蒋介石复职之后，国民党召开了第二届中央执行委员会第四次全体会议，指定蒋中正为军事委员会主席；并指定于右任、白崇禧、李宗仁、李济深、何应钦．朱培德、程潜、冯玉祥、杨树庄、蒋中正、阎锡山、谭延闿为常务委员；还指定于右任、方振武、方声涛、王均、石青阳、白崇禧、田颂尧、朱培德、朱绍良、宋哲元、李宗仁、李烈钧、李福林、李景曦、李鸣钟、李济深、何成浚、何应钦、汪精卫、周西成、岳维峻、金汉鼎、胡宗铎、胡汉民、柏文蔚、徐永昌、马福祥、孙良诚、孙岳、孙科、陈可钰、陈季良、陈训泳、陈焯、陈绍宽、陈嘉祐、陈铭枢、陈调元、夏威、曹万顺、张之江、张群、商震、鹿钟麟、贺耀组、黄绍竑、程潜、温寿泉、冯玉祥、钮永建、杨杰、杨虎城、杨爱源、杨树庄、邓锡候、邓宝珊、樊钟秀、熊斌、钱大钧、卢师谛、刘文辉、刘郁芬、刘峙、刘骥、蒋中正、蒋作宾、鲁涤平、赖心辉、龙云、阎锡山、谭延闿、顾祝同为军事委员会委员。
3月9日，又任命黄国梁、谭庆林、井岳秀、孔繁霨、丰玉玺、朱绶光、张荫梧、孙楚、赵守钰、曹浩森、孙连仲、刘镇华、高桂滋、任应岐、方鼎英、伊德钦、刘汝明、卫定一、石友三、张维玺、韩复榘、李云龙、方本仁、夏斗寅为军事委员会委员。
3月30日，国民正府又特任李景林、马麒、蒋鸿遇、石敬亭、马鸿宾、马鸿逵、门致中为军事委员会委员。
4月7日，蒋介石因在北伐前线指挥军事，委托李济深代理军事委员会主席。4月27日，任命缪培南为军事委员会委员。月日，又任命傅存怀、郭宗汾、周玳、南桂馨为军事委员会委员。5月12日，又任命李品仙、叶琪、周斓、魏益三、廖磊、李燊、刘兴、何键为军事委员会委员。
大会还决定继续北伐，并特任蒋介石为国民革命军总司令。但当时的党内派系林立，两湖、两广的内讧尚未结束，后方还很不稳固。因此，蒋介石复职后首先集中精力对内部进行整顿。
第一步棋是夺回嫡系部队的指挥权。由于何应钦在蒋介石下野时立场动摇，支持桂系向蒋介石夺权，而且在蒋复出之时犹豫摇摆，迟迟不发出拥护通电，蒋介石对其非常恼火。1928年2月9日，蒋介石携同总参议何成浚秘密来到徐州，以汉高祖“入壁夺符”的办法，下令撤销何应钦的职务。何应钦对此毫无办法，并十分懊悔，从此小心翼翼。
2月13日，改编何应钦第一路军为第一集团军，蒋介石兼任总司令。3月，任命王绳祖为参谋长，下辖第一、第二、第三纵队，分别以刘峙、陈调元、贺耀组任总指挥。4月6日，又将上述3个纵队改编成第一、第二、第三军团。同时，将第十一路军方振武部改编成第四军团。第三路军朱培德部作为该集团军预备队，留守后方。4月27日，任命朱培德为该集团军前敌总指挥。
此外，直属第一集团军司令部还有炮兵、航空兵，炮兵司令由樊熙担任，辖2个炮兵团，第一团原属第一路军，团长为姚永安；第二团团长杨德良。航空兵司令张静愚。
第一军团
第一军团于1928年4月编成．原为第一集团军第一纵队。刘峙任总指挥，林伯森任参谋长。
第一军，军长刘峙兼任，下辖第一师蒋鼎文、第二师徐庭瑶、第二十二师胡宗南。
第四军，军长缪培南，下辖第十二师吴奇伟、教导第一师邓龙光、教导第二师黄镇球。
第九军，军长顾祝同，下辖第三师涂思宗、第十四师黄国梁、第二十一师陈继承。
第十军，军长杨胜治，下辖第二十八师师长空缺．第二十九师师长陈克逊，第三十师师长(先)张锡海、(后)裴正鑫。
第二军团
第二军团于1928年4月由以第十七、第二十六、第三十七军组成的第一集团军第二纵队改编而成，陈调元为总指挥，阮肇昌为参谋长。
