日军方面，盟军主动放弃马尼拉，大张旗鼓地宣布马尼拉为不设防城市，使本间雅晴将军一时间迷糊了，当时他误以为这是麦克阿瑟设下的圈套，一度放慢了进攻速度。本间雅晴太专注于“夺取马尼拉为作战行动的首要目标”，没有及时发现美军撤退巴丹的战略企图，更想不到运用空中优势截断美军撤退道路。美菲军撤退有一条必经之路，这就是“卡隆比特河上的两座桥梁”。如果被本间雅晴发现后及时炸毁，则会给美菲军造成严重的行动危机。当时，连续几天，这两座桥上挤满了人，正在溃退的美菲军、成群结队逃难的老百姓、以及各种车辆和行人在这两座桥上拥挤不堪。等到本间明白过来要炸毁这两座桥梁时，已经来不及了。当最后一批美菲军部队急急忙忙穿过大桥时，日本兵几乎要冲上桥面了，温赖特看着从后面追过来的，命令工兵炸毁了大桥。随着两声巨响，追击的敌人被挡在河对岸，本间雅晴将军为此追悔莫及。
1942年1月2日，日军没发一枪就进占了马尼拉，在城里到处升起太阳旗。此时，本间雅晴原以为只要拿下马尼拉，菲律宾政府就会投降，菲律宾作战大局已定，日本即将取得这里的胜利。日本将海军主力和第48师调往荷属东印度，将第5飞行集团主力调往缅甸，而仅以第14集团军的剩余兵力清剿吕宋岛。
随后，日军就为此付出了沉痛的代价。麦克阿瑟的部队主力顺利撤退到巴丹半岛，这个成功成为了全球抗日的一种象征。而巴丹半岛的抗战则产生了一种影响力，在精神上极大地鼓舞着那些关注这里的正义力量。美国国内人心大振，这更打乱了日军南进的时间表。
1月9日，日军开始进攻巴丹半岛，遭到了美菲军的顽强抗击。美菲军与日军展开激烈的山地战、丛林战和阵地战。交战中，木村支队被围，前来救援的日军被歼1个营。月底，日军因伤亡严重丧失攻击力，被迫转入防御，战局一度陷入胶着状态。
巴丹半岛防御战刚刚打响时，美菲军士兵的士气非常高昂。因为他们知道这里已经无路可退，无论面向何方身后都是大海，他们只有背水一战才有生存下去了可能，所以部队上下同仇敌忾，对敌情绪高涨。
但另一方面巴丹半岛的防御则面临着一个挑战。由于麦克阿瑟撤退的命令下得太晚，致使向巴丹抢运补给的行动过于仓促。当军需官向他报告“如果按正常供应，储备的和运进的粮食还不够8万守军和3万难民吃一个月”的时候，他开始意识到问题太严重了。这时，空中和海上运输线几乎完全被日军封锁，巴丹守军正在面临着严重军需短缺的问题。
1942年1月5日，麦克阿瑟不得不下令，非战斗人员的食品供应减半。此外，药品也十分短缺，疾病造成的死亡十分令人担忧。同日，陆军参谋长马歇尔将军来电说，有一大批战斗机正处在运送菲律宾的途中，并且还告诉麦克阿瑟：“总统看了您的全部来电，正指示海军尽可能向您提供各种支援”。得到了这个许诺麦克阿瑟还是非常高兴，尽管自己请求苏联配合的战略建议仍然没有任何消息。
第二天，麦克阿瑟为了稳定军心，急不可耐的来到纳蒂布山防线巡视慰问部队，并满怀信心地宣布：“援助正在途中，我们必须坚持到援军到来。”麦克阿瑟也相信，只要有外援，他的巴丹守军至少能够坚持6个月。
