柯尔克孜族的西迁和东迁一直是是国内国际史学界争论比较多的一个题目。柯尔克孜族向西迁徙最早在公元1世纪70年代。当时汉朝联合坚昆、丁零、乌孙、乌揭等部，向匈奴发起进攻，推翻了匈奴在漠北的统治。匈奴被迫西迁，一部分坚昆人也随其迁入天山、中亚一带。《三国志·魏书》载：在匈奴之北有坚昆，在康居西北又有坚昆。康居当时在巴尔喀什湖和咸海之间，这表明坚昆人已经迁至咸海以西了。《隋书·铁勒传》也载：“伊吾以西，焉耆以北，傍白山则有契骨。”伊吾即今哈密一带，焉耆即今焉耆一带，白山即天山，契骨即古代柯尔克孜族的一部。这就说明在哈密以西、焉耆以北、天山南麓已有古柯尔克孜人居住。天上南部的尉头（今阿合奇一带）也有古柯尔克孜人。这是柯尔克孜族第一次在天上及中亚的出现。6世纪80年代契骨随突厥西迁，9世纪40年代黠戛斯随回鹘西迁。回鹘战败之后举部西迁，部分黠戛斯（柯尔克孜族）士兵尾随其后西进，有的迁到天山南麓的库车，有的迁到吉木萨尔，大部分则迁到楚河、塔拉斯河、纳伦以及伊犁、阿合奇、乌恰等地定居。此为第二次大规模西迁。13-14世纪吉利吉斯遭受蒙古人统治，不堪忍受欺凌的柯尔克孜族一直没有停止西迁。17-19世纪在长达一个多世纪，柯尔克孜族的西迁是伴随着战争、灾荒、瘟疫进行的，几乎所有的柯尔克孜人都被迫离开了故乡，人员伤亡惨重，牲畜死亡过半，经济全面崩溃。柯尔克孜民族不仅失去了祖先缔造的城市和发达的灌溉农业，而且佚失了本民族的文化成就标志之一的文字。柯尔克孜族的这场灾难是蒙古瓦刺部、阿尔泰部和准噶尔部以及凶残的沙俄侵略军共同造成的。在叶尼塞河流域，柯尔克孜族同准噶尔贵族进行长期艰苦的战争，虎视眈眈的沙俄乘机而入，对叶尼塞河进行大肆进攻和侵略。柯尔克孜族前后受敌，坚持同沙俄和准噶尔贵族进行长达一个世纪的抗争。最后被迫又一次大举西迁，到达天山以南的喀什噶尔，中亚的费尔干纳盆地，帕米尔高原的兴都库什山及喀喇昆仑山游牧。关于这一点，从19世纪哈萨克民族志学者巧坎·瓦里汉诺夫的描述也能得到证实：“就在大雪纷飞，人畜遭灾的那一年，准噶尔浑台吉噶尔丹策零亲率无数大军，突然出现在哈萨克草原，残酷镇压这里的进行反抗的哈萨克、布鲁特人。这些事先毫无防备的难民，仓促四散奔逃。被残暴的准噶尔军队跟踪追击的哈萨克、布鲁特人像受惊的黄羊一样，一路扔掉自己的财产，甚至不顾老弱病残人员和孩子、家具、瘦弱的牲畜，向南逃亡。中玉兹哈萨克人逃到萨玛尔罕附近，小玉兹哈萨克人逃到希瓦和布哈拉之间。布鲁特人则逃到浦犁地区无人居住的森林山间，甚至到达那遥远的英吉沙附近”。25这样残酷的现实，以及长期不断的迁徙最终迫使叶尼塞柯尔克孜族和天山柯尔克孜族不得不融为一体，同时也形成了具有共同语言、共同生活地域，共同的经济文化生活、共同的心理状态的现代民族。
柯尔克孜族向西迁徙造就了目前中亚新疆各地柯尔克孜族生活地域的基本格局，是柯尔克孜族成为新疆和中亚地区主要的世居民族之一。除可上述几次大的西迁之外，柯尔克孜族历史上还有很多规模较小的迁徙。其中，受人们关注的是黑龙江柯尔克孜族的迁徙。黑龙江柯尔克孜族在历史上有三次东迁活动，分别发生在1293年，1733年，1775年。第一次，元朝政府将叶尼塞河流域的一部分乞尔吉斯、憨哈纳思等部东迁至松花江流域今黑龙江肇源县一带，并在那里建立了肇州县。第二次，是清朝雍正十一年，既1733年4月，一部分柯尔克孜从喀尔喀特斯河流域迁至齐齐哈尔，并被编入八旗。第三次，是在乾清朝隆二十二年，即1757年5月，部分柯尔克孜人从乌里雅苏台启程，途经蒙古喀尔喀草原，迁至呼伦贝尔。
