除了惩罚外，嘉庆还在制度方面进行了纠正。首先，针对当时的仓场官员、监督多数以“年老才庸之员充数”，没有能力留心政务，听凭底下人胡作非为的现状，嘉庆规定以后仓场官员从京察一等、二等官员中选拔，必须年富力强、才具干练才能提名。提名官员引见，由嘉庆亲自考察后才能上任。嘉庆警告说，如果让他发现被提名官员“年逾六十，才具平庸者滥行充数”，一定对负责挑选提名的官员严惩不贷。
其次，为了杜绝书吏、差役“挂名互充”、“勾串舞弊”、把持仓场，嘉庆要求严格书吏差役的管理制度。书吏并不是官，差役更只是征发的百姓徭役而已，他们都是没有俸禄的，且按规定应该定期轮换。但在仓场系统中，书吏、差役终身服役，冒名顶替，让子弟接班，几家人几代人盘踞仓库。为此，朝廷制订新规章，规定差役服役满后，饬令回籍，不许以“帮办仓务”等等名义留在仓库，也不许接近仓库，更不许子弟接充；差役告退病故的，不准子弟接充；新招募的差役最好身家殷实，没有生活困难，防止损公肥私。同时设立花名册，填注年貌籍贯住址，定期画卯，按名点查，防止人员混杂、冒充和其他不实情况。
经过嘉庆十四年的这番整饬，仓场的腐败得到遏制，管理干净了许多。可惜好景不长，没有几年，仓场系统又恢复了往日的混乱与腐朽。仓场职位依然是官场争抢的肥缺。嘉庆对仓场的有限整顿，并没有从根本上解决漕粮的安全问题。
嘉庆整顿的仅仅是漕粮的验收和仓储环节，并没有涉及征收、运输等环节。清代的漕粮问题关系到仓场、漕运、河道等诸多衙门，亏空和安全问题是诸多系统通同腐败的结果。哪里暴露了问题才整顿哪里，类似头痛医头脚痛医脚，并不解决系统问题，结果就是内在越来越腐朽，终于不治。到道光年间，漕粮各系统愈加腐败，至光绪年间是公认的病入膏肓。朝野官民一提“漕粮”二字就直摇头。无数底层百姓不堪重负，恨得咬牙切齿。
从根子上说，漕粮安全问题出在清政府对供应北京的官粮的机械管理。为了保障京畿粮食供应，将此独立管理，是完全必要的。但有必要设立多个衙门，配置一群群的官吏，规定重重规章制度，月月强调年年强调吗？这恰好暴露出了清政府管理水平的低下和不自信。
从乾隆年间开始，中国人口大爆炸。人口规模从一亿出头增长到三亿以上。大江南北出现了诸多人口数以百万计的特大城市。这些大城市的居民并没有漕粮供应，他们非但吃得饱饱的，而且吃得安全，不用吃黑米霉米。其中的奥秘就是市场。市场的力量，从产粮区源源不断地运输粮食到大城市，不仅畅通，而且安全健康。北京城里那些没有资格吃漕粮的汉族百姓，人数比王公大臣和八旗子弟们要多，不也活得好好的吗？
清政府对活跃的市场活动视而不见，对大城市的成功案例听而不闻，在两百多年中紧紧抓住漏洞百出、臭名昭著的漕粮制度不放，是思想认识的问题？是既得利益集团的阻拦？还是顽固保守、抗拒改革呢？
结果，北京的王公大臣和八旗子弟们只能吃实际成本不知比市场价格高出多少倍、质量却让人直皱眉想骂娘的黑漕粮了。
段光清办漕
道光二十八年（1848年）年底，段光清奉委出任浙江海盐知县。赴任前，抚台大人专门把段光清叫过去，语重心长地说：“我亦知海盐缺苦，收漕在即，宜速去，先收民心。”原来，省里面是为了解决迫在眉睫的漕粮征运难题，让段光清去当消防队员。
海盐县政务的一大要点，也是难点，就是“办漕”。全国漕粮年定额为400万石，海盐一个县就超过了5万，可谓是一个漕务大县。段光清自述：“余昔坐书房时亦闻有漕规之说，不知海盐漕规之弊乃有如此之甚也！”新县太爷到了任所后，才真正领教了传说中的“漕规”。那么，海盐漕务有什么弊端呢？
