当北伐军攻入江西的时候，孙传芳就指示福建的周荫人进扰粤边。9月5日，周荫人宣布就任五省联军第四方面军总司令，17日到达漳州，召开军事会议，准备于23日进兵。其时，国民革命军驻防潮（州）梅（县）的军队只有第一军第三师谭曙卿部，第十四师冯秩裴部，独立第四师张贞部，计枪6000枝，炮8门。而周荫人的部队有张毅一师，李凤翔一师，十二师刘俊一旅，人枪3万以上，还有机枪60挺，火炮20门，双方力量对比悬殊。
双方都不敢轻举妄动，只是紧张备战，惟恐落后。蒋介石9月13日电示何应钦：“对福建方面应该声明，如闽不派兵侵粤赣则闽粤仍可和好相处，不入战争漩涡。否则，无论它入赣侵粤，战由他启，咎不在我。”9月中旬，何应钦鉴于两湖战场胜利推进，福建部队士气受到打击，而且他们多为北方人，不习惯山地战。最重要的是福建人民受苦已久，只要北伐军一动，便会立即响应。于是致电蒋介石，要求率师入闽作战，得到同意后，开始进行作战部署。首先调十四师冯轶裴进饶平，第三师谭曙卿赴蕉岭，兼顾大埔，并调其主力第一军屯驻三河坝，居梅县、大埔。为加强进攻力量，何应钦还调黄埔军校入伍生队千余人赴黄岗扼守，并联络福建民军响应北伐军，以便在北伐军进攻福建时配合作战。为防主力调拨前方后潮汕防务空虚，何应钦急电拨兵增防。于是，驻惠州的第六军第十八师胡谦部于9月6日赶到汕头接防，第五军军长李福林率部一师负责东江惠州的防务。此外，何应钦还委请潮州分校教育长王绳祖为潮州卫戍司令，率领学生400余人，维持潮州治安，汕头卫戍司令一职则命其弟何辑五充任，协同王绳祖任潮汕后防警戒，还在汕海马苏口敷设水雷，以防敌舰潜入。何应钦还让闽省党人宋渊源、林知渊等联络各路民军首领组织参谋团，委任宋为临时主任。参谋团尽心辅佐，出谋划策，使北伐军对闽军事进展神速。
此时，孙传芳连电周荫人，催促其出兵牵制赣中北伐军后路，周接令后即紧急出动。周军分为三路：东路第一师张毅部由福建漳浦、云霄、平和地区出发，企图进攻粤北饶平；中路十二师二十四旅刘俊部由福建永定，经峰市进攻广东松口；西路第三师李凤翔部由汀州、上杭向粤北蕉岭推进。三路人马，互为犄角。福建第四师孙云峰部为总预备队。周荫人还故弄玄虚，声东击西，公开的目标是饶平，而实际的攻击中心为松口。但他想不到的是西路第三师曹万顺、杜启云两旅长早已暗中与国民革命军有联络，同意相机起义。并把周荫人的作战计划通报给了何应钦。
10月5日，周荫人率卫队抵达永定，设立司令部，并下令总攻。10月6日，中路刘俊部全部抵达永定，并向峰市前进。何应钦判断敌人必向松口进攻，乃决定避实就虚，诱敌深入，放任刘俊前进，先攻击兵力薄弱的周荫人司令部和兵站所在地永定。
国民革命军迅速集结第一军第三师、第十四师于大浦，准备进攻永定、峰市。同时以张贞的独四师和二十师五十八团在黄冈、饶平一带防御周军第一师张毅部。以第三师副师长顾祝同率第九团在松口附近布防，阻止刘俊部渡过梅江，并与其保持接触，达到牵制目的。
10月8日，刘俊占领松口，与第九团激战三小时，随隔河对峙。同一天，曹万顺、杜启云在蕉岭起义，分别就任国民革命军第十七军（何应钦兼军长）第一、第二师师长，使周军的犄角断了一角。国民革命军第三师、第十四师迅速通过曹、杜防区，进袭永定、峰市，切断了周军永定与松口之间的联系。经过激战，孙云峰部驻扎永定城外一个团被击溃，退入城里。10日，国民革命军对永定发起攻击。正在激战之时，周军一个团从峰市来援，革命军遭到内外夹击。何应钦见情势危急，立即率总预备队参战，当地人民由于痛恨周荫人，自动割断电线，破坏交通。周荫人与各部失去联系，无奈之下率少数卫士仓皇逃出永定城。余部投降。永定一战，俘敌1400余人，缴获炮弹500发，步枪子弹900万发，周荫人司令部人员几乎无一漏网。同时，峰市的孙云峰余部也被第十四师消灭。
永定、峰市即克，何应钦挥师迂回松口之敌。刘俊部前后受敌，寻机撤退，但是为时已晚。12日，革命军全线进攻，刘俊第二十四旅是周军的精锐，激战两日，仍负隅顽抗。14日，第九团渡过梅河，加入战斗，刘俊再无力抵抗，率2000余人夺路向上杭逃窜，革命军占领松口，俘敌4000余。刘俊逃至中都附近，遭到第十七军曹万顺、杜启云的截击，仅以身免，辗转途中被民军击毙。
国民革命军在闽粤边境获胜后，总司令部决定乘势攻占福建，然后进逼浙江、上海。于是任命何应钦为北伐军东路军总指挥，辖第一军，第十四军，第十七军及第二军第六师（戴岳）。10月18日，何应钦在松口就职。
当松口激战正酣之时，周荫人的东路军张毅部在饶平方向被国民革命军独立第四师张贞部阻击。他得知曹、杜起义，永定失守后立即向漳州撤退。孙传芳给张毅来电，要他退往浙江，于是在10月24日，张毅又退出漳州，逃向同安。北伐军第十七军第二师、第一军第十四师跟踪追击，连克南靖、漳州。11月8日，何应钦率第三师到达漳州。张毅在同安派人与北伐军联系，就投诚的条件讨价还价，且谈且走，争取时间。北伐军与张毅且谈且追，目的是拖住敌人，等待第十四军及第二军第六师入闽截断敌人退路。张毅由同安退至泉州，11月21日，北伐军攻克泉州；张毅再向福州溃逃，沿途遭民军不断袭击，惊慌失措，士无斗志。月底，逃至乌龙江南岸，遭到已经归附北伐军的福建海军的猛烈炮击。无奈之下，张毅改由闽清北逃，但又遭到海军陆战队的截击，北伐军追兵也赶上来，12月9日，张毅力屈投降。
驻福州的周荫人第十二师二十三旅旅长李生春与北伐军接洽，改编为第十七军第三师，12月9日，北伐军进占福州。18日，何应钦进入福州，将各路民军改编为新编第一军，以谭曙卿为军长。
驻上杭的周军李凤翔见手下两旅长曹万顺、杜启云已经起义，刘俊败亡，而自己仅剩骑兵两营，炮兵一团，只好退往汀州，与孙云峰合兵。12月29日，北伐军第十七军第一师与第十四军第二师会攻汀州，李、孙两部弃城而逃。
周荫人由永定逃至龙岩，随后又退至延平。失败来的太突然，他很不甘心，打算重组司令部。然而手下各部都成了惊弓之鸟，毫无斗志，对周荫人的命令根本不予理睬。11月底，周荫人在各路民军的打击之下，离开延平，退至建瓯。但是北伐军第十四军、第二军一部已经进抵闽北，周荫人只好含恨退往浙江。其余残部在苏埏、蒋启凤率领下也陆续退入浙江境内。至1927年初，东路北伐军占领整个福建。