第十七军，军长曹万顺，下辖第五十三、第五十四、第五十五师。
第二十六军，军长陈焯，下辖第六十二师赵观涛、第六十三师张骥。
第三十七军，军长陈调元，下辖第七十九师岳盛宣、第八十师丁翰东、第八十一师安树珊、教导师李梅。
第三军团
第三军团于1928年4月由以第四十、第二十三、第二十七师和独立第二师组成的第一集团军第二纵队改编而成，贺耀组任总指挥，谢履任参谋长。。
第四十军，军长贺耀组，下辖第八十二、第八十三、第八十四师，并另组建教导师，分别以谷正伦、杨永清、毛炳文、龚宪任师长。
第三十三军，军长张克瑶，下辖第七十、第七十一、第七十二师及教导师。
第二十七军，军长夏斗寅，所辖为第六十三、第六十六师2个师，师长分别由万耀煌、张森担任。
独立第三师，师长陈耀汉，辖步兵5个团，炮、工兵各1个营，骑兵1个连，机枪、迫击炮各5个连，该师由直鲁军降军编成。
第四军团
第四军团为国民五军改编而成。1927年6月冯玉祥将方振武国民五军政编为第三方面军，总指挥仍为方振武，何应时为参谋长，下辖3个师，第一师师长阮玄武，第二师师长鲍刚，第三师师长张兆丰。不久，方振武率部向鄂北进攻，在攻占襄樊后，方部脱离了第二集团军的节制，接受了武汉正府任命的中央直属第九方面军总司令的职务：此时，方将所属扩为3个军：第一军，军长阮玄武；第二军，军长徐寿椿；第三军，军长马文德。不久因徐寿椿部不稳，方振武撤徐军长职，自兼第二军军长。
1927年冬，方率部参加讨伐唐生智。1928年1月1日，南京正府委方为第十一路军总指挥。4月6日，改为第一集团军第四军团。是时，该部参谋长为杨恩熙，所辖4个军为第三十四、第四十一、第四十二和第四十七军。
第三十四军，阮玄武为军长，所辖共3个师：第八十八师，师长王日新；第八十九师，师长王相臣；第九十师，师长徐衍昆。
第四十一军，鲍刚为军长．苏宗辙为副军长，盛世恒为参谋长。所辖3个师：第九十一师．师长王占林；第九十二师．师长冯华堂；第九十三师，师长先为石斗川，3月底石被免职，由鲍刚兼师长职。方部由湖北调至皖北后，在亳州收编原属北洋贾德耀第十五混成旅(后相继为靳云鹗、鹿钟麟收编)萧之楚部，编为该军第九十四师，萧之楚任师长。
第四十二军，马文德为军长，何应时为副军长，韩容为参谋长。所辖3个师；第九十四师，师长傅丹墀，第九十五师，师长余亚农；第九十六师，师长魏光武。方率部开赴皖北参加对奉军的北伐，该军怀乡恋土，未随第四军团北伐。后被李宗仁第四集团军收编。
第四十七军，军长为高桂滋，参谋长为刘礽祺；辖第—0七师．师长王守义；第一O八师，师长邢肇棠；第一O九师．师长刘天禄。
总预备队和后方警备部队
1928年3月北伐奉军开始后，朱培德第五路军为北伐军总预备队，该部由第三、第三十一军和独立第七、独立第三十七师组成。
第三军，该军军长王均，所辖3个师为第七、第八、第九师。王均自兼第七师师长，朱世贵任第八师师长，第九师师长原为曾万钟，后易杨池生。
第三十一军，军长为金汉鼎，所部共3个师：第二十七师，师长杨如轩；第二十八师，师长韦杵；第二十九师，为第十军哗变后由南京到江西之部队改编而成，师长周志群(周原为第十军军械处处长)。
独立第七师，师长刘士毅，刘原为第十四军参谋长。
独立第三十七师，独立第三十七师为第十四军赖世璜部缩编而成，1927年9月，赖世璜被白崇禧逮捕，第十四军所部编成独立第—师、熊式辉任师长，11月，白崇禧组建第十三军，将该师编成该军第一师，不久又改称第三十七师，白崇禧率部西征讨唐，该师由熊式辉师长率领卫戌上海，遂与第十三军脱离关系，改为独立第三十七师，1928年3月30日，该师又改称独立第一师。
