美国亚洲舰队司令哈特海军上将在距离基地600米的司令部大厦的楼顶上，亲眼目睹了这场浩劫。爆炸的气浪冲得他站不稳身子，事后他向上级报告说：“烈火从一边烧向另一边，整个海军造船厂和甲米地港口的三分之一区域被大火吞没。”麦克阿瑟的夫人和他们的儿子小阿瑟在马尼拉饭店楼顶的平台上也看到了这一幕，被吓的失魂落魄，急忙躲回了卧室。
与此同时，日军飞机还轰炸了苏比克湾海军基地。哈特上将的海军基地被彻底摧毁了，他的潜艇部队受到了重创：2艘潜艇被炸毁，其中就有新式潜艇“海狮”号，其他5艘受伤。这支潜水部队是哈特上将对抗日本海军的主要手段。而且他的“王牌”自导鱼雷也一下子全报销了。所有的事情都令哈特上将痛心疾首。
12日，第16师木村支队（约2500人）在吕宋岛南部的黎牙实比登陆，占领机场并进一步扩大战果。日军在随后的几天里不断的对美军进行空袭，美军飞机损失进一步增大，在几近被消耗殆尽之时，麦克阿瑟不得不命令布里尔顿把残余的飞机转移到澳大利亚。美国海军亚洲舰队也元气大伤，其根据地被毁。哈特上将除留下潜艇部队坚持袭扰作战外，不得不带着劫后余生的舰只仓皇南逃，退向荷属东印度。
自11日起，日军第5飞行集团逐渐转移到吕宋岛已占机场，掩护地面部队登陆和发展进攻。17日，美军仅剩的17架B-17轰炸机撤到澳大利亚。麦克阿瑟企图在对日军登陆之前所实施防御作战计划彻底破灭了。从此，日军完全掌握了菲律宾的制海权和制空权。
在这里不得不说的是，麦克阿瑟其实完全可以把重大责任事故推卸干净，然后临阵脱逃。但那样的话，他就可能成为一个永远被人抨击的失败人物。事实上，身高1.80米腰板总是挺得笔直的麦克阿瑟，是个一生都不服输的硬汉子，他不仅没有从美国军界销声匿迹，还因自己倔犟的性格和骨子里的霸气在随后的指挥作战中表现出色，虽败犹荣。最终成为一个太平洋战场上不可替代的领军人物。
日军第14集团军司令官本间雅晴中将一上来就击败了麦克阿瑟的空军和海军，使麦克阿瑟痛失左膀右臂，期间，他组织的多点强行登陆也很顺利。虽然麦克阿瑟所面对的都是些不好的消息，但他还是从中看出了日军的企图，他预感到目前这些小规模的登陆行动只是一种牵制性攻击，目的是想掩护即将到来的主力登陆行动。
于是，麦克阿瑟派小部队与之周旋，命令主力部队按兵不动，准备对付日军主力的大规模登陆。当时他把陆军部队分成几个集团，分别防御菲律宾群岛的几个不同地区，准备实施滩头防御。麦克阿瑟研究后认为：马尼拉西北110英里的林加延湾海岸最有可能成为日军主力登陆地区，中央平原地区最有可能发生大规模战斗，巴丹半岛可以作为美军一旦撤退的防御阵地。于是他做了这样的安排：林加延湾海岸、中央平原地区、巴丹半岛、阿帕里和维甘滩头阵地，交给乔纳森·温赖特将军指挥的北吕宋部队防守，因为这支部队被视为最精锐最有战斗力的部队；比科尔半岛交给乔治·帕克将军指挥的卢塞纳部队防守；中部岛屿交给切诺·韦恩将军指挥的米沙鄢部队防守；威廉·夏普将军指挥的棉兰老部队，负责该岛的全部防务。
2.菲律宾的“援军”
罗斯福总统和陆军参谋长马歇尔都亲自发电报说“正在组织援兵”。
