一六七八年，十一月，吴世藩为了巩固军心，最后还是离开云南，但他也没有去衡州，而是在贵阳登基即位。定年号“洪化”，尊祖父为“太祖高皇帝”，尊父亲为“孝恭皇帝”，大小官吏皆有赏赐。
经过一番明争暗斗，郭壮图的女儿当了皇后，郭壮图自己也当了国丈，吴世藩不过十三四岁，凡是都要取决于他的岳父。郭壮图从此他大权在握。为了排除异己，不惜假传圣旨，制造内讧。吴国贵，胡国柱，马宝等一干能征善战的将领说的话，竞然不顶郭壮图说了算。
此前夏国相的骑兵和清军八旗铁骑战于江西，互有伤亡。清军损失更重些。
同月，康熙下令，全军攻击岳州，调集数百艘战船，重用绿旗兵和汉八旗，组建强大的水军，改变以前水战不利的局面。镇守岳州的是猛将吴应麟，因岳州粮尽失陷，岳州被清军顺利收复。吴应麟只能放弃岳州，率众突围，逃回长沙。岳州丢失，清军不日就全军南下，水陆并进攻击长沙，马宝根本守不住，在马宝撤军的时候，康熙下令发动总攻击，清军势如破竹，一举攻下长沙。清军以长沙为基点，开始扫射湖南全境，所到之处，吴军全线溃败，新的都城衡州也不要了，开始乘势进攻云贵。
吴国贵，马宝等人一直退到“滇黔门户”的沅州，马宝在这里收编逃兵，准备死守，企图阻止清军进入云贵。可偏偏这会又出了大事，吴军再次受到重创，“代理领导”吴国贵不幸中炮身亡，吴军群龙无首，溃不成军，如丧家之犬，一泻千里，马宝更没法守沅州了。
就在清军攻击湖南的同时，康熙不失时机的发对收复四川的战斗。吴军连战连败，王屏藩镇守四川不敌清军赵良栋部，及后图海率清军攻进成都，到一六八零年收复四川全境。王屏藩见大势已去，率部退回云南。
广西吴世综和傅弘烈等率军战了近四年，傅弘烈水陆并进，攻击南宁。在清军强大的攻击下，吴世综不敌，率军向郁江逃去，逃跑的时候跑慢了，又被清军追上打得大败，自己也身受重伤，最后身边仅剩数十骑，走投无路的吴世综被迫自杀。康熙十九年（1680年）二月，已经投降的大将马承萌被士兵鼓动造反，傅弘烈却来劝降，以为可以说服马承萌的兵变，不料被马承萌捉了送给在贵阳的吴世藩，不降被杀。
康熙二十年（1681年）6月，为了避清军锋芒，吴世藩，郭壮图等退守昆明。马宝，夏国相，刘进忠，祖泽清等相继兵败被俘。云南是吴三桂的大本营，经过多年的治理，势力根深蒂固。已经如西风残照的洪化小朝廷，只得收聚各路败兵十余万人凭地势之利坚守。
康熙接受赵良栋的建议，分三路大军进攻云贵。三路大军齐头并进，直捣昆明。云南多山区，山势峻岭，沟谷纵横，这种地形不利于骑兵进攻，蒙古铁骑和满洲八旗无法发挥作用。征调汉八旗和绿旗军，以汉军为绝对主力进攻云南。
吴世藩的叔父吴应麟是吴氏集团一个核心人物，见吴世藩听信郭壮图，导至大败。索性带兵离开昆明，驻军至交水。他在这里召集旧部，企图收编部队搞宫廷政变，废除吴世藩，自己当皇帝。不料事被郭壮图所查，郭壮图以犒劳军队为由，偷偷率军进驻交水，攻其不备，将吴应麟和他两个儿子全部用绳子勒死。
清军两路统帅彰泰和赖塔也因部将兵士不令而差点打起来，此时围昆明四十万大军围攻九个月，竞攻不下昆明。康熙无奈只得调“勇略将军”赵良栋，即刻入滇，参加合围。于是赵良栋也率部攻击昆明。[赵良栋，生于1621年，字擎之、擎宇，号西华，宁夏银川人，祖籍陕西榆林。1644年，清军平定陕西时，赵良栋应募从军，随靖远大将军英亲王阿济格屡立战功，升任潼关守备、右营游击。不久，西北各地残明势力反清，赵良栋率部参加征讨，在平定宁夏反清势力后，留任宁夏水利屯田都司，遂入宁夏籍。率陕甘绿营精兵五千名南下，向甘肃徽州（今徽县）进发，破密树关，袭黄渚关，大破叛军，攻克徽州。然后挥师南下，攻克略阳，大败叛将吴之茂，夺取阳平关，收复汉中。赵良栋进云南后，首战夺得南坝，又趁夜猛攻得胜桥。吴军主帅郭壮图率军与赵良栋对抗，战斗十分激烈。赵良栋在夜间设伏，打败前来偷袭的叛军，郭壮图大败溃退。赵良栋率军乘胜追击，一路破关斩将，直抵云南城下，破昆明。]为平三藩立下汉马功劳。
康熙二十年（1681年）十月，赵良栋先断昆明水道，城内无粮，象，马之兵皆退入城。二十九日，城破之际，吴世藩穿好龙袍，君临大殿，痛骂这些世受吴恩的大将，随后拔刀自刎，死时年仅16岁。昆明城破，王屏潘等人自缢身亡。国丈郭壮图和他儿子****于府中。其部下除新建水师林兴珠投降清军外，其余无一人投降，全都战斗到最后一刻。清军攻破昆明之后，五华山上行宫中的宫女丫环和其他人员数百人全部自杀，无一人投降。
红湖畔又出现了人身影却没有了以前丰彩而是被一队清军追杀人所领之兵只剩十余人而更多清兵正涌向人人和十余名士兵见前面红枫湖挡住了去路知已跑不掉了反而停了下来拉开架式决心和清军一搏毫无惧。色美丽红枫湖依旧美如往昔，只是百姓连遭刀兵之灾，民不聊生，十室九空。吴三桂部众人许多散去，逃亡。
从大顺军的农民起义到，孙可望，李定国，刘文秀等四将军政权统治云贵，再到南明永历帝西千昆明统治滇黔两省，接下来吴三桂专制云南，贵州，又再起三藩之乱，近五十年间刀兵不绝，狼烟四起，多少人家破人亡，纷纷逃离家园。又有多少人逃离中国，入缅世为他乡之魂？