后方警备部队
第三十二军，钱大钧为军长，所辖3个师：第二十师、新编第—师和独立第四师。
第四十六军，军长为方鼎英，参谋长为何浩若，所辖3个师为：新编第四师，师长唐星；新编第五师，师长张春浦；新编第六帅，师长高霁。
第十二军，军长任应岐。原辖第—、第二、第三师和教导师及5个混成旅。1928年2月25日，各师番号改为第四十二、第四十三、第四十四师及教导师，师长分别为顾芝兰、赵青山、安荣昌、文清林；各混成旅旅长分别为张遇顺、李茂森、戴民权、李振中和娄希道。
第四十八军，该军由直鲁军之投诚部队改编而成，军长谢文炳。
蒋介石的第二步棋就是拉拢冯玉祥、阎锡山两大军事集团。在部队整编前夕，蒋介石亲自前往开封与冯玉祥会面。2月16日，蒋介石、冯玉祥及阎锡山的代表在开封举行会议，决定将冯玉祥的国民军联军改组为第二集团军，阎锡山的北方国民革命军改组为第三集团军。会议商定以第一集团军担任津浦路方面的作战任务，第二、第三集团军担任京汉、京绥路方面的作战任务。2月16日，阎锡山致电冯玉祥，表示赞同蒋冯制定的北伐计划。同时表示，一俟津浦、京汉方面发动，山西将由京汉、紫荆关、京绥三路反攻。17日，冯玉祥陪同蒋介石到郑州检阅部队，18日，二人互换兰谱，成了拜把子兄弟。关系之融洽似乎非比寻常。
第二集团军部队的战斗序列如下：
第一方面军该方面军由第三、第四、第五军编成，以孙良诚为总指挥。所辖各军军长：第三军孙良诚(兼)，第四军石友三、第五军马鸿逵，1928年春起，参加北伐奉军，向山东方面作战：5月下旬军至河北，第二集团军重新调整战斗序列，第一方面军除原辖第三、第四军外，第二十一军吕秀文部、骑兵第二军席液池部亦隶属之，参加京津会战。
第二方面军孙连仲为总指挥。所辖为第十四（孙连仲）、第一（韩德元）、第二十三军（冯治安），共3个军。
第三方面军韩复榘任总指挥，辖第六军（韩复榘）；不久又收编直军张联升部为第三十八军。
第四方面军第四方面军总指挥为宋哲元，下辖第二十四军马鸿宾等部，驻守陕西。第四方面军自第二集团军出师北伐后，先后平定了陕西麻振武、田玉洁等部的叛乱，解除了后顾之忧。
第五方面军岳维峻担任总指挥，将陕军编为5个军，分别以岳维峻(兼)、李云龙、邓宝珊、卫定一、蒋世杰为军长：因所辖兵力不多且地域观念较强，末参加北伐：
第六方面军第六方面军总指挥为石敬亭。辖驻陕各部。
第七方面军该方面军总指挥为刘郁芬。辖第七军门致中等驻甘各部。
第八方面军该方面军由镇嵩军编成，总指挥为刘镇华。辖3个军：第二十二军，军长刘镇华(兼)；第二十八军，军长万选才；第二十九军，军长刘茂恩。1928年春，第八方面军参加对奉军的北伐，在河北参加了大名之役；京津攻克后，7月15日参加滦河会战，肃清直鲁军。
第九方面军该方面军总指挥为鹿钟麟。1927年9月，鹿钟麟率王钰棻、王鸿恩、常好仁等会攻徐州时，编为第九方面军，所部共5个军：第十八军，军长鹿钟麟(兼)；第二十军，军长庞炳勋；第二十一军，军长吕秀文；第三十七军，军长王鸿恩；第十军，军长杨虎城。1928年3月，第九方面军参加河北方面对奉军的北伐，是时第十、第三十七军留驻皖北，第二十一军他调，第九方面军所辖为：第二军，军长刘汝明；第十三军，军长张维玺；第十八军，军长鹿钟麟(兼)；第二十军，军长庞炳勋；第三十军，军长刘骥；骑兵第一军，军长郑大章。
