以职之便 保护同志
1946年4月，段伯宇到侍从室任职时，侍从室正处于向军务局过渡时期。侍从室带有封建专制色彩，是蒋介石实行军事独裁的重要机构。抗战胜利后，全国呼吁民主的浪潮高涨，侍从室已成众矢之的。另外，美国也要求国民党改变军事指挥系统，取消侍从室。蒋介石无奈，只好改组军事委员会，撤销侍从室，另在国民政府内设军务局，把原来侍从室主管的军事部分划归军务局。军务局的特点是规模不大，人员精干，业务集中，它是凌驾于国民政府各部门之上的军事机要部门。
这年6月，段伯宇随侍从室从重庆到了南京。不久侍从室改为军务局，实际上换汤不换药。他所在的科是第四科，由于主管情报，所以又称情报科。情报科的科长名叫张国疆，与段伯宇在战地党政委员会时就认识，又是他弟弟段仲宇在中央陆军军官学校的同班同学。因为有这样一层关系，对段伯宇顺利开展工作很有利。
情报科掌管着全国各地的形势报告和国民党内部的政治、军事、经济、外交等方方面面的信息资料，而且每天都有大量的机密情报从各个系统报上来。这一点，让段伯宇大喜过望，他利用这个有利条件，做过很多有利于党的事情。
刚到军务局不久，段伯宇就接到一份国防部递上来的军事情报。这是有关将中共广东游击队东江支队转移到华北地区的报告，其中还为东江支队转移规定了具体路线，要他们经江西、浙江、江苏抵达山东解放区。他看完报告后，心头忽地一沉，长途迁移，还要走规定路线，这分明是一出阴谋，目的是在路途中截击消灭东江支队。
为了掩护该支队，段伯宇在随后召开的专门研究东江支队转移一事的军务局内部会议上，提出将他们水运北上。理由是，这样做既可避免他们沿途与群众接触，又可便于监视。他的主张得到军务局内稳健派的支持和局长俞济时的同意，报蒋介石批准通过。争取到这种结果，确保了东江支队的安全转移。东江支队于当年6月30日由广东乘船北上，7月5日安全到达了烟台解放区。就这样，段伯宇为党保存了一支重要的革命力量。
段伯宇在军务局工作很认真“负责”，不到一年，晋升为少将高级参谋，后来又被提升为科长。
军务局为了搞情报，十分注意从各方面搜集中共文件和毛泽东及其他领导人的报告，情报科负责收集和保管。在此之前，第四科的重要材料由科长张国疆亲自保管，他从各个渠道搜集了不少中共中央文件和毛泽东等中共高层领导的讲话、报告及重要的文电等。后来张国疆把这些绝密材料，放心地交给了段伯宇保管。张国疆命令段伯宇深入研究这些文件：“和共产党打仗，不了解它不研究它，怎么能战而胜之？”于是，段伯宇堂而皇之地在办公室研究起“共党文件”来。殊不知，暗地里他是以此为指南，指导自己在敌营中开展工作。段伯宇看到了这些文件，不禁大吃一惊！心想：我党我军这么绝密的文件，怎么会到了国民党手里？不久张国疆调走，段伯宇接任科长之职，这方面的“业务”也就名正言顺地由段伯宇主管了。
段伯宇每天的工作，是将各地区、各部门、各系统送来的军事情报进行综合分析后，从中选择最最重要的，按惯例每天报送若干件给俞济时转呈蒋介石。通常情况下，每天上报十件。在这样的日常工作中，段伯宇经常会接触到重要军事情报，对中共和解放军不利的，他就想办法拖延上报。
1947年3、4月间的一个星期六，眼看就要下班了，张国疆匆匆交给段伯宇一份密件电报，说了一句“酌情处理”就先下班走了。段伯宇接过一看，原来电报是国民党三十二军军长打来的，上面写着：“三十二军参谋长王启明叛变，率部5000余人投靠共产党，已派兵追剿，兵力不足，请从速派兵增援。”
