蒋经国病逝后，李登辉继任“总统”和国民党中央代主席职，自此台湾政治转型期进入了一个新的阶段。在李登辉执政的时间里，台湾政局发生了前所未有的变化：国民党政权加速向多元化、本土化、年轻化方向发展；党内派系纷争激烈；以民进党为首的势力迅速崛起起，“台独”势力猖獗，“统”、“独”之争日趋白热化。民进党夺取台湾地方政权，国民党再度丢失政权。上述诸种变化，均与李登辉上台后所推行的内外政策密切相关。
李登辉全面背叛
李登辉是靠蒋经国的提拔而登上台湾政治舞台的。1984年蒋经国之所以将李登辉选为自己的副手，除了化解省籍矛盾之外，主要是当时认为李没有太大的政治野心，李多次表白他的最大愿望是当个牧师，后来事实证明这不过是李的韬晦之计。也有人说是蒋经国看李看走了眼。蒋经国病逝之际，李之所以能够顺利接班，党、政、军、特大权集于一身，其重要原因是李在关键时刻，一方面向国民党元老执弟子礼，一方面往蒋经国灵堂跑，信誓旦旦，要继承蒋经国遗志；另一方面拉拢李焕等开明派，策动少壮派写推戴书，从而使他在刚刚登上“总统”宝座之后，又抓到了党魁的桂冠。国民党十三大上，蒋经国尸骨未寒，李登辉便极力排挤蒋家势力，使宋美龄节节败退，蒋纬国权力受阻，蒋孝武被迫放弃中央委员竟选。其后，在打着贯彻蒋经国“革新”路线的旗号下，不断消除反对派，安插亲信，并在内外政策上进行修订、调整。可以这样说，在李登辉执政的12年时间里，他所推行的内外政策，已经全面背叛了蒋经国的路线，与“台独”势力同流合污，最终迈上了“台独”之路。国务院台办新闻办于2000年2月21日发表的《一个中国的原则与台湾问题》白皮书，认为李登辉“已经成为台湾分裂势力的总代表，是台湾海峡安定局面的破坏者，是中美关系发展的绊脚石，也是亚太地区和平与稳定的麻烦制造者”。李登辉的分裂行径，一方面加剧台湾社会的动荡局面，另一方面给祖国统一增加新的变数。
具体说来：
其一．在祖国统一与“大陆政策”上，李登辉已经彻底背叛了蒋经国的“一个中国”立场，公开鼓吹“两国论”，制造分裂。
在李登辉继“统”之初，他口头上还是承认“一个中国”原则，对发展两岸关系还曾起到过一定作用。例如他在1988年2月首次答记者问时，明确表示：“只有一个中国，我们必须统一。”在他1990年5月20日正式就任“行宪”以来第八届“总统”后的就职演说中称：“台湾与大陆是中国不可分割的领土，所有中国人同为血脉相连的同胞”，“中国的统一与富强是所有中国人的共同期盼”。他还在多次讲话中强调：“我是台湾人，但也是中国人。”与此同时，在李登辉筹划下，以新的观念来处理两岸关系，进一步放宽了对两岸交往的限制，采取了较蒋经国时期更为主动的措施。他还在国民党中常会和“行政院”设立的“大陆工作指导小组”和“大陆工作会报”机构之上，设立了“国家统一委员会”和“大陆委员会”，还以民间财团法人形式成立了“海峡交流基金会”。1991年6月。国民党中央又对“大陆工作指导小组”进行改组，使党政趋于一体。另一方面，在政策上，通过了由李登辉亲自核定的“国家统一纲领”，确立两岸交往的近、中、远程阶段性目标，作为处理两岸关系的最高指导原则，使其“大陆政策”进一步明朗化、系统化。同年5月，李登辉还宣布终止“动员戡乱时期”，废止“临时条款”。但在另一方面，李登辉又公开背离蒋经国的“一个中国”原则立场，制造种种分裂活动。关于此点，从下列事实中得到说明：
早在1990年5月，李登辉在回答“立法委员”质询时，就认可了“一国两府论”，把中央政府与台湾当局的地方政权并列起来，说什么“愿意同中央进行政府对政府的对话，一个国家，两个政府，这是现实”。“两个政府”既明显改变了蒋氏父子所坚持的“一个中国”的主张，又为“两国沦”奠定了基础。
1991年2月23日，在李登辉主导下，台湾当局在所谓“国家统一纲领”中提出“两岸互不否认对方为政治实体”，进而刻意将政治实体界定为“互不隶属的、对等的”。不久，台湾当局又于5月1日宣布终止“动员戡乱时期”，废除“临时条款”，并提出“今后视中共为控制大陆地区的政治实体，称它为大陆当局或中共当局”。其后，李登辉公然宣称：“台湾已经是一个主权独立的‘国家’，‘国名’就叫‘中华民国’，中共必须承认台湾是一个对等的政治实体。”
很显然，李登辉的对等政治实体说就其内涵而言，也就是“两个中国”或“一中一台”，它比“一国两府”更加反动。
