不过，在处理同国民政府的关系时，佛采尔却遇到了一些麻烦。德国顾问来华工作均以私人身份受聘于蒋介石，这种特殊的地位使他们同中方有关部门之间难免发生矛盾。1932年至1934年期间，南京政府军事委员会一度试图改变这种聘任办法，降低聘任规格，由用人单位直接聘任，顾问也不局限于德国人。为顶住这场“改革”，佛采尔向蒋介石表示，德国顾问来华服务的基础是委员长的崇高威望，而中国的官员们经常对蒋的指示阳奉阴违，因此德国顾问只愿效忠于蒋个人。1934年5月，蒋介石下令，“各处德顾问以后改属本委员长直接管辖，而受总顾问之指挥”。尽管顾问团由于蒋的支持保持了特殊地位，但佛采尔终因在中国官场积怨太深而去职。
继佛采尔之后来华出任总顾问的是塞克特（Hans von Seeckt1866一1936）将军。他是德国国防军元老，在德国享有“国防军之父”的美誉。他来华任职是蒋介石的殷切期望，也得到了德国国防部的大力支持。但塞克特任职时间很短，仅有10个月。
在出任总顾问之前，塞克特曾受蒋介石邀请，于1933年5、6月间到中国进行过一次考察。考察结束时，他呈交了一份《陆军改革建议书》，作为“贡献中华民国与伟大领袖的友情礼物”，由此奠定了他与蒋合作的基础。塞克特建议的核心有三点内容：第一，他向蒋介石强调，中国整军的目的是建立一支“在您本人统帅下的经过正规训练的军队”，整个军事系统的大权，包括训练管理、发展、指挥调遣、人事任免等，均需集中于最高统帅的掌握之中，“今后在任何情况下，决不能再允许地方或较高军事当局有任何独自为政之举”。第二，中国必须尽快建立自己的军火工业，不断增加军火自给，否则“在未来抗日战争中防御和获胜的可能性将微乎其微”。第三，为抵抗日本侵略，应以长江中下游作为战略设防重点，并建立战略交通系统。此外，他还提出了改进中国官员与德国顾问合作关系的一些办法。蒋介石对塞克特的建议十分赞赏，认为在中国“主持建军”所需要的正是“这样一个胜任的人”。
1934年5月塞克特来华任职时，蒋介石给了他一个十分特殊的头衔“委员长委托人、总顾问”，并委以极大的权力，甚至规定当他本人不在时，塞克特具有代表他发布命令的全权。不过，塞克特运用蒋赋予的权力十分谨慎。他吸取了前任的教训，尽量不介入涉及人事关系的敏感问题，而集中精力于本职工作，致力于加强中国的国防能力。在短暂的任期内，塞克特为中方制定了详细的后勤供应表和一个发展军火工业的计划，将中国国防现代化与德国在远东的经济利益紧密联系在一起。在德国顾问及德国企业的帮助下，此后一段时间，中国在太原、济南、昆明、重庆、南宁及广东等地建立了新的兵工厂，并对汉阳、巩县等旧兵工厂进行了改造。应蒋介石的要求，塞克特还设计了从上海到南京间的江南国防工事，这条被称为“中国的兴登堡防线”是中国抗日国防的一项重要工程。此时，由于顾问团的军事性质已无须掩饰，塞克特在顾问团内部按军事任务的需要重新做了分工，让所有文职人员退出。
1935年3月，塞克特因健康原因离华，他的助手法肯豪森（Alexander von Falkenhausen1878一1966）将军接替了他的职务，成为最后一任驻华军事顾问团长。法肯豪森的背景有两点特殊之处：一是他曾于1912年出任德国驻日本武官，对日本的军队及军事战略作过深入研究；二是他在政治上具有反纳粹倾向。这个背景使他很容易得到中方的信任，事实上他也一直采取积极支持中国抗战的态度。
上任不久，法肯豪森就向蒋介石提交了一份《关于应付时局对策之建议》。在这份建议中，他坦陈日本是对中国最严重、最直接的威胁，中国的应对方针及准备宜立足于日方军人得势。在分析了日军的进攻方向和战略部署之后，他指出，在目前的国际形势下，列强没有联合或单独干涉的可能，中国必须倾全力自卫。他提出了两个具有远见的建议：一是当中国军事力量尚不足以进行现代化战争时，可考虑“用持久战抗敌”，二是应将四川作为抗日的“最后防地”。在整军备战方面，法肯豪森继续其前任确定的三项主要工作：训练一支精锐的机动部队、加强长江一线的布防和加快中国国防工业建设。