段伯宇早在三十二军时就认识王启明，当时王启明任三十二军723团团长，是中共地下党员。王启明任团长期间，在江西德安保卫战中打得非常顽强，与数倍于己的日军激战五昼夜，该团1600多名官兵壮烈牺牲。在三十二军，段伯宇和他都在王兴纲领导之下，彼此知道对方身份。王兴纲离开后，王启明成了三十二军地下党负责人。再后来三十二军被陈诚搞得支离破碎，段伯宇准备离开，临别时王启明对段伯宇说：“老段呀，你仅是个军医，还是个真正的爱国军人，干训团也解散了，你想办法离开是对的。”王启明的这番话，仿佛还在耳边回响……
看完电报后，他知道张国疆把这桩事情推给自己的真正用意了。原来，张国疆是王启明的陆大同学，又是交情甚笃的老朋友，他不情愿亲手签发追剿的命令。面对自己的同志，段伯宇想，无论如何也得保护他！这种电报本应立即呈报，因为正好是在星期六下午，于是段伯宇便借机把电报放在抽屉里。这就晚报了两天，既掩护了王启明安全到达解放区，自己也避免了麻烦。
1947年夏，段伯宇在陆军大学的一个叫万建藩的同学找到他，要段伯宇帮忙救其弟弟。原来他弟弟万鹏是苏北一个兵站的站长，因涉嫌给解放区供给物资被扣押，就要被军法处置。“通共案”情况非常严重，何况万建藩还告知了万鹏的身份是共产党员。
万建藩当时是南京警备司令部参谋长，很早就是中将军衔。他早年留学日本，毕业于日本陆军士官学校第二十二期。回国后当过南昌行营科长、第十三军参谋处长、第三十一集团军参谋长、第一战区司令部副参谋长等职，他富有爱国心，为人正派，反对打内战，是段伯宇积极争取的对象。
既然万鹏是共产党员，撇开万建蕃不说，为了搭救同志，段伯宇决定冒险尽力营救。他借公务之便，弄清了这桩案子的状况，得知这桩案子的案情资料已经上报军务局军法科，只等调查取证核实后就签署处理意见。为此，他特意接近军法科主管军法的何专员。
段伯宇虽然认识何专员，但平时很少打交道。为了从他那里得到帮助，不得不接近他。初次交谈，段伯宇抓住何专员喜欢谈古论今的特点，与他泛泛谈及历史上的“人治”与“法治”的问题，段伯宇的博学善谈，给他留下了好印象。此后，他们逐渐谈及国民党对待共产党“嫌疑”一类的案情问题。对此，何专员说了实情：有些是事实，但很多属于涉嫌，也有不少属于虚构，此类案件颇难处理。谈到投机处，何专员竟向段伯宇征求处理此类案件的意见，这正中段伯宇的下怀。
“何专员既然这么抬举我，那我就直说了。”段伯宇列举了历史上的一些案例请何专员参考，并乘机问到万鹏的案件。段伯宇告诉何专员，万建藩是现任的南京警备司令部参谋长，其弟万鹏竟陷入“共嫌”案情，家有老母，万建藩的心情很沉重等等，还谈到了万建藩与他是陆大同学的关系。他请何专员慎重考虑，妥善处理，能关照则予以关照。
当时对涉嫌与“共党”有关的人和事处理是很重的，这次谈话之后，何专员对万鹏案件签署的处理意见为：“撤职考查，待另任用”。这显然是段伯宇的话起了作用。段伯宇这样做，既保护了同志，又团结了万建藩。类似上述情况在段伯宇经手的案件中还有不少。每次遇到这种事，段伯宇总是设法掩护，为之开脱。
控制军队 策反将领