1993年2月，郝柏村下台，连战上台，“李连体制”形成。随着统治地位的进一步巩固，李登辉竟然公开否认自己讲过“一个中国”。1993年2月，李登辉在接见民进党“立委”时说：“我主张‘中华民国’在台湾，但始终没讲过一个中国”。同年4月8日，他在接见民进党“国大代表”时说“最重要的一点是‘中华民国’在台湾的发展是一项不争的事实”。10月，李登辉再度表示“一个中国是我们追求的目标，但这是将来的事……‘中华民国’目前统辖台澎金马，拥有绝对而且完整的主权和治权，这就是我说‘中华民国在台湾’的原因”。
1994年3月，李登辉与日本作家司马辽太郎作了一次长达数小时的吐露真情的对谈。李根本不把台湾看做中国的一部分，而且宣称他的词典里连“中国”这个词也是模糊不清的。他说国民党政权是“外来政权”，“台湾必须是台湾人的东西”。他把两岸的统一称之为“奇怪的梦”，把自己比喻为《圣经》中《出埃及记》中的摩西，发誓要率领台湾人“出埃及”，也就是“出中国”，创立一个“新国家”。其后不久，李登辉又以接受台湾《自由时报》记者专访的形式，更直截了当地否认“一个中国”原则。
1994年7月，台湾当局发表了经过一年多精心准备的《台海两岸关系说明书》。《说明书》虽然虚情假意地表示坚决主张一个中国、反对“两个中国”与“一中一台”，但马上解释说：“‘一个中国’是指历史上、地理上、文化上、血缘上的中国”。这种讲法实际上是将“一个中国”的内容掏空。他还宣称：“中华民国”的存在是不容否认的事实，而且在国际间始终是一个独立主权的“国家”，两岸在国际间为并存之国际法人等等。《说明书》实际上已经将“两个中国”、“一中一台”说得非常明白了。
1995年4月，李登辉正式抛出所谓的“分裂分治论”。他在“国统会”上发表谈话称：“台湾与大陆分别由两个互不隶属的政治实体治理，形成海峡两岸分治的局面。”6月，李登辉在接受美国邀请后赴美访问，与美国联手共同制造分裂活动。他在康乃尔大学发表题为《民之所欲常在我心》的演讲。在这次演讲中，他不仅绝口不提“一个中国”的原则，反而再三强调“中华民国在台湾”或“在台湾的中华民国”，大谈两岸领导人在国际场合会面的老调，借以凸现两岸处于“分裂分治”状态。1996年5月李登辉在接受美国有线电视新闻网采访时又说：“我们应当了解中国是一个分裂、分治的国家，如果‘有一个中国’，我们认为是统一后才有一个中国，没有统一，这里就没有所谓的‘一个中国’。”进入1997年，在祖国大陆坚持“一个中国”的严正立场和“反台独”、“反分裂”斗争的压力下，台湾当局在“一个中国”及主权问题上有了一些新的表态。2月，台湾“新闻局”发布了《透视“一个中国”问题说帖》，去掉了过去所用的两岸“分裂”的字眼，而以“一个分治的中国”取代“一个中国”。8月5日，“陆委会”主委张京育避开台湾当局一贯强调的“主权分析”的说法，提出了两岸“主权共享，治权分属”。其后，高孔廉、连战、萧万长也先后提出两岸应搁置主权争议。同年11月，李登辉在接受美英记者采访时，竟然宣称“台湾就是台湾，台湾早就独立，没有必要再说”⑧。此话一出，岛内舆论一片哗然。同年12月9日，李登辉接受日本《产经新闻》记者采访时称：“我最近对外国媒体使用‘台湾是一个独立主权国家’的词句似乎引起了风波，它并不是改变原来状况的宣言，那是个‘场所’的问题。中华民国从1912年建国以来就是一个国家，她现在的场所是在台湾”。翌年1月12日，李登辉接受德国《明镜》周刊采访谈到两岸关系时称：“中华民国是主权独立的国家”，现在是“一个国家，两个政治实体”。李登辉此话完全背离了历史事实。的确，中华民国虽在1912年创立，但自1949年10月1日中华人民共和国建立之日起就已经宣告灭亡。蒋介石集团退守台湾之后仍盗用“中华民国”的旗号，实际上已经沦为一个地方政权。如果没有美国政府干涉中国内政，同台湾当局签订“共同防御条约”，恐怕人民解放军早就将红旗插遍台、澎列岛。1971年二十六届联大将蒋介石集团从联合国机构中驱除出去，台湾当局彻底丧失了“国际人格”。整个国际社会都承认中华人民共和国是中国的惟一合法代表，台湾是中国的一部分，中国主权不容分裂。尽管蒋氏父子极端反共，但是他们均坚持“一个中国”的原则立场，反对“台独”。李登辉不顾历史事实，背离蒋氏父子的“一个中国”立场，坚持了一条“独台”的分裂路线。