在远东空军已被摧毁，亚洲舰队已经撤走的情况下，麦克阿瑟坚持着自己的滩头决战方案。他认为按照美国多年拟制的橙色计划，美国本土的援军很快就会到来。但是，麦克阿瑟所盼望的支援不久就成了泡影。
12月中旬，海军作战部长欧内斯特·金上将因为担心日军舰队的拦击，取消了海军一切援助菲律宾的计划，围困在菲律宾的守军要撑下去就只能靠自己了。
22日，日军第48师主力在吕宋岛西岸林加延湾登陆。24日，第16师在吕宋岛东南部拉蒙湾登陆。至此，登陆日军形成南北夹击马尼拉、围歼美菲军主力的有利态势。
林加延湾位于吕宋岛西海岸，面临南海，南北长56公里，入口处宽42公里。港湾被两侧陆地拥抱，通常是风平浪静，而且这里海滩平缓而宽阔，无复杂地势，内陆是菲律宾群岛的一块开阔平原，便于坦克和其他战斗车辆纵横驰骋，发挥其最佳作战效能，可以说这一地区是最理想的登陆地点。
12月17日下午，本间雅晴陆军中将亲自率领日军第14集团军登陆主力5万余人，分乘80艘运输舰，从台湾高雄、基隆、马公等港口起航。为其护航的海空部队很是庞大，天上有陆军第5飞行集团和海军第11航空舰队的飞机，海面上有第3舰队司令高桥伊望中将亲自指挥的40多艘战舰。这批部队浩浩荡荡地驶向菲律宾，经过5天航行，他们抵达了林加延湾海面。日军把林加延湾海岸作为发起登陆战的主战场，麦克阿瑟早已预料到。因此，麦克阿瑟在这里部署了2个师的兵力来防守滩头阵地。
但是，美国海军亚洲舰队的潜艇部队司令约翰·威克斯却没能认真的执行麦克阿瑟的部署，他只派了一艘老式潜艇“鱼”号去那里巡逻。22日傍晚，正在林加延湾附近巡逻的美国海军亚洲舰队的“鱼”号潜艇艇长从潜望镜里发现，远处海面上绵延出了一道几十英里长的黑烟，一批舰队正在逼近林加延湾。而这支驶向林加延湾的船队，正是麦克阿瑟预料中的那支日军登陆作战的主力部队。当威克斯接到“鱼”号艇长匆忙发来的敌情报告后，才派出6艘潜艇前去迎敌。此时日军舰队已经安然驶入海湾，并针对美军海上部队的可能配置，在海湾入口处布设了严密的防线。
美军潜艇首先向日军驱逐舰发动鱼雷攻击，却没有击中目标。日军马上发现了水下的敌情，开始施放深水炸弹。美军潜艇就像中了埋伏一样慌忙潜逃，只有“海狼”号潜艇单枪匹马成功地潜入港口，勇敢地击沉了日军停在锚地的一艘大型运兵船，给日军登陆部队制造了一点麻烦和损失。接下来，这几艘潜艇在对日军舰队的作战上没有取得任何“成绩”。鉴于这一情况，哈特很快就命令潜艇部队撤离菲律宾，潜艇部队司令威克斯也只好饮恨乘潜艇离马尼拉而去。
12月23日凌晨，林加延湾海面和海岸还一片漆黑。潜艇没能保卫住菲律宾，麦克阿瑟现在只能靠他的陆军与敌人抵抗下去。此刻，日军登陆主力部队的第48师和第65旅就在舰炮火力掩护下，开始在三个滩头堡登陆。结下来就要看乔纳森·温赖特将军指挥的北吕宋部队了，这支被视为最精锐最有战斗力的部队在后面会有怎样的表现呢？
在林加延湾滩头，温赖特指挥的北吕宋部队有4个师，共计约2.8万人。为避免美军官兵伤亡过大，温赖特把菲律宾第11师和第17师部署在最前边，结果一触即溃。