段氏兄弟对党和人民的贡献，其中很重要的一点，是成功地策反了一批国民党将校军官。尽管当时还没有和党组织恢复联系，但段伯宇利用自己在军务局的有利条件，和部分陆大同学多方联系，酝酿如何反对蒋介石的内战政策。
在南京等地工作的国民党军官中，有好几个人曾与段伯宇一同在陆军大学特七期学习，如贾亦斌、刘农畯、王海峤、宋健人等，他们当时担任着重要的职务。他们在读书期间，就对国民党军队作战不力、指挥无能和达官贵人发国难财、骄奢淫逸而深感不满，常常在一起发牢骚。段伯宇决定把这些人作为重点策反对象，让他们投奔光明，为党工作。
当时还只是南京警备司令部参谋长的万建藩，蒋经国的副手、国防部预备干部局代局长贾亦斌，伞兵司令部参谋处主任刘农畯，以及宋光烈、宋健人等陆大同学经常聚集在贾亦斌的家中，聚餐座谈、漫谈形势，各述见闻。交谈之中，大家普遍对内战政策深感忧愤。段伯宇以同学、朋友的身份引导他们座谈、讨论，为日后组织武装反蒋奠定了思想基础。
国共和谈消息传来，陆大同学分成主和、主战两派。段伯宇和他常交往的这些同学都是主和派。然而，时局发展并不遂心，蒋介石一意孤行打内战。可叹几番交手厮杀，国民党军队一败涂地。这时，段伯宇的这些同学还握有兵权：贾亦斌很受蒋经国信任，主管青年军训练，担任预备干部团少将团长兼第一总队长；刘农畯为空降伞兵第三团少将团长；王海峤为全新美式高机械化的工兵第四团团长；宋健人为第64军参谋长。段伯宇经常向这些同学灌输进步思想，引导他们走上革命道路。
在这些同学中，段伯宇与贾亦斌和刘农畯走得最近。有一次，三人聚会。在谈到时局时，贾亦斌说，当今国民党政府内部腐败，与之同流难免不合污，既然不能为国家、民族做出有益的贡献，不如脱离国民党，解甲归田当老百姓，去过田园隐居生活，以避开令人厌恶、污浊不堪的国民党官场生活。段伯宇不同意贾亦斌的看法，他说：“为了个人打算，自然可以退出政治舞台以洁身自好，但这样做无补于国家民族，不是一个现代中国军人所应走之路。要保持忍耐，坚持干下去，要像青莲那样入污泥而不染。要有实力，要掌握武装。但光找杂牌部队不行，我们需要自己掌握武装。”经过分析讨论，“自己掌握武装”成了他们的共识。于是他们当即拟订了一个自己抓武装的初步计划。
1947年2月20日至23日，我华东野战军在山东莱芜地区一举歼灭国民党第七十三军、第四十六军和新三十六师等七个师，共5万余人。消息传来，段伯宇身边的这些陆大同学认为简直不可思议。三天歼灭5万多人！怪不得他们的司令长官王耀武得知消息后会大骂：“老子就是放5万头猪在那里，叫共军抓三天也抓不完！”国民党的失败命运已经不可避免，段伯宇加紧了策反工作。
当然，在这些同学之外，段伯宇没有忘记还要把一个重要的人物发展进来，这就是他亲弟弟段仲宇。段仲宇动身到联合国安全理事会军事参谋团中国代表团工作时，段伯宇就嘱咐他说：“国内形势发展会很快，蒋介石已坐在火山口上，你在国外待久了，会丧失为人民工作的机会，切莫贪恋优厚的待遇和舒适的环境。”1947年初秋，段仲宇在纽约收到段伯宇给他的信，告诉他父母年事已高，妻儿需要他照料，希望他回国。段仲宇知道大哥的用意，就以家中困难、在美国水土不服等为由，面见中国驻联合国军事代表团团长何应钦，要求回国，得到了何的批准。回国后，段仲宇仍回到国防部第五厅第二处任副处长。下班后回家，段仲宇和父母及大哥伯宇一家住在一起。兄弟俩时常交换对时局的看法，认识完全一致。
