当周忱煜返回尼布甲尼撒号时，整艘船的气氛阴沉的好似能滴出水来。船员们围绕在墨菲斯的身边，低着头，一言不发。就像在做遗体告别仪式，赛弗鼻青脸肿的被绳子捆在排气管上。
周忱煜从椅子上下来，看到的就是这个场面。他数了数人数，被电击枪杀死的多泽还活着，不知道他们是怎么对付赛弗的；耗子是周忱煜亲手救的，在离开矩阵的路上没出什么问题；艾博克和苏薇琪，本来死于脑后插管被拔的两人还活着好好的；尼奥和崔妮蒂更不必说，主角死了，那就真正意义上的没戏唱了。
现在，唯一没有离开矩阵的只有墨菲斯。对于周忱煜来说，现在的场景是他所能设想的最好结果了。内奸被控制住，所有能救的船员都救下来了，墨菲斯留给特工们做剧情推进的工具人。
但这只是周忱煜的想法，他是知道原剧情尼布甲尼撒号有多惨，除墨菲斯陷于特工之手外，只有坦克和男女主角活了下来，能有现在的场面全是周忱煜努力的结果。
然而对于全体船员们来说，自己所信任的，共同生活、共同扶持的同志背叛了大家，自己敬爱的船长失陷于矩阵，放着不管可能在成锡安的失守，唯一的办法是亲手杀死墨菲斯来保存锡安主机密码。
坦克接应周忱煜出来后，拉着周忱煜走到一边，勉强的笑了笑，说道：“辛亏有你，约翰。你的先见之明救了我们大家，谢谢你。”
“不必，说说吧，赛弗是怎们回事？”周忱煜还是有些疑惑，既然所有船员还活着，就存在赛弗还没动手的可能。
“哎！”坦克叹了口气，接着说道：“我也不敢相信，居然真的有人会背叛锡安，背叛墨菲斯。”
“你说过，凡是脱离大部队，又能毫发无损的人就有可能是内奸。你通知我你救下耗子后不久赛弗就打来电话，要求回到尼布甲尼撒号。耗子是你救下来的，可赛弗怎么可能一个人就在特警和特工的围剿下立刻逃脱呢。”
“可这也不能确认内奸就是赛弗啊。”周忱煜继续向坦克询问。
坦克回到答道：“在没确定之前，我还是需要放赛弗回到尼布甲尼撒号上，在放他出来之前，我告诉耗子让他警惕一下赛弗。与赛弗接通电话后，我和多泽继续为你和墨菲斯他们做后勤，耗子则继续躺在椅子上装作还在矩阵中。”
“然后，赛弗就去取枪向你们射击了？”
“没错，辛亏我和多泽听你的，在你们所有人进入矩阵后，把所有枪械的能源和子弹都拆下来了。在赛弗扣动扳机时，耗子扑上去和他打了起来。”
“赛弗也真是够劲的，给我来了好几下，不过我和坦克还是把他干掉了。”耗子突然从身后插了句。
这时周忱煜才注意到耗子嘴角破了个口子，右眼也是个乌眼青。
注意到周忱煜看到了自己的伤口，耗子有些不好意思，又立刻嘴硬起来，“没什么，小伤，赛弗这个混蛋可比我惨多了。”
确实，看赛弗这幅鼻青脸肿的模样，就知耗子所言非虚。不过，从赛弗的惨状来看可能所有人都给他来了几下。
自从耗子向周忱煜搭话，船员们的注意就转移到这边来了。艾博克首先向周忱煜道谢：“谢谢你，约翰。没有你不知道我们还要承受什么样的损失。不过我们现在怎么办，我们现在就能指望你了。”
苏薇琪抹了抹眼睛，说：“我们现在没什么办法可想了，如果放着墨菲斯不管，特工一定会从墨菲斯的大脑中取出锡安主机电脑密码的，除了拔掉墨菲斯的插管我们无招可用。我也很舍不得墨菲斯，但是墨菲斯无法和锡安，和人类相比。如果你们不愿意动手，那就让我来。”
“总该有解救的办法，”尼奥的眼睛直直地盯着苏薇琪对她说道，“怎么可以这样。”
