其次，实体与偶性又是相互区别的。托马斯认为实体是事物的本质，偶性只是事物的属性的表现形式，实体是不变的，偶性是可变的。实体是独立存在的，偶性则是实体所规定并附属于实体的，尤其重要的是人们在认识事物过程中二者的区别更是显而易见的。例如，我们观赏一朵花，看到的只是“圆的”、“粉红的”这些花的性质，而不能撇开“圆的”、“粉红的”，直接看实体的花，但通过花的偶性“圆的”、“粉红的”，我们又切切实实地感觉花的存在，花的实体是隐藏在其偶性背后的，我们既离不开花的实体去认识没有主体的“圆的”、“粉红的”，也离不开“圆的”、“粉红的”这些花的性质，而直接去认识主体的花。认识一切事物均是如此。按照形而上学推论，理智把握的对象是实体，感觉涉及的对象是偶性。
最后，托马斯在论述实体与偶性关系时，其基本的前提是世界是被创造的，而不是自有的，世界上一切事物的实体都是被动的和有限的，都受一个无限的、永恒的和自身独立存在的实体所创造、支配和决定着，这就是上帝。这是他神学哲学的必然结论。托马斯虽然在对实体和偶性关系的分析上，也提出人们的认识从感性经验开始，而后再上升到理智的实体即事物的本质；同时还看到了感性经验和抽象本质的联系和区别，但最终要证明通过个别、有限的实体去体验普遍的、无限的、万能的实体存在，并且在他的一系列论证之前，就预先有明确结论、目的指向，这就是神学目的论。
形式与质料。
由于现实世界的事物无限多样，并且处在无穷的变化之中，一些事物消失毁灭了，一些事物又产生了，万事万物不断地生成死亡。如何说明无限多样且不断变化的现实世界与上帝关系，托马斯仍然是采纳亚里士多德“形而上学”理论中关于物体组成的“双重原理”即“形质论”。并对亚里士多德的“形质论”作了新的阐释和发挥。托马斯的主要论点有：
托马斯认为世界上的一切具体事物都是由形式和质料结合而构成的。所谓形式是决定现实事物性质的因素。质料是构成现实事物所规定的具体材料内容，它只是被动地接受形式的规范，因而具有潜在的效能。世界上万事万物都是由形式和质料二者结合才成为可能的和现实的，两者关系是，形式是主动积极的，决定着质料成为一种事物或它种事物，事物的性质是由形式内在规定的。质料只能是消极被动地接受形式的规定，没有形式的规定，质料是无性质的潜在因素。例如，一张桌子这个具体事物，桌子的形态上是圆的、方的、长的，其功能是书桌还是餐桌，这些都是由桌子的形式所决定的，形式与做成桌的材料相组合才具有了现实的桌子。
由于现实事物的无穷多样性，并且处于不断运动变化之中，交织着新事物的产生和旧事物的灭亡，旧事物的毁灭并不是构成这一事物的物质也消失得无影无踪，只是事物的质料又转化成另一形式事物的质料。对于现实世界这一现象，托马斯又进一步加以论证。他吸取了亚里士多德关于形式和质料具有多层次的理论，并作了些改造。亚里士多德在其著作《形而上学》中，论述形式和质料的层次原理，他认为现实事物由形式和质料组成，不同的事物由不同层次的形式和质料组成。例如，房屋是由房屋的形式、图样与砖瓦、木料这些质料结合而成，而砖瓦、木料又是由砖瓦、木料的形式与泥土、石头、树木等质料组合而成。
也就是说，质料的后面还有质料，可以一直推到没任何规定性的纯质料，他又称之为原始的第一质料；形式也是如此，形式后面还有形式，依次类推到最后是纯形式即最高形式，这个最高形式是不具有任何潜能即不可能再转化的绝对完全的形式，甚至可以归结为神。但亚里士多德是摇摆于唯物主义与唯心主义之间的哲学家．他同时强调，在研究一个具体事物时，无需去探索最高形式和原始质料，而只要去认识这个具体事物最直接的质料和它的特殊形式就足够了。亚里士多德甚至还认为，形式和质料是统一的具体事物的两个方面，在研究具体事物时，不能把这两个方面分割开来，二者的区别只是在具体事物中的表现方式不同，才有了现实与潜能的区分。由此可以看出，亚里士多德实际上是在某种程度上承认事物多样性和内在统一性以及事物运动变化的自身原因。