此后不久，“自己掌握武装”的计划初见成效。刘农畯调到伞兵三团任团长。这支部队是国民党军队之精粹，号称“国军之花”，是1944年从国民党远征军、青年军和中央军校精选组编，并由美军顾问团训练的一支现代化部队。与此同时，贾亦斌利用蒋介石在长江以南组建30个新军的图谋，毛遂自荐表示愿意负责动员召集和组织训练他手上的青年军，组织预备干部训练第一总队（简称“预干总队”），并迅速以预备干部局的名义草拟了一份计划，经国防部报到军务局。此时，已升为少将高参的段伯宇当即加注“意见”送给俞济时转报蒋介石，顺利地获得了批准。于是，贾亦斌顺理成章地兼任了总队长。
这时，国民党统治面临土崩瓦解，中共方面也加紧了策反、护城等工作。1948年7月，中央决定上海局设立策反委员会，由张执一当书记，李正文、田云樵、王锡珍为委员，下面有陈蕙瑛、邵洛羊等同志。他们利用一切关系策反国民党人员，以减少解放上海的损失。
在国防部工作的段仲宇，没事的时候，他常在段伯宇、贾亦斌、刘农畯他们之中“客串”，与他们关系非同一般。
1948年9月，段仲宇被任命为上海港口副司令。他的司令部设在虹口四川北路底，负责宁沪杭海陆空三军的供给。有利的是，司令是汤恩伯的原财务处长兼任，他常驻舟山，事务都由段仲宇代管。另外，段仲宇还兼沪宁、沪杭两路铁道军运官和上海市政委员。
上任后，段仲宇把家人全部接到了上海，只剩下哥哥段伯宇还在南京工作。段伯宇语重心长地对段仲宇说：“我们的重点放到了上海，在你这里设个基点，也是联络中心。”确实，段仲宇在上海的寓所环境很好，位于宝山路虬江路口的一幢独立的二层楼洋房，三面临街，楼下驻有一个班卫兵，最安全不过了。段伯宇到上海，起先也住在这里。
1948年10月，贾亦斌等不及了，把段伯宇接到中山陵密议。他说：“国民党根本没希望了，都准备逃。我们怎么办？”段伯宇说：“总要抓住武装才有办法。”之后，贾、刘、宋等人又和段伯宇密议过几次，甚至计划利用手中兵力自行起义。段伯宇劝阻说，这样大的行动，不能脱离共产党的领导。于是，找到党组织成为当务之急，段伯宇为此专门赶到了上海。
搞乱军运 拖延南撤
1948年11月13日，国民党中央政治会议秘书长、有蒋介石“文胆”之称的陈布雷自杀，在国民党上上下下掀起大波，客观上更有利于策反工作的开展。
与此同时，中共方面进一步加强了对国民党军队的策反工作。一天，段伯宇的表弟温尚煜来到段仲宇处看望两位表哥。当时温尚煜还在同济大学读书，但已是中共地下党员，组织要求他做好亲友工作，于是他便来做两位“国民党将军”的表哥的工作。几句话交谈下来，段伯宇对他的来意既吃惊又高兴，当温尚煜明确表示有“可靠关系”时，段伯宇就请他把自己的情况代向组织报告。温尚煜赶紧通过上级报告张执一，张执一又报告了华东局。
恰巧王兴纲在华东军区联络部当副部长兼野司南下支队参谋长，听说段伯宇找党，马上电告张执一：这是自己的同志。张执一立即约见段伯宇，恢复他的组织关系。段伯宇将他自己入党的情况，在重庆接受周恩来指示的情况，以及失掉与党组织联系后，独立开展工作，联系国民党内部爱国将领共同反蒋的情况，详细向张执一作了汇报。
张执一听取他对贾亦斌、刘农畯、王海峤、宋健人及段仲宇等进行策反的情况汇报后非常高兴，认为段伯宇在失掉党组织关系后独立做了大量工作，这是难得的，并说段伯宇掌握的部队工作量很大，需要专人联系，决定将策反委员会成员李正文介绍给段伯宇，并指定由李正文领导他们的工作。