“哈哈哈！尼奥，你们只能这样，苏薇琪说的没错。你们想保护锡安的主机电脑密码，就得亲手杀了墨菲斯。快动手吧，快！快！”赛弗靠在排气管上，突然狂笑了起来。
“闭嘴！”耗子走到赛弗跟前，又给了他几下。
“是吗？我看未必。”尼奥若有所思，“这不会是巧合，不可能。”
“你在说什么？”众人疑惑的看着尼奥。
“先知说过这种情况，还说我必须做出选择。”
崔妮蒂望着尼奥，问道：“什么选择，你在说什么？”
“我要进去，我必须进去。”尼奥坚定地说。
崔妮蒂制止尼奥，“尼奥，墨菲斯牺牲自己让我们救你出来，你不能自投罗网。”
“墨菲斯这么做是因为他认错了人，我不是救世主，先知也是这么说的。约翰比我更像救世主，也许真的是他。”
所有人都对尼奥的话将信将疑，唯有崔妮蒂坚信尼奥才是救世主。大家都在劝解尼奥不要进入矩阵。但是尼奥坚持、坚信它可以救出墨菲斯，并可以平安归来。
“那我要和你一起去！”崔妮蒂坚持与尼奥同行。可以看得出来船员们很希望尼奥和崔妮蒂成功，也很希望周忱煜可以和尼奥一起进入矩阵，毕竟周忱煜是这艘船上的最高战力。
不过当周忱煜表示自己不会再次进入矩阵后，船员们虽然有些失望，但没有直接表现出不满来。毕竟是精挑细选的黑客们，基本的素质还是有的。
一切准备完成，尼奥和崔妮蒂再次进入了矩阵。当坦克询问尼奥需要什么样的帮助时，尼奥和周忱煜在矩阵内外同时说出了那句经典的台词，周忱煜化名约翰·维克等的就是现在。
“Guns.Lots of guns!”×2
接下来就是尼奥的表演了，他和崔妮蒂突入墨菲斯所在的大楼。一路上杀警察如屠猪狗。冲上顶楼后，尼奥表演了名场面子弹时间；崔妮蒂表演了名场面现场开挂。成功的将墨菲斯救了出来，尼布甲尼撒号上一阵欢呼。
一切和原有剧情一样，尼奥先是和特工史密斯对决，又在三个特工的追逐下寻找脱离矩阵的端口。与此同时，先前特工们放出的乌贼哨兵也找到了尼布甲尼撒号，开始破坏船体。
此时此刻，尼奥不仅要跑过特工，还要跑过时间。他要在尼布甲尼撒号使用emp之前脱离矩阵。
但就在尼奥距离电话一步之遥时，特工史密斯已经举枪等在门后了，特工史密斯毫不犹豫对着尼奥的胸口就是几枪，尼奥的心脏一度停止跳动。
先一步脱离的崔妮蒂走到尼奥身边，没有在意一直站在尼奥身边的周忱煜，在尼奥的耳旁轻轻说到：“尼奥，我一直相信你就是救世主，即使约翰的表现无比惊人，但我仍然信任你就是救世主。”
“先知曾对我说过，我会爱上一个人，我爱的那个人就是救世主。所以，你不会死，因为我爱你，尼奥。我爱你！”
奇迹发生了，尼奥的心脏重新开始跳动，他又翻身站了起来。面对特工的射击，尼奥躲也不躲，将所有射向他的子弹全部停在空中。原本难以抵抗的特工在他手下不堪一击。
尼奥像特工入侵人体一样，钻入了特工史密斯的体内，而后坡体而出，破坏了特工史密斯数据，赶在最后一刻返回了尼布甲尼撒号。
墨菲斯在乌贼哨兵破坏船体，即将伤害到船员时，及时地使用了emp。一阵蓝光闪过，尼布甲尼撒号和机械乌贼全部失去了动力。
当大家逐渐适应了黑暗，可以看清事物时，眼前发生了惊人的一幕，尼奥躺在椅子上，喉咙被割开，鲜血从他的身上流淌下来，刚刚成为救世主的尼奥死了。没有死在矩阵特工之手，而是在逃脱矩阵后，死在尼布甲尼撒号上。
崔妮蒂紧紧抱着尼奥，悲伤地大喊。
“不！尼——奥——”
