长江是中国第一大河。发源于青藏高原唐古拉山主峰各拉丹东的西南侧。干流自青藏高原蜿蜒东流注入东海。全长6300千米。流域面积180多万平方千米，占全国面积的1／5。但长江流域的文明在历史上却出现较迟。早在6000多年前，当黄河流域已达到相当高的文明水准时，长江流域还是一片蛮荒。看起来似乎长江的地理背景比黄河更适于产生文明，而两条巨河又相距甚近，为什么中国文明发生在黄河流域，而不发生在长江流域，这恐怕是人类进化史上最大的困惑之一。
历史学家对此的解释如下：
中国的农耕文明虽然同时发祥于黄河流域、长江流域，但由于远古时期，黄河中下游地区气候温和，雨量充沛，更适宜于原始人类生存。黄土高原和黄河冲积平原，土质疏松，适宜于远古木石铜器农具的的运用和粟、稷等旱作物的生长。黄土的特性，利于先民们挖洞聚居。
特殊的自然地理环境，自然为我国古代文明的发育提供了较好的条件。早在110万年前，“蓝田人”就在黄河流域生活。还有“大荔人”、“丁村人”、“河套人”等也在流域内生息繁衍。仰韶文化、马家窑文化、大汶口文化、龙山文化等大量古文化遗址遍布大河上下。黄河中下游地区自然也成了中国上古时代的政治、经济和人文中心。
气候和工具对黄河流域成为文明中心起着重要的作用，对长江流域却有着不利作用。长江流域是黏性较大的红土层，而且多为水田，显然不适于木石铜器农具的运用。
另外，当时的长江流域大概有点像现在的亚马逊原始热带雨林。古代典籍中经常提到南方山林中的“瘴气”、“瘴疬”，使中原人视南方为畏途。《辞海》称：“瘴气，旧指南方山林间湿热蒸郁致人疾病的气。瘴疬，内病为瘴，外病为疬。南方湿热之地有之”。可知南方湿热气候导致瘟疫横行，毒蛇猛兽出没，使长江流域成为不适于人类生存的蛮荒地带。春秋时的楚国、吴国、越国仍被中原各国视为“南蛮”，南方部落首领被视为野人头目。直到汉唐北宋时代岭南（广东）仍属流放地，故有韩愈“一封朝奏九重天，夕贬潮州路八千”的哀怨，和苏轼“日啖荔枝三百颗，不辞长做岭南人”的自我安慰。
自然环境是人类赖以生存和发展的客观载体，有的学者认为，气候环境的影响在人类社会发展中很重要，但不起决定作用。专家还发现，气候突变有时会带来对文明的发展具有毁灭性的打击。如距今4000年前，地球气温再次大幅下降，国外许多学者认为这是导致古埃及、两河流域和印度河流域等世界古文明衰落的主要原因。而中国流传了很多关于这一时期大洪水的传说，例如大禹治水。
考古学家认为，4000年前的洪水导致了长江下游流域和黄河下游流域的良渚文化和龙山文化的没落。当时黄河和长江下游，尤其是长江三角洲地区变为一片汪洋，“水逆行，泛滥于中国，蛇龙居之，民无所定，下者为巢，上者为营窟”。原有的发达的龙山、良渚文化的种种设施顷刻便被摧毁，农耕田也常年被淹，面对恶劣的自然环境，先民们只能四处迁徙，无法生产，更谈不上文明发展了。资料表明，在中国南方地区以及东部平原地区都不适合人类居住。
由此可见，原始的工具和极湿热的气候制约了长江流域发展为华夏文明的主流。此外，黄河流域之所以成为最初的中国文明的中心，其原因还在于那里是东西方文明交汇的地区。一道道山脉挡住了横越欧亚大陆中部大草原的游牧部落南下的去路，使他们折向华北。这些游牧部落尽管大肆侵扰劫掠各文明区，对这些地区造成了一定程度上的破坏，但也起了传播、交流各种文化的作用。
