柏拉图在《理想国》中曾讲过一个著名的洞穴比喻，这个比喻是说，那些缺乏哲学的人可以比作关在洞穴里的囚徒，他们只能朝一个方向看，因为他们是被锁着的；他们的背后燃烧着一堆火，他们的面前是一座墙。在他们与墙之间什么东西都没有；他们所看见的只有他们自己和他们背后的东西的影子，这些都是火光投射到墙上来的。他们不可避免地把这些影子看成是实在的，而对于造成这些影子的东西却毫无观念。《黑客帝国》开始就营造了一个柏拉图的“洞穴”——母体，它是计算机程序的编码世界，人就活在其中，人一旦走出此世界，就需要找寻自己存在的意义。
我从哪里来？在母体内的安德森是一个最普通不过的软件公司的小职员，但在网络世界中，他感受到了力量，而这种力量让他感觉母体内世界莫名的虚无。这时，莫菲斯出现了，告诉他这个世界是不真实的，只是母体营造出来的幻境罢了，当然，与所有的人一样，安德森是不相信的，没有人能承受这种生活的虚无。但是，莫菲斯用事实让安德森不得不相信，母体内的一切只是电脑的程序在编码，所谓的“人”，从来都生活在虚幻的程序媒介的控制之中，甚至，有些“人”就是由母体用编码制造出来的。变成尼奥的他无所适从，时间的错位，空间的迷失，现实的虚幻，还有生存的压力，尼奥作为人如何生活，如何存在？“人”何以能存在，存在的意义又是什么？此时，莫菲斯告知尼奥，“人”只是作为母体这个超级电脑的能源而得以存在，“人”原来根本就没有任何意义。没有人能面对无意义的自我存在，就在尼奥陷入思想绝境时，莫菲斯又告知他，他是救世主，人类世界的救世主，只有他才能结束人类与电脑之间的战争，把人类从电脑控制的世界中拯救出来。当然，尼奥是不相信的，刚从安德森的角色中走出来，作为小人物的自持和定位，“救世主”这个角色他无法承受，但他活着有意义了：自我判断自己是否是救世主，当然，这个意义是莫菲斯强加于他的。这时，先知出现了。莫菲斯告诉尼奥，先知把预言告诉自己，而预言中明确指出，他，尼奥，就是救世主。当然不信，这是荒唐的预言，尼奥的第一反应自然如此。于是先知让他看到一句拉丁文：“认识你自己。”这是德尔菲神庙的铭句。但是尼奥没有理解先知的深意，先知也没能让他相信自己是救世主，于是先知只说：做救世主和谈恋爱是一样的，没有道理，但你确实能感受到。最后，先知只能否定尼奥是救世主，只为莫菲斯的信念而出此谎言，因为莫菲斯存在的意义就在于相信尼奥是救世主。尼奥于是茫然地走出了先知的门，他的存在意义又丧失了。在尼奥耳边，先知的讲话在回响：你要做选择。尼奥终于做了一个面对自己的选择，很艰难，在别人看来等同于送死，回到母体中救回莫菲斯。这里，萨特在《存在主义是一种人道主义》中的表白得以体现，萨特认为除了人自己的自由选择之外，没有什么东西能够决定人的存在，人可以自由地选择任何事情，没有一个全能的上帝在约束他，但同时他也要为他的选择承担全部的后果，没有一个上帝为他承担责任。尼奥面对自我的同时，也面临着责任，作为救世主的责任，同时也是意义存在的责任。结果，尼奥证实了他的意义，他救出了莫菲斯，体会了自己本质的存在，同时给母体警告，要恢复生命的丰富性和可能性。