托马斯在亚里士多德的形式与质料层次理论基础上提出“实体形式”和“第一质料”学说。实体形式是事物性质特征的规定性因素，即它不仅规定具体事物的外表形状特征，更重要的是还规定事物内在性质，例如，一棵树、一幢房子、一只狗，它们之所以各有自身不同的性质及表现方式，全都是由实体形式决定的，因此，实体形式必然是高度抽象的纯粹形式。关于质料，托马斯认为有两类，一类是人们可以看得见摸得着的或用物理和化学方法来分析、分解的物质结构形态，包括砖瓦、棉花、粮食等所有人造的、自然的、业已成型的物质。这类质料称为第二质料。另外还有一类尚未规定毫无形状的质料，也称为第一质料。
第一质料是纯粹的原始质料，是构成一切事物的基本因素，具体的事物会变化消失，而第一质料则不会消亡，又转化为其他事物的质料。托马斯说：“在事物的生成毁灭的过程中一定有所连续性，而第一质料就是连续的因素。”一切事物都是由实体形式与质料组合而成，组合的事物都不可能是完美的，都必然包含着现实与潜能，而在不甚完美的现实之外必定有一个至善至美的形式，它是一切事物成为现实的最终原因，这个纯粹的形式就是上帝。由此可见，托马斯与亚里士多德各自的形式质料层次说，有着很大区别。托马斯运用形而上学的思辨方法，着重探究的是最终的纯形式、纯现实，即上帝的存在，以及它是一切实体形式与质料相结合的事物的最终原因。
那么现实世界事物的多样性又是怎样由形式与质料所决定呢？托马斯认为世界上有多种多样的事物，有种与属的区别，并且在同一种和同一属之间也有差别。例如，人与动物有区别，而每一个人与其他人也是不同的。而种与属的区别是由不同的实体形式所决定，同一种和属有相同的实体形式。例如，苏格拉底和柏拉图都是人，就是因为他们有共同实体形式，一切人都是如此。在这里托马斯一再强调他所说共同的实体形式是真实而实在的，而不同于奥古斯丁所说的有一个抽象的“普遍东西”，这实际上是对柏拉图“理念”论的一种委婉的抵制和批判。同种或同属事物之间的个体化的差别不是由实体形式所决定，而是质料决定的。但托马斯又断言，决定事物个体化的差别不是由未定型的纯质料即第一质料所决定，而是由已定型的第二质料所决定。他说：“质料是有形事物个体化的因素了。”托马斯这种质料决定人的个体化观点，似乎有违基督教关于灵魂决定肉体的神圣教义，但他认为自己是虔诚的基督教徒、宗教教义的卫道士，忠实地信仰灵魂不死教义。只是在论证宗教的方法上，做了一些顺应时代发展的调整，以便让世人更容易接受罢了。在对灵魂和肉体关系上，他说，人人都有相同的实体形式——灵魂，但是，“灵魂当初犹如一块蜡板，上面什么也没有写”，由于它和不同的质料相结合才造就了不同个体的人。
托马斯关于形式和质料的理论，客观地说具有两重性。一方面与其他基督教哲学一样坚持上帝的存在，灵魂决定物质肉体，另一方面他也不完全忽视和否认物质作用，甚至肯定质料是事物个性化的决定性因素。从某种意义上说这是基督教哲学一次大胆变革。当然这种变革并没有突破宗教哲学樊篱，他只是想寻找一条折中主义的道路，以便更好地为宗教神学自圆其说。因而被后人称之为温和的实在论者。
现实与潜能。
在托马斯宗教哲学体系中，现实与潜能是一对极为重要的范畴，他对现实与潜能作了大量的分析论证。如果说形式和质料只是证明了世界具体、有形事物存在的原因，而现实与潜能的功能则是证明一切有形的和无形的无限事物的存在、转化的原因，因而相比之下具有更为广泛的、普遍的意义。
托马斯认为现实的基本含义是指已经确定的、完成的实际过程。例如，皮革匠以及他所完成一件皮革制品、医生以及他给患者治病过程的完成、雕塑家完成一个艺术作品等，这都是现实。潜能的基本含义是相对于尚未完成的现实来说，具有一种还没发挥出来的、潜在的能力。例如，皮革匠有制皮革产品的能力、医生会治病、雕塑家能创造艺术品，而不论他们现在是否正在于自己的工作。
