建安六年(201)四月，曹公在黄河岸边显示兵力，攻打袁绍在仓亭的驻军，击败了袁军。
袁绍逃往冀州后，又收罗打散的士兵，攻占、平定了那些叛变的郡县。
九月，曹公回到许都。
袁绍未败之时，派刘备攻占汝南郡，汝南的贼寇共都等人都归附刘备。
曹公派蔡扬攻打共都，战斗失利，被共都所败。
曹公南征刘备。
刘备听说曹公亲自领兵征讨自己，便逃奔刘表，共都等人也四散逃命去了。
建安七年(202)正月，曹公驻军谯县，下令说:“我举义旗，招兵马，是为了铲除天下暴乱。
可是我的乡人都要死光了，我在境内走了一天，没有看见一个熟识之人，这种情形真叫我悲伤。
自从我起兵以来，将士们凡是牺牲了没有后代的，让他的亲戚过继作为他的后嗣，官府分给他们田地，配给耕牛，设置学校，派专人教育他们，给他们修建宗庙，使他们能够祭祀自己的祖先，如果皇天有灵，我死也没有什么后悔的了!”从这里又到了浚仪县，治理好睢阳渠，又派使者用牛、羊、猪三牲的祭品去祭祀已故太尉桥玄。
然后，又进军官渡。
袁绍自从部队被击溃以后，得病吐血，五月就死了。
他的小儿子袁尚接替了他的职位，袁谭自封为车骑将军，驻守黎阳。
这年九月，曹公征讨他们，连打几仗，袁氏兄弟屡战屡败，退回城中死守。
建安八年(203)三月，曹公攻打黎阳城外城，袁氏兄弟出战，曹军奋勇冲击，大败袁军，袁谭、袁尚连夜逃走。
四月，曹公进军邺城。
五月回许都，留贾信驻守黎阳。
五月二十日，曹公下令说:“兵书《司马法》上规定:‘将军临阵脱逃要处以死刑’，所以有赵括的母亲请求不因儿子兵败被连坐一说。
可我调兵遣将，领兵征战，只奖有功之人，而不罚有过之人，这不是白话二十四史国家的法律。
现在公布命令:以后众将出征，打败仗的要依法治罪，作战失败的要免去爵位。”七月，曹公又颁布政令:“自战乱以来，已有十五年了，年青人没见过仁义礼让的风尚，我为此非常担忧。
现公布法令:从今以后，各郡国要提倡和研究儒家经典，有五百户的县就要设置学校，选拔当地优秀学生入校，这样或许可以使圣贤的思想不致废弃，有利于天下。”八月，曹公征讨刘表，驻军西平县。
先前曹公离开邺城南下时，袁谭、袁尚为争夺冀州而交战，袁谭被袁尚打败，逃到平原县固守。
袁尚攻城很急，袁谭派辛毗到曹公处投降，请求救兵。
众将都存有疑虑，荀攸劝说曹公答应下来，于是曹公带兵返回。
十月，曹公到了黎阳，让儿子曹整娶袁谭的女儿为妻。
袁尚听到曹公北返的消息，撤走了平原的围兵，回到邺城。
东平县的吕旷、吕翔叛离袁尚，驻军阳平县，带着自己的部队投降了曹公，被封为列侯。
建安九年(204)正月，曹公率兵渡过黄河，截断淇水，引入白沟，作为运粮的通道。
二月，袁尚又攻打袁谭，只留下苏由、审配守卫邺城。
曹公率兵到了洹水，苏由投降。
一到邺城就发动攻击，堆起土山，挖掘地道。
武安县令尹楷驻守毛城，保护通往上党的粮道畅通。
四月，曹公留下曹洪攻打邺城，自己带兵攻打尹楷，打败后又回师邺城。
袁尚的部将沮鹄守卫邯郸县，被曹军攻克。
易阳县县令韩范、涉县县长梁岐献城投降，赐给他们关内侯的封爵。
五月，曹军毁去土山和地道，绕邺城挖了一圈大壕沟，挖开漳水河淹灌邺城;城中的人饿死了一大半。
七月，袁尚回兵救邺城，众将都认为:“这是回返驻地的部队，人人都会奋力作战，不如避开他们。”曹公说:“袁尚如果从大道上返回，避让;如果沿着西山而来，这次就会被捉住。”袁尚果然沿着西山前来，靠着滏水河扎下营寨。
半夜里派兵偷袭围城的曹军。
曹公迎战袁军，大败袁军，并下令乘胜包围他们的营寨。
还没等到合围，袁尚就害怕了，派原来的豫州刺史阴夔和陈琳求降。
曹公没有答应，加紧围攻。
袁尚连夜逃走，退守祁山，曹军追击不止。
袁将马延、张靑等人临阵投降，袁军瓦解，袁尚逃往中山国。
曹军缴获了袁军全部辎重物资，还得到了袁尚的印章、绶带、符节、斧钺，又让袁军降兵举着这些东西给他们城中家属看，城中人心慌乱。