从9世纪起始的迁徙活动，使柯尔克孜人逐渐分成东西两支。其中，东支是居住在叶尼塞河流域的原始血统以及东迁至我国黑龙江的柯尔克孜族，西支则迁徙并定居到了阿尔泰山、天上一带。这种迁徙活动延续至18世纪，柯尔克孜基本完成了从叶尼塞河到黑龙江以及到天山及中亚地区的大迁徙。但是，这种迁徙虽然迫使柯尔克孜族离开了祖先的故土，造成了与各部落各民族的大融合，但是叶尼塞河流域依然留存了一些原始部落分支。不能否认，那些留在叶尼塞河流域的古柯尔克孜族与今天生活在阿尔泰、哈卡斯以及图瓦等俄罗斯共和国境内的民族有着非常密切的渊源关系。无论有怎样的迁徙和流动，柯尔克孜族在自己的发祥地所留下的痕迹是永远不能消失的。
10至17世纪，柯尔克孜族先后受契丹、蒙古、瓦刺等统治，并受沙俄的长期侵扰。1755至1759年间，柯尔克孜族与维吾尔、哈萨克、蒙古等民族联合，配合清军，消灭准噶尔贵族叛乱势力，不久又平定了新疆南部发生的大小和卓叛乱。1757年(清乾隆二十二年)，清朝征服了准噶尔。清朝把柯尔克孜称为“布鲁特”，并以天山为界，称天山以北的柯尔克孜为“东布鲁特”，天山以南的为“西布鲁特”。1758年，清朝将军兆惠等追剿准噶尔残部到达布鲁特人居住地区，东布鲁特首领率众归附清朝。1759年，清军平定了大、小和卓的叛乱。西布鲁特额德格纳部落头人阿济比代表西布鲁特十五部向清朝表示归附。于是浩罕国以东，伊犁河西南，喀什噶尔西北，伊塞克湖周围，帕米尔和喀喇昆仑山一带的布鲁特人全部归属清朝。
1847-1854年(清道光二十七年至咸丰四年)，沙俄通过武装入侵，在柯尔克孜人居住地区建立了科帕尔、列普辛斯克、阿里玛图等侵略据点，占领了当地。1865年，浩罕首领阿古伯在英殖民主义者的支持下侵入我国新疆，柯尔克孜族人民不堪忍受欺凌，奋起反抗，又一次配合清军消灭了阿古伯在新疆的建立的反动政权，为维护祖国统一，领土完整，保卫边疆做出了巨大贡献。
19世纪下半叶，沙俄强迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》、《中俄伊犁条约》、《中俄续勘喀什噶尔界约》等一系列不平等条约，条约除重申《中俄北京条约》有关中俄边界的走向外，还规定人随地归，从而使被割占领土上的柯尔克孜人、哈萨克人成为沙皇的臣民。由于沙俄对我国柯尔克孜族居住区的入侵和占领，特别是1881年强迫清政府签订《中俄伊犁条约》，使我国大片柯尔克孜族居住地区和大批柯尔克孜族人民划归俄国，使柯尔克孜族成为跨国民族。从此，统一的柯尔克孜族被人为分成两半，成为中亚的又一个跨界民族。划归俄国的部分既是今天的吉尔吉斯斯坦。而划归中国的既是目前的克孜勒苏柯尔克孜自治州及周边地区和伊犁地区的柯尔克孜族地区。
1884年，新疆建省。从此，州县制代替军府制和伯克制，成为新疆的基本行政制度。这新疆地方政治制度的一项重大变革，有利于巩固边防和促进新疆与内地的交往和联系。建省后，北疆的柯尔克孜族属伊犁将军管辖，南疆的属新疆巡抚管辖。今克孜勒苏柯尔克孜自治州的东部属阿克苏道的乌什直隶厅，西部属喀什噶尔的疏勒直隶州疏附县、英吉沙尔直隶厅和莎车直隶州。清政府采取减免赋税的措施。在比较安定的社会条件下，因长期战乱而衰败的柯尔克孜族地区经济得到恢复，人口也有增长。这一时期，柯尔克孜族的部落组织已趋于解体。部落分布更加分散。部落的基层组织逐步变为以地域因素构成的生产单位，但部落观念、部落头人在柯尔克孜族社会中仍有很大的影响。