第三集团军战斗序列如下：
第一军军长商震
第一师师长李培基
第三师师长杨士元
第二军军长杨爱源
第二师师长赵承绶
第六师师长孙楚
第三军军长徐永昌
第四军军长谢濂
第四师师长傅作义
第十师师长卢丰年
第五军军长傅汝钧r>第五师师长傅汝钧（兼）
第十六师师长吴藻华
第六军军长傅存怀
第十一师师长杨效欧
第十三师师长丰玉玺
第七军军长（空缺）副军长张荫梧
第十四师师长李服膺
第十五师师长李生达
第八军军长谭庆林
骑三师师长孙长胜
骑六师师长杨兆林
炮兵司令周玳（仍辖八个炮兵团）
手掷弹旅旅长张振万（仍辖两个团）
另：第十七师师长孟兴富（归总部直辖）
警卫旅旅长杜春沂（归总部直辖）
蒋介石的第三步棋就是整顿两湖，安抚桂系。讨唐战事结束，原第四集团军各部被桂系收编，使李、白的实力飞速膨胀，这当然是蒋介石不愿意看到的。于是在重组第四集团军和中政会武汉政治分会，但是在总司令一职的人选上，又产生了新的争夺。南京军事委员会最初打算以谭延闿为总司令，但谭在两湖只有鲁涤平一个军，根本驾驭不了兵力雄厚的桂系和湘系程潜。1928年2月28日，当不成总司令的谭延闿与李烈钧提出湖南战事结束，已无再设第四集团军的必要，建议两湖军队以李宗仁为总指挥，隶属于蒋介石的第一集团军。李宗仁当然不干了，做了一回婆婆，再当小媳妇就难了。最后在各方面的折冲、妥协下，蒋介石接受了李济深的建议，任命了李宗仁为第四集团军总司令中政会武汉政治分会主席。白崇禧为第四集团军前敌总指挥。
然而待在武汉的李宗仁，此时以各种借口不就任第四集团军总司令一职。因为他虽任武汉政治分会主席，统管两湖，但湘省大权，因讨唐前与程潜有约在先，不得不与程潜分享，所以在唐生智下野后改组湖北省政府的同时，设立了湘鄂临时政务委员会，以程潜为主席。然而，湖南是从武汉到桂系的后方广西的必经之地，对桂系来说，是一条生命线。加上蒋介石为制造湘桂矛盾，任命李宗仁为第四集团军总司令兼武汉政治分会主席，由李责主持两湖善后，程潜也大为不满，他控制湖南，使武汉政治分会无从对湘插手。这样，桂系就不能容忍程潜了。5月19日，程潜接到李宗仁的通知，要他与白崇禧一起由长沙赴武汉开会。
当时程的左右因程潜与桂系不睦，要程对此行多加提防，程不以为意。到武汉后，与程同行的白崇禧托辞赴河南访问冯玉祥，离开武汉。21日，程潜出席李宗仁召开的武汉政治分会会议。席间休息，李宗仁将程请至四楼，在程毫无防备的情况下，将程扣押，而后即以武汉政治分会名义致电南京，电称：“程潜意行暴戾，好乱成性。西征后更跋扈飞扬，把持湘政，本日特别会议，决将程潜监视，请即明令免其本兼各职。”
蒋介石正巴不得双方火拼，立即主持召开了中央政治会议，并作出决议，同意免除程潜本兼各职，撤销湘鄂临时政委会，听候查办。随后，按蒋介石的意见，由鲁涤平接掌湘政。鲁涤平是湖南宁乡人，1924年任湘军第二师师长，北伐开始时原为谭延闿的第二军副军长，以后升任第二军军长。由于受唐生智的排挤，鲁此时与桂系表面上还合得来。桂军于是打着中央招牌，将自己的势力大肆向湘省渗透。程潜在湘势力，在来自蒋、桂两方的压力下，遣散的遣散，收编的收编，第六军再度被肢解，从此没能翻身。程潜本人则由武汉方面出资，送到上海，闲居起来。
心腹之患大致解决后，李宗仁不再忸怩，他在5月下旬正式宣布就任第四集团军总司令，命令新编湘军(原唐生智部)三个军，加上桂军第十三、第七两军各一个师，由白崇禧任第四集团军前敌总指挥，统一率领北上。李宗仁则以武汉政治分会主席兼第四集团军总司令的身份，坐镇武汉，统辖两湖。