麦克阿瑟多次向华盛顿方面求援，而华盛顿方面也多次表示要尽最大努力尽快送来军援，各种增援都在准备之中。麦克阿瑟倍受鼓舞。不久，他还积极的为华盛顿方面谋略，建议华盛顿方面说服斯大林从西伯利亚派轰炸机摧毁日本的石油储备，这样既可以牵制日军向东南亚扩张的步伐，还可以减轻日军对菲律宾的进攻压力。但华盛顿方面却没有告诉他，丘吉尔已经派外交大臣艾登访问过斯大林，斯大林婉转的拒绝了这种战略建议。
时间一天天过去了，巴丹守军什么援助和支援也没有得到，等到的只是日军飞机的狂轰滥炸和劝诱他们赶快投降的英文传单。
“那怕派遣一批飞机飞过菲律宾上空也行，以便压一压敌人的气焰，让巴丹散兵坑里饥肠辘辘的官兵们知道，华盛顿方面没有抛弃他们。”麦克阿瑟甚至这样苦苦哀求华盛顿方面。
不幸的是，华盛顿方面的决策者们实际上已经决定放弃他们了，华盛顿方面的增援许诺只是一种安抚军心的空头支票，早已确定的“先欧后亚”全球战略，把大批军事力量和军事援助都集中到远离巴丹半岛的地球的另一边去了。
本间雅晴司令和参谋长前田正实中将都认为此时正在始进行进攻准备。他们根据前一阶段的作战实际判断，认为巴丹半岛气数将尽，日军只要集中力量发起进攻，巴丹守军就会举手投降。
远在西贡的日本南方军总司令官寺内寿一上将更为乐观。他认为既然本间既然已经占领了菲律宾首都马尼拉，那么菲律宾战事就大局已定。他便在进驻马尼拉的当天，下令调走了很多部队，困守巴丹的残余敌人就留给剩余的本间部队去收拾。虽然这种调动是在原定作战计划中就已经明确了的，但本间雅晴没有料到会来得这么快，他只得用林加延湾登陆的第65旅接替第48师，这个旅其实是用来接管菲律宾占领区的治安和驻守仓库的，而他们原本是台湾的守备部队，且被人称为“步枪部队”，他们没有重武器也不是一支野战部队，装备也比较差。
日军过于自信乐观，他们对美军在巴丹半岛的大规模军事设施和坚固的工事一无所知。于是首战就失利了。
3.“守住！”巴丹半岛的防线
麦克阿瑟在开战前利用巴丹半岛的地理优势，构建了两道防线：第一道防线依托巴丹半岛北部的纳蒂布山脉建立；第二道防线位于半岛中央蜂腰部，依托马里伯莱斯山脉建立。然后又根据山脉的自然走势，麦克阿瑟把部队改编为两大部分，分别防守大山的东、西两侧，温赖特指挥的北吕宋部队为第1军，共计有2.3万人，负责防守山西一侧；帕克将军指挥的南吕宋部队为第2军，约2.5万人，负责防守山东一侧。
1942年1月8日，日军接替第48师的第65旅到达前沿阵地。1月11日，该旅兵分三路向纳蒂布山防线右翼发起全面进攻。
两路正面强攻，一路企图翻越纳蒂布山峰从背后迂回包抄巴丹守军防线的右翼。正面强攻虽然一度突入守军阵地，但在关键时刻被帕克将军及时调来的支援炮火和巴丹守军的反冲击击退。奉命迂回包抄的一路日军根本就没能翻越纳蒂布山，更谈不上按时包抄敌人防线了。他们在热带雨林中迷了路，转悠了一个星期，又转回到原地，而且非战斗人员损失惨重。这样，日军被迫放弃进攻。
巴丹守军的给养在一天天地减少，他们虽然打败了日军的第一次进攻，但自己快要吃不饱肚子了，局势越来越严峻。最后他们每天的配给量已经减少到了正常量的三分之一甚至四分之一，本间雅晴趁机以日军总司令的名义给麦克阿瑟发来一封劝降信：“你只有一半给养了。我钦佩你本人和你的军队的斗志。你的军队一直在英勇地进行战斗。你的声望和荣誉已经保住了。为了避免不必要的流血，为了挽救你的部队，我们奉劝你投降。在此之前，我们将继续我们的进攻，因为我们不愿意给你抵御的时间。”麦克阿瑟对这封劝降信一笑置之，根本没有理睬。但是他不得不面对日益严峻而残酷的现实。他再次向华盛顿苦苦求援，由于与“先欧后亚”的全球战略不合拍，还是得不到回应。