1999年4月20日，李登辉接受中南美专栏作家记者团采访时称：“‘中华民国’是主权独立的‘国家’，中共声称的‘一个中国’并不存在。我们追求的是自由、民主、均富的统一中国。”“我们绝对不能接受中共‘台湾是地方政府、中共是中央政府’的说法，目前两岸是两个对等的政治实体。”同年5月，李登辉在他出版的新书《台湾的主张》第一章中称：“即使台湾的国际地位必须明确化，却不一定要拘泥于‘独：立’，反而是将‘中华民国在台湾’或‘台湾的中华民国’实质化，才是当务之急。”在第七章中称：“我们目前将台湾定位为‘在台湾的中华民国’。‘在台湾的中华民国’具有‘国家’的主体性，也保持了主权独立……我希望在卸任‘总统’职务之前，能集国际法学者之力，就台湾的‘国家’定位问题，提出完整的解释。”他称“最理想的状况，是中国大陆摆脱大中华主义的束缚，让文化与发展程度各不相同的地区享有充分的自主权，如台湾、西藏、新疆、蒙古、东北等，大约分成7个区域，相互竟争，追求进步，亚洲或许更安定”。
1999年7月9日，李登辉经过精心谋划，终于在接受《德国之声》记者采访时，公然向国际社会宣称：台湾“1991年‘修宪’以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系，而非一合法政府、一叛乱团体，或一中央政府、一地方政府的‘一个中国’的内部关系”。7月27日，李登辉又为他的“两国论”辩称说：由于“多年来的两岸关系的定位过于模糊”，所以他要把两岸关系的“实质内涵”定位为“特殊的国与国关系”。李登辉抛出“两国论”后，台湾当局极力为其主张辩解。7月15日，连战在接受日本《产经新闻》专访时声称，李的宣示是对症下药的谈话，是在澄清一现状，并不等于改变现状。“行政院长”萧万长也附和说：李的宣示“不仅务实，而且具有前瞻性与建设性”，并强调其“大陆政策”不变，即“推动两岸建设性对话与良性交流的政策不变”；“追求两岸‘双赢’的决心不变；追求未来和平民主统一的中国目标不变”。。同日“新闻局”将李登辉的“特殊国与国关系”以“一个民族、两个国家”来阐释。“陆委会”也发布新闻稿，肯定“一个民族、两个国家”的定位与说法。16日，“陆委会”副主委吴安家鼓吹“两国论”主要是为两岸新一轮的政治对话鼓噪，只要两岸确立“特殊的国与国关系”定位，就可以开展政治谈判，双方就可以比照两德模式，研议签订“两岸基础关系协定”。7月30日，海基会董事长辜振甫举行记者会，就“两岸会谈是国与国会谈”进行所谓澄清，继续声称两岸可以“特殊的国与国的关系”加以定位。辜氏同时将这篇谈话电传我海协会，被海协会严正退回。8月1日，“陆委会”发表“对‘特殊国与国关系’的立场”的书面说明，强调两岸对等地位，反对“一个中国”原则，并声称两岸应该回到“一个中国，各自表述”的共识上来。更有甚者，在李登辉操纵下，于8月28—29日在台北召开的国民党十五届二次会议竟将“特殊的国与国关系”字眼纳入党的决议“政治任务提示案”中，宣称“要以此作为今后台湾当局的施政方向和重点来迎接两岸互动的新页”⑧。显而易见，国民党在脱离一个中国的道路上越走越远。
李登辉在继“统”之初，宣称坚持蒋经国路线，坚持“一个中国”的原则，学着蒋经国口吻“我是中国人，但我也是台湾人”说：“我是台湾人，但我也是中国人。”时至今日，竟然背离了“一个中国”的原则，走向了“台独”。人们不禁要问，李登辉到底要干什么?依笔者分析，他的意图是：
第一，他同德国记者谈“两国论”是经过精心策划的，就是希冀用两德模式解决台湾问题。在台湾岛内，早就有人主张用两德模式来处理两岸关系，这种观点是对历史与现实的误解与歪曲。众所周知：战后德国的分裂和台海两岸暂时分离是两个不同性质的问题。主要有三点不同：首先是两者形成的原因、性质不同。1945年德国在二战中战败，被美、英、苏、法4个战胜国依据《鉴于德国失败和接管最高政府权力的声明》及其后的波茨坦协议，分区占领。冷战开始后，德国统一问题成为美苏两国在欧洲对抗的一个焦点，在美、英、法占领区和苏联占领区分别相继成立了德意志联邦共和国和德意志民主共和国，德国被分裂为两个国家。显然，德国问题完全是由外部因素造成的。而台湾问题则是中国内战遗留的问题，是内政问题。其次，两者在国际法上的地位不同。德国的分裂，为二战期间和战后一系列国际条约所规定。而台湾问题，则有《开罗宣言》、《波茨坦公告》等国际条约关于日本必须将窃取于中国的台湾归还中国的规定。再次，两者存在的实际状况不同。在美苏两国对抗的背景下，两个德国都分别驻有外国军队，被迫相互承认和国际社会并存。而中国政府始终坚持“一个中国”原则，李登辉上台前的台湾当局和李登辉上台初期也承认“一个中国”，反对“两个中国”；“一个中国”原则也被国际社会所普遍接受。因而，德国问题与台湾问题不能相提并论，更不能照搬两德模式解决台湾问题。