海盐县的百姓，分三六九等，有绅户、衿户、讼户等名目。绅户，就是在任或者卸任的官宦人家。绅户缴纳漕粮，每石并不交足一石，缺斤少两，习以为常；衿户，是有科举功名在身、但没有做官的士人家庭，每石交足一石，依法办事，不能缺斤少两，官府也不多收滥取；讼户，则是正在县衙打官司的百姓人家，都是那些久拖不决的案件的当事人家庭。或许是迫于当事人反复上诉、越级上访等压力，海盐县默许“讼户交米，或一石加一斗，或一石加二斗不等”。也就是要多收他们一两成的漕粮。而对于一般老百姓，“漕粮非一石收至两担以外，不能运到京师”。也就是说，“三户”以外的布衣平民，法定的一石漕粮的义务，至少要缴纳两担以上才能过关。所以，每到临近收漕的时节，海盐县衙就挤满了报案的、上访的人，大家都来争当“讼户”。
在“三户”之外，还有更厉害的“包户”。一些强者，仗势包揽他人的纳粮，收取好处。比如，强者向平民每石按照一石五斗来征收漕粮，只缴纳官府一石，赚取五斗好处。而一般小户，乐于接受包户的“公道标准”，纷纷投靠他们，请他们代交漕粮，以避免官吏的敲诈，避免更大的损失。
这还仅仅是征税对象群体中的漕规，与之相对的收税群体中的弊端更多。除了正常的地方官吏、差役外，段光清发现，“自粮道、帮官、旗丁、委员及各衙门所荐收粮朋友，皆有漕规”。有关部门的官吏，都想从中分一杯羹。清朝有专门的漕运、河道系统，两大衙门实行“条块结合”的管理模式。他们自然要从漕粮征收中自肥，雁过拔毛。省、道、府等上级官府的长官们又“推荐”了不少“朋友”，帮忙海盐县征收、起运漕粮。如此美意，段光清是不敢拂的。
漕粮由专门的船队沿大运河北运。期间，验收官吏尺度的宽窄、押运兵丁看管粮食的松紧、贩运船夫装运粮食的快慢，甚至是船老大心情的好坏，都能影响海盐漕务的成败。自然，他们每个群体都发展出了潜规则，能从中得到实惠。此外，作为“统治民族”的浙江八旗子弟（旗丁），借口漕粮供应京畿，主要是为了满足京师八旗的生活需要，也自告奋勇，前来帮忙。对这些爷，段光清即便打心底里觉得就是群纨绔子弟、痞子流氓，表面上也不敢得罪。最终，“旗丁又于每年收县帮费之外，又收民间折色米三四千担。”段光清问前任：“这些人已经收了我们海盐县的帮费，为什么还要收折色米？”前任回答：“此亦明知而不能解者也。”向来如此，谁又有办法改变呢？
这些看似无权的群体的手段很多，“惟起运本色每正粮一石，加耗三斗、四斗不等。此外有补润、加赠、淋尖、饭食等米，又有踢斛、稳跳、倒箩、舱垫等银，在旗丁则有行月，在船只则需修理、打造，在起纳则多轻赀、席板，而衙役之需诈与粮里之藉端科扰，水次之挑盘脚价，犹不与焉。”（光绪《户部漕运全书》卷2《漕粮原额·历年成案》）。这里面提到了很多官家盘剥百姓的手段。比如，“淋尖”、“踢斛”，说的是明清时期，老百姓缴纳官粮，官府用扁平的大斛做盛器，让老百姓把粮食放进斛里。这本来也没什么，但是经办的差役要求谷米按照尖形堆得高高的，称为“淋尖”。原本一石的盛器，因为有淋尖的要求，往往要倒入两石粮食才能达标。在百姓淋尖的过程中，差役还不时地踢着大斛，谷米不断溢出斛外。溢出的粮食，不允许纳粮的百姓扫回去。这叫做“踢斛”。“饭食”，说的是收粮的官吏、差役们的伙食费用，要由百姓承担。百姓承担的，可不是粗茶淡饭，而是好酒好肉，临走还要送礼。
有些不良的剥船船主，在运输时私造燥烈药末，掺和热水浸泡，让大米涨大，运到京畿滥竽充数。自己则在沿途盗卖漕粮，或者卖优买劣，把优质漕粮更换成粗劣谷物。千里贩运，官府不能时时处处监控，经手的底层人物有太多动手脚的机会了。有机会，就会想出办法来。
起初，漕粮征收谷米实物，后来因为运费、勒索等额外开支都强迫县里支付，海盐就开始征收“折色”。也就是征收银两。至于漕粮按照什么标准折算银两？银子又怎么个收法？这就又大有文章可做啦。
绅户、衿户、讼户、包户、漕口、河道、上司的朋友、旗丁、押运兵丁、船夫等等群体层层筛过后，学者估计，清代每运1石漕粮到北京，老百姓实际缴纳的粮食在3石以上。这还没算上时间成本和人力成本。如果按照综合成本来算的话，一石漕粮的成本逼近40两白银。（李作栋：《新辑实务汇通》卷67）这是一个什么概念呢？段光清一年的俸禄是45两白银。一石漕粮几乎可抵一个知县的年俸。北京官民吃的是天价大米！
