当佛朗哥乘船悄悄向加那利群岛行驶的时候，西班牙国内的矛盾已经被彻底的激化，左右翼分子开始在演讲台上大肆地攻击对方，旧势力和宗教人士则在不同的场合发泄着他们对于政府的失望情绪，整个西班牙就如同一个被扔在阳光下接受烈日炙烤的旧火药桶，随时都有可能发生大爆炸，而这一切正是佛朗哥最乐意看到的景象，因为他将要做那个点燃炸药桶的人。
1936年7月18日拂晓，佛朗哥的声音开始通过广播从加那利群岛传向了全世界，他在广播中宣布加那利群岛举行军事政变，目的是推翻现在的政府组建新政府。
佛朗哥发动军事政变的消息很快就传到了西班牙首都马德里，新政府的要员们在听说这一消息后一下子惊呆了。在震惊之余，他们马上做出了一项错误的决断，佛朗哥未必敢率领叛军直接进攻马德里，他可能只是对他的职位调动感到很不满而已。于是，新政府决定派出专员前去与佛朗哥进行谈判，劝他率领士兵们回到加那利群岛上。不过，新政府中的一些有政治眼光的人提出来，坚决不与佛朗哥进行谈判，而是马上调集军队前去镇压这次叛乱，并且及时对西班牙驻摩洛哥兵团采取措施，以防止他们跟着佛朗哥一起发动叛乱。
可以说，最后的这一意见无疑是非常正确的。但是，没有统治经验和缺乏对时局有准确判断力的政府首脑们，却开始了一场无休无止的争吵，支持谈判的人指责提议镇压的一派没有大局观，而支持镇压的一派则指责提议谈判的一派想的太过简单。
就在马德里政府在进行激烈争吵的时候，佛朗哥却在19日清晨就乘坐飞机直飞摩洛哥，那里有他很多的老部下和旧同僚，他要将西班牙驻摩洛哥兵团也鼓动到自己这一方来。不过，就在佛朗哥乘坐飞机前往摩洛哥的时候，政府军的侦查部门发现了这一情况，立刻报告给正在争吵的政府首脑们，并请求派战机升空去击落佛朗哥的坐机。然而令人意想不到的是，那帮正为出兵还是派遣“和平使者”而吵得不开交的政府首脑们，竟然只顾着吵架而没有注意这一重要情报，白白错失了消灭佛朗哥的大好时机。
19日上午10点，佛朗哥的坐机准时停在了西班牙驻摩洛哥兵团的飞机场上。接下来，在见到自己的老部下和旧同僚之后，巧舌如簧的佛朗哥只花了不到一个小时的时间，就说服了他面前的那一群军官们——当天下午3点，西班牙驻摩洛哥兵团对外发表声明，宣布他们加入佛朗哥叛军的序列，准备向马德里进攻，等到第二天上午，佛朗哥就完全控制了整个西班牙驻摩洛哥兵团。
马德里政府首脑们终于为他们的犹豫不决而付出了代价，迅速将部队集结起来的佛朗哥马上率领军登陆西班牙，并直扑马德里。叛乱迅速蔓延到本土的加的斯、塞维利亚、萨拉戈萨、布尔戈斯等大中城市。
7月30日，佛朗哥在布尔戈斯成立“国防执政委员会”，企图南北夹击马德里，进而夺取全国政权。叛乱发生后，西班牙各阶层人民响应人民阵线的号召，拿起武器保卫共和国，两天内共有30万人报名参加民兵组织“人民警卫队”。马德里、巴塞罗那、巴伦西亚、卡塔赫纳、马拉加、毕尔巴鄂等大中城市的叛乱很快被平息。佛朗哥的叛军仅控制了南方的安达卢西亚和北方的加利西亚、纳瓦拉、旧卡斯蒂里亚等经济落后省份。而政府军则控制了所有的工业和政治中心、主要港口、交通干线和重要农业区。但是，佛朗哥叛军的主力并没有受损，而且他开始停下来重新准备发动新一轮的攻势，并且准备向纳粹法西斯势力寻求援助。