第二天，段伯宇见到了李正文。按照张执一的指示，段伯宇把贾亦斌、刘农畯、段仲宇、宋健人、王海峤等人分别介绍给李正文，他们对李正文谈了他们的工作情况和部队的兵力、驻地情况，都表示愿接受共产党的领导和考验。李正文决定，将他们和组织的联络点就放在段仲宇处。
根据张执一的指示，段伯宇悄悄陪同中共上海局“策反委”代表李正文，奔波于宁、沪、杭地区，秘密进入上述人员领导的各个国民党部队，开展策反的宣传工作和组织工作。
1948年12月初的一天，段伯宇正在总统府军务局料理公务，突然接到贾亦斌打来的电话，约他去家中一谈，并说刘农畯、宋健人等同学也在等他。段伯宇一听，知道又有要紧的事情要商量。
原来，正当贾亦斌按部就班地实施着掌握武装的计划，突然传来国民党政府准备从南京迁往广州的消息，贾亦斌觉得应该趁此举事。于是，他把好友紧急约到自己的家中商量对策。
应约而来的是陆大特七期在南京的董嘉瑞、宋健人、刘农畯、林勉新（少将副总队长）等，他们被约到贾家会谈。手掌兵权的几个人提出：在南京发动一次突然袭击，再搞一个“西安事变”，把发动内战的罪魁祸首蒋介石抓起来。但年过五旬的董嘉瑞却不同意，他认为南京城内和近郊驻有约20万国民党军，仅靠他们掌握的这点兵力，很难有成功的把握。双方各执己见，争论十分激烈。刘农畯说自己的伞兵三团有2500多人，武器装备精良，干不成就上山打游击。他从腰间拔出手枪，“啪”的一声往桌上一放，表示了大干一场的决心。贾亦斌见此情景，一时也不知该如何才对，就立即给段伯宇打了一个电话，请他到家里来“聚餐”，实际上是要听听他的意见。
等段伯宇下班后赶到贾亦斌家中时已是黄昏时分。他一进屋，他的同学就说：“伯宇来了，亦斌，你就代表我们把刚才讨论的意见说说吧！”随后，贾亦斌慷慨激昂地分析了当前形势、表达了希望尽快起义的想法。
贾亦斌说完后，问段伯宇对此事的意见。段伯宇听后感到很突然，又很高兴。于是他讲了几点意见：首先表示十分支持大家的义举，鼓励了大家的爱国之心。但我们能调动的部队有限，而南京有重兵驻守，戒备森严，我们的行动无异以卵击石，如暴露了自己，则非常不利；第二，我们要反蒋，是革命行动，但搞革命绝不能感情用事，绝不能盲动，更不能逞一时之快，现在时机还不成熟，应当有充分准备，有组织、有计划、有领导地搞；第三，我们要根据各自的条件，分头抓军队的策反工作，争取多掌握点武装，积蓄力量，待机行动。他讲完后，大家都表示同意。最后，他还提出，行动要严守机密，今后个别碰头联系，不搞碰头会。
这次会议后，段伯宇加强了对国民党阵营的分化工作。经过多方工作，到1948年冬，段伯宇手上所掌握的部队有：贾亦斌领导的国防部预备干部训练第一总队，刘农畯领导的伞兵三团，王海峤领导的国防部工兵第四团，齐国楮领导的江苏保安第九旅，段仲宇领导的上海港口司令部及其所属辎重汽车团两个团，贾亦斌老部下周敬亭领导的驻守江苏扬中县的四十一师，贾亦斌老同学方懋锴领导的驻守上海大场镇的青年军二○九师，驻守浦镇的九十六军，驻守芜湖的一○六军，以及国民党装甲兵一个营，大约有6至7万人之众。这些部队，西起芜湖，东至嘉兴、杭州，沿江千余里，形成了一条秘密战线。
在这样一个特殊时期，段氏兄弟还相互协作，为搞乱国民党军运，拖延他们南撤立下汗马功劳。