1911年，辛亥革命爆发，清朝被推翻，新疆进入封建军阀杨增新执政时期。杨增新统治时期，新疆柯尔克孜族居住地区沿袭了旧有的经济制度和政治制度。1928年，杨增新遇刺身亡，新疆的统治权落入金树仁之手。1931年4月，哈密发生农民暴动，并迅速波及南疆大部分地区，但暴动很快演变成为地方封建主之间的混战。这时，不堪忍受战乱之苦的柯尔克孜族人民奋起反抗。中国共产党为了加强在新疆的工作。派中共中央政治局委员邓发来疆，并在迪化(今乌鲁木齐)设立了“八路军驻疆办事处”。在新疆省督办盛世才的邀请下，中国共产党派遣了不少党员到新疆各级行政机关任职，陈潭秋、毛泽民、林基路等先后被派往新疆工作。进入新疆的中共党员积极宣传反帝抗日、民族平等进步思想，辛勤工作，受到包括柯尔克孜族在内的新疆各族人民的爱戴。林基路还曾担任柯尔克孜族聚居地区乌什县县长。在中国共产党的影响下，柯尔克孜族人民积极参加反帝爱国斗争，一些进步的柯尔克孜族青年还参加了共产党人领导的“反帝会”。在共产党人倡导下，新疆各民族都成立文化促进会，以发展文化教育事业。柯尔克孜族与哈萨克族联合成立哈柯文化促进会。促进会在喀什、乌什、乌恰、英吉沙、疏附、伽师等地都设立了分支机构。促进会的主要工作是办学、扫盲、从事群众文化娱乐和宣传活动，经费以自筹为主。在省政府和哈柯文化促进会的推动下，柯尔克孜族地区兴办了一批学校，结束了长期以来没有学校的历史。在伊斯哈克别克担任哈柯文化促进会会长期间，喀什师范学校还开设了柯尔克孜班。1938年，在柯尔克孜族聚居地区设立乌恰县。1941年，阿合奇设治局自乌什县析出，1944年，阿合奇设治局升格为县。
1944年9月，三区革命爆发。北疆柯尔克孜族群众纷纷参加革命军，开展武装斗争。在三区革命的影响下，南疆的蒲犁县(今塔什库尔干塔吉克自治县和阿克陶县部分地区)的柯尔克孜族、塔吉克族群众。于1945年8月发动起义，称为蒲犁革命。起义军迅速占领塔合尔曼、布伦口、苏巴什及蒲犁县城，成立了革命政府蒲犁专员公署。9月，乌恰县部分柯尔克孜族群众响应，起义军随之占领了英吉沙和疏附县的大部分地区。1946年1月，又攻占了叶城、泽普两县。2月起义军在省政府军的围攻下，撤入英吉沙山中。3月，三区革命政府派已经从苏联回国的伊斯哈克别克为蒲犁起义军总指挥，赴南疆工作。伊斯哈克别克改编起义部队为3个旅，并调整了各级指挥机构，加强了起义部队的组织性和战斗力。6月，三区革命政府与省政府达成的和平协议生效，蒲犁起义军按条款规定解散。蒲犁革命是三区革命的一部分，起义爆发后，塔什库尔干塔吉克自治县和乌恰、英吉沙、疏附、叶城、泽普各县的塔吉克族、柯尔克孜族、维吾尔族人民成为革命的基本力量。这次革命被毛泽东评价为是“全中国人民民主革命的一部分。”
1949年9月25、26日，新疆省警备司令陶峙岳、新疆省政府主席包尔汉分别代表军、政两界发布起义通电，宣布脱离国民党，新疆实现了和平解放。柯尔克孜族人民和各族人民一道，迎来了新疆和平解放结束了苦难深重的历史，翻身做了国家的主人。1954年7月14日克孜勒苏柯尔克孜自治州成立，柯尔克孜族人民实行了民族区域自治，充分行使法律赋予的民主权利和自治权利。在其他柯尔克孜族聚居的地方也成立了柯尔克孜民族乡。
1911年辛亥革命之后，柯尔克孜族先后同新疆的封建军阀和国民党反动派进行了英勇斗争。1944年至1945年，以伊斯哈克别克为首的柯尔克孜族人民，同维吾尔、哈萨克、塔吉克等民族团结一致，发动了反对帝国主义和国民党反动派伊犁、阿勒泰、塔尔巴哈台（塔城）的三区革命和南疆帕米尔高原的浦犁革命，对新疆的和平解放做出了突出贡献。
1954年7月11日，在党的关怀下，克孜勒苏柯尔克孜自治区首届人民代表大会召开。7月14日，克孜勒苏柯尔克孜自治区正式成立。1955年2月，克孜勒苏柯尔克孜自治区改称克孜勒苏柯尔克孜自治州。