原来菲律宾部队装备低劣，缺乏训练，有些人甚至不会用自己手中的老式“恩菲尔德”步枪。于是，2个师的兵力和阵地迅速土崩瓦解。面对一个比一个“疯狂”的日本兵，有些菲律宾甚至吓得丢下手里的步枪拼命逃窜，即使美国军官挥舞着手枪对他们大叫也无济于事。只有由菲律宾童子军组成的第26骑兵团进行了顽强抵抗，支持了几个小时，拖延了日军人的进攻速度。
最后，美军指挥官也退却了。温赖特气的火冒三丈，只好把美军部队派上前去。可是用武士道精神训练出来的日本兵，如同野兽一般，他们大声叫嚷着美军听不懂的口号，像没灵魂的机器一样，越过刚刚倒下的同伴的尸体，不停向前冲锋。也有个别不敢向前的士兵，督战战指挥官发现后立即将其挥刀砍死。多年没有打过仗的美军官兵也被日军吓住了，没能顶住日军的攻势，只能边战边退。步兵的后撤使炮兵阵地几乎暴露在敌人坦克的面前了。温赖特见此情况，只好发出撤退命令。这天，麦克阿瑟乘坐吉普车巡视了林加延前线，亲眼目睹了菲律宾部队被日军打得乱了套的情形。
麦克阿瑟不愿意就这样放弃滩头防御计划，更不愿意像“橙色计划”所预定的那样退守巴丹半岛。从前线回来以后，他立刻向陆军部发出紧急要求增派轰炸机和战斗机阻击日军向马尼拉推进，并且希望海军运来更多的增援部队和补给。但是这些要求一项也没有得到明确的答复。
“除非有援军及时到达，否则整个西太平洋都将落入日军之手。”他心急如焚，向华盛顿连续发出警告。但他不知道，当时美英两国首脑正在华盛顿召开代号为“阿卡迪亚”的战略协调会议，会上确定了“先欧后亚、欧洲第一”的战略指导方针，决心首先集中力量打败德国法西斯，在此之前，太平洋战场以现有力量钳制日本的进攻。对此麦克阿瑟在晚年时还耿耿于怀，他在他的回忆录中说道：“谁也没有告诉过我这些重要会议的决策，我还以为他们正在尽一切努力给我们增援呢。”就这样，23日一整天，日军的登陆部队纷纷上岸。本间雅晴也于23日晨在巴万登陆，在该地设立战斗指挥部。温赖特把炮兵撤到阿格诺河后侧，重新部署防线。
本间雅晴命令先头部队向吕宋岛腹地推进，目的是与正在向南推进的菅野支队会合，进而向南进攻马尼拉。12月24日黎明，日军第14集团军第16师主力7000多人，在离马尼拉只有70英里的拉蒙湾登陆。负责这里防务的是帕克将军指挥下的南吕宋部队，其有2个菲律宾师共1.6万人，他们也迅速崩溃，一路退往马尼拉方向。至此，登陆日军形成南北夹击马尼拉、围歼美菲军主力的有利态势。
麦克阿瑟真正意识到局势太严峻了。自从日军主力部队在林加湾登陆后，仅仅两天两夜，菲律宾守军就处于全线崩溃的状态。本间雅晴的企图十分明显，他要实施南北夹击，把菲律宾守军主力部队合围在以马尼拉为中心的吕宋岛中部开阔平坦地带，然后一举全歼。为避免全军覆没，出路只有一条，那就是立即主动撤退，把部队撤退到修筑有坚固设防的马尼拉湾西北面的巴丹半岛上去，也就是要回到原来的“橙色计划”上去，这是惟一的选择。主力部队不能被逼进中部平原以防御马尼拉，这是自寻死路。24日晚，麦克阿瑟痛下决心，通过无线电命令全体部队立即开始执行“橙色计划”，退往巴丹半岛。但是他的决心下的为时太晚了。
麦克阿瑟后来认为退入半岛，可以使其尽量灵活地调动全军，争取生存的机会。但他面临两个严重的问题：守军主力正处在日军登陆部队的夹击之中，强行的撤退可能会导致全军覆没；坚守巴丹需要的作战物资散布在各地，需要时间才能顺利地完成运送，但部队的撤离速度，这是一个很大矛盾。