当时日本“东京玫瑰”无线电广播电台天天在广播说，美国的援助正在源源不断地大批地运往英国和苏联，巴丹人听到后大惑不解，菲律宾总统奎松目瞪口呆，麦克阿瑟则是气愤无比，可是无计可施，他也只能像华盛顿用谎言安慰他那样，来安慰他的部下。
“美国的援助正在途中。华盛顿正在调运数以千计的兵员和数以百计的飞机，我们坚持战斗，就会胜利；我们撤退，就会毁灭。”1942年1月15日，他发布通告说。
1942年1月17日，日军将第16师投入作战，他们调整了部署，再一次对巴丹纳蒂布山防线发起全面攻击。日军第16师出动5000多人开始对温赖特的部队实施正面强攻，双方展开激烈而残酷的拉锯战，正面进攻一度受挫。后来，日军经过侦察发现了纳蒂布山防线的漏洞。师长森冈皋中将立刻派遣700精兵避开守军防御阵地，翻越山峰，从背后包抄温赖特指挥的第1军。
这次日本人成功了，这股日军经过3天4夜的艰苦跋涉奇迹般地出现在美军左翼阵地后方，极大的威胁到了整个第一道防线，日军把纳蒂布山防御阵地从后面给捅破了。
20日夜，日军第16师主力在师长森冈皋的亲自指挥下，借夜色发起攻击，在一阵猛烈的炮击后，日军开始用刺刀进行冲锋，迂回包抄的日军此时也开始发起进攻，被夹击的纳蒂布山防线的左翼很快被冲垮了。麦克阿瑟紧急调预备队增援，但是也不及了。这时右翼的帕克部队被日军突破，第一道防线全线都在渐渐地崩溃。到前线视察后的参谋长萨瑟兰向麦克阿瑟建议把部队撤退到半岛中部马里伯莱斯山脉的第二道防线。麦克阿瑟接受了这一建议。
日军再次进行攻击时，守军通过菲律宾第1军防守的空隙而撤退到新的防线上，沿第2警戒线布防，第32、41及51步兵师前来增援以阻止日军的主要进攻和堵塞防线上的缺口，于1月26日完成撤退行动。美军此时已经退到了当初麦克阿瑟制定的第二道防线。
1月23日至2月17日，守军采取联合行动以减轻突出地带的作战，在行动过程中与日军展开了激烈的战斗。当日军尝试包围守军兵团时，阿尔弗雷多·山度士上校指挥的第1师以更高明更巧妙的策略击败了日军，成功突破了日军的围攻。山度士被晋升为战场上的指挥官，然后他被授与一项可怕的任务，那就是封锁日军的突破口。此时，有批日军部队即将击溃那里的防线并且严重威胁到了第1师，这批日军数量上和实力上占有绝对优势，山度士不顾个人安全率领部队进行了猛烈的反攻，战斗在1942年1月29日日落时分展开，在山度士坚定的决心下，守军持续不断的与敌人战斗，在其不懈的努力后收复了第1师指定的防守地区。1942年2月3日，第45步兵师的维利巴尔德·毕安基上尉率领菲律宾童子军上前作战。他们使用手榴弹令日军的两个机关枪群停止了射击，破坏了一挺高射机枪，并与日军进行了激烈的战斗。战斗结束后，只有350多名日本士兵成功逃离，毕安基因此被授与荣誉奖章。