段仲宇和党建立联系后，很快就接到组织下达的任务：利用铁路军运指挥官的权力，堵塞铁路，搞乱国民党军运，阻止重要设备南撤。当时，原在江北津浦线上的99部火车头全都集中到了江南，段仲宇已接到联勤总部按军运需要调往南方的命令。中共方面对段仲宇也有指示，李正文明确要求段仲宇：这些火车头一定要留住，以保证解放大军渡江后运输所用。段仲宇知道此举非同小可，如果99部火车头一跑，那就会把北撤来的1000多节火车皮也带跑，对上海解放后恢复交通生产极为不利。
要完成党交给的任务，困难很大。但是困难再大，也要千方百计去完成。接到京沪区铁路局来电要求调车运物资，段仲宇便推托军运忙，联勤总部有令要优先保证；而面对联勤总部下令调车南下运军需，他又借口线路上军运民运都要兼顾，以车辆被堵在嘉兴一带来搪塞。为了预防万一，他特意把这99部火车头全停在杭州、上海、南京三地，让1000余辆车皮全睡在常州到南京的铁轨上。这样即使国民党发现某处的火车头，也只能带走一部分。
段仲宇巧计堵塞军运时，还协助了王海峤工兵四团拖延国民党南撤。此前通过段伯宇介绍，李正文和王海峤也见了面。李正文指示王海峤，工兵四团全是美制大型机械，解放后很需要，千万不要撤。为了帮助王海峤，李正文还派了地下党员王声明去配合王海峤。张执一也指示李正文转告他们，要故意把铁甲列车弄坏堵住浙赣铁路，阻止该团撤退到台湾去。李正文要段伯宇关照、段仲宇从旁协助王海峤完成这项任务。
这时，工兵四团给段仲宇发来了调配列车令，硬扛着不发车显然是不行了，因军运指挥部还有两名副指挥官——京沪区铁路局长王兆槐和保密局专员石振江，他们都是军统少将特务。段仲宇想出一个办法，大型机械要用平板车，而当时平板车很紧张，他就让副指挥官石振江提议先用低边车。实际上，低边车运大型机械装卸太麻烦，因车身比站台低，碰到站台高的几乎上不去。就这样拖拖拉拉，全团机械分散在苏州、上海、杭州、南昌、株洲几地。
利用工兵四团南撤，段仲宇与王海峤联手配合，在铁路线上故意制造堵塞，给国民党的南撤制造了不少麻烦。王海峤的国民党工兵第四团，本是全新美式高机械化部队。工兵四团的三个营，在从南京经上海南撤广州途中，有意识地把各种笨重的装备用来堵塞宁沪、浙赣两条铁路。这期间，正值国民党政府南逃广州，汤恩伯忙于调兵遣将部署宁、沪、杭防务，两条铁路的运输本已十分繁忙，加之两路运输指挥官段仲宇暗中协同王海峤做了许多“手脚”，使两路运输常常堵塞不通。当蒋介石发觉情况不对，气得下令国防部通缉王海峤时。王海峤已在地下党的掩护下悄悄跑了，后来到了解放区。
1948年12月，联勤总部等不及了，电令段仲宇迅速到嘉兴第一线去排堵，为了不过早暴露，段仲宇不得不去敷衍一下。他来到现场一看，六股道虽然全占满，但只要疏导一下即可全通。段仲宇想，不能让它疏通，否则党组织的部署就要落空。
段仲宇灵机一动，施起了“轮番计”。他一面将堵住的车辆调开，一面又命令停着的车挤上去。这样，旧堵塞刚刚疏通，又一轮拥堵开始了。国民党军队纪律松弛，不讲整体观念，这次为了南逃更是互不相让，结果反而越堵越厉害。联勤总部来电催促段仲宇，他回复说“正在杭州排堵，嘉兴已经通了”。其实，这边电话一挂，那边马上又堵上了。这样来回扯皮，到解放军包围上海时，大多数车辆都留在了沪宁、沪杭线上，最后只能成为解放军的战利品。