第四集团军战斗序列如下：
第十三军1927年9月，白崇禧将第十四军军长赖世璜逮捕后，将该军缩编为1个师，以熊式辉任师长。10月，白又将该师和第十军(王天培部)缩编成的2个师，编成第十三军，白祟禧任军长，熊式辉任副军长兼第一师(不久改为第三十七师)师长，杨胜治为第二师师长，王天锡为第三师师长。第十军官兵以该军历史长、有战功，鼎力反对未成。
10月，白崇禧西征讨唐，第三十七师因卫戍淞沪，未能随白去汉，由此脱离第十三军。12月，白崇禧以原第二路军总指挥部所辖5个补充团改编成第三十八、第三十九师，分别以张定璠、吕焕炎任师长。不久，该军又增编1个师，以侯莅霜任师长。
第十二军1927年10月20日，唐生智以第四集团军名义将第八、第三十五军各一部扩编成第十八军，任命叶琪为军长，辖3个师：独立第四师，师长门炳岳；独立第七师，师长何宣；独立第二十一师，师长危宿钟。1928年3月16日，因同陶钧第十八军番号重复，改为第十二军。r>第三十军该军为原国民四军，军长魏益三。所辖3个师、1个骑兵旅：第一师，师长闻捷；第二师，师长郝梦龄；第三师，师长薛毓瑸；骑兵旅，旅长刘凤池。1928年2月25日，所辖3个师分别改番号为第一O三、第一O四、第一O五师。6月12日又将骑兵旅扩编为教导师，仍以刘凤池为师长。
第八军该军军长为李品仙，辖张国威、李云杰、吴尚3个师；1927年10月，南京正府西征讨唐，为分化该军．曾任命张国威为第八军军长，唐生智得知后，在11月ll日下野之前，派人将张勒杀．师长—职由李品仙兼任。
1928年2月，桂系收编该军后，将李云杰师编入陈嘉祐第十四军，吴尚师编入程潜军，第一师编入第十七军．以赵镇藩为师长。不久，又编成第八军，以吴尚任军长，以湖南省防军第一师为该军第一师，以熊震为师长兼副军长，以程泽润、阎仲儒分任第二、第三师师长。
第三十六军该军军长刘兴，所辖为廖磊、凌兆尧、张节3个师。南京政府西征讨唐，该军退至湖南溆浦。后由桂系改编，因刘兴与唐生智关系密切，于1928年3月离职出走，军长一职交与廖磊。廖磊升任军长后，空缺师长职，后由颜仁毅升补。
第十七军该军于1928年春以王锡焘、罗霖、魏镇藩3个师编成，以周斓为军长。
独立第二师该师由防守武昌的刘玉春一个团扩编而成、贺对廷为团长。北伐军围武昌时，贺与北伐军互通消息。武昌解围后编成唐生智所属暂编第四师，贺对廷任师长。1927年冬，罗启疆率第十军—部至湖北后，将贺诱捕，后被桂系枪杀。罗任师长，并将该师改编为独立第二师。
独立第八师该师由直系徐寿椿一部改编．刘春荣为师长(刘原为徐部参谋长)。
第七军该军长原为李宗仁，1927年9月7日李辞军长职，19日副军长夏威升任军长：所辖4个师：第一师，师长李明瑞；第二师，师长胡宗铎；第三师，师长钟祖培；第四师，9月新编，师长伍廷飏。不久，以该军第二师与其他部队编成第十九军。第三师改为第二师，钟祖培升任副军长，李朝芳升任师长。第四师改为第三师，是时伍廷飏辞职回桂，尹承纲接任师长。1928年2月，该军第一、第二、第三师改番号为第三十三、第三十四和第三十五师。6月，李建侯任军参谋长。11月，该军缩编为第四集团军第二师。
第十八军该军军长陶钧，副军长张义纯，辖第一、第二、第三师，师长分别由林逸圣、严敬、李石樵担任。1928年2月25日，该军3个师番号改为第五十六、第五十七、第五十八师。