经过一个多月的作战，本间雅晴的部队渐渐失去了攻击锐势，他们拿下纳蒂布山防线后，已经感到筋疲力尽，而即将面对的美军新防线地形更为复杂，遂于1月28日停止了正面攻击。其间，本间雅晴曾考虑实施海上迂回的攻击方案，接连派出4批登陆部队实施试探性进攻，但在巴丹半岛西南端登陆的日军，都被麦克阿瑟及时调动美国海军陆战队第4师的精锐部队给歼灭了。这时，日军伤亡达7000多人，还有几千人得了疟疾和登革热等热带传染病。本间雅晴想不停止进攻也不行了。于是，巴丹前线出现了两个月的休战状态。双方的行动都仅限于巡逻和警戒，只是偶尔发生小规模的冲突。
到2月中旬，因为疾病造成的非战斗减员急剧上升，只有一半的人被认为还有战斗力。麦克阿瑟的司令部虽然设在隧道里，但他为了表明自己愿与部下同生死共患难，经常不顾敌机的轰炸与扫射，观察敌情。
菲律宾总统奎松得知他的危险处境后，马上给麦克阿瑟写信，以对两国政府、人民和军队负责的精神来劝他珍惜自己的生命。马歇尔也曾经不止一次发电报催促麦克阿瑟离开菲律宾转移到澳大利亚去。但是麦克阿瑟回都坚持表示要“血战到底，与阵地共存亡”，他的妻子琼·玛丽·费尔克洛丝也坚定不移地留在丈夫身边要与其共生死。只是自从1月6日到前线视察部队后，失去自信的他才没有到部队中去，为此他也感到非常无奈。
★奎松的不满和罗斯福的不满
巴丹前线战事一时呈现僵持胶着状态，巴丹守军的日子越来越难过，补给日益吃紧，华盛顿方面许诺的大批援助始终不见影子，部队的士气低落的很快。怨恨和绝望的情绪蔓延到了菲律宾的政府高级官员身上。此时住在马林塔隧道正在遭受肺病折磨的奎松总统每当从广播中听到美国报导有成百上千的飞机大炮被运往欧洲，便会异常激动。
“我不能忍受美国张口欧洲闭口欧洲。我和我的人民都挣扎在占领者的铁蹄之下。他们吹嘘的飞机上哪里去了？美国在为一门远亲欧洲的命运操劳和苦恼，而无视自己的菲律宾女儿在后院屋里被人强奸！”奎松总统曾愤怒的对身边的人这样说道。他甚至不顾病痛折磨亲自给麦克阿瑟写信，发泄他的不满：
“我们被华盛顿方面遗忘的日子还要继续多久？难道华盛顿方面早已认定菲律宾无足轻重因而才迟迟不给菲律宾任何援助，坐视我们的抵抗力量消耗殆尽？如果真是这样的话，请告诉我。因为，是我把我们的同胞带领到一场完全的战争中去的，作为这个共和国的总统，我对他们是负有责任的。”
“我一直在想，当他们的流血对于战争的最终结局可能完全没有必要时，是否还有什么正当理由，要他们作出无谓的牺牲？”
“难道我的政府和我的整个家庭在这里做出的牺牲都毫无价值吗？”
罗斯福接到麦克阿瑟转给自己的这封信后，赶快亲自给奎松总统写信，不仅肯定奎松“领导菲律宾人民为盟国打败侵略者作出了贡献”，并且许诺“正在竭尽全力冲破日军的封锁，给菲律宾群岛的美菲军提供援助”。但空头许诺和华而不实的赞美之词并不能安抚奎松总统的情绪。
巴丹战局的对峙局面，使日本人加紧了攻心战。2月初，东条英机亲自在“东京玫瑰”电台发表讲话，向菲律宾人保证，只要同日本合作，承认并加入“大东亚共荣圈”，日本就保证菲律宾的独立国家的地位。
2月8日，奎松政府通过了一个异乎寻常的决议文件，文件要求美国承认菲律宾独立，美日军队都从菲律宾国土上撤离，菲律宾实现完全中立化。
