷纷传言之口。”
杨涟这份奏疏，是东林党人投向宦官的一颗炸弹，也是刺向方从哲的一把尖刀。因为方是内阁首辅，朝廷第一大臣，是他不究治崔文升，杨涟才要求把崔文升送法司治罪。
朱常洛得到杨涟的上书，感到了问题的严重性，立即下令第二天在乾清宫召大臣，并让朱由校也参加召见。
八月二十六日，朱常洛病情沉重，还伴有痰喘诸症。这一天，他强打着精神，再次于乾清宫召见大学士方从哲、刘一燝、韩爌、英国公张维贤、吏部尚周嘉谟、户部尚书李当华、礼部尚书孙如游、兵部尚书黄嘉善、刑部尚书黄克缵、左都御史张问达、给事中范济世、杨涟，御史顾造等人。
朱常洛在东暖阁内御床上，半倚着身子，靠着小几。皇长子朱由校、皇五子朱由俭当时也都侍立于前。
大臣们问安后，朱常洛见大家稍微向前移近一些。接着说：“朕见到你们很高兴。朕在东宫感寒症，调温未愈，值皇考妣相断大丧，典礼殷繁，悲伤劳累。朕不进药已两月余。卿等大臣勿听小臣言。”所谓“小臣言”，是指外面流传的朱常洛病起于女宠。说完，他怕自己的声音太小，各位大臣没有听明白，又叫朱由校重复一遍。
这朱由校虽然一天到晚只知玩乐，不问政事，但为人倒还聪明。他明白父亲让他重复一遍的用意，不仅是怕大臣们没有听明白，更重要的是希望他能记住父亲所说的话。于是他一五一十地重复了一遍。又因为事关重大，他把这些话牢牢地记在了心里。后来，他就一直坚持这么说。
方从哲请求说：“皇太子已经16岁了，应该让他移居慈庆宫。”
朱常洛非常不放心地说：“不能让他到别处去。”
方从哲说：“请圣上审慎用药。”
朱常洛说：“朕十多天都不服药了。”
过了一会儿，朱常洛传旨，要封李选侍为皇贵妃。西李选侍立即从后面挽着16岁的皇长子朱由校的胳膊出来，大为不满地将皇长子朱由校推到前面。
李选侍见朱由校没有吭声，就直接对朱常洛大声说：“我要封皇后！”朱常洛没有答应。群臣见状，十分惊讶，立即退出。
由此可见，朱常洛虽然在美女面前不能自持，但他内心对郑贵妃和西李先侍还是有清醒的认识的。郑贵妃封后愿望的落空，应该是朱常洛和礼部孙如游的双簧戏。三十九岁、长期在宫廷斗争中成长起来的朱常洛完全具备这个政治能力。他重用曾经支持自己的东林党人，也体现了他的清醒。在崔文升进药后，他干脆不吃药了，除了对医官们医术的不信任，也怕被暗算。不过，他最终没有躲过李可灼这一劫，这也是有病乱投医。
八月二十九日，朱常洛又一次在乾清宫召见内阁首辅方从哲等十三名大臣，此时他已经预感到自己病势沉重，命在旦夕。当朱常洛伸出有些颤抖的手握住方从哲的手，说：“朕这几日头目眩晕，身体软弱，不能临朝，一切大事都烦先生操劳了。”
方从哲赶紧道：“万岁天恩浩荡，从哲敢不竭尽全力报效国家？”
朱常洛说：“朝中政事先生可代朕朱批，太子生性懦弱，也望先生扶持，后宫妻妾尚未来得及册封，先生可依旧例拟定名分。”这几句话无疑是交代后事了。
方从哲：“原定颁旨册立太子之日期应移到近期，早日办完此吉祥大典使皇上心中得到安慰。”
朱常洛因此回头看太子，训示道：“你们辅佐他成为尧舜之君。”
方从哲忙安慰说：“万岁春秋正富，偶染小疾，原无大碍，望安心调养，千万不要误信流言，作践龙体。”
朱常洛摇了摇头突然问道：“寿宫可曾齐备？”
方从哲感到十分为难，思索了一阵才说：“万岁放心，大行皇帝已安葬完毕，天寿山地宫于前天开始复土……”
没等他说完，朱常洛打断说：“朕问的是朕之寿宫。”
方从哲慌忙颤声劝道：“太医院御医已禀报，万岁目前不过是体质虚弱而已，哪里会有天崩地裂的事？”
朱常洛厌烦地说：“太医院一帮庸医，朕信不过。”
“万岁若信不过太医院，臣当再次传檄天下，广召名医。”