我要到哪里去？尼奥开始感受到他在母体内超人一般的能力，这让他意识到自己对于人类存在的意义，同时他必须承受作为真正的救世主的压力和恐惧：为了人类而失去心爱的人。而这时，他遇到了建筑师。建筑师，黑客帝国的父亲，以人的形象来还原自己或创造世界，追求完美、逻辑、理性，媲美上帝的创造。建筑师五次毁灭黑客帝国，期待建立起一个完美、精确、完全清澈甚至一望到底的世界。随着建筑师对黑客帝国的每一次建立或毁灭，甚至于他建立与毁灭的本身便一起存在下来。建筑师能毁灭所有的形式，而不能毁灭他自己。所有人都相信了尼奥是莫菲斯所说的救世主，尼奥展示着无穷的力量，这些力量带来了希望，希望是寒冷世界的火焰，靠近它就有了温暖、力量与勇气。尼奥的意义也随之展开，对于锡安的人民，对于尼奥都是如此。意义是自由选择的最伟大的副产品。如果尼奥在电影里见到了建筑师，而预言实现了，那么尼奥就没有完成从程序到人的过程，他依然是一个程序注定的结果，他依然没有完成真正选择与自由。如果尼奥跨进了左边的门，选择了成为诺亚，这也是一个程序的结果，是建筑师所注定的结果，而这个结果最符合人类理性的选择，是现实的、符合逻辑的结果。只有在尼奥打开右边那一扇门，他直面死亡与痛苦，去拥抱爱情的那个时候起，尼奥完成了，从一个机器或程序中复活了。个体存在有何意义？在母体中总是小人物的尼奥，终于知道在现实中他的使命所在：拯救人类，营造和平。于是，尼奥开始他的艰险的历程，最后，他知道，母体和人类都只是电脑程序，而他也不过是已经安排制造好的程序。变异的探员，所有的现实世界，母体中的世界，都只是更大的电脑程序，都是工程师预先设计进行的实验。是否人类的一切行为都是无意义的，命运之手把一切都安排好了呢？当然不是。崔妮蒂总是在关键的时候会到来，在尼奥不能选择的时候给出新的路标。法国人，一个自鸣得意的家伙，黑客世界程序的异类，他明白这个世界的过去与现在，承认这个现实，并享受这个现实，他是有情欲的，情欲在他看来也是逻辑的结果。
他知道什么是真正的危险，并远离这些危险，他有机会就表现自己的力量，用力量来获得满足，并证明在一个被控制的世界里他的强大的控制力量，他享受着权利、情欲、控制所带来的快感。只是奇怪，能打开拯救之门的开锁人居然被他藏匿着。难道法国人的无意识的深处，也依然有着尼奥一样的情结？莫菲斯一个引领者，用他那偏执狂的自信心，护卫着人类存在那微弱光亮，这力量来自人类那动物性生存本能，只由这种本能生存欲望才能让希望声音震响整个锡安岩洞，莫菲斯穿梭于黑客世界与人类之间，他固执地职守着他的感觉与信念，他是最真实的体会到比特与肉体结合那微妙的感受，他象征着人类那力量源泉，一种对生命对自我的一种肯定力量，没有这个力量，这个动物性存在的力量，尼奥们肯定会醉心在黑客帝国，那柔软的母体。生命力量的起点，是没有善恶的。史密斯在尼奥穿过他的身体的那一时刻，他自由了，尼奥那生命种子在史密斯的程序里生长起来，他也将寻找意义，消灭所有的对手，将与己不一样的所有程序都变成自己，善恶是在这里有了分水岭，建立起了浩荡的史密斯军团，将横扫整个黑客帝国，只是有意思的是史密斯的力量竟然来自人类的拯救者尼奥。尼奥最终用死亡拯救了人类，也拯救了黑客帝国，世界如此地不可思议，尼奥打败的也仅仅是他自己而已，世界的问题好像只是一个人的问题。假如锡安代表生命的力量、感性的、变化的、偶然的，那么黑客帝国是理性、程序、因果的世界，尼奥与史密斯是生命两极，在这里更是能看到全能的上帝的注定，人类存在于一次次的偶然，建设必须以同样的死亡为代价，所以即使所有水如诺亚一样清澈的时候，河流依然是河流，有清澈的也有浑浊的。选择即使已经是在选择之前被注定，依然选择，在滚滚的洪流里，坚强地成为一棵树。在所有的声音的喧嚣起来，默默感知于倾听内心声音，在意义终结后，大地只有一人的时候，还将捍卫着什么，这些就是选择，只要选择力量存在在锡安或黑客帝国里，是物质的躯体，还是一堆堆程序，可能不是人最根本的问题。《黑客帝国》与其说是讲述世界的未来，不如说是在讲个体呈现自身存在、完善自身意义的故事。