综上前述，前任知县向段光清感叹：“海盐之漕，所以不可办也。”（段光清：《镜湖自撰年谱》）这差事，简直没法办！
没法办，也得办！
段光清发现，海盐的风俗是，官府征收漕粮之前，先代本县地主催佃户交租。届时，知县鸣锣下乡，召集佃户，说明开仓在即，地主缴纳的漕粮，租米出自佃户，催督佃户们按时交租，不可违抗。段光清在寒冬腊月就下乡催粮，向百姓说明情况，可谓是“高度重视”、“提前部署”。第二年春天收漕，段光清自述“海盐收漕，尚可敷衍，未至大累”，算是比较圆满地完成了任务。那么，他是怎么办到的呢？
段光清办漕成功的秘诀，主要有两点。第一点，上峰的高调支持。浙江巡抚在赴任谈话时，对段光清表示“尔到任，将地方情形详悉禀明，有可代尔为力之处，我必行之，速去！”段光清到任视事后，将地方情形禀明巡抚。巡抚回信：“上不掣尔肘，尔可放胆以办事。”为了做好漕务，巡抚明确支持段光清，激励段光清勇敢去做。这让他有了底气，也让可能阻碍海盐漕务的潜在势力受到震慑。
第二点，段光清不寻求改变漕规，在承认既定现实的前提下做有限的改良。这就避免了与既得利益群体的实质冲突。
海盐漕务糟得很，水深得很。推波助澜的每个群体，都有些实权在手，能对漕务施加影响。现存的漕规，是各方面群体长年累月博弈之后的结果。大家都接受了现实。比如，老百姓接受了“三户”的存在，默认了不平等，忍受盘剥。他们的反抗，最多是争当“讼户”。而且，一些百姓还欢迎“包户”的出现。这可看作不同群体在权力因素下的现实选择。
以段光清为首的地方官吏，接受了条条框框、允许各级衙门插手分肥。清帝国体制下的相关衙门和人群，都有公权力在手，段光清作为体制内的人，谁都得罪不起，他能做的只是维护现有漕规的平稳运行：大家都按“规矩”办事，该拿多少就拿多少，不能多贪多占。旗丁在帮费之外，可以拿走三四千担粮食；海盐县的“包户”包揽漕粮的规模也是有“规定”的，“举人包米一百六十担，副榜八十担”。
但是，完全认可现状、不做丝毫改变，显然是完成不了任务的。段光清就召集地主绅士，说明“交米不略加增，地方官断无力解运”。也就是说，他一开始就明确了要增收“陋规”。自然，面临的阻力不小。段光清“或面议，或写信”，一个个地做工作，具体情况具体分析，不同人不同对待，“有每担加斗余，有加至二斗，有只加三、四升者”。最后，海盐漕粮较常年共多收米数百担。多收就是胜利！为了应付旗丁的需索，段光清付洋钱数千元，造成了当年最大的亏空。但总体来说，漕务办得基本成功，“未至大累”。
段光清成功的两大秘诀，是不可分割的。正是因为有上峰的高调支持，在增收漕粮时，相关群体不至于激烈反对。多收的漕粮，最终出自无权无势的贫苦百姓身上，有权群体也不会强硬反对。段光清虽然感觉贫寒人家“益苦”，但为了办漕“大局”，也只能如此。反之，正因为知道段光清是在维护现有权力格局的前提下改良，所以巡抚大人才放心地支持他施展拳脚。
交粮的时候，人声鼎沸，常常发生纠纷官司。海盐出了一位状元，状元家的家丁赴仓交米，与别家交米的佣人发生口角。家丁在言语上吃了亏，仗着主人的身份，喧嚷公堂，吵着要段光清“验伤”、“主持公道”。段光清坐堂开审。那家丁却面朝堂外而跪。差役去问，家丁回答：“非吾主人，岂可向而跪之。”差役们大笑。段光清就给家丁戴高帽：“此忠义之士也，其志不事二主。”既你不搭理我，我也不管你的事，段光清让差役给家丁传话：
“你本无伤，即便或许有伤，也必须要你家主人验视。”于是，段光清下令退堂。那仗势的家丁自讨无趣，也灰溜溜地走了。
办漕完毕，段光清去杭州拜见布政使。布政使说：“段大人的官声，没有以前好了。”段光清回答说：“想必是因为本年收漕，多要了富人的几颗米。”布政使闻之，一笑而过。
八旗子弟是怎么废掉的？