这都是麦克阿瑟自己犯的错误，他由于满脑子都在想“近海防御”，没有做撤退的任何准备。他没想日军进攻如此强劲和迅速。此时的他应该是懊悔不已。于是，抢运物资作为必须做的事情，一定要有人做出“牺牲”。为了给各个部队争取到一段时间，麦克阿瑟要求温赖特不惜一切代价顶住日军的进攻。
麦克阿瑟命令各部队特别是军需后勤部队尽快突击抢运作战物资。但这一工作进行的却很不顺利。由于时间紧迫，麦克阿瑟并没有及时与菲律宾总统奎松通气。结果菲律宾总统奎松后来发布了一项指令，在未被日军占领的地区，不许美军运走粮食和征集食品，也不许美军擅自占用铁路，这给运送物资的工作带来了极大的麻烦。又加之远东陆军司令部的参谋督促不够，只是把命令简单的通知了下去，许多部队没有意识到其紧急性。结果各地的抢运物资的工作拖拖拉拉，进展缓慢。最终，抢运作战物资的任务还是坎坎坷坷的完成了。
1941年的圣诞节之夜，已经62岁的麦克阿瑟和他的全家以及他的司令部人员撤离了马尼拉，乘船来到了科雷希多岛。
到了科雷希多岛之后，麦克阿瑟为了便于直接观察战情，同时也为了鼓舞士气，首先把自己的司令部和家设在岛上最高的山顶上。但很快，日军飞机开始对科雷希多岛进行空袭，无奈之下，麦克阿瑟搬到了山脚下的马林塔隧道里。山顶上的房屋被日军炸为平地。
★科雷希多岛
科雷希多岛是菲律宾马尼拉湾入口处的小岛，它的面积只有5平方公里，是一个蝌蚪形状的小岛，一直被用作天然要塞。北距巴丹半岛只有2英里，半岛中央是一座高耸的死火山，东北与马尼拉城隔水相望，当地人管这个小岛叫“岩石堡”，岛上山峦起伏。该岛扼守着马尼拉湾，美军在岛上建有永久性防御工事，部署42门远程大炮和迫击炮，岛上作战部队4000人，非作战军事人员4000人，居民2000人。
26日，吕宋岛守军奉命撤往巴丹半岛预设阵地和科雷希多岛，准备长期抵抗。日军从南北两面进逼马尼拉，但未能切断美菲军撤向巴丹半岛的退路。同日，麦克阿瑟同奎松总统商议后，向报界宣布马尼拉为“不设防城市”，为了减轻战火对这座城市和市民的伤害，温赖特及其北吕宋部队在整个迟滞作战中发挥了关键作用。他在林加延湾至巴丹半岛之间，沿途对日军设置了一个又一个防线，交叉掩护，一边作战一边撤退。他还同时组织部队炸毁桥梁，破坏道路。这一行动极大地迟滞了北线南下敌军主攻部队的进军速度。为部队向巴丹撤退并迅速建立防线赢得了时间，为后勤部队抢运弹药和给养赢得了时间和空间。尤其在关键的阿格诺河防线阻击战斗中，温赖特率领几乎弹尽粮绝的部队硬是把过了河的日军上岛支队给顶了回去，并击毙支队长上岛上校，使南吕宋部队得以乘车快速通过马尼拉进入巴丹，这算是整个过程中的一次极大的成功。整个撤退行动虽然时间上十分仓促，但是还算顺利地实施了撤退计划，美菲军损失很小，共计有9个师8万多人的部队和近3万难民撤到巴丹半岛，以至于连日本人也不得不承认这是一个“伟大的战略行动”。这也极大的归功于在马林塔隧道司令部里的麦克阿瑟，他随时了解各个部队的情况，不时地向战地指挥官下达命令，协调各个部队的行动，竭尽全力解救着正处于日军南北夹击攻势中的美菲部队。这一次麦克阿瑟做的非常漂亮。