第十九军该军由第七军第二师和刘佐龙第十五军一部编成。以胡宗铎任军长，程汝怀为副军长，所辖有第一师，师长李思炽；第二师，师长李宜煊；第三师，师长郑重。1928年2月25日，该军3个师番号改为第五十九、第六十、第六十一师。
第二军该军于1927年10月受程潜指挥参加讨唐战斗。1928年2月22日，该军第十三师改番号为第二十三师。是时，军长为鲁涤平，副军长张辉瓒，所辖3个师：第四师，师长王捷俊；第六师，师长戴岳；第二十三师，师长朱耀华。
第六军该军为程潜1927年4月到武汉后在林祖涵帮助下重建的。军长仍为程潜，党代表林祖涵，参谋长唐蟒。所辖有：第十七师，师长李明灏；第十八师，师长张轸；第十九师，师长胡文斗。教导总队，总队长李国良，副总队长汤恩伯。该军编成后，隶属武汉正府。7月12日，林祖涵辞党代表职。8月，该军受江左军节制参加讨蒋。9月，宁汉合流。11月．又隶属第四路军参加讨唐。1928年5月，程潜因同李宗仁争夺两湖地盘而被李扣押。李明灏代理军长，不久李被调，由胡文斗、张轸升任正、副军长并兼师长，第十七师师长李明灏调走后，由副师长周希武代理。胡任军长后，将原属第四路军总指挥部所属2个团编为该军教导师，以彭子国为师长。8月，军长胡文斗被部下戕杀，张轸代理军长职。该军在从湖南开往江西途中，一部由周希武、张其雄率领投何键，一部在江西被王均、金汉鼎缴械，该军番号撤销。
第十四军该军原为第十三军，辖岳森第三十九师，李韫珩第三十八师和成光耀第五师。1928年2月25日，因该军同白崇禧第十三军番号重复，改为第十四军，第三十八师改称第四十五师，第三十九师改称第四十九师。同时将第八军第七师李云杰部拨归该军为教导师。
第三十五军该军于1927年时隶属第四集团军。1927年8月，武汉正府下令讨蒋，何键为江左军总指挥沿江东下，进驻安庆，并代理安徽省主席。是年冬，唐生智下野，何键从此脱离唐生智。第三十五军副军长兼第一师师长叶琪升任第十二军军长，周磐继任第一师师长，后周又为刘铏拉去，将该师改编为独立第五师。周磐走后，何键又拉拢原属陈渠珍部的戴斗垣独立第十师为该军第一师，抵补周师。并将王东原部编为第三十五军教导师。1928年5月，程潜被李宗仁扣押，何又乘机将程之第六军一部拉拢过来，编为独立第十七、第十九师，以周希武、张其雄为师长。是时，第三十五军军长仍为何键，副军长刘建绪，共辖6个师，第一师，师长戴斗垣：第二师，师长刘建绪(兼)；第三师，师长陶广；教导师，师长王东原；独立第十七师，师长周希武；独立第十九师，师长张其雄。该军驻湖南，何键兼任湖南清乡会办，率部“围剿”湘赣红军。
第四十四军该军军长叶开鑫，1927年10月，该军隶属第四路军西征讨唐。是时，第一师师长邹鹏振，第二师师长蒋锄欧。1928年1月，该军在向湘西进攻中，与第六军发生冲突，在岳阳被程潜、白崇禧包围缴械，叶开鑫被免军长职。叶投唐生智残部，军长一职由邹鹏振升任，蒋锄欧任副军长，下辖2个师．师长由王堉、龚仁杰担任。7月．该军被李宗仁部夏威、胡宗铎解散。
第四十三军该军为黔军一部，驻湘鄂边。李宗仁西征占领武汉后．一度归第四集团军节制，至1928年底，该军军长为李燊，副军长胡刚．参谋长林文举。共辖4个师：第一师，师长杨光琛；第二师，师长张廷光；第三师，师长雷世光；教导师，师长杨其昌。