中德易货贸易和德国军火大规模输华。
随着德国顾问在华工作的展开，南京国民政府从德国购买军火物资、引进军工设备的规模也不断扩大。这个过程以1934年为界，大致分为两个阶段。前一阶段，双方的交易基本采取“一手交钱，一手交货”的方式。南京政府购买的军火以枪械等轻武器和弹药为主，多用于内战，只是为装备德式“示范军”订购了少量重型武器。由于中方外汇储备有限，军火贸易的规模受到相当限制。
1934年后，中德贸易方式出现了重要变化，双方改行易货贸易。这一年5月，塞克特来华出任总顾问，蒋介石秘密向德方表示，中国今后只购买德国军火，并委托塞克特会同军政部兵工署署长俞大维研究采购军火事宜。当年8月，国民政府财政部长孔祥熙与塞克特的好友、德国商人汉斯·克兰（Hans Klein）秘密签订了一份《中国农矿原料与德国工业品互换实施合同》（简称《中德易货合同》，根据该合同条款，中国可先行向德国订购军火军械及军工设备，然后再以中国的农矿产品偿还。由于有了这个合同，中方采购额迅速扩大。至1935年底，南京政府在德国订购的军火总价值已超过1亿马克。从订货的种类来看，防空炮、野战炮、坦克车等数量明显增加，这些武器显然为对日作战所需。同时，为启动塞克特提出的发展中国国防工业的计划和满足对德出口矿产品的需要，中国也增加了工业设备的进口。
1936年4月，中德两国政府签订了《中德信用借款合同》。这个合同实际是将先前南京政府与克兰签订的合同升级为两国政府间的合同，同时由德国政府向中国南京政府提供一亿马克的货物信用借款。新的合同对加强中国的国防和战备无疑比前一个合同更为有利。但是，对德国来说，出售军火决不是为了援华抗日，这只是一笔生意而不牵涉政治立场。当时，纳粹德国正在加速重整军备，其陆军需要在中国检验其新式武器，国防经济部门需要获取并贮藏中国的战略矿产原料，工业巨头及军火商人需要向中国推销其产品并扩大销售，这几方面形成了推进对华贸易的坚定力量，并促使纳粹政府从后台走到前台。
中德易货贸易的互利性质十分明显，当中国需要借助德国加强国防的时候，德国也需要中国出产的各类战略原料，其中最重要、最有吸引力的是钨和锑，尤其是钨。据有关资料显示，当时世界上钨产量80％集中在亚洲，而中国又是亚洲产钨大国。1932年至1938年7年间，中国钨产量占世界总产量之37。6％，德国每年需输人世界钨产量之半数，其中60～70％从中国进口。1935年更高达90％。因此，德国人愿意以军火同中国易钨砂来节省大笔的外汇。到1938年时，中国钨砂出口79％输往德国，军火进口的80％则来自德国。
1937年6月，国民政府派遣行政院副院长孔祥熙及海军部长陈绍宽赴德洽商军火货物交换及聘用德国军事技术人员等事项，德国政府再次肯定了易货贸易的原则，并表示愿调遣军事和技术人员来华服务。
1936年和1937年是中方购买德国军火的高潮。中国从德国订购的海陆空军装备及军火物资种类繁多，大到飞机、潜艇，小到手枪、子弹，几乎无所不包。要弄清这一时期中德军火交易的细目和确切数额十分困难。一方面，由于战争的需要，中方的订单不断变更，例如潜艇订货最后就全部取消；另一方面，由于后来两国关系的变化，德方也没有完全履行合同。不过，现存档案还是披露了一些基本情况。1938年8月，中德双方对负责两国易货贸易的“合步楼”公司（简称HAPBO）的帐目进行清理，有关报告说明：自1934年8月中德易货合同实施后，中方向德方订货（包括军火和军工设备）总值在4亿马克以上；截至1937年10月，由德国运抵中国的军火为5000万马克。在随后的11月，应中方紧急订货，德方又从其国防军装备中抽调了5300万马克军火启运来华；12月，德方又启运了两批包括十几架俯冲轰炸机共值4400万马克的军火来华。如此看来，在中国抗日战争的最初阶段，至少有1。44亿马克（按当时汇率约合5816万美元）的德国军火物资运抵中国。这些装备缩小了中国军队与当时号称世界一流的日本军队之间的差距，对加强中国军队在抗战初期的作战能力起到不小的作用。