八月，审配哥哥的儿子审荣趁夜打开自己守卫的城东门，引曹军入城。
审配迎战失败，被活捉后斩首，邺城平定了。
曹公亲自到袁绍墓旁祭祀，痛哭不已;还慰藉袁绍的妻子，送还他家的仆人和珍宝，又赐给各种丝绸棉絮，令官府供给他们粮食。
当初袁绍与曹公一起举兵之时，袁绍曾问曹公:“如果功业不成，那么什么地方可以据守呢?”曹公反问:“您认为怎么办好呢?”袁绍回答:“我南面据守黄河，北面依靠燕、代之地的险要，再加以戎、狄的兵力，然后南进争夺天下，这样或许可以成大事了吧?”曹公回答:“我运用天下所有有才智的人的力量，用先王的思想驾驭他们，就会百战百胜。”九月，曹公颁布命令:“黄河以北遭受袁氏父子之害的百姓，不交今年的租税。”又加重了处罚豪强兼并土地的法令，百姓都很高兴。
献帝下令让曹公兼任冀州牧，曹公便辞去了兖州牧之职。
曹公包围邺城的时候，袁谭攻占了甘陵县、安平国、勃海国、河间国几地。
袁尚战败后，逃回中山国。
袁谭又进攻中山国，袁尚只得逃往固安县，他的部队被袁谭吞并。
曹公写信给袁谭，谴责他违背和约，并与他断绝儿女婚姻关系，让她的女儿回娘家去，然后进军讨伐。
袁谭很害怕，从平原县撤出，跑到南皮县。
十二月，曹公进入平原县，收回被袁谭攻占的郡县。
建安十年(205)正月，曹公对袁谭发起进攻，打败了袁军，把袁谭斩首，并杀死了他的妻子儿女，冀州被平定了。
曹公又颁布命令:“凡是与袁氏一同做过坏事的人，允许他们改过自新。”又命令百姓们不得再报私仇，禁止铺张浪费办丧事，违法的人一概依法惩处。
这个月内，袁熙的大将焦触、张南等反叛，攻打袁熙、袁尚，他们二人逃往辽西、上谷、右北平三郡的乌丸地区。
焦触等人献出县城投降，被封为列侯。
当初讨伐袁谭时，一些百姓逃避破冰行船的差役，曹公下令官吏们不准接受他们投降。
不久，逃亡的人有到军中自首的，曹公对他们说:“接受你们自首，就违背了军令;杀死你们，又处死了认罪之人。
你们最好回去躲藏起来吧，不要让官吏们捉着。”百姓们流着泪走了，后来终于都被捕获。
这年四月，黑山贼寇张燕率领十多万人马投降，被封为列侯。
故安赵犊、霍奴等人杀死了幽州刺史、涿郡太守。
三郡的乌丸族在犷平攻打鲜于辅。
八月，曹公带兵出征，把赵犊等人斩首，又渡过潞河救援犷平。
乌丸人逃到塞外。
九月，曹公又颁布命令:“结党营私，互相勾结，是古代圣贤们所不齿的事情。
听说冀州一带，父子各立宗派，或相互诽谤，或胡乱吹捧。
从前直不疑连哥哥都没有，却有很多人诽谤他与嫂子通奸;第五伯鱼娶了三位夫人，三个夫人都无白话二十四史父，却有人诬蔑他殴打自己岳丈;王凤专权，把持朝政，谷永却将他与贤相申伯相提并论;王商忠正不阿，张匡却诋毁他搞歪门邪道:这些都是颠倒黑白，欺骗上天蒙蔽君王的事情。
我将整治社会风俗，上面列举的四项陋习不革除，是我终生的耻辱。”十月，曹公回到了邺城。
当初，袁绍让他的外甥高干做并州牧，曹公攻克邺城的时候，高干投降，曹公让他做刺史。
高干听说曹公前往讨伐乌丸族，趁机在并州叛乱，挟持了上党太守，派兵守住壶关口。
曹公派乐进、李典二人前去平叛。
高干退到壶关城固守。
建安十一年(206)正月，曹公亲自领兵征讨高干。
高干闻讯，就留下其他将领守壶关城，自己逃到匈奴，向匈奴单于求救，但单于没有出兵。
曹公围困壶关城三个月后攻下了它。
于是高干逃到荆州，被上洛县都尉王琰抓住并斩首。
八月，曹公东征海贼管承，到了淳于县，派遣乐进、李典进攻，将他击败，管承逃到海岛上去了。
分割东海郡的襄贲、郯、戚三个县以扩充琅笽郡，撤销了昌虑郡。
三郡乌丸趁天下大乱之机，攻破幽州，抢掠汉族百姓十多万户。
袁绍曾把他们的酋长和首领都立为单于，并把本族人的女儿作为自己的女儿，嫁给他们为妻。
其中辽西单于蹋顿势力最大，最受袁绍厚爱，所以袁尚兄弟来投奔他，他们多次侵入边塞抢掠。
曹公准备征讨乌丸，先开凿河渠，从呼沲河直到。。水，命名平虏渠。
又从氵句河口凿通潞河，起名叫泉州渠，通向大海。