第十五军该军由第七军留守广西部队编成。李宗仁率部北伐后，黄绍竑率第三、第四、第五、第六、第九旅等留守广西，受李济深指挥。1927年8月，南昌起义军进抵广东，李济深令黄绍竑出兵堵截，黄派韦云淞率兵5个团至会昌阻击红军。黄绍竑亦移驻广州。11月17日，“张黄事变”发生，黄绍竑被张发奎驱逐出广东。后又率兵向广东的张发奎部进攻。是年底，编成第十五军，黄绍竑任军长，辖3个师，师长由黄旭初、伍廷飏、吕焕炎担任。1928年2月25日，所部3个师改番号为第五十、第五十一、第五十二师。又增编2个教导师，以吕光煃、刘日福任师长。6月1日黄旭初升任副军长，仍兼第五十师师长。
最后，在1928年3月7日，国民党中央政治会议任命蒋介石为中央政治会议主席，李济深为广州政治分会主席，李宗仁为武汉政治分会主席，冯玉祥为开封政治分会主席，阎锡山为山西政治分会主席。至此，蒋介石不仅集党政军大权于一身，而且安抚了地方实力派，在蒋、冯、阎、二李之间保持一种权利均势。13日，国民政府又特任李济深为国民革命军参谋总长，何应钦为次长。在李济深未到任之前，由何代理。16日，国民党中央决定成立战地政务委员会，统一管理北进战区内的民众、财政、外交、司法、交通等事项，由蒋作宾任主席。至此，北伐的组织准备大体就绪。
3月27日，蒋介石离开南京，前往徐州，督师北伐。4月1日，在徐州发表了《告前方将士书》、《告北方将士书》、《告全国民众书》、《告北方父老书》。蒋介石要求前方将士“怀必胜之气，直薄幽燕，长驱关外，使张作霖覆灭而后，更无继张作霖而起之人。”同时号召北方将士翩然来归，“自动归义者，即以原职任用；其临阵归附者，亦一律从优待遇。”4月7日，蒋介石发布《北伐誓词》，声称：“党国存亡，主义成败，人民祸福，同志荣辱，在此一战。全军同志，万众一心，严守纪律，服从命令，不惜牺牲，竭尽责任。实行三民主义，努力救国救民，以上慰我总理及已死诸将士在天之灵。”随即下达了总攻击令。
此次北伐的作战总方略为：
第1集团军担负津浦路方向攻击任务，循泰安、济南、沧州直驱天津，当面之敌为直鲁联军张宗昌及孙传芳残部；第2集团军担负京汉路以东、津浦路以西地域的攻击任务，沿新乡、大名、顺德一线北上，然后与各集团军会攻京津，进军路线关隘重重，当面之敌为可沿两条铁路机动作战的奉军主力，故任务最为艰巨；第3集团军仍由京绥、京汉两线夹攻北京，然后与各军会攻天津，作战对象亦为奉军主力，但易于同第2集团军呼应，进退裕如，战略地位较冯玉祥部略优；第4集团军因远驻两湖、豫南一带，令随第2集团军沿京汉路北攻，相机填补1、2集团军作战地域之间的空档，属于战略预备队位置。
蒋介石的作战部署，看似根据各集团军集结地域安排作战方向，且把驻有日军，容易引起涉外争端的济南划归自领的第1集团军作战范围，显得非常周到。但其让嫡系避开奉军劲旅，专攻北洋军阀残破部队，而以阎、冯两军担负消耗极大之作战任务，尤以冯军进攻路线最长，作战地域最广，作战对象最强为甚。蒋介石借北伐作战削弱异己的心理昭然若揭，精于世故的阎锡山虽有察觉，只是由于晋绥军位于伐奉最前线，受奉方压迫也首当其冲，不推倒奉张难有发展出路，所以阎才没有作声。冯玉祥尽管对北伐作战较为积极主动，但因所部粮饷弹药俱缺，补充工作一直未能如愿，年初作战还是阎锡山在关键时支援了200万发子弹。拥蒋上台，依靠蒋中央支援补充的想法落了空，故在战斗中也产生了保存实力的念头。这样，4个集团军北伐从头起就各自有了想法，加之在作战任务和战后权利分配中的苦乐不匀，终成为两年后中原大战的诱因之一。