人们在研究具体事物过程中，可以发现任何具体事物都是现实与潜能的结合，两者的存在都是客观的。例如，泥土是现实存在，经过烧制成为砖瓦、瓷器，泥土就由潜能进一步转化为现实，使事物由一种存在发展为另一种存在，潜能本身既不是一种存在，但又不是绝对的无，而只是未形成的现实，在具备了一定的条件后，就可以转变为现实，现实则是完成的潜能。简言之，潜能表示事物变化的起点，“它的终点才是现实”。
现实与潜能的关系是现实先于潜能，现实决定潜能。从人们直观的过程看事物的发展，似乎潜能先于现实……例如，水在一定条件下可以变热、蒸发成水蒸气，也可以变冷、冻结成冰，从事物发展结果来看，潜在能力是先于现实的。托马斯认为其实不然。他说，某一事物之所以具有某种潜能是现实决定的，例如水转化为蒸汽或冰，它的前提是现实的水，这一事物盼性质决定了它具备的潜能，反之另一现实，则是具备其他的潜能。再则从潜能转化的结果来看，现实作为潜能的结果，总是优于潜能，是一种不断完善的过程。例如，一个无知的儿童，经过培养教育，可以成为有知识的人，儿童具有成为有知识的人的潜能，但如不释放潜能，转变为现实，仍然是无知的。现实的有知识的人与无知的儿童相比较，有知识的人是更加完善和确定的。其他事物可以依此类比，所以现实优先于潜能，决定潜能。总之，“凡是潜在的东西，除非依靠现实的东西，否则不可能变为现实”。而现实却不同，现实不需要依赖潜能来展示和表达，现实本身就明确肯定实际的存在。所以，现实先于潜能。现实与潜能的关系是现实在先，潜能在后，现实是潜能的前提和根据。
为进一步说明现实先于潜能，托马斯提出“纯粹的现实”（Actus purus）和“复合的现实”（Actus mixtus）两个概念，并加以论证。所谓“纯粹的现实”，就是指不包含任何潜能或可能性的绝对现实。绝对现实具有最终意义完整性和确定性。所谓“复合现实”是指现实本身还包含着潜能，具有发展变化的内在可能性，它的存在是相对的、有条件的，这种发展变化的趋势需要其他外在的现实作为根据和条件，才能转化为新的现实。托马斯认为，任何具体事物都是现实和潜能混合的存在，或者说具体事物都包含着现实和潜能两个方面，一方面它是确定的现实，另一方面叉因为包含潜能而发展为另一个现实。前一个现实是后一个现实的原因，后一个现实是前一个现实的结果。例如，果树的种子包含着生长发育为果树植株的潜能，当果树生长出来成为现实，又包含着结出果实的潜能，果实成熟潜能又转化为新的现实。如此等等。这些复合现实可以不断推演，但又不能无穷推演，最后，必然要归结到一个没有潜能的、纯粹的现实，这个现实是自身存在的，是一切复合现实的最终原因、第一推动者。只有它才能说明一切，它自身却没有原因和潜能。这个纯粹现实只能是上帝。上帝不是组合的，它是永恒的惟一。
托马斯关于现实和潜能的论述基本上沿袭了亚里士多德的学说。以至现代经院哲学者也认为“托马斯对这位希腊哲学家的思想确有非常深刻的研究”。但是我们应当指出，两人在关于现实与潜能关系理解上存在极大的差别。亚里士多德论证现实与潜能的关系时，一方面强调了二者之间相互转化，蕴含了可贵的唯物辩证法思想，另一方面他也提出了第一推动者及最终原因，这为上帝的存在留下了思辨的空间。这表明亚里士多德哲学体系交织着唯物主义辩证法和唯心主义的矛盾。而托马斯则运用现实与潜能转化的观点，作为推演上帝存在的证明，抓住第一推动者和最终原因的观点，充分加以发挥来说明上帝就是世间万事万物不同存在方式相互转换的源泉和动力。
本质与存在。
托马斯认为要确立上帝的永恒性、惟一性（原初性）和自在性，还必须运用形而上学的思辨方法，论证和阐释本质和存在的范畴。
关于本质和存在这对概念，在托马斯以前的许多哲学家都有过论述。基本上可以分为两种意见，一种意见是以柏拉图理念为前提的观点，认为一个实体存在之前首先要有本质，强调形式决定实体，本质先于存在。另一种意见是以亚里士多德实体论为根据，认为存在先于本质，优于本质。托马斯创造性地发挥了亚里士多德的思想，抵制和扭转了形而上学中柏拉图的倾向，应该说这对宗教哲学有所创新。