8月，应佛朗哥的请求，希特勒和墨索里尼分别派兵从葡萄牙边境向马德里方向发动进攻。由于后攻占巴达霍斯、卡塞雷斯、塔拉韦拉、托莱多等城镇，将南、北两块控制区联成一片。9月，佛朗哥的叛军在北部攻占伊伦和圣塞瓦斯蒂安，切断马德里政府与法国之间的联系通道。
10月份，借助德、意两国的法西斯军队扭转战局的佛朗哥，终于迎来了人生的巅峰时刻——他被推举为新民族主义政权的国家元首。
11月6日，佛朗哥叛军抵达马德里的郊外，马德里政府早就组织民兵修筑了三道坚固的防线，并组织了30万的正规军进行抵抗，同时又获得了从苏联等国家赶来的几万名国际纵队队员的支持——当天，佛朗哥命令军队向马德里发动总攻击，二战时期非常著名的马德里保卫战正式打响。
1936年，这对于马德里政府来说，这无疑是相当困难与充满懊悔的一年——当初，那个被马德里政府贬值到偏僻的加那利群岛的年轻将军，现在成为了叛军的总司令兼伪政权的元首，并且随时都有可能终结他们的统治，也许他们当初就不该将这个家伙贬值到加那利群岛，也许他们应该在接到那份情报之后就派飞机去将其的坐机击落，可是，现在，这一切都已经晚了……
1937年3月，这是佛朗哥发动叛乱以来最为头疼的一个月，已经为包围了五个月之久的马德里，依然看不见一点儿能够攻克迹象。更令他感到受深挫折的是，西班牙的民众几乎一边倒的支持马德里政府，各地反对他的浪潮此起彼伏。
不过，狡猾的佛朗哥很快就找到了一个解决的方法——佛朗哥所组建的伪政府完全是一个军事独裁政府，几乎所有的政令都由佛朗哥一个人来发布。但是，深谙政治的佛朗哥决定为增加正规的文职机构，这样一来他所建立的伪政权才算完整，而且也能够帮助他赢得更为广泛的支持。因此，佛朗哥开始重组他所掌管的长枪党。4月19日，他与自称为传统主义者的卡洛斯派和保王派联合起来，将该党易名为西班牙传统派长枪党和国家工团主义进攻委员会。从此，长枪党成为联合西班牙反革命力量的庞大集团。更为重要的是，佛朗哥将长枪党扩大成为多元组织的同时指出，是政府利用党，而不是党利用政府，因此他的政府成为一个不折不扣的专制独裁政权。
改组成功之后，佛朗哥加强了对马德里的进攻，德、意法西斯给佛朗哥送来大批军队，动用了大批量的坦克、大炮、飞机等先进武器，在经过一年多的强攻下，终于在1939年3月10成功占领了马德里，以佛朗哥为核心的西班牙法西斯政权，在让六十多万西班牙人丧命的基础上建立了——1936年至1939年的西班牙内战导致六十万人丧生，大多被佛朗哥军队杀害，数以万计的尸体被草草掩埋在诸多没有任何标记的“万人坑”内。
佛朗哥政府上台之后，首先加强法西斯统治，宣布工人罢工，未经宗教仪式允许的婚姻以及公共集会非法，对新闻实行严格审查，强制宗教教育；大肆清洗一些民主运动人士以及西班牙共产党人，设立特别法庭，而且不允许这些“犯人”请辩护律师。仅仅是在1939一年的时间内，就有将近50万人被投入监狱，以致犯人远远超过了当时监狱的最大容量，结果本应住两人的牢房住进10人左右，这样犯人只好轮流睡觉，每天只能睡两个小时。
佛朗哥在国内还实行长枪党一党专制，取消共和时期的代议制度，颁布“关于一切权力归国家元首”的法令，立法、行政和司法等大权都由他一人独揽，内阁各部部长，军队主要指挥官甚至主教都由他任命，一切法律、法令都由他批准——佛朗哥就这样成为了西班牙历史上最有权势的大独裁者，而他的上台也让西班牙人迎来了二十世纪最为黑暗的一段日子。
